我非常感谢大家的帮助，因为我完全是个新手。 我在R中创建了一个带有物种列表和环境变量的cca排序图。现在的问题是，这些物种属于不同的类群(苔藓、地衣或草本植物)。我希望地块中的物种点对每组都有不同的颜色！我有一个非常大的物种列表，有很多列，所以我不能单独引用每一列。env.allspecies.cca<-
浏览 19提问于2020-04-22得票数 0
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热图和树状图中的颜色侧栏
、、、
我的案例/样本属于不同的组/类(例如，样本是许多基因在不同细胞中表达的结果，组是不同的物种)。
我想要的颜色侧栏反映不同的物种。列已经通过单元格的类型进行了标记。我知道我可以一个接一个地为不同的物种分配不同的颜色(使用i
浏览 3提问于2015-12-30得票数 1
在约束排序分析中，如CAP或dbRDA，研究人员通常想知道有多少不同是由特定物种造成的。在Primer PERMANOVA中，向轴方向的物种的Spearman rank或Pearson correlations是一种选择，它提供了在使用CAP或RDA时描述物种组合间变化的物种估计值。在R中，vegan提供了一种不同的测量方法，称为物种分数，它可以计算出，但不需要仔
浏览 1提问于2017-10-04得票数 1
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数据帧中的最后一列是数据帧中每个唯一组(在本例中为物种分配)的RelAb列的最大值，通过以下方式获得：
df_melted['Max'] = df_melted.groupby('Species')['每个组包含大量的行。我有按最大值排序的df，每个最大值大约有100行。我的目标是根据最大值获得前20个组(例如，一个100X20行- 2000行<em
浏览 8提问于2019-11-13得票数 0
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我想做一个有两组的分组条形图。一个被命名为外来物种，另一个被命名为本土物种。然后将它们与图表中涉及的found.Therefore 3列的图进行比较。Y将是“物种丰富度”，它将是本地或外来物种的数量。我如何写出我上面描述的条形图的编码？如果你在谷歌上搜索欧洲议会选举R分组条形图(橙色和紫色图。
浏览 2提问于2014-11-16得票数 0
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我有一个包含9个站点和数千个物种的数据库。我创建了一个排序和一个图，使用plot(ord, type ="n")我得到了下面的图
我需要获取一些红色的物种点，如下图所示(忽略红色点旁
浏览 6提问于2017-07-12得票数 1
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我有一个矩阵数据，并想用热图可视化它。这些行是物种，所以我想可视化系统发生树，并根据树对热图的行进行重新排序。我知道R中的heatmap函数可以创建层次聚类热图，但是我如何使用我的系统树聚类，而不是在图中默认创建的距离聚类？
浏览 4提问于2013-03-01得票数 5
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他说，
有没有人知道如何为“物种”定制排序图，使它们根据一个因子来显示。我在沙丘(土地使用)示例中看到了一个类似的“site”示例。我想为物种做类似的事情。
浏览 0提问于2016-06-08得票数 0
我需要绘制一个排序图，只显示20个最丰富的物种。我尝试对物种列进行求和，然后只选择一个特定的求和值：abusol我得到这个错误: select不是一个图形参数
我预计只会看到少量的物种，
浏览 0提问于2019-07-11得票数 1
我想用Promax对我的数据做一个间接的PCA。看起来许多著名的软件包只处理正交旋转，或者根本不处理旋转。不知何故，我成功地使用了“心理”包中的“主体”：我有我需要的东西，2个组件，相互关联使用biplot(pca)，我几乎得到了我想要的图形……除了我想根据一个分类变量(男人和女人)来给我的观点上色。我尝试了很多不同<
浏览 17提问于2019-08-06得票数 0
我试图为属于五个亚属(群)的物种绘制不同基因的突变率。对于某些类群，有多个物种，但对于另一些物种，只有一个物种在这个群体中。在R中使用ggplot2的例子很好，但是很难区分不同的组，特别是只有一个物种的组。
在这种情况下，任何关于哪种类型的图的建议都会更好？这是盒图的
浏览 0提问于2018-10-05得票数 4
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我正在创建一个基于x-y位置的树的空间地图，使用spatstat包和ppp函数。我已经能够做到这一点，每个点的大小是基于树的直径。我没能做的，我希望在这里找到一些帮助，是创造一个传奇，使我可以展示这些不同的圆圈，也包括6个树种的情节。下面是我正在使用的代码：
dfx <- as
浏览 1提问于2016-09-22得票数 2
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我有一组这样的数据； Station;Species;
CamB;SpeciesA 等等。我想创建一个累积柱状图，相机站在x轴上，并添加每个物种的百分比。") + theme(axis.text.x =element_text(angle=90)) + labs (x="Cameras", y= NULL, fill ="Species") 并以下面的图结束但
浏览 205提问于2020-08-09得票数 0
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我试图在所有供应商的发票上使用R中的benford.analysis包来实现Benford定律。在整个数据集中，数据确认。是否有办法打破不合格的团体？
浏览 3提问于2022-06-27得票数 1
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我之前问过这个问题：“# order by this new column
dfordered <- d
浏览 0提问于2013-03-12得票数 0
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我有一个数据，在其中列代表物种。物种亲缘关系编码在列名后缀中：第二个下划线(_)后面的字符串表示物种的从属关系。我想要绘制一些基于等级相关性的网络，我想要根据它们的物种联系来对它们进行着色，稍后当我用库(q图)创建fruchtermann rheingold图时。我以前通过通过name_suffix对df进行排序，然后通过手动计数来创建向量：
浏览 2提问于2015-03-16得票数 2
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我试图使用植物样方数据的存在/缺失矩阵和同一样方的连续环境数据来进行CCA，使用R中的Vegan包，其中一些样方没有植物物种存在(样方的行充满0's)，但在另一个数据中确实有相应的环境数据。这项研究的背景是，环境数据是土壤中的金属浓度，在没有植物物种的情况下，土壤中的金属浓度通常很高，因此零物种的象限确实对数据有贡献，而不是误差或NA。到目前为
浏览 2提问于2022-03-28得票数 1
纯素包装是为生态数据而开发的。正因为如此，它似乎在模型中使用“站点”和“物种”作为具体的命名术语/因素？我没有网站，也没有物种。我有小区I，每个小区都使用了化肥(特征为5个自变量)，并对每个小区的植物营养进行了分析(6个因变量)。
抱歉，我不知道，这是我一直在纠结的
浏览 6提问于2022-06-13得票数 1
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目前正在处理来自物种列表的生物信息学图表，线条分隔。我覆盖了五个基因，并且我正在生成匹配物种的重叠(即核糖体基因覆盖率比较)。图，但想要推广该函数，以允许不同数量的物种集合。如何生成读取数量可变的列表的循环？(例如，根据输入数量，生成4组venns，7组。)-args[last]
ta[i] &l
浏览 0提问于2018-10-14得票数 2
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