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R可视化：微生物相对丰度或富集热图可视化

在微生物学领域，热图常用于表示微生物在不同分组（如不同的环境、时间点、处理条件等）中的表达水平或出现率状态。这种可视化方式能够直观地揭示微生物群落在不同条件下的分布规律和变化趋势。...在制作热图时，研究者还需要注意一些技术细节，比如颜色的选择、颜色的梯度设置、数据的归一化处理等，以确保最终的热图能够准确地反映数据的特点和规律。...加载R包library(tidyverse)library(ComplexHeatmap)library(viridis)library(circlize)library(grid)​# rm(list...transformation: 对mat_file中的值进行转换的函数，包括log10（[log10]）、平方根反正弦（[sqrt_asin]）和二值化（[binary]），默认：[NULL]。...border: 在图上添加边框，[TRUE/FALSE]，默认：[FALSE]。row_gap: 如果您使用了row_md参数，则控制行切片之间的间距，[浮点数]，默认：[1]。

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    深度学习图像分割(二)——如何制作自己的PASCAL-VOC2012数据集

    ，现在我们来讨论一下我们具体需要什么样的数据格式和我们如何去制作自己的数据集。...而8-bit彩色图则是假彩色图片，这8位中是这样分配的： Bit 7 6 5 4 3 2 1 0 Data R R R G G G B B R、G各占3位，B占2位...这个白色边框在训练中这白色边框所占的像素点并不参与训练，边框只是为了能够更加清晰地显示要分割的目标，以及更好地和背景进行区分而设置的，实际操作中我们其实是可以忽略的。...所以上面的执行代码就是将这些白色边框抹掉，赋予-1值在之后的训练中可以通过操作过滤掉。...制作自己的数据集 制作数据集有很多工具，matlab上面自带工具但是比较繁琐，这里我们使用wkentaro编写的labelme，这个软件是使用pyqt编写的轻量级软件，github地址：https://

    6.3K50

    使用 OpenCV 和 Python 模糊和匿名化人脸

    方法 首先，我们使用内置的人脸检测算法，从实时视频或图像中检测人脸。在这里，我们将使用级联分类器方法从实时视频（使用网络摄像头）中检测人脸。 然后，读取来自实时视频的帧。...现在，为了使输出美观，我们将在检测到的人脸周围制作一个彩色边框矩形。但是，我们希望检测到的人脸是模糊的，所以我们使用中值模糊函数来做同样的事情，并提到应该模糊人脸的区域。...cascade.detectMultiScale(gray_image, scaleFactor=2.0, minNeighbors=4) 复制代码 步骤 4： 在检测到的人脸周围绘制一个彩色矩形...for x, y, w, h in face: # 在检测到的人脸周围绘制边框 # （此处边框颜色为绿色，粗细为3） image = cv2.rectangle(frame, (x, y),...#（这里边框颜色为绿色，粗细为3） image = cv2.rectangle(frame, (x, y), (x+w, y+h), (0, 255, 0), 3) # 模糊矩形中的人脸

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    opencv(4.5.3)-python(七)--图像的基本操作

    翻译及二次校对：cvtutorials.com 目标 学会: • 访问像素值并修改它们 • 访问图像属性 • 设置感兴趣的区域（ROI） • 分割和合并图像 本节中几乎所有的操作都主要与Numpy而不是...（例子将在Python终端中显示，因为大多数只是单行的代码） 访问和修改像素值 让我们先加载一个彩色图像。...它返回一个包含行数、列数和通道数（如果图像是彩色的）的元组。...对于图像中的眼睛检测，首先在整个图像上进行人脸检测。当得到一个人脸时，我们单独选择人脸区域并在其中搜索眼睛，而不是搜索整个图像。...为图像制作边框（填充） 如果你想在图像周围创建一个边框，类似于一个相框，你可以使用cv.copyMakeBorder()。但它在卷积操作、零填充等方面有更多应用。这个函数需要以下参数。

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    使用 OpenCV 和 Python 模糊和匿名化人脸

    接着，为了使输出美观，我们将在检测到的人脸周围制作一个彩色边框矩形。但是，我们希望检测到的人脸是模糊的，所以我们使用中值模糊函数来做同样的事情，并提到应该模糊人脸的区域。...，以便从帧中检测人脸 video_capture = cv2.VideoCapture(0) while True: # 从视频中捕获最新的帧 check, frame = video_capture.read...cascade.detectMultiScale(gray_image, scaleFactor=2.0, minNeighbors=4) 步骤 4： 在检测到的人脸周围绘制一个彩色矩形...for x, y, w, h in face: # 在检测到的人脸周围绘制边框 # （此处边框颜色为绿色，粗细为3） image = cv2.rectangle(frame, (x, y),...#（这里边框颜色为绿色，粗细为3） image = cv2.rectangle(frame, (x, y), (x+w, y+h), (0, 255, 0), 3) # 模糊矩形中的人脸

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    R绘制甲基化和表达谱联合分析热图

    res_list$mat_expr direction = res_list$direction #甲基化与甲基化关联基因相关性p值 cor_pvalue = res_list$cor_pvalue #基因类型(如蛋白编码基因或...lincRNA等) gene_type = res_list$gene_type #DMR注释到基因的功能区间(如intergenic/intragenic或者TSS anno_gene = res_list...dist = res_list$dist #与增强子重叠的DMR的部分 anno_enhancer = res_list$anno_enhancer ##首先计算甲基化矩阵的列聚类，以便可以将表达矩阵中的列调整为具有与甲基化矩阵中相同的列顺序..."white")) #定义增强子相关颜色 enhancer_col_fun = colorRamp2(c(0, 1), c("white", "orange")) ##我们首先定义两个列注释，然后制作复杂的热图...该函数的主要格式是HeatmapAnnotation(df/数据框, name/注释名称, col/注释颜色列表, show_legend/是否显示数据框中每一列的图例) #样本类型注释，Tumor样本为

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    强大的混合模式

    今日，群里有个很有意思的问题，问我如何实现一个彩色的，带渐变的二维码，像是这样： 很有意思的问题，我们在百度谷歌，搜索 qrcode，能搜到非常多在线制作二维码的工具，它们其中一些也会带有制作渐变二维码的功能...原理其实非常简单，我们实现一张渐变图形，这张图形通过混合模式中的 mix-blend-mode: lighten 与白底黑字的二维码重叠在一起后，二维码中的白色区域将保持不变，而二维码中的黑色区域将展现为渐变图案中的颜色...渐变图案中心镂空一个矩形 但是，对于中间是一个矩形的话，就不太好办了，我们需要基于渐变图案实现这样一个图形： 方法其实也有很多，譬如我们把中间透明部分想象成一个 div 的 content 部分，而周围渐变颜色区域是边框区域...基于上面的知识，我们就可以简单的构建一个渐变彩色二维码工具了。...这里我简单实现了一个： 我们通过上传一个普通二维码，通过自定义渐变颜色，选择是否需要镂空，镂空的类型及大小，快速制作一个渐变彩色二维码。 简单演示一下： 一个核心利用 CSS 的小工具就完成啦。

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    高颜值复杂热图绘制小技巧

    21个上调基因 与 14 个下调 差异基因在不同样本中的基因表达水平模式，热图上方 展示了 样本的许多临床性状特征 如 Stage分期，年龄，性别，CMS 分子分期等。...数据背景 这幅热图对应的数据在 GEO 中：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...save(gse_number, dat, group_list, pd, file = 'step1_output.Rdata') 2、读取样本临床信息 使用 excel 读取进来，并进行一些预处理，如...绘图 complexheatmap 功能使用起来比较复杂，这里简单介绍一下各种参数。...获取文章中的颜色配置 可以 使用 Snipaste 工具，非常方便； gp参数 设置 注释条的边框颜色； gap = unit(2, "mm"))：控制每两个相邻注释之间的空间。

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    Flutter 旋转轮

    pub 地址：https://pub.dev/packages/flutter_spinwheel 效果演示： 该演示视频展示了如何在Flutter中使用自旋轮。...它显示了如何在flutter应用程序中使用「flutter_spinwheel」软件包运行「旋转轮」，并显示了当您点击该项目时，旋转器将移动。同样，您将沿顺时针/逆时针的任何方向移动微调器。...应该在构造函数中处理它。 **shouldDrawBorder：**此属性用于确定是否应绘制边框。 **hideOthers：**此属性用于确定是否应绘制快门以隐藏除选定以外的所有选项。...」指令**确定是否应绘制边框，「onChanged」表示每次更改选择时从微调器菜单返回所选值的回调。...当我们运行应用程序时，我们应该获得屏幕的输出，如屏幕下方的截图所示。

    8.9K20

    如何用Python做词云？（基础篇视频教程）

    图文版发布于2017年6月，是我数据科学系列教程中的第一篇。 目前仅简书一个平台，阅读数量就已经超过2万。 ? 我一直不断收到读者的留言和来信，询问自己动手尝试过程中遇到的问题。...有时候，因为一个软件包选择错误，就会遇到各种报错。 错误也许是因为新版本的推出，也许是因为32位和64位平台没有正确区分……初学者如果得不到帮助，很容易迅速丧失完成的信心和兴趣。...为了让大家花费更少的时间试错，更高效地掌握词云制作基本方法，我制作了对应的视频教程。 视频以Windows平台上，基于Python 3.6的32位版本Anaconda为工作环境录制。...我把数据和附加软件包的安装文件都打包提供了给你。可以访问这个链接来下载。 只需要花10几分钟，跟着教程完整做一遍，你就能自己用Python做出词云了。 视频链接在这里。 ?...如何做出指定边框形状的词云呢？ 这些内容，欢迎你参考我的“玉树芝兰”数据科学系列图文教程来学习。 我也会在后续的视频教程中，讲述和展示相关的内容。 ----

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    实用入门分享：如何基于 OpenCloudOS 制作 RPM 软件包？

    本次实验主要介绍如何在 OpenCloudOS 系统上编译生成并安装 RPM 软件包。...该软件包管理系统是由 Red Hat 开发的，并被广泛应用于多个 Linux 发行版中，如 Fedora、OpenSUSE、OpenCloudOS、TencentOS Server 等。...RPM 包管理器提供了一些基本的命令，如 rpm、yum 和 dnf 等，用于在 Linux 系统上管理软件包。...创建 SPEC 文件接下来创建 RPM 的 SPEC 文件，spec 文件是 RPM 软件包的规范文件，用于控制 RPM 的制作过程。...spec 文件通常由以下几个部分组成：头部：包含了RPM包的基本信息，如名称、版本、发布号、许可证等。依赖关系：指定了RPM包所依赖的其他软件包和库文件。

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    【python-opencv】图像的基本操作

    1、访问和修改像素值 加载彩色图像： import numpy as np import cv2 as cv image=cv.imread("dog2.jpg",1) 谷歌colab上显示图像： from...对于图像中的眼睛检测，首先对整个图像进行人脸检测。在获取人脸图像时，我们只选择人脸区域，搜索其中的眼睛，而不是搜索整个图像。...在这里，我要选择球并将其复制到图像中的另一个区域： ball = img[280:340, 330:390] img[273:333, 100:160] = ball ?...5、为图像设置边框（也就是padding操作） 如果要在图像周围创建边框（如相框），则可以使用cv.copyMakeBorder()。它在卷积运算，零填充等方面有更多应用。...它可以是以下类型： cv.BORDER_CONSTANT - 添加恒定的彩色边框。该值应作为下一个参数给出。

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    云课五分钟-09Linux基础命令实践-AI助力快速入门

    Linux基础入门的内容包括以下几个方面： Linux基础命令：学习如何在Linux终端中使用基础命令，如文件和目录操作、进程管理、文本编辑等。这些命令是你在Linux中进行日常操作的基础。...Linux软件包管理：学习如何使用Linux的软件包管理系统，如apt、yum等，安装、更新和卸载软件包。 Linux用户及组管理：理解Linux中的用户和组概念，学习如何创建、删除和管理用户及组。...有些命令可能没有相应的帮助文档，或者可能提供其他方式的文档和说明，如--help选项或在线文档。...实践项目：通过实践项目来巩固和加深对Linux的理解和掌握，可以选择一些基础的项目，如搭建Web服务器、配置FTP服务器等。...系统管理：包括用户管理、进程管理、软件包管理等，这些都是Linux系统日常运行和维护的重要内容。

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    Python气象绘图教程（十四）

    ，bool值控制 fancybox 边框是否圆边 shadow 边框阴影 framealpha 边框透明度 edgecolor 边框边缘颜色 facecolor 边框内部填色 ncol 图例列数，int...columnspacing 列间距 title 图例标题 bbox_to_anchor 指定图例在轴的位置 在之前，我们制作了一个墒情图，本次即以此图展示legend命令。...loc是最常用的位置命令，两种使用方式，一是使用0~10数字，二是使用字符命令如'best','right',center','upper right'等，这种图例位置是在子图内部的，可能会出现遮挡图形的情况...注意，两个命令并不是冲突的，可以放在同一句中调节，不会报错。...第三步生成我们的彩色圆点，这些彩色圆点实际上是带着marker的plot线条，但是我们将其linewidth设为了0，线条被截去了。第四步传入legend命令。 ?

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    Xmind8安装使用教程！

    结构多样性：支持多种思维导图结构，如树状图、逻辑图、鱼骨图等，以适应不同的思考和展示需求。...下载软件包看讨论区包内的详细内容：添加图片注释，不超过 140 字（可选）2. 安装Xmind打开安装包，先安装xmind-8-update7-Windows.exe。...自定义主题样式：可以自定义节点的颜色、形状、边框等，以符合你的个人喜好或用于区分不同类别的信息。使用图标和标签：为主题添加图标和标签，有助于快速识别主题类别或状态，增加视觉效果。...制作任务清单：可以在思维导图中添加任务信息，设置优先级和进度，管理日常任务。脑图合并：可以将不同的脑图合并为一个，方便整合和比较信息。...使用“演示模式”：利用演示模式可以将思维导图转化为幻灯片形式，适合在会议或报告中展示。利用模板和主题：XMind 8提供了多种模板和主题，可以根据需要选择合适的样式开始制作思维导图。

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    WordPress 6.0 正式版发布 版本详细讲解

    创建自定义按钮，您制作的任何新按钮都将自动保留样式自定义。 通过更新的设置和控件以及标签云的新轮廓样式，使标签云和社交图标更具吸引力。 样式切换 块主题现在包括包含多种样式变体的选项。...在支持此功能的块主题中，您可以更改可用设置（如字体粗细）和样式选项（如默认调色板）。只需单击几下即可更改网站的外观。...集成样板 现在，当您在更多地方需要样板时，例如在快速插入器中或创建新的页眉或页脚时，它们会出现。...6.0 的一些亮点包括： 新的彩色面板设计节省了空间，但仍然一目了然地显示您的选择。 新的边框控件提供了一种更简单的方法来完全按照您的喜好设置边框。 颜色的透明度级别允许更多创造性的颜色选择。...使用图库块中的间隙支持功能来创建不同的外观 – 从添加所有图像之间的间距，到完全消除间距。 更好的列表视图 新的键盘快捷键使您能够从列表视图中选择多个块，批量修改它们，并将它们拖放到列表中。

    1.6K40

    如何优雅的打造 All-in One 仓库

    在开始之前先来抛出几个问题 如何快速的制作一个仓库？ 如何快速的制作一个最精简仓库？ 如何快速的制作一个包含 docker、pypi、yum 和 maven 等等的 All-in One 仓库？...如何在一个离线环境中快速的安装我们所需要的软件包？ ---- Nexus 是什么？ 简单来说 Nexus 是一个全能的仓储管理工具，它能帮我们解决有关软件包的一系列问题。...中的 Repository，这时再安装软件，就会通过 Nexus 找到清华 Yum 源中的软件包进行安装。...软件包有两种情况 如果软件包不存在，则 Nexus 会从 Proxy 端远程下载软件包 如果软件包存在，则直接返回给客户端使用 那可能有同学问了，如果清华 Yum 源的包不够用怎么办？...并且以上配置不区别操作系统版本，如 CentOS 6 也可以使用，不信？

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