我有一个14.8 to的文件,我试图在HPC中将其读入R。
目前,我设置了一个内存为30 of的环境来尝试读取此文件,但尝试使用fread()时会产生总线错误:
library(data.table)
df <- fread('file.txt')
#After reading file I plan to condense all the columns by a Gene column:
setDT(df)[, lapply(.SD, paste, collapse = ", "), by = Genes]
使用data.table和fread来读取
我正在使用docker in docker with ECS,目前不能构建大图像,它在拉步骤中失败。错误是“设备上没有剩余空间”,即使磁盘仍有更多空间。请看附件,这张图片大约需要1.5 to。我猜是ECS配置中的错误或限制,因为如果我在另一个实例中运行这个构建容器,它可以构建一个大的镜像。请告诉我如何调试和解决这个问题。谢谢。