如何在类似热图的样式中在ggplot2中的地图上绘制样方数
首先，了解 ggplot2 是一个强大的图形库，用于 R 语言的数据可视化。ggplot2 可以将复杂的数据可视化图形抽象为简单的图层组合，因此可以轻松地创建各种图形。
要在 ggplot2 中使用地图作为背景并在热图样式中绘制样方数，可以采用以下步骤：
- 准备数据：将数据分为行和列，其中行表示样方位置，列表示样方中的观测值。
- 创建地图图形：使用 ggplot2 中的
ggmap函数创建地图图形，并自定义地图的样式、颜色、线条等。 - 绘制热图：使用
geom_tile函数绘制热图，并使用scale_fill_gradient2函数设置热图的颜色渐变。 - 添加坐标轴和标签：使用
coord_map函数将坐标轴设置为经纬度，并使用labs函数添加坐标轴和标签。 - 布局和显示图形：使用
theme_bw函数设置图形的布局和样式，并使用gridExtra函数将图形转换为网格图形，以便在打印或导出时更容易查看。
以下是一个示例代码，该示例代码使用地图作为背景，并在热图样式中绘制样方数：
# load libraries
library(ggplot2)
library(ggmap)
library(gridExtra)
# create sample data
df <- data.frame(lon=c(-80.18, -95.96, -74.05, -71.05, -74.00),
lat=c(25.77, 36.56, 42.36, 47.60, 29.44),
count=c(30, 10, 20, 15, 25))
# create map
map <- get_map(location = c(lon = mean(df$lon), lat = mean(df$lat)),
zoom = 10,
maptype = "roadmap",
source = "google",
color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(n = 3))
# create heatmap
ggmap(map) +
geom_tile(data = df, aes(x = lon, y = lat, fill = count), color = "white") +
scale_fill_gradient2(low = "blue", high = "red", space = "Lab", guide = "colorbar") +
labs(title = paste0("Heatmap of sample data")) +
coord_map() +
theme_bw() +
theme(panel.border = element_blank(), panel.grid = element_blank(),
axis.text.x = element_text(size = 12), axis.text.y = element_text(size = 12),
axis.title.x = element_blank(), axis.title.y = element_blank())在这个示例中，我们创建了一个地图，并在地图上绘制了热图。我们使用 get_map 函数创建了一个地图，并使用 colorRampPalette 函数创建了一个平滑的颜色渐变。然后，我们使用 geom_tile 函数绘制热图，并使用 scale_fill_gradient2 函数设置热图的颜色渐变。最后，我们使用 labs 函数添加坐标轴和标签，并使用 theme_bw 函数设置图形的布局和样式。
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我正在绘制用ggplot2制作的热图上的点。delta是一个数据帧，包含要在热图上绘制的点。变量plt存储ggplot映像。
热图是由此链接中的代码生成的(由于文本限制，无法在此发布)。此外，所有所需数据帧的可再现代码都在链接中。
现在，为了在热图上叠加点，我使用了下面的代码：
plt0 <- plt + geom_point(data = delta, aes(x = dP/100, y = dT, z = NULL, color = rcp, shape = future))
plt0
它会产生错误：
错误:提供给离散尺度的连续值。
如果我从上面的代码中删除color =
浏览 0提问于2018-07-31得票数 1
2回答
我见过在不同的R图形系统中制作的热图，包括像这样的网格和基图：
我倾向于使用ggplot2，并且希望能够制作一个热图，并绘制相应的单元格值。下面是热图和一个使用geom_text的尝试
library(reshape2, ggplot2)
dat <- matrix(rnorm(100, 3, 1), ncol=10)
names(dat) <- paste("X", 1:10)
dat2 <- melt(dat, id.var = "X1")
p1 <- ggplot(dat2, aes(as.factor(Var1), Va
浏览 4提问于2013-01-12得票数 49
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1回答
我用我的基因表达(TPM) csv数据在R中生成热图。这是我用过的密码。
> library(ggplot2)
> library(tidyverse)
> exp.data<-read.csv(file="C:/R/Bulk-seq_DEG.csv")
> head(exp.data)
> rownames(exp.data) <- exp.data$Gene_Symbol
> exp.data_matrix <- as.matrix(exp.data[2:4])
> head(exp.data_matrix)
&g
浏览 2提问于2021-09-17得票数 0
如何用ggplot2绘制单个单元格中多个类别的热图？使用此代码可以完成分类变量的热图绘制。
#data
datf <- data.frame(indv=factor(paste("ID", 1:20),
levels =rev(paste("ID", 1:20))), matrix(sample(LETTERS[1:7], 400, T), ncol = 20))
library(ggplot2);
library(reshape2)
# converting data to long form for ggplot2 use
datf
浏览 1提问于2014-04-01得票数 2
2回答
我目前有一个带有分类轴的Plotly热图。
热图将图中的个体与自身进行对比，每对个体都有一个整数值(z值，这是热图上绘制的值)分配给这对个体(这是衡量这对个体的公平程度的一个指标)。现在，热图上的颜色是自动分配的。
不幸的是，我不太清楚如何为这样的热图指定配色方案。是否可以指定用于每个z值的颜色？例如，我可以设置1=蓝色，2=红色，3=绿色，等等吗？
浏览 8提问于2017-07-01得票数 2
我用ggplot2绘制了一个热图。这一切都很好的期待，有一个“未知”出现在传奇，即5 a 5 (见下图)。
有人能解释一下这是什么吗？我怎么才能摆脱它？
为什么是5？为什么是a？(我的热图上有5个NAs？)
以下是代码：
hm <- ggplot(data=molten, aes(x=factor(Var2, levels=month.abb), y=Var1, fill=value)) + geom_tile()
hm <- hm + scale_fill_gradient2(low=LtoM(100), mid=Mid, high=MtoH(100))
hm <- hm
浏览 2提问于2013-11-02得票数 1
我想知道attn_output_weight的矩阵是否能显示输入序列中每个字对之间的关系。在我的项目中，我根据这个输出绘制了热图，它显示如下：
然而，从这张热图上我几乎看不到任何信息。我指的是其他人的工作，他们的热图是这样的。至少矩阵的对角线应该有深浅的颜色。
那么，我想知道我绘制热图的方法是否正确(即直接使用attn_output_weight的输出)，如果这不是正确的方法，请告诉我如何绘制热图。
浏览 2提问于2021-04-27得票数 3
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2回答
线密度热图(R)
、、、
问题描述
我有几千行(大约4000行)我想要情节。然而，使用geom_line()绘制所有的线条是不可行的，而仅仅使用alpha=0.1来说明哪里有高密度的线条，哪里没有。我偶然发现了，尤其是答案的第二部分看起来非常好，但是如果ggplot2中可以实现类似的东西，我现在就不会了。因此，如下所示：
示例数据集
用一个显示模式的集合来演示这一点会更有意义，但现在我只生成了随机的窦性曲线：
set.seed(1)
gen.dat <- function(key) {
c <- sample(seq(0.1,1, by = 0.1), 1)
time <- se
浏览 4提问于2020-03-17得票数 9
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我正试图在ggplot2中将数据绘制成一个热图。我知道，通常您必须让x、y和z协调起来，将x与y相提并论，然后由z来着色。我已经找到了大量的热图例子，但它们都已经有了z矢量。
我不明白如何从data.frame中的两列生成一个可用的z向量。在我的例子中，每一行代表来自一个人的数据，而每一列都是一个尺度上的分数(或其他什么)。示例：
library(ggplot2)
d <- data.frame(x = sample(20, 500, prob=c(1:10, 10:1), replace = TRUE),
y = sample(20, 500, pro
浏览 5提问于2015-12-02得票数 0
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1回答
带地图背景的离线热图
、、、
我正在试图找出我们是否可以有背景集(作为2D地图)的热图？读取文件中的数据并绘制热图(这很简单)，但是在离线模式下，我们可以将热图强加到真实的地图上吗？
任何有用的建议都很感激。
浏览 3提问于2015-05-11得票数 1
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有什么方法可以在正方形上拟合x和y的不均匀长度的数据集来创建一个连续的热图？
数据集有10行(y轴)和1000列(x轴)的数据集。我的意图是绘制一个连续的热图，这个热图应该是一个使用ggplot2的正方形。
下面是一个例子：
df<- data.frame(matrix(runif(10000,1,100), nrow=10))
非常感谢。
浏览 3提问于2016-06-09得票数 0
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我正在尝试在谷歌地图上创建一个热图，绘制某些动物的活动。到目前为止，我已经创建了一个热图，它完全按照我想要的方式运行。我现在要做的就是把热图图层限制在陆地上，因为动物在水中不活跃。本质上，我想做的是在热图图层上创建一个海岸形状的蒙版。这个是可能的吗？我曾想过在地图上做一个图像叠加，但这似乎有点老生常谈。我使用的是Google Maps api的v3。任何对正确方向的推动都将受到极大的赞赏。
浏览 4提问于2016-09-22得票数 0
2回答
R中位置的热图
、、、、
我正在尝试绘制一个国家的热图，其中一些点是事件发生的概率。到目前为止我所做的是下一步： library(raster)
library(ggplot2)
Uruguay <- getData("GADM",country="Uruguay",level=0)
ggplot(Uruguay,aes(x=long,y=lat,group=group)) +
ggplot2::lims(x = c(-60, -50), y = c(-35, -30))+
geom_polygon(aes(x = long, y = lat, group = gro
浏览 39提问于2021-03-24得票数 0
在Matplotlib中绘制多个热图时，我遇到了一个问题(Python3.6.0，以防有问题)。
我有一个函数，它绘制一些数据的热图，每个热图在一个单独的图中。当我对不同的数据数组运行这个函数时，热图都在各自的图形中绘制得很好，但由于某种原因，它们的所有颜色条都显示在最近绘制的热图的图形上，如下面链接的图像所示。
热图虫
注意，当我尝试在没有函数的情况下手动绘制热图时，此行为仍然存在。还要注意的是，颜色条并不是简单地显示在最近绘制的图形上，而是仅显示在包含热映射的最近绘制的图形上。例如，如果我稍后绘制一个线条图，则颜色条不会显示在此线条图上，而只显示在最后一个热图上。
下面是一个最低
浏览 1提问于2018-01-11得票数 0
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我想并排绘制几个热图，并加上注释。
为此，我使用子图，我可以用ax绘制其轴中的每个热图。
问题是当我使用xlim :它被应用于heatmap，而不是注释：
以下是代码：
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
values = np.random.random((7,24)) # create (7,24) shape array
fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(1, 2, figsize=(30,10)) # create 2 columns
浏览 5提问于2020-11-16得票数 1
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1回答
高图热图
、、
我们如何使用高图表生成热图？-我所能做的就是在地图上绘制它们。()
我需要类似于此()的热图，但是提供给我的数据是以lat/long格式格式提供的。
但我没有看到任何与此相关的例子。
有什么想法吗？谢谢
浏览 3提问于2016-12-15得票数 0
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2回答
XY散点图，热图条带在r中的边缘
、、、、
这里有数据和假设：
set.seed(1234)
myd <- data.frame (X = rnorm (100), Y = rnorm (100, 10, 3))
只是对X和Y进行分类，有时这可能是与X和Y不同的变量，并且是类别本身
myd$xcat <- cut (myd$X, 10)
myd$ycat <- cut (myd$Y, 10)
我想要像下面这样绘制一个很好的图，其中猫是以热图图的带状形式绘制的
require(ggplot2)
ggplot(myd, aes(x=X, y=Y)) + geom_point(shape=1) + theme_
浏览 0提问于2013-04-17得票数 3
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1回答
我有我在网站地图上收集的样本的xyz坐标。我想在网站地图上绘制样本的热图，用于可视化目的。谁能告诉我R中的哪个(S)包可以帮助我做到这一点？
浏览 0提问于2017-04-17得票数 0
我试图用geom_hex制作一些数据的六边形热图，但是显示的图是空的，如下所示：
我很确定错误不是来自我的代码，因为当使用类似的代码来绘制一个正方形热图时，这个图会被正确地显示出来。有没有人知道这是从哪里来的，或者有什么方法可以理解ggplot2在这种情况下正在做什么呢？
这是我的代码，这是数据的。
cab <- read.csv("yellow_tripdata_2018-06.csv")
cab <- cab[sample(nrow(cab), 10000), ]
library(ggplot2)
taxic <- ggplot(cab, aes(x=ti
浏览 0提问于2018-10-06得票数 2
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利用MeshLab中的滤波采样->Hausdorff距离，计算了网格与目标网格之间的距离。
如何保存点到点的距离，并在热图或直方图上绘制它？
浏览 5提问于2019-09-30得票数 4
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我可以用ggplot2绘制热图。例如 library(tidyverse)
gg <- ggplot(mtcars) + geom_density_2d_filled(aes(x = mpg, y = disp)) +
theme(legend.position = "none") 是否可以从ggplot object获取有关热图轮廓的信息？我需要像在MASS::kde2d输出或其他形式的x，y和z。
浏览 6提问于2021-08-09得票数 1
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我需要创建3位数的邮政编码边界热图。我有3位数的邮政编码和计数数据，像这样
zip <- c(790, 791, 792, 793)
count <- c(0, 100, 20, 30)
TX <- data.frame(zip, count)
另外，我还画了TX地图。
library(ggplot2)
library(ggmap)
library(maps)
library(mapdata)
states <- map_data("state")
texas<- subset(states, region =="texas")
浏览 1提问于2017-12-02得票数 6
我有一些数据，我已经能够用不均匀像素大小的热图( )来绘制。我现在想知道，在给定的值下，插值热图和绘制等高线图的最佳方法是什么。本质上，想象一下，如果我想在链接问题中生成的图上画一条光滑的曲线，对应于0.5的值。这样做的一种方法是将数据拟合成三维样条。热图中的每个像素也有一个误差估计。如果我能利用这些信息绘制等高线图，那也是很棒的。
浏览 13提问于2022-09-19得票数 0
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2回答
我试图在双轴图上绘制一个线图和一个热图。我得到的是：
正如您所看到的，由于热图的存在，线图与xticks没有对齐，而热图是xticks的中心。我如何将线条图向右移动0.5，使直线图上的数据点与xticks正确对应？
下面是我的代码：
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
import numpy as np
data1 = np.random.random((10, 10))
data2 = np.random.random((10))
f, ax = plt.subplots(figsize=(11, 9))
浏览 1提问于2018-10-12得票数 3
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2回答
在背景图片上绘制海上热图
、、、
我正在通过Jupyter中的seaborn创建一个热图，以显示选择某个坐标点的人数。我现在有一个用以下代码创建的热图
cm = metrics.confusion_matrix(yVals, xVals)
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10,10))
sns.heatmap(cm, annot=True, fmt="0.3f", linewidth=0.5, cbar=False,
cmap="Reds", square=True, ax=ax)
plt.show()
我的问题是，如何在背景图像上绘制
浏览 4提问于2018-04-30得票数 12
1回答
我正在开发Censiumjs，这是一个javascript地图库。我想从json数据制作一个热图，并将其渲染到地图上。
目前我的想法是使用heatmap javascript插件在隐藏的画布上绘制热图，然后将画布保存为图像文件，最后在地图上渲染图像。
然而，我发现我不能在隐藏的画布上绘画。所以我想知道如何在地下绘制图像并在加载地图时保存它？
谢谢你的帮忙!
浏览 3提问于2014-10-17得票数 0
1回答
在烛台图上绘制热图
、、、
我正试着在一张烛台图上画一个热图(画布或svg)，这样我就可以看到那个特定蜡烛的体积或订单大小(类似于tensorcharts和bookmap所做的事情)。现在，我正在考虑使用现有的库，如react-highstock，echarts，plotly，anycharts，但在现有图表上找不到任何使用热图的示例。 我还尝试在烛台图的顶部手动绘制画布，但不确定如何确定应该绘制热图的点的X、Y坐标。已经在github repos，google和这里搜索过了。我正在寻找通过文档支持这一点的示例或库。谢谢!
浏览 13提问于2019-01-11得票数 1
1回答
我正在尝试从csv值创建一个网格热图(具有行、列和计数)，然后将热图覆盖到地图上(google-maps或任何静态地图图像也可以)。该网格是一个2d网格的纬度和longitudes.Any帮助将不胜感激。
我已经看过这个示例，并且对如何绘制热图有了一个想法。
我正在尝试创建类似这样的东西：，但是没有GeoJSON值。
浏览 1提问于2013-05-31得票数 1
1回答
是否可以将像这样的OSMdroid地图热图图层作为图层显示到自定义的Google Mapview上？
或者有没有一种简单的方法可以直接绘制热图-geopoints {lat，lon，weight-value}，..作为地图上的图层？
浏览 4提问于2012-11-13得票数 2
1回答
如何在生成的热图上显示图像？
、、、、
按照这篇文章的说明，我正在尝试使用heatmap.js创建一个热图：
我的所有代码都与该示例中的代码相同。只是一个简单的生成的热图与背景图像添加在CSS中。请看这篇文章的截图：
但我想在热图上显示一个图像，所以是前景图像而不是背景图像。
我已经尝试使用情节，但不幸的是，这是打算在ESP-32上运行，有尖峰，所以我非常有限的空间和处理能力。即使在我使用部分包将文件大小缩小到足够小之后，网页仍然无法加载。如果可能的话，我真的更喜欢使用heatmap.js，因为它占用的空间要小得多。
为了进一步解释我要做的事情，我想把这个半透明的图像放在生成的热图上：
因此，最终的期望结果将如下所示
浏览 21提问于2021-05-26得票数 0
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类似的问题也被问到了和。然而，他们并没有完全解决我的问题。
我在试着绘制一个热图。但是我想在热图的每一块瓷砖上放一个png。到目前为止，这是我的代码：
library(ggplot2)
library(png)
library(grid)
# get png
img <- readPNG(system.file("img", "Rlogo.png", package="png"))
g <- rasterGrob(img, interpolate=TRUE)
# create heatmap
x <- LETTERS[1:5
浏览 1提问于2022-03-03得票数 0
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填充ggplot2问题中的热图
、、、、
我正试着用ggplot2制作一个热图。我想要绘制的是一个矩阵的形式，它是函数的结果。
以下是数据：
Image A B C D E F
1 3 23 45 23 45 90
2 4 34 34 34 34 89
3 34 33 24 89 23 67
4 3 45 234 90 12 78
5 78 89 34 23 12 56
6 56 90 56 67 34 45
以下是功能：
vector_a <- names(mas
浏览 0提问于2018-07-27得票数 0
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1回答
我在jupyter notebook中使用plotly来分析数据。我有一个热图图，并想在地图上投影一些数据作为饼状图。所以基本上，在hitmap上的每个颜色单元中，我想像下面的例子一样绘制拼图。 ? 有什么办法可以做到吗？例如，类似于add_trace函数的东西
浏览 29提问于2021-01-22得票数 0
square属性在sns.heatmap中以奇怪的方式工作。当我用随机数绘制一个热图并使用正方形属性时，它工作得很好。
当我用矩阵绘制热图时，它会正确地创建热图。
然而，当我使用正方形属性时，地块就变成了一个小方块。
我不知道这里出了什么问题。
浏览 3提问于2022-01-01得票数 2
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我在python中有两个数据帧。
data_A
Name X Y
A 1 0
B 1 1
C 0 0
data_B
Name X Y
A 0 1
B 1 1
C 0 1
我想把这些热图重叠起来，如果它是data_frame A中的1，那么瓷砖是彩色的紫色(或任何颜色)，但是如果它在data_frame B中是1，那么就画一个圆圈(最好是第一个)。
例如，热图将显示A，X颜色的紫色，但在两个数据帧中有1的则是带点的紫色。C，Y只会有一个点，而C，X则什么都没有。
我可以用海掩蔽，用不同的颜色绘制两个热图，但是颜色差异不够清楚，
浏览 0提问于2018-03-08得票数 1
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我有一个包含127个变量的数据集：
cols <- c("Important", paste("var", 1:126, sep = ""))
我有一个cormat物体是这样制作的：
cormat <- round(cor(data), 3)
我还有一个27英寸的1440显示器(如果这很重要的话)。
library(ggcorrplot)
ggcorrplot(cormat, lab = TRUE,
outline.col = "white", ggtheme = ggplot2::theme_gray)
浏览 0提问于2019-09-17得票数 0
1回答
用Python绘制HeatMap
、、、、
我正在研究一个目标检测的本地化问题。我得到了不同视频帧中矩形盒的坐标。所以我的numpy数组是这样的--
[403 172 614 326
345 153 652 383
345 172 537 326
..。
134 115 326 307
153 57 403 307
191 19 479 230]
这里每个列中的4个值是x1、y1、x2、y2，它们基本上是矩形框的坐标，定义为--
__________________(x2,y2)
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_(
浏览 1提问于2019-06-27得票数 2
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1回答
我遇到了一个小问题，使用matplotlib和海运的热图，我不知道问题是什么。
我希望在热图上显示数据，以及每行值的总和；但是，我不能将其添加到初始数据的右侧，因为它们的值比其他数据高/低得多，并且使热图不可读。
为此，我想在第一个热图的右边绘制第二个热图，只显示每一行的和。
我做了以下工作：
fig,(ax1,ax2) = plt.subplots(1,2)
ax1=sns.heatmap(np.transpose(res)[::-1], cmap="RdBu_r",center=0,annot=True,fmt=".1f",xticklabels=week
浏览 1提问于2017-12-29得票数 0
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1回答
如何从R中305列865行的矩阵中绘制热图。
我为矩阵编写的代码是
nba <- read.csv("mydata.csv", sep=",")
row.names(nba) <- nba[,1]
nba <- nba[,2:865]
nba_matrix <- data.matrix(nba)
nba_heatmap <- heatmap(nba_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = brewer.pal(9, "Blues"), scale="column", mar
浏览 3提问于2016-03-04得票数 1
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所以，正如标题中所说的，我想在我的热图中再添加一个可视层。
样本数据来自mpg。
library(tidyverse) # for dplyr and ggplot2
data <- mpg %>%
mutate(quantity = 1, isnew = ifelse(year == 2008, 1, 0)) %>%
group_by(drv, class) %>%
summarise(quantity = sum(quantity), isnew = round(sum(isnew) / quantity, 2))
两个类别:主
浏览 1提问于2017-12-15得票数 1
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3回答
我使用read.csv函数导入了9列数据，调用了对象myData，并使用以下对函数绘制了它。
pairs(myData[,c(1:9)],
lower.panel = panel.smooth,
diag.panel = NULL,
pch=1, cex= 1,
cex.labels = 1,
cex.axis = 1,
gap = 0.35,
font.labels = NULL,
col="Black")
我所希望的是将不同图形的人之间的相关性作为矩阵散点图上的热图，作为个人散点图的背景颜色。计算pearson相关性所需的函数如下
浏览 3提问于2016-10-13得票数 0
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1回答
Google :附加数据
、、、、
因此，我正在创建一个包含lat/longs的特定数据的热图。我很难弄清楚如何将数据附加到热图中，允许所有数据聚集在热图上。我正在使用setData()刷新我的热图层，但是，是否有其他方法可以让我获取热图中的数据并将新的数据附加到上面呢？
浏览 0提问于2014-06-30得票数 0
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所以我正在做一个关于降雨预测的机器学习项目。现在，我正致力于可视化我拥有的数据。因此，我有从1951年到2007年84个不同天气站点的每日降雨量数据。因此，现在给定一些特定的年份和月份，我想绘制不同站点该月份和年份的平均降雨量的热图。此外，此热图应绘制在地质图上。构建这样的地块的最佳方法是什么？如果有人能给我推荐一些已经存在的库，那就更好了。
浏览 1提问于2017-02-16得票数 0
1回答
热图叠加密度图
、、
我必须绘制一些基因表达值的热图。换句话说，热图的每一行代表10个基因的平均值，这样：
row1 -> mean_genes[1:10]，
row2 -> mean_genes[11:20]，
row3 -> mean_genes[21:30].
到现在为止，一切都很好，因为我知道函数热图。但是，在热图上，我必须逐行绘制一个基因的表达式值的分布：
row1 -> gene_expression[1]，
row2 -> gene_expression[11]，
row3 -> gene_expression[31].
以此
浏览 5提问于2013-11-14得票数 0
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2回答
使用保存在名为foo.txt的文件中的虚拟代码.
COG,station1,station2,station3,station4,station5
COG000Z,0.019393497,0.183122497,0.089911227,0.283250444,0.074110521
COG0002,0.044632051,0.019118032,0.034625785,0.069892277,0.034073709
COG0001,0.033066112,0,0,0,0
COG0004,0.115086472,0.098805295,0.148167492,0.040019101,0.0439
浏览 2提问于2010-11-13得票数 4
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R使用热图绘制kmeans聚类
、、、、
我想用kmeans聚类一个矩阵，并能够将其绘制为热图。这听起来很微不足道，我见过很多这样的情节。我试着用谷歌搜索一下，但找不到绕过它的方法。
我希望能够在这张图上画出像A或B这样的面板。假设我有一个250行5列的矩阵。我不想聚集列，只聚集行。
m = matrix(rnorm(25), 250, 5)
km = kmeans(m, 10)
那么我如何将这10个集群绘制为热图呢？你的评论和帮助是非常受欢迎的。
谢谢。
浏览 3提问于2011-02-23得票数 5
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我试图用一个包含几个因素的大数据集来创建热图。我想首先通过绘制所有值和所有因素的热图来查看鸟类的视野。然后，我想用各种因素来划分热图图，但是让ggplot2::geom_tile重新计算热量图，这样它就可以根据我所重采样的任何因素绘制相对丰度图。
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(dplyr)
#Test data
df <- data.frame(
Measurement = c(1:30),
CA = rep(rnorm(30, mean=20, sd=5)),
TX = rep(rnorm(30, mean=1
浏览 3提问于2017-10-01得票数 1
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我最近开始使用R来对我的数据进行聚类。我的目的是有一个热图与相关的树状图，并在热图上的聚类的方块识别。到目前为止，我尝试了来自hclust包的gplots，我可以用下面的代码在树状图上绘制矩形：
a <-read.table ("test.txt", header = TRUE)
b <- as.dist(a)
dend <- hclust(b, method = "complete")
plot(dend)
groups <- cutree(dend, k=3)
rect.hclust(dend, k=3, border = "
浏览 6提问于2015-01-20得票数 0
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我想使用ggplot绘制简单的热图
library(ggplot2)
my_df <- data.frame(var_1 = sample(c('a','b', 'c'), 1000, replace = TRUE),
var_2 = sample(c('foo', 'bar', 'foo_bar'), 1000, replace = TRUE),
var_3 = sample(c(1,0), 1000, rep
浏览 0提问于2017-08-16得票数 1
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我想用与热图相同的方式绘制一个列表xs数组。不同的是，结果必须投影到实际的ys轴上。 xs = [[0, 100.0, 0, 100.0, 0, 100.0, 0, 100.0], [0, 100.0, 0, 100.0, 0, 100.0, 0, 100.0], ...] ys = [0.00000e+00 0.00000e+00 4.90000e-02 -4.00000e-03 4.30000e-02 2.00000e-02 -8.00000e-03 -1.58000e-01 ...] xs列表的每个值都应该用不同颜色的正方形表示，这取决于它的值(例如，浅蓝色代表0，深蓝色代表1
浏览 14提问于2020-11-25得票数 0
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