年薪制的同时也希望让我们按时上下班，周末双休，取消夜班，至于米少就少吧。 今天是chord diagram教程，比较基础，希望大家有所收获吧。...2用到的包 rm(list = ls()) library(tidyverse) library(circlize) 3示例一 邻接矩阵绘制显chord diagram 3.1 示例数据 我们先创建一个邻接矩阵...邻接矩阵（adjacency matrix）是一种用于表示图形的矩阵，其中每个元素表示两个节点之间是否存在边。在邻接矩阵中，行和列分别表示图形中的节点，矩阵的元素表示相应节点之间是否存在边。...在无向图中，邻接矩阵是对称的，因为如果有一条从节点i到节点j的边，那么也一定有一条从节点j到节点i的边。在有向图中，邻接矩阵通常不是对称的。...(origin, destination) DT::datatable(data) ---- 4.2 转换为邻接矩阵 哈哈哈哈哈哈哈，接着我们也要转换成邻接矩阵。
通过本文的介绍，你将学习到如何在大型数据集中使用 datatable 包进行数据处理，特别在数据量特别大的时候你可以发现它可能比 Pandas 更加强大。...对象中，datatable 的基本分析单位是 Frame，这与Pandas DataFrame 或 SQL table 的概念是相同的：即数据以行和列的二维数组排列展示。...帧的基础属性 下面来介绍 datatable 中 frame 的一些基础属性，这与 Pandas 中 dataframe 的一些功能类似。...在 datatable 中，所有这些操作的主要工具是方括号，其灵感来自传统的矩阵索引，但它包含更多的功能。...诸如矩阵索引，C/C++，R，Pandas，Numpy 中都使用相同的 DT[i，j] 的数学表示法。下面来看看如何使用 datatable 来进行一些常见的数据处理工作。 ?
通过本文的介绍，你将学习到如何在大型数据集中使用 datatable 包进行数据处理，特别在数据量特别大的时候你可以发现它可能比 Pandas 更加强大。...Frame 对象中，datatable 的基本分析单位是 Frame，这与Pandas DataFrame 或 SQL table 的概念是相同的：即数据以行和列的二维数组排列展示。...帧的基础属性 下面来介绍 datatable 中 frame 的一些基础属性，这与 Pandas 中 dataframe 的一些功能类似。...在 datatable 中，所有这些操作的主要工具是方括号，其灵感来自传统的矩阵索引，但它包含更多的功能。...诸如矩阵索引，C/C++，R，Pandas，Numpy 中都使用相同的 DT[i，j] 的数学表示法。下面来看看如何使用 datatable 来进行一些常见的数据处理工作。 ?
带着这种自上而下，从细胞，到通路，再到基因（受配体对）的思维，我们能够更好的理解作者的分析思路和代码思维。...因此，围绕可视化，作者的思路是 细胞层面的可视化，如细胞间与细胞间互作可视化； 通路层面的可视化，如A细胞与B细胞互作主要通过哪些通路； 基因，也就是配受体对的可视化，如A细胞与B细胞互作主要通过哪些受配体对...（定义为vertex.receiver参数对应的细胞亚群），如c(1,2,3,4), 分别对应上图的"Naive CD4 T"， "Memory CD4 T"， "CD14+ Mono" 和"B" ；右边显示数据集中剩余的细胞亚群...,title.name = "Chord diagram 2: show cell type") image-20220816212942604 # Chord diagram 2 show L-R...为了将细胞亚群与其丰富的信号通路直接联系起来，我们将W和H中的元素设为零，如果它们小于1/R，其中R是潜在模式的数量。通过使用一个不那么严格的阈值，可以获得与每个细胞组相关的更丰富的信号通路。
数据准备： 如下所示，可以看到有多个样品，每个样品都有多个基因表达量，这个时候我们比较关心的是这些基因的表达量相关性（在多个样品），基因与基因之间有两两组合相关性： M: 很容易计算基因之间的相关性矩阵...（谁在列的位置就计算谁的相关性） #画基因之间的相关性，cor函数后面的矩阵exp[g,]要以基因为列名（转置一下） #画样本之间的相关性，cor函数后面的矩阵exp[g,]要以样本为列名（不要转置）...library(circlize) library(tidyr) library(tibble) library(ComplexHeatmap) mat = M df = mat %>% as.data.frame...transparency = 0.25#线条的透明度 ) 以下是小洁老师看到我的需求后发来的资料投喂: 弦图的边距问题： R circlize - 绘制边距和绘制区域-...circlize - 码客 (oomake.com) 弦图函数的书： Chapter 16 A complex example of Chord diagram | Circular Visualization
通过help(package="GOplot")查看帮助文档中的例子，这个例子中他准备了4数据 EC$david david的GO富集分析结果 EC$genelist 这个是R语言包limma做差异表达分析得到的结果...，其中的t和B是什么意思我还没有搞明白 EC$genes 这个数据包含两列，一列是感兴趣的基因名，一列是logFC的值 EC$process 自己感兴趣的GO term 例子中通过两个函数将这些数据整合到一起...image.png 最终的输入数据chord，使用class()函数查看数据类型，发现其是一个矩阵，实际数据内容是 > head(chord) heart development phosphorylation...最后一列是logFC的值。 明白了这个数据形式，那我们可以完全自己来构造数据了。 为了验证自己的想法，来吧chord这个数据改造一下，只取前两列加最后一列logFC值试一试。...chord_1chord[,c(1,2,8)] chord_1 GOChord(chord_1,gene.order = 'logFC') 但是我遇到了报错 Error in data.frame(
对于后者，CellChat 通过根据低维空间或伪时间轨迹空间中的细胞距离构建共享的邻近图自动对细胞进行分组。 加载数据 对于基因表达数据矩阵，要求基因为行名，细胞为列名。...NKT 创建CellChat 对象 用户可以从数据矩阵、Seurat 或 SingleCellExperiment对象创建新的 CellChat 对象。...在computeCommunProb中，我们提供了一个选项，用于使用其他方法，如5%和10%截断均值，来计算平均基因表达。...显示从某些细胞组到其他细胞组的所有重要相互作用（L-R对）。...netVisual_chord_gene 显示从某些细胞组到其他细胞组的所有相互作用（L-R对或信号通路）。
可以看到，id为1的用户，一天出行了一次（从大连路到书院，花了9块），id为4200000172的用户，这天出行了两次（张江高科-人民广场、人民广场-张江高科）。...测试一下，可以得到清洗后的数据(440多万条出行记录，包括od的线路与站点、进出站时间以及费用，还有从进站到出站花费的时间），并且相比双循环速度快了很多。...（学名叫和弦图(chord diagram)），类似这种： ?...这个是在R语言里画的，python的话也凑合能画（没有R画的好看），实现的具体方法是用holoviews这个库。...')['ori_cost'].sum().to_frame().sort_values('ori_cost').iloc[-30:].index.values) top30station = chord.select
在 R 中，可以利用 qqman 包来绘制 Manhattan 图，Plink 软件的输出结果可以直接作为输入数据进行绘图。...Diagram)，是一种显示矩阵中数据间相互关系的可视化方法，节点数据沿圆周径向排列，节点之间使用带权重（有宽度）的弧线链接。...和弦图是表示数据之间相互关系的图形方法。节点围绕着圆周分布，点与点之间以弧线彼此连接以显示当中关系，通过每个圆弧的大小比例给每个连接分配数值。...和弦图的输入数据非常简单，主要是一种关联，最简单的分为三列。source 字段、target字段、和 value 字段，也就是从哪里到哪里，然后就是数值。...(china,aes(x=long,y=lat,group=group))+geom_polygon(fill="red",color="black") 中国地图 #mapdata包中的
CellChat分析结果可视化 目前CellChat提供了多种图形来对结果进行可视化，包括但不限于： Hierarchical plot （层次聚类图） Chord diagram （和弦图） Circle...，显然在上面的例子中我们分别使用了不同细胞类群之间的受体-配体对数和通讯强度作为“连线”强度的度量，而不同细胞类群中的细胞数量作为节点大小的度量。...为了让信息不显得那么冗余，我们也可以单独可视化以每个细胞类群为信号起点的环状图，实现的思路很简单，以cellchat@net$weight为例，这个矩阵中的每一行代表信号发出的细胞，每一列代表接收信号的细胞...vertex.receiver = vertex.receiver, layout = 'chord') 改一下layout就可以实现Chord diagram...') 还有一个玩法在于，有的时候我们会在细胞类型注释的时候对某个细胞类群进行细分，但是我们在可视化细胞通讯的时候可能会想将这一大类细胞单独“聚”在一起，这个时候Chord diagram就来了： #
目的是探索数据库中是否存在相似性组，并查看它们的行为。 例如，我们将使用Doubs数据库，该数据库基于从法国Doubs河中提取的鱼类样本的物理特征。其目的是查看样本的行为以及如何对数据进行分组。...1- 数据准备 我们需要删除带有双零或NA值的行，否则当我们尝试创建树状图时，它们将会出现问题。然后我们需要根据它们的距离对值进行规格化。这次我们将使用欧氏距离，但也有其他有用的距离方法。...(谢泼德图 Shepard diagram)。...(as.factor(X)) distgr <- daisy(gr, "gower") distgr} kt frame(k = 1:nrow(spe), r = 0) for...5- 最后的图 到目前为止，我们已经通过UPGMA方法将我们的数据分组为4个簇。现在我们将使用Francois Gillet(2012)创建的hcoplot函数来描述树图的行为。
2用到的包 rm(list = ls()) library(tidyverse) library(WGCNA) 3示例数据 数据是雌性小鼠肝脏的基因表达谱，来自这篇paper： ---- Ghazalpour.../FemaleLiver-Data/LiverFemale3600.csv") DT::datatable(dat) 4整理数据 我们先提取表达矩阵，这里是需要转置的。...<- names(dat)[-c(1:8)] DT::datatable(datExpr0) 5基因或样本过滤 有一些表达值过低的基因或样本，我们是需要过滤掉的，包里也是提供了相应的函数，我们看一下吧...5.1 查看是否有不好的基因或样本 我们的数据里没有不好的基因或者样本。...WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis.
arcs绘制的饼图是经过排序的，饼图效果是从12点钟开始第一个楔形，顺时针从大到小排列，从上图也可看出，数据的索引没变，arcs[0]还是76，但起始角度为0的数据是90，因此可以重写一下pie函数pie...弦图 弦图(Chord Diagram)用于表示一组元素之间的联系。...数据需要转换为一个NxN的矩阵，矩阵中的a、b、c等在弦图的外圆上用相互分隔的几段弧来表示，对应节点。节点的长度为该元素所在行的总和。...d3-chord 分层树图 要绘制思维导图等分层的树图，在d3中使用的是d3.hierarchy(data)转换为层级数据，再通过d3.tree()(data)建立树的节点，用svg里的...d3-tree 总结 布局实现的是数据的变换，从序列数据或二维数据变换为方便绘制一些主题图的数据，例如变成饼图的每个楔形、变成直方图的分箱统计、力导向图的坐标点和连接线等。
对于基因表达数据矩阵，行为基因，列为细胞。CellChat需要数据归一化数据。如果是count数据，里面内置了功能可以进行处理转换(但一般不用count,使用归一化数据)。建议使用前先捋顺自己的数据。...和弦图(Chord diagram) ：提供了netVisual_chord_cell 和 netVisual_chord_gene 两个功能。...● Pattern Recognition（模式识别）：用于从通信数据中自动识别和分类特定的通信模式，帮助发现特定配体-受体对的功能角色。...Chord diagram# 这里进行绘制时建议设定singaling或者减少互作的细胞# 内容大多会导致不出图cellchat@netP$pathwaysnetVisual_chord_gene(cellchat...对于发送（或接收）模式，由矩阵分解得到的发送（或接收）细胞间通信概率矩阵中的细胞群体模式矩阵 W 表示这些细胞群体如何协调发送（或接收）信号，而信号通路模式矩阵 H 表示这些信号通路如何协同工作以发送（
本文将详细讲解如何在 Java 中将弧线转化为多线段，讨论其核心数学原理，并通过实际案例帮助理解这一概念的应用场景。我们不仅会从深度解析转换的步骤，还会从广度角度延伸讨论该方法在其他领域的应用。...通过将弧转换为多线段，我们可以：提高绘制性能：大多数图形库和硬件加速仅支持直线绘制，通过弧度转多线段可以充分利用图形加速的优势。...方便几何计算：一些几何计算（如碰撞检测、路径规划）更适合在线段而非弧线上进行操作。增强控制：通过线段我们可以精细控制渲染的精度和性能之间的平衡。核心原理解析：如何实现弧度转多线段1....总结：这段代码展示了如何在 Java Swing 中将弧线转换为一系列直线段进行绘制。主要步骤包括计算线段的角度间隔，迭代计算每个线段的端点坐标，并使用 Graphics2D 绘制这些线段。...游戏开发中的应用在 2D 和 3D 游戏开发中，曲线的表示经常通过多边形或多线段进行近似。将弧线转换为多线段，能够有效地进行碰撞检测、路径规划和角色运动模拟。
任何数据分析的第一步都是按照所需要的格式创建数据集。在 R 中，这个任务包括两个步骤：首先选择一种数据结构来存储数据，然后将数据输入或者导入这个数据结构中。...下面介绍 R 中用于存储数据的多种数据结构。 R 的数据结构 在大多数情况下，结构化的数据是一个由很多行和很多列组成的数据集。在 R 中，这种数据集被称为数据框。...常见的矩阵运算都可以在R 中实现，如矩阵加法、矩阵乘法、求逆矩阵、矩阵转置、求方阵的行列式、求方阵的特征值和特征向量等。...数据框与 Excel、SAS 和SPSS 中的数据集类似。数据框看起来与矩阵很相似，而且矩阵的很多操作也适用于数据框，如子集的选择。...在进行数据分析时，分析者需要对数据的类型熟稔于心，因为数据分析方法的选择与数据的类型是有密切联系的。R 提供了一系列用于判断某个对象的数据类型的函数，还提供了将某种数据类型转换为另一种数据类型的函数。
本期，我们将从Python的特征向量处理扩展到Java中实现类似功能。我们将讨论如何在Java中将特征向量转换为矩阵，介绍相关的库和实现方式。...通过具体的源码解析和应用案例，帮助开发者理解和应用Java中的矩阵操作。摘要本文将重点介绍如何在Java中将特征向量转换为矩阵。...构造矩阵：将特征向量按照需求排列成矩阵形式。操作与应用：对矩阵进行操作，如矩阵乘法、转置等。在Java中，我们可以使用多种库来进行这些操作，包括Apache Commons Math、EJML等。...图像处理在图像处理领域，图像可以表示为矩阵，特征向量转换为矩阵的操作有助于图像数据的存储和处理。3. 科学计算在科学计算中，矩阵操作是常见的需求，例如数值模拟、数据分析等。...通过对不同实现方式的分析，我们帮助开发者理解了如何在Java中进行矩阵操作。总结本文系统地介绍了在Java中实现特征向量转换为矩阵的方法。
数据大小非常适合演示数据库库的功能。 使用Datatable 让我们将数据加载到Frame对象中。 数据表中的基本分析单位是Frame 。...数据转换 Datatable读取数据后的Frame格式可以转换为numpy或pandas数据格式，转换方法如下： numpy_df = datatable_df.to_numpy（） pandas_df...= datatable_df.to_pandas（） 下面计算一下将上面读取的Frame格式数据转换成pandas格式所需要的时间。...23.6秒，通过Datatable读取文件然后将其转换为pandas数据格式比直接使用pandas读取数据花费的时间更少。...因此，通过datatable加载大型数据文件然后将其转换为pandas数据格式更加高效。 数据排序 通过数据中某一列值对数据集进行排序来比较Datatable和Pandas的效率。
R语言作为一门统计计算和数据可视化为核心特色的工具性语言，其在可视化领域或者说数据呈现方面有着非常成熟和系统的解决方案。...这里所说的解决方案不仅是指R语言里面有诸多的图形语法系统（比如base系统、grid系统、lattic系统等），更重要的是它拥有（目前比较成熟的）系统级输出方案，你可以理解为如何在项目中从一而终的组织你的分析内容...（随便叫） flexdashboard的核心布局理念是基于行列的矩阵型布局，即整个文档都是在操纵行列布局，以及侧边栏和tab切换。...### Cars ```{r} DT::datatable(mtcars, options = list( bPaginate = FALSE)) ``` 以下是分页的参数，主要用于分割大数据集的呈现体验...这里的icon支持直接从在线ui库中获取： Icon Sets You can specify icons from three different icon sets: Font Awesome——https
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