当我们自定义的 npm 包需要在测试阶段根据环境动态设置一些参数时就显得有些麻烦了。如果能在 npm install 时传递一些参数来提供内部 npm 包读取就会变的比较方便。...本文介绍如何通过 npm install 增加的命令行参数和 .npmrc 来动态配置自定义 npm 包的行为。...接管 npm install 流程 当外部项目引入我们的自定义 npm 包时，必须要执行的就是 npm install your_package_name 来安装你的包。...如果我们需要在 npm install 时执行一些自定义命令，可以修改 package.json 增加 install 指令来增加一些自定义指令。...=https://download.com/file.zip 当我们在 npm install 后面增加了一个 --download-url 参数时，此参数会将参数和值设置到进程的环境变量中，logger.info
另外，大猫最近收到很多同学给公众号后台的留言，大猫也在考虑专门出一期FAQ来集中回答大家的问题，所以，如果大家有什么问题，可以给大猫留言哦。...当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的 ” 其实，大猫写这段的目的不是比较两种语言的support孰优孰劣，而是告诉大家在选择语言的时候，一定要选择well supported...对于R而言，就是那些vignette了，一般使用广泛的R包都拥有不止一篇的vignette，甚至还拥有自己的网站。...所以当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的，这至少说明这个包还拥有旺盛的生命力，许多人在用他。...会暂告一段落，大猫会继续向小伙伴们介绍data.table的使用技巧，不出意外的话应该是讲如何在data.table中进行分组回归，这是一个非常常用并且小伙伴们在公众号后台中多次提到的需求，敬请期待哦。
，没有谁可以记住所有的包、所有的函数、一个复杂函数所有的参数说明。...比如，如果我们想要得到grDevices包的帮助文档，可以使用： > library(help="grDevices") 有些函数（尤其是Bioconductor中的函数）会包含至少一个指南文档（vignette...比如，查看affy包的指南文档： > vignette("affy") 想要查看已加载的所有包中的指南文档，可以使用下面命令： > vignette(all=FALSE) 想要查看已安装的所有包的指南文档...，使用： > vignette(all=TRUE) 最后介绍一下在实战中如何去搜索和学习一个 R 包： 打开浏览器，使用你自己最喜欢的搜索引擎 使用 CRAN 包名（优先）或Bioconductor...包名 的方式搜索一个包，如CRAN UCSCXenaTools，一般会看到类似下图的信息： ?
开箱即用，帮助开发者使用更少的代码快速构建出更精美的 Wear OS 应用。...△ Wear OS 中不同的应用界面 Wear OS 拥有 多种界面，在打造完备的 Wear OS 应用体验时，需要您全部考虑: 叠加层 (Overlay) 与移动应用的主界面类似，之前由 Activity...Scaffold 设计 △ Scaffold 设计层级 在进行 Scaffold 的设计时，请参考上图中的层级顺序进行考虑，首先要做的是对 App 进行设置，其次是设置 MaterialTheme 来自定义一些应用的外观和风格...而在滚动时，可以通过检查滚动状态，通过隐藏时间显示来为屏幕留出更多的空间，还可以根据状态来关闭或打开 vignette 效果。...另外，所有 Compose 构建方面的知识都可以直接应用于 Wear Compose 中，用移动端的开发经验助您快速构建精美的 Wear 界面。
包 library(mypackage) 查看启动 R 时自动载入的包 getOption("defaultPackages") 查看 'mypackage' 的帮助信息 help(package =...'mypackage') 查看函数的参数 args(function) 自动运行该函数帮助文档中的例子 example(function) 展示一些包中 demostration demo("package...") 有的包，特别是 bioconductor 的包有 vignette，用函数查看 vignette('mypackage') 查看 vignette openVignette('mypackage'...# 该命令在包使用函数冲突，检验函数依赖时比较有用。...','Version','LibPath')]参数，则显示所有信息。
但是如果任务比较复杂，代码量比较大，则应该将代码写在 R 脚本中，保存脚本时，通常以.R结尾。...rm(list = ls())命令会删除当前工作空间中的所有对象。 退出 R 时，如果选择保存工作空间，R 将会在工作空间所有文件夹中创建两个新文件。...R 包有 3 种类型： 基础包，在 R 启动时就自动调入内存，可以直接使用； 推荐包，这些包已经随 R 安装好，但需要使用 library()或 require()函数调入内存后才能使用； 其他第三方包...mode=“function”) 列出名称中含有foo的所有可用函数 data() 列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集 vignette() 列出当前已安装包中所有可用的vignette文档 vignette...(“foo”) 为主题foo显示指定的vignette文档
数据类型 可以为个体基因型数据，或者GWAS summary数据 目的 此处提出四个假设，也就是最后得到结果时，需要的读懂的五个参数，PP0=无关联，PP1=与1性状有关，与2无关，PP2=与2性状有关与...接下来介绍一下这个分析的主要工具，一个叫做coloc的R包，目前国内应该还没有这个包的任何推文。其实这个包很早就写出来，但是那时候WGCNA,eQTL以及MR国内国外都不火，所以也就石沉大海了。...作者考虑了这样一种情况，在两个不相关的个体的不同数据集中测量了两种特征。假设样本来自同一种族，即等位基因频率和连锁不平衡(LD)模式在两个群体中是相同的。...虽然该方法完全适用于病例对照结果，但我们在初始描述中考虑了两个定量特征。...，个人认为，是作者放错了网址，如果需要vignette，使用这个地址https://cloud.r-project.org/web/packages/coloc/vignettes/vignette.html
直接上效果图 image.png Tableone包 之前介绍过一期利用 Tableone包实现三线表，最终的展现效果很好。但是有些功能不好实现。譬如OR与RR值的展示。...具体操作见：R:绘制临床三线表 -https://www.jianshu.com/p/bfb038bd55cd compareGroups包 同样是实现数据的汇总描述，compareGroups包有以下有点...可支持多种数据导入，如haven、readxl、readr等，也接受Tibble类型数据集。 内置descrTable的新函数，只需一步就可以构建描述性表。...支持R-markdown文档，支持HTML的分层表。 内置strataTable的新功能，可以按层(变量的值或级别)构建描述性表。 日期变量被视为连续非正态，执行中位数、四分位数和非参数检验。...在compareGroups和descrTable中添加新的参数var.equal。这允许在比较两组以上的比较。
有的时候，包怎么都无法安装，可能是因为受制于网络，如github；也可能是某些玄学问题，只好将R 的源文件下载下来，自行本地安装。...三部曲，比较麻烦：比如要配置下面这么多参数。...facets-master.zip’时退出狀態的值不是0 接着尝试把文件解压缩，还是报错： > install.packages("facets-master", repos=NULL, type="...facets-master’时退出狀態的值不是0 这也太可怕了吧！...年就开始使用的编程语言。
RCTD 有三种模式： doublet mode：它为每个Spot分配1-2种细胞类型，推荐用于高空间分辨率的技术，如Slide-seq和MERFISH full mode：它为每个Spot分配任意数量的细胞类型...，推荐用于空间分辨率较低的技术，如100微米分辨率的Visium multi mode：doublet mode的扩展，可以在每个点上发现两种以上的细胞类型，作为full mode的替代选项 每种模态都有一个对应的教程...reference使用RCTD包中Reference函数，这个函数需要三个参数： counts：为矩阵或dgCmatrix对象。行名是基因，列名代表barcode/细胞名。...SpatialRNA函数需要三个参数： coords：数据框或者矩阵对象，为空间像素坐标，行名为每个像素的barcode，列为x和y counts：矩阵或者dgCmatrix对象，行名是基因，列名是每个像素的...以下为几个有用的参数： max_cores：对于并行处理，使用的线程数 gene_cutoff, fc_cutoff, gene_cutoff_reg, fc_cutoff_reg：差异表达基因筛选阈值
加载包 开始出加载，加载必要包时，使用library，而不是require，因为缺包时library会报错，包名应该用引号包起来。 注释 太多注释降低效率，确保注释有具体含义，避免无意义注释。...尽量避免以来别的参数的参数，会使非常难以理解。典型情况是设置变量的缺省值NULL，并使用is.null()检查它的值，而不是使用missing()，只要可能，避免使用已有函数的名字。...pull request是Github的一种机制，可以添加你的代码到已有项目中，PR为别人提供了在合并之前逐行注释代码的机会。 代码审查 考虑以下几个问题： 1、代码正确吗？具有合理的文档？...如果某包缺少简介，可以尝试自己编写一个。 # 创建简介 # 首先下载源码 devtools::use_vignette() # 没找到这个函数呢？...根据小洁的博文，应该是过时了 附上替代参考：写R包的长篇使用文档vignette - 简书 (jianshu.com) # 浏览某包简介，浏览器自动打开网页，和vignette(package = "
这里汇总的信息和视频解读推荐每个想要进阶和学习 R 包开发的读者看一看，是我两年开发经验的一个总结。...R 包的开发目前是前所未有的简单，但大部分 R 用户不了解，无从下手，希望这篇文章可以为大家减少一些拦路虎（下方有二维码可以直达视频）。...内容： 开发工具 RStudio usethis (devtools may be helpful) - usethis 是目前的开发核心包，里面有特别多的工具函数，自己开发时多看一看、试一试效果。...总结一下要点： 掌握 R 包结构 掌握 usethis 、devtools包 编写简约有效的函数代码 处理好 devtools::check() 显示的 NOTE/WARNING/ERROR 逐步学习写示例...、测试、说明书甚至网站 实战：提出想法、构建 R 包、不断优化!
结果提示虽然吸烟者肺细胞中的突变频率更高，但是当吸烟量累积到一定量时，DNA突变率增加趋于平稳，这使重度吸烟者的突变频率与轻度吸烟者没有显著差异，限制了肺部细胞的突变积累，从而降低肺癌风险。...-01035-w 博文资讯 5、 How to precompute package vignettes or pkgdown articles[5] 截至今年早些时候，我们针对所有rOpenSci包都会自动构建二进制和...pkgdown文件，我们遇到的问题是一些含有vignette的包都需要一些特殊的工具/数据，而这些在通常在服务器上不可用。...这个博客将说明如何在你的包中包装这样的vignette和文章。...、用户管理、谷歌分析等功能，而且支持高度自定义。
前言：Core Image是一个强大的框架，可让您轻松地将过滤器应用于图像。您可以获得各种各样的效果，如修改活力，色调或曝光。...输出CIImage对象时，您将始终需要一个。 3、创建一个CIFilter。创建过滤器时，您可以配置依赖于您使用的过滤器的许多属性。 4、获取过滤器输出。...该CIContext(options:)构造采用指定的选项一个NSDictionary如色彩格式，或上下文是否应在CPU或GPU上运行。对于这个应用程序，默认值是好的，所以你传递为nil为该参数。...构建和运行，并确保它像以前一样工作。 在这个例子中，自己处理CIContext的创建并没有太多的区别。但在下一节中，您将看到为什么这对于性能很重要，因为您实现了动态修改过滤器的功能！...2、设置一个过滤器，创建一个如下所示的随机噪声模式： ? CIRandomGenerator 它不需要任何参数。
引言 本文[1]介绍了如何在Seurat软件中将查询数据集与经过注释的参考数据集进行匹配。...同时，您还需要安装SeuratDisk包。...在计算过程中，我们设置参数return.model为TRUE，这样就可以将待查询的数据集映射到这个UMAP可视化空间中。...尽管我们也可以计算并应用传统的PCA投影，但在处理通过WNN分析构建的多模态参考数据时，我们更推荐使用监督式PCA（sPCA）。...这些待查询的数据集来源于人类细胞图谱（Human Cell Atlas，HCA）的免疫细胞图谱中的骨髓数据集，可以通过SeuratData包访问。
将包括以下常见于空间数据分析的任务： 数据标准化 降维和数据聚类 发现空间变异性特征 与单细胞RNA测序数据的整合 处理多个样本切片 首先，将加载Seurat及其所需的其他包以进行本教程的操作。...该函数能够读取spaceranger流程的输出结果，并生成一个包含点级表达数据和相应组织切片图像的Seurat对象。 此外，您还可以通过SeuratData包轻松获取数据，如下面的示例所示。...例如，组织中神经元较少的区域（如大脑皮层的白质部分），通常会显示出较低的分子计数。...因此，一些常规方法（如LogNormalize()函数），它们要求每个数据点在标准化后具有相同的“基数”，可能会引起问题。...不过，您可以通过调整一些参数来改变点的尺寸（和透明度），从而提升组织学图像的可视性： pt.size.factor 参数用于调整点的尺寸大小，其默认值为1.6。
简介 上一期我们讲解了如何使用谢益辉写的xaringan包[1]制作幻灯片，推文在这：R沟通｜用xaringan包制作幻灯片。但是最后留了一个小尾巴，如果你不喜欢最原始版本的主题的话。...使用教程 gadenbuie写了一个叫做xaringanthemer[3]的包，可以更改写轮眼的主题，使用起来也非常方便，接下来看教程。...建立在showtext[5]包的基础上，旨在与Google字体无缝协作。 还提供了颜色和填充比例，用于根据幻灯片中使用的原色匹配顺序的颜色比例。有关更多详细信息，请参见？...更多细节和示例可以在vignette(“ggplot2-themes”)中找到。...我在这没有做过多的解释，大家自行学习哦！ 如果想自定义主题也可以看这篇教程[7]哦！ 在Rmarkdown中你也可以加入表情哦！
：确定clusters是否与UMI、基因、细胞周期、线粒体含量、样本等不平衡 使用已知的细胞类型特异性基因标记搜索预期的细胞类型 Set-up 为了执行此分析，我们将主要使用Seurat软件包中提供的功能...参数来指定 regress 线粒体表达。...如果数据集具有较大的细胞编号，则使用variable.feature ures.n参数，将此参数调整得更高可能是有益的。 注意，输出的最后一行指定“将默认分析设置为SCT”。...最具可变性的特征将是SCT分析中存储的唯一基因。在进行scRNA-seq分析时，我们将选择最合适的分析方法用于分析的不同步骤。...注意：Seurat有一个关于如何在没有集成的情况下运行工作流程的vignette。该工作流与此工作流非常相似，但是样本在开始时不一定要拆分，也不一定要执行整合。
简介 上一期已经对使用 latex 模板构建 cv 做了较为详细的说明：R沟通｜使用latex模板构建个人履历。...使用教程 创建履历表/简历 这里我们以 prettydoc 包为例子，先构建一个 project [File - New project- New Directory - New Project] 放到对应的位置...注意：如果你没有安装 prettydoc 包，你得提前先安装好，直接使用 install.packages("prettydoc") 即可。我这里的 project 叫做 resume。...: github vignette: > %\VignetteIndexEntry{Vignette Title} %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown} %\...上传文件 注意：我们要将本地的 zll.html 名称重命名为 index.html，这样生成网上界面时才会被识别到。
直接下载安装包，本地安装。在遇到问题的时候，假装这是你写的R包。...文件和一个spatial文件夹就可以了，一如如?...作为一种替代方法，我们推荐使用sctransform (Hafemeister和Satija，已出版)，它构建了基因表达的正则化负二项模型，以便在保留生物差异的同时考虑技术因素。.../seurat/sctransform_vignette.html)的Seurat教程。...通过设置label参数，可以在每个集群的中间位置放置一个彩色框(参见上面的图)以及do.hover。SpatialDimPlot的悬停参数允许交互式查看当前的spot标识。
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