如何在不使用Biopython的情况下找到FASTA数据集中的所有序列长度
在不使用Biopython的情况下，可以使用Python的内置函数和字符串操作来找到FASTA数据集中的所有序列长度。下面是一个示例代码：
def find_sequence_lengths(fasta_file):
sequences = {}
current_sequence = ""
with open(fasta_file, "r") as file:
for line in file:
line = line.strip()
if line.startswith(">"):
if current_sequence:
sequences[current_sequence] = len(current_sequence)
current_sequence = ""
else:
current_sequence += line
if current_sequence:
sequences[current_sequence] = len(current_sequence)
return sequences
fasta_file = "path/to/your/fasta/file.fasta"
sequence_lengths = find_sequence_lengths(fasta_file)
for sequence, length in sequence_lengths.items():
print("Sequence:", sequence)
print("Length:", length)
print()这段代码会读取指定的FASTA文件，并将每个序列及其对应的长度存储在一个字典中。然后，它会遍历字典并打印每个序列的名称和长度。
请注意，这只是一个简单的示例代码，假设FASTA文件的格式正确且每个序列都以">"开头。如果FASTA文件的格式有所不同，可能需要根据实际情况进行适当的修改。
关于FASTA数据集和序列长度的更多信息：
- FASTA数据集是一种常用的生物信息学数据格式，用于存储DNA、RNA或蛋白质序列数据。
- 序列长度是指序列中的碱基或氨基酸的数量，通常用于描述序列的大小或复杂性。
- 序列长度可以用于许多生物信息学应用，如序列比对、物种分类、基因功能预测等。
腾讯云相关产品和产品介绍链接地址：
- 腾讯云对象存储（COS）：https://cloud.tencent.com/product/cos
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- 腾讯云数据库（TencentDB）：https://cloud.tencent.com/product/cdb
- 腾讯云区块链服务（BCS）：https://cloud.tencent.com/product/bcs
- 腾讯云物联网（IoT）：https://cloud.tencent.com/product/iot
- 腾讯云移动开发（移动推送、移动分析、移动测试等）：https://cloud.tencent.com/product/mobile
- 腾讯云音视频处理（VOD）：https://cloud.tencent.com/product/vod
- 腾讯云元宇宙（Tencent XR）：https://cloud.tencent.com/product/xr
请注意，以上链接仅供参考，具体产品选择应根据实际需求进行评估。
相关·内容
我想开始使用Biopython来对齐序列文件，但是库总是给我错误。我的代码如下：
from Bio import AlignIO
import Bio
alignment = AlignIO.read("A_prot.fasta","fasta")
print alignment
我确保将A_prot.fasta放在与我的程序相同的目录中，但我收到一个错误消息：
Traceback (most recent call last):
File "bio_seq_align.py", line 5, in <module>
a
浏览 1提问于2013-03-08得票数 1
我正在使用BioPython将Perl代码转换为Python代码。
我得到了类似这样的东西：
my $db = Bio::DB::Fasta->new($path,$options)
我正在寻找Biopython中类似的函数。有像这样的东西吗？
浏览 18提问于2016-09-09得票数 1
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我有用BioPython计算fasta格式的序列长度的代码。我拿到了长号。
NP_418305.1
349
NP_418306.1
469
NP_418308.1
236
然而，现在我想计算出整个序列的平均值，就像一个相互影响的事实，我可以补充到我的研究中。能得到一些建议就太好了。
from Bio import SeqIO
record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("aminoacids.txt", "fasta"))
for key in record_dict.items():
print(key[0],"\n
浏览 2提问于2022-05-12得票数 -2
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我正在寻找一种方法来读取Biopython中的.fasta文件，并有包估计，如果我们是处理脱氧核糖核酸，核糖核酸或蛋白质。到目前为止，我像这样读取数据：
with open('file.fasta', 'r') as f:
for seq in sio.parse(f, 'fasta'):
# do stuff, depending on alphabet
我的问题是现在我不知道我将在.fasta文件中找到什么样的序列。它可以是蛋白质、DNA或RNA，但我必须知道字母表中的字母数。
有没有办法用Biopython从序列中“
浏览 16提问于2017-01-11得票数 4
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我尝试过BioPython、SeqIO和其他解析器，但找不到任何好的工具来解析DAT文件。
https://omics.pnl.gov/software/uniprot-dat-file-parser
我试过这个，但它们不提供任何基因注释
http://biopython.org/wiki/SeqIO
他们主要讨论的是接受FASTA的输入，而不是DAT文件。
from Bio import SeqIO
for record in SeqIO.parse("Fasta/f002", "fasta"):
... print("%s %i"
浏览 4提问于2017-08-01得票数 0
我有一个感兴趣的职位列表，例如：
10
20
1000
4000000
我想使用biopython从一个fasta文件中提取这些位置上的基调用。
这是我尝试过的：
query_dic ={}
with open(line) as pos_file:
for x in pos_file:
for seq_record in SeqIO.parse(query_file, "fasta"):
nuc = seq_record[x]
query_dic[x]=nuc
错误消息显示'invalid ind
浏览 0提问于2017-06-08得票数 0
我有一个multifasta文件，并希望通过保留序列将序列长度添加到标头。 >Seq1
MADKLTRIAIVNHDKCKPKKCRQECKKSCPVVRMGKLCIEVTPQSKIAWISETLCIGCGI
KILAGKQKPNLGKYDDPPDWQEILTYFRGSELQNYFTKILEDDLKAIIKPQYVDQIPKAA
KGTVGSILDRKDETKTQAIVCQQLDLTHLKERNVEDLSGGELQRFACAVVCIQK
>Seq2
MADKLTRIAIVNHDKCKPKKCRQECKKSCPVVRMGKLCIEVTSQSKIAWISETLCIGCGI
CIKK
浏览 20提问于2019-12-31得票数 2
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我试图用python编写一个脚本来解析一个大型的fasta文件，因为我正在学习脚本，所以我不想使用biopython。脚本需要将登录号、序列长度和序列gc内容打印到控制台。我已经能够提取登录号，但无法提取序列，因为它们被读取为行，这使我无法计算序列长度和gc内容。
有人能帮我吗？我尝试在列表中对行进行分组，但是这会在一个列表中创建多个列表，我也不知道如何加入它们。
seq=""
seqcount=0
seqlen=0
gc=0
#prompt user for file name
infile=input("Enter the name of your designa
浏览 1提问于2017-10-18得票数 3
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我是个新手，使用biopython。我正在试着用biopython把字典写到一个文件里。下面是我的代码： with open("file_in.fasta") as original, open("file_out.fasta", "w") as corrected:
for seq_record in SeqIO.parse(original,'fasta'):
desc=seq_record.description
seq_dict={seq_record.id + '_1&#
浏览 14提问于2020-01-27得票数 1
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我需要从FASTA文件中获得如下所示的输出，但不使用BioPython。有谁有主意吗？ 以下是使用BioPython的代码： from Bio import SeqIO
records = SeqIO.parse("data/assembledSeqs.fa", "fasta")
for i, seq_record in enumerate(records):
print("Sequence %d:" % i)
print("Number of A's: %d" % seq_record.seq.coun
浏览 29提问于2018-12-27得票数 1
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2回答
有没有一种方法可以使用BioPython将FASTA文件转换成Genbank格式？关于如何从Genbank转换到FASTA，有很多答案，但不是相反的。
浏览 4提问于2015-05-12得票数 6
我有几个大的fasta文件，其中的序列被保存在多行。
>header1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTGTACGTACGTA
TGACGTACGTAGCTGCATGCTA
>header2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGT
ACGTAGTGCAG
...
我想把它转换成fasta文件，其中序列被组合成一行。
>header1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTGTACGTACGTATGACGTACGTAGCTGCATGCTA
>header2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGTAC
浏览 1提问于2018-06-14得票数 3
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如果我使用下面的链接中的FASTA文件，我应该在Biopython中使用哪种字母表类型？会是IUPAC.unambiguous_dna吗？
FASTA文件链接：
浏览 0提问于2013-03-18得票数 1
1回答
肌肉命令行包装器
、、、
我试图使用python来完成多序列对齐。我正在使用biopython模块作为基础，但是用于biopython的命令行包装器意味着语法：
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
muscle_exe = r"path\muscle.exe"
in_file = r"path\Example.fasta"
out_file = r"Path\Examplealn.fasta"
muscle_cline = MuscleCommandLine(input=i
浏览 2提问于2022-01-19得票数 1
我是生物信息学和Biopython的新手，所以我对它有一些困难。
我正在阅读Biopython (SeqIO)文档，但是当我尝试执行一些SeqIO.parse()命令时，我得到了FileNotFoundError。
例如，我想要得到"example.fasta“文件(我没有它在我的电脑上)。我试着用这个命令来做：
for record in SeqIO.parse("example.fasta", "fasta"):
print(record.id)
但是，我得到的只有FileNotFoundError: Errno 2没有这样的文件或目录
有人
浏览 1提问于2018-02-12得票数 0
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2回答
我需要解析一个初步的GenBank平面文件。这个序列还没有发布，所以我不能通过注册来查找它并下载FASTA文件。我刚接触生物信息学，有人能告诉我在哪里可以找到BioPerl或BioPython脚本来自己做这件事吗？谢谢!
浏览 11提问于2011-06-14得票数 2
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1回答
重叠记分矩阵生物工程
、、、
我有一个包含DNA序列和序列名称的FASTA文件，我需要建立一个重叠分数的矩阵。我在Biopython中找到了模块pairwise2，它似乎做得很好。除了我的序列已经对齐，当我使用pairwise2时，它再次尝试对齐序列，这花费了很长的时间，显然每次对齐都得到相同的重叠分数。因此，我的问题是，如何获得重叠评分，而不试图再次对齐序列？以下是我到目前为止所拥有的：
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import SeqIO
from Bio import pairwise2
fasta_file = SeqIO.parse('unambigu
浏览 4提问于2017-01-10得票数 3
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我正在尝试开发一种使用LinearSVC的机器学习算法，另一种使用卷积神经网络对DNA序列进行分类。我必须对DNA序列进行一次热编码，然后将每个序列的结果数组存储在一个列表中。但是当我做火车测试的步骤时，我无法使用它。
我的DNA序列是这样的(不是我真正的数据集，它要大得多，只是为了举例说明。)所有序列都在文件‘seqs_for_test.fasta’中)：
TE_seq1
TE_seq2
TE_seq3
RD_seq4
RD_seq5
GACCAGGACTCTCCCTGGACACCTCAGGGACTTCTTGCTGGAGGGCACCATACATCAGTTTGCCAGCAAA RD_seq6
浏览 5提问于2019-10-01得票数 1
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2回答
我的问题很简单，但我想不出怎么解决它。我有一个大约一百万个序列的列表，每个序列都需要与测序适配器进行比对。我正在考虑在python中使用Biopython中的pairwise2工具进行对齐。我想使用这个工具，因为我需要收集所有的比对分数，做一些数学运算，并根据数学运算选择序列。如果我运行下面的代码，它可以工作，但速度很慢，因为每次只运行一次对齐。
def align_call(record, adapter):
score = pairwise2.align.localms(record.seq, adapter.seq, 1, -3, -1, -0.99, one_alignment_onl
浏览 16提问于2017-03-14得票数 0
我有一个小的fasta文件，格式如下：
>gene_1 + other data
seq 1
>gene_1 + other data
seq2
>gene_1 + other data
seq3
我想删除文件的第一个元素。这是一个大型Python脚本的一部分，一旦我使用了这个seq，并提取了其中有趣的部分，我想从文件中删除它。最后，文件将被清空，这样我就可以从文件夹中删除它。因为我一直在使用Biopython，所以我想看看是否可以在Biopython中找到函数，但是我找不到任何关于如何从fasta文件中删除记录的提示。由于SeqIO有一种列表，所以我尝试使用list.rem
浏览 2提问于2017-09-25得票数 0
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嗨，我有一个很大的FASTA文件，看上去像这样
>EMBOSS_001
GTCATCACAGTTTTCCCCGCCCTGTATATGGCTAATAGGCCCTCGCAATCTCCGATAAAT
>EMBOSS_002
CTGATGCTAGTCCCGTGTCCCAAACACTTCCGCAGAAGATCGCCCCGGGGGGCGTGTACC
>EMBOSS_003
CGCGCATGGACTCCATCCGTGATCTTTTGAGGCCATGAGTCCAAGTTTACCTCGGATATA
>EMBOSS_004
CGACCCGCCATTCTCCATCGTAACTTAGTCACG
浏览 0提问于2020-11-22得票数 1
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我有一个包含多个序列的fasta文件。有些序列跟在“-”后面，我想从最后的序列中剪短它们。有没有一种干净的方法来修剪它们并使用Biopython编写一个没有破折号的新fasta文件？
我看到了这个帖子，并试图修改一些代码，但它没有工作.
包含如下序列的文件：
sequence_of_interest
def dash_removal(file_in, file_out):
records = SeqIO.parse(file_in, 'fasta')
filtered = (rec for rec in records if any(ch != '
浏览 1提问于2018-08-01得票数 1
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我尝试使用Biopython读取FASTA文件，并在对序列进行实际处理之前再次将其写入另一个文件。
w.write('Length of the Ref Seq: '+ ref_seq + ' is '+ str(len(ref_seq))+'\n')
TypeError:期望一个字符缓冲区对象
我得到了上面提到的错误。有人能帮我理解错误吗？
谢谢。
浏览 4提问于2015-04-28得票数 0
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我的目标是接收DNA序列中出现的'g‘的时间。
我使用列表理解通过Biopython导入了一个DNA序列
seq = [record for record in SeqIO.parse('sequences/hiv.gbk.rtf', 'fasta')]
然后，我尝试在新创建的list comp变量上使用.count()方法。
print(seq.count('g'))
我收到一个错误，内容是
NotImplementedError: SeqRecord比较是故意不实现的。显式比较感兴趣的属性。
有人知道迪里奥是什么吗？Biopy
浏览 5提问于2017-03-31得票数 0
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1回答
我正在使用Biopython打开一个大型的单项fasta文件(514兆碱基)，这样我就可以从特定的坐标中提取出DNA序列。返回序列是相当慢的，我只是想知道是否有更快的方法来执行这个我还没有弄清楚的任务。速度不是一两次点击的问题，但我迭代了145,000个坐标的列表，这将需要几天的时间:/
import sys
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
def get_seq(fasta, cont_start, cont_end, strand):
f = fasta
start_pos = cont_start
end_pos
浏览 1提问于2013-06-10得票数 0
我需要做一个程序，打印出fasta文件中最长序列的名称和长度。
(注意:这是一个示例文件，我需要编写一个程序来支持fasta文件中的任意数量的序列)
所以我还是一个python的初学者，所以我不知道打开文件之类的技巧。
我打算把它当作一个普通的文本文件，打开它并将其转换成一个列表。我纠结于如何获得第一个序列的长度等等，但我不知道如何才能获得其他序列的长度，并有效地比较它们。
file = open('fasta.txt','r')
file = file.read().split('\n')
有人能帮我开始吗？我就是在这个问题上找不到立足点。再
浏览 23提问于2015-04-30得票数 2
我有以下FASTA文件，original.fasta
>foo
GCTCACACATAGTTGATGCAGATGTTGAATTCACTATGAGGTGGGAGGATGTAGGGCCA
我需要将记录id从foo更改为bar，所以我编写了以下代码：
from Bio import SeqIO
original_file = r"path\to\original.fasta"
corrected_file = r"path\to\corrected.fasta"
with open(original_file) as original, open(corre
浏览 2提问于2015-09-01得票数 2
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def batch_iterator(iterator, batch_size) :
entry = True
while entry :
batch = []
while len(batch) < batch_size :
try :
entry = iterator.__next__
except StopIteration :
entry = None
if entry is None :
浏览 0提问于2020-12-29得票数 1
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我正在编写python脚本，如果可能的话，我希望将查询序列信息作为字符串变量而不是FASTA格式文件传递给blastn。
我使用Biopython的SeqIO将几个抄本名称存储为键，并将其序列存储为关联值。
所以看起来就像这样
transcripts = dict()
for record in SeqIO.parse("transcript_sequences.fasta", "fasta"):
transcripts[record.name] = record.seq
print transcripts
所以字典是这样的
{'var_F':
浏览 6提问于2016-11-03得票数 5
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我正在尝试用Biopython解析一个fasta文件，使用下面的code.How我能解决这个错误吗？
from Bio import SeqIO
handle = open("C:/Users/Desktop/kk.fasta", "rU")
File "<pyshell#19>", line 1, in <module>
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'kk.fasta'
我得到了上面的错误。但我的文件已经在那里了。我使用的是window
浏览 0提问于2011-11-05得票数 1
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我有几个已经比对的DNA序列，我想只保留在特定位置可变的碱基。
如果我们首先将对齐转换为数组，也许可以做到这一点。我尝试使用Biopython教程中的代码，但出现错误。
import numpy as np
from Bio import AlignIO
alignment = AlignIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta")
align_array = np.array([list(rec) for rec in alignment], np.character)
print("Array shape %i by %i&
浏览 4提问于2016-09-30得票数 3
我已经开始用Python学习selenium，基本上，我是一名生物信息学的学生。我想从链接下载一个"fasta“格式的DNA序列数据：
我知道通过Biopython下载.fasta序列是可能的。我想试试硒。下面是我写的代码。
from selenium import webdriver
from selenium.webdriver.common.keys import Keys
from selenium.webdriver.common.by import By
import time
url=input("Enter the URL: ")
drive
浏览 5提问于2022-09-03得票数 0
假设我们有一个这样的FASTA文件： >header1
ASDTWQEREWQDDSFADFASDASDQWEFQW
>header2
ASFECAERVA
>header3
ACTGQSDFWGRWTFSH 这是我想要的输出： header1 30
header2 10
header3 16 请不使用Biopython回答此问题。我认为这里可以使用re.match('^>')来区分标题行和其他序列行(需要先导入re )，但我需要一些帮助才能让rest部分获得输出。只使用python，不使用Biopython。谢谢! 下面是我当前的代码： import
浏览 90提问于2021-10-02得票数 1
输入fasta格式文本文件：
#!/usr/bin/python
from Bio import AlignIO
seq_file = open('/path/to/fa_alignment_PF00205.txt')
alignment = AlignIO.read(seq_file, "fasta")
错误：
ValueError: Sequences must all be the same length
输入序列不应该是相同的长度，因为在ClustalOmega上，您可以对齐不同长度的序列。
这也不会work...gets相同的错误：
alignm
浏览 0提问于2015-09-28得票数 2
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1回答
在biopython的食谱中，我找不到如何实际运行clustalw。我已经完成了食谱上的操作，但它没有运行clustalw，只是打印出来了
clustalw2 -infile=opuntia.fasta
有没有人能教我如何实际运行clustalw
浏览 0提问于2018-09-13得票数 1
1回答
我遇到了一个我无法解决的错误。
我正在尝试执行一组最简单的命令，这些命令将执行tBLASTn算法，寻找数据库中的序列(指定为"pytanie.fasta“文件的序列)(也指定为-> cucumber.fasta)。结果将保存在"wynik.txt“文件中。
代码如下：
from Bio.Blast. Applications import NcbitblastnCommandline
database = r"\Biopython\cucumber.fasta"
qr = r"\Biopython\pytanie.fasta"
output
浏览 1提问于2012-01-19得票数 1
我有一个包含数千个fasta格式的DNA序列的文件，我需要计算100个单独的短序列(基序)在较大的文件中出现的次数。到目前为止，我一直在逐个处理motif，但我不知道如何将输出求和，这样我就不会有一个包含数千个值的列。一次输入所有的主题并得到一个表也是很棒的。我是编程新手，非常感谢大家的反馈！我有；
from Bio import SeqIO
for i in SeqIO.parse(f,'fasta'):
print i.seq.count('motif')
我在想，我真的不需要Biopython来做这件事，因为主题不会在序列名称中命中。那么我能做一个只
浏览 0提问于2012-06-28得票数 1
我正在尝试创建一个python脚本，用户可以在其中键入他们的FASTA文件，然后该文件将使用Biopython进行解析。我正在努力让它工作。到目前为止，我的脚本是这样的：
#!/usr/bin/python3
file_name = input("Insert full file name including the fasta extension: ")
with open(file_name, "r") as inf:
seq = inf.read()
from Bio.SeqIO.FastaIO import SimpleFastaParser
c
浏览 1提问于2018-12-03得票数 0
2回答
我正在尝试用NCBIWWW通过biopython运行blastn。
我在一个给定的示例文件上使用了qblast函数。
我定义了一些方法，当我的fasta包含足够长的序列时，一切工作起来都很棒。唯一失败的情况是当我需要删除来自Illumina测序的太短的读数时。因此，我想说这可能是因为在提交工作时没有自动重新定义爆炸参数。
我尝试了所有我能接近blastn-short条件(参见中的表C2 )，但没有任何成功。
看起来我不能输入正确的参数。
我认为我的工作环境更接近于以下几点：
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nr"
浏览 5提问于2014-02-10得票数 1
我有51个包含元基因组序列数据的文件，我想在Windows中使用Biopython脚本将这些文件从fastq转换为fasta。模块SeqIO.convert很容易转换一个单独指定的文件，但是我不知道如何转换整个目录。单独做并不是太多的文件，但我正在努力学习。
我是一个全新的Biopython新手，所以请原谅我的无知。很有帮助，但我仍然不能将目录从fastq转换为fasta。
下面是我一直在尝试运行的代码：
#modules-
import sys
import re
import os
import fileinput
from Bio import SeqIO
#define dire
浏览 0提问于2015-06-26得票数 1
尝试使用Seq和SeqIO对象在BioPython中读取包含基因组序列的文件。无法使用“打开”命令。程序应该接受一个命令行参数，其中包含包含输入基因组的FASTA文件的名称。
它生成了文件，但文件中没有任何内容。不知道我错过了什么？
这就是我所拥有的：
from Bio.Seq import Seq
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Alphabet import I
浏览 7提问于2019-11-25得票数 0
1回答
我在使用biopython时遇到了问题，我有PythonVersion3.3，我安装了biopython-1.61.win-AMD 64-py3.3，我想将Clustalw或Muscle的DNA序列对齐。
对于Clustalw:
from Bio.Clustalw import MultipleAlignCL
我得到以下错误：
No module named 'Bio.Clustalw'
对于Muscle:
>>> from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
>>> muscle_
浏览 1提问于2014-01-20得票数 1
3回答
我在这样的文件中有两个字符串：
>1
atggca---------gtgtggcaatcggcacat
>2
atggca---------gtgtggcaatcggcacat
使用Biopython中的AlignIO函数：
from Bio import AlignIO
print AlignIO.read("neighbor.fas", "fasta")
返回以下内容：
SingleLetterAlphabet() alignment with 2 rows and 33 columns
atggca---------gtgtggcaatcgg
浏览 0提问于2013-04-29得票数 1
我正在学习python，我想在不使用BioPython的情况下解析fasta文件。我的txt文件如下所示：
>22567
CGTGTCCAGGTCTATCTCGGAAATTTGCCGTCGTTGCATTACTGTCCAGCTCCATGCCCA
ACATTTGGCATCGGAGAATGACTCCGCGTGATAAAGTCAGAATAGGCATTGAGACTCAGG
GTGGTACCTATTA
>34454
AAAACTGTGCAGCCGGTAACAGGCCGCGATGCTGTACTATATGTGTTTGGTACATATCCG
ATTCAGGTATGTCAGGGAGCCAGCACCGG
浏览 0提问于2015-04-23得票数 3
我是BioPython新手，我试图导入一个fasta/fastq文件并遍历每个序列，同时对每个序列执行一些操作。我知道这似乎很基本，但由于某种原因，下面的代码没有正确打印。
from Bio import SeqIO
newfile = open("new.txt", "w")
records = list(SeqIO.parse("rosalind_gc.txt", "fasta"))
i = 0
dna = records[i]
while i <= len(records):
print (dna.nam
浏览 1提问于2018-04-06得票数 0
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2回答
我有一个文件包含一个序列：
>sequence
TAGGACTGAGGGCTGGACAGGGCTGCGGGAG
另一个包含代表立场的数字：
3
6
11
我希望在第二个文件中定义的位置获得一个包含'N‘而不是A、C、G、T的新文件，例如：
>sequence
TANGANTGAGNGCTGGACAGGGCTGCGGGAG
是否有一种使用bash /sed的方法，或者我是否应该使用python脚本和来自biopython的SeqIO？
编辑：
下面是python脚本的一个开始：
from Bio import SeqIO
import sys
import s
浏览 3提问于2022-03-14得票数 0
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3回答
我有一些“fastq”格式的DNA序列文件(基本上只是文本文件)如下：
@Sample_1
ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
+
BBBBBBBBBBBBEEEEEEEEEEEEEEEE
EHHHHKKKKKKKKKKKKKKNQQTTTTTT
@
+
@
+
@Sample_4
ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
+
BBBBBBBBBBBBEEEEEEEEEEEEEEEE
EHHHHKKKKKKKKKKKKKKNQQTTTTTT
浏览 6提问于2017-11-07得票数 1
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我一直试图在一个fasta文件中将多个DNA序列从头中分离出来，方法是使用Python3.5构建一个字典，而不使用Biopython。我不能让它正常工作。如有任何建议，将不胜感激。非常感谢。标题在标号'>‘>后面
下面是一个fasta文件的示例：
>XM_021728176.1 PREDICTED: Ictidomys tridecemlineatus forkhead box N1 (Foxn1), transcript variant X1, mRNA
ATGGTGTCGCTACTCCCGCCACAGTCTGACGTCACGCTGCCTGGCCCCACCAGACT
浏览 3提问于2017-07-05得票数 1
1回答
在index.html中，我使用了<input type="file" name="upload_file">
在views.py中
from Bio import SeqIO
def index(request):
if request.method == "POST":
try:
text_file = request.FILES['upload_file']
list_1, list_2 = sequence_extract_fasta(t
浏览 5提问于2022-04-15得票数 0
回答已采纳
2回答
我正在编写一个函数，它应该通过DNA序列的.fasta文件，并为文件中的每个序列创建一个核苷酸(nt)和二核苷酸(dnt)频率字典。然后，我将每本字典存储在一个名为“频率”的列表中。这是一段奇怪的代码：
for fasta in seq_file:
freq = {}
dna = str(fasta.seq)
for base1 in ['A', 'T', 'G', 'C']:
onefreq = float(dna.count(base1)) / len(dna)
freq
浏览 1提问于2015-05-27得票数 6
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