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生信技巧 | GNU 并行操作

获取读取的子集会导致低质量的组装结果。 GNU 并行 我们用来并行化生物信息学问题的程序是 GNU 并行。它是“一种使用一个或多个计算节点并行执行作业的 shell 工具”。...GNU 并行可帮助您运行原本要按顺序一项一项或循环运行的作业。您可以查看 GNU Parallel 网站，以确定如何在集群上安装 Parallel 和/或了解如何使用它。...这是一个逗号分隔的文件，所以让我们将其转换为制表符分隔的文件 more us-counties.csv | tr ',' '\t' > us-counties.tab 如您所见，此数据包含各县和州有关疫情随时间变化的信息...让我们按县/州分开这些数据，而不是一个大文件 使用 sort 和 awk，我们可以首先按县/州对文件进行排序，然后使用 awk 将每一行 ($0) 打印到名为 County-state.tab 的文件中。...示例 Gzip 压缩 2580 个文本文件 让我们复制数据并比较使用 for 循环与使用并行运行 gzip 需要多长时间 mkdir -p gzip/parallel mkdir -p gzip/forloop

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深入理解开源许可证（Apache,MIT,GPL,BSD,CC）

如何使用 通常情况下的做法是，在你的源代码根目录中创建一个文本文件（GNU 建议命名为 COPYING，通常情况下，也可以使用 LICENSE），将 GPLv3 的完整许可证文本复制到该文件中。...如何使用 通常情况下的做法是，在你的源代码根目录中创建一个文本文件（通常情况下，也可以使用 LICENSE 或 LICENSE.txt），将 AGPLv3 的完整许可证文本复制到该文件中。...如何使用 通常情况下的做法是，在你的源代码根目录中创建一个文本文件（通常情况下，也可以使用 LICENSE 或 LICENSE.txt），将 MPL2.0 的完整许可证文本复制到该文件中。...，在你的源代码根目录中创建一个文本文件（通常情况下，也可以使用 LICENSE 或 LICENSE.txt），将 MIT License 的完整许可证文本复制到该文件中。...如何使用 这些 BSD 许可证的使用方法与 MIT 协议的用法完全相同：首先，在你的源代码根目录中创建一个文本文件（通常情况下，也可以使用 LICENSE 或 LICENSE.txt），将某一个 BSD

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    嵌入式系统中常用的开源协议

    根据限制程度，开源协议可分为两类： 宽松型协议：如 MIT、Apache 2.0 和 BSD 许可证，允许用户在几乎无限制的情况下使用软件，包括将其集成到专有软件中，只需保留版权声明。...GNU 宽松通用公共许可证（LGPL）：允许与专有软件动态链接，常见于 glibc 和 Qt 库。 MIT 许可证：宽松，适用于 FreeRTOS 等项目。...LGPL 常用于嵌入式系统中的库，如 glibc（GNU C 库）和部分 Qt 模块。例如，Android 使用 LGPL 的 glibc 来支持用户空间应用程序。 合规要求： 提供库的源代码。...MIT 许可证因其简单性和灵活性在嵌入式系统中非常受欢迎，例如 FreeRTOS（自版本 10.0.0 起使用 MIT 许可证）。 合规要求：在分发的软件中包含版权声明和许可证文本。...GPL 和 LGPL 在基于 Linux 的系统中占主导地位，而 MIT、Apache 2.0 和 BSD 许可证在 RTOS 和库中更受欢迎。

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    读书笔记05-可重复工作执行简明指南（下）

    书接上回： 读书笔记04-可重复工作执行简明指南（中） (qq.com) 读书笔记02-可重复工作执行简明指南（上） (qq.com) 7-将你好用的函数写成R包 之前我们提到过：5-将你的重复代码打包成函数...下面有几个可以了解不同证书的文章与资源：Pick a License, Any License (codinghorror.com)[12](11条消息) 软件授权License的区别_一切有为法,如梦幻泡影,如露亦如电...如果使用的是MIT 或GNU 证书，记得以下声明：With the MIT license, I would include the full text[17], filling in your personal...: https://blog.codinghorror.com/pick-a-license-any-license/ [13] (11条消息) 软件授权License的区别_一切有为法,如梦幻泡影,如露亦如电...license: https://en.wikipedia.org/wiki/MIT_License [16] GNU General Public License (GPL): https://www.gnu.org

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    github上最多的三个开源协议对比

    根据GitHub平台上的最新统计数据和开源社区分析，使用最多的三个开源协议依次是MIT许可证（45%）、GNU GPLv2/v3系列（含GPLv2（13%）、GPLv3（9%））和Apache（11%）...义务要求：在软件及其副本中明确标注版权声明（如 Copyright © [年份] [作者]）。 典型项目：React、Node.js、jQuery 等轻量级库和前端框架。...局限：无专利保护，使用者可能面临专利诉讼风险（如2025年某AI公司因使用MIT代码未声明版权被诉）。 2....GNU GPL系列（强开源性协议） (qt安装包，安装时候会提示对应开源协议) 强开源性（GPLv2/v3）：衍生作品（含静态链接）必须开源，禁止闭源分发。...优势：专利条款完善，企业级项目首选（如Llama 2 AI模型采用此协议规避专利风险）。 局限：与GPLv3不兼容，混用需技术隔离（如微服务架构分隔代码）

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    常见的开源协议

    但”为所欲为”的前提当你发布使用了BSD协议的代码，或则以BSD协议代码为基础做二次开发自己的产品时，需要满足三个条件： 如果再发布的产品中包含源代码，则在源代码中必须带有原来代码中的BSD协议。...如果再发布的只是二进制类库/软件，则需要在类库/软件的文档和版权声明中包含原来代码中的BSD协议。 不可以用开源代码的作者/机构名字和原来产品的名字做市场推广。...MIT License MIT许可协议是许多软件授权条款中，被广泛使用的其中一种。与其他常见的软件许可协议（如GPL、LGPL、BSD）相比，MIT是相对宽松的软件许可协议。...MIT许可协议之名源自麻省理工学院Massachusetts Institute of Technology, MIT，又称X许可协议（X License）或X11许可协议（X11 License）...GPL License GNU通用公共许可协议GNU General Public License，缩写：GNU GPL、GPL,一个被广泛使用的自由软件许可协议条款，保证终端用户运行、学习、分享（复制

    1.3K20

    MIT6.8286.S081-2019：MacOS下risc-v和xv6环境搭建

    MIT用于教学的系统是xv6，一个简化的类unix系统，CPU平台使用的是RISC-V，是一种精指令集架构（RISC）。...实验环境主要包括三个部分： RISC-V工具链： 包括一系列交叉编译的工具，用于把源码编译成机器码，如gcc，binutils，glibc等 QEMU模拟器： 用于在我们机器上(X86)模拟RISC-V...教程中的安装命令是brew install riscv-tools，但我发现riscv-tools由几个部分组成，我们其实只需要riscv-gnu-toolchain，源码下载方式如下： git clone...--recursive https://github.com/riscv/riscv-gnu-toolchain riscv-gnu-toolchain源码有3个G大小，直接clone耗时太久。...则表示实验环境已搭建成功，进入后可输入命令（如 ls）进行测试。

    3.6K31

    Cocoa包管理器之CocoaPods详解

    1、Create Podfile 在CocoaPods管理的工程中通过名为Podfile的文本文件来描述相关的依赖信息。...四、创建并发布自己的开源库  上面三个部分介绍了如何在自己的项目中安装和使用CocoaPods，接下来这部分就来介绍一下如果将自己的开源的库接入到CocoaPods中，可以让其他人直接在Podfile中直接配置后...2、主流开源协议介绍 Github中支持了主流的几种开源协议，如：Apache、GPL、MIT、BSD、Mozilla等下方罗列了Github上支持的开源协议，具体介绍如下： Apache License...你将丧失对作品的全部权利，包括在MIT/X11中定义的无担保权利。...根据该仓库的README中的信息，我们可以看出该仓库中存储的是所有可以用pod 导入的公有仓库的release版本的podspec文件。这些公开的仓库必须遵循MIT协议的。具体如下所示： ?

    2K40

    深入探讨各种开源协议：选择合适的许可证为你的项目保驾护航

    GNU 通用公共许可证（GPL） a. 背景与历史 GNU 通用公共许可证（GPL）是由自由软件基金会（FSF）创建的，是最具影响力的开源许可证之一。...它广泛应用于前端框架（如 React、Vue.js）、库和工具等项目中。 d. 优势与挑战 优势：MIT 许可证极为宽松，允许最大限度的代码传播。...Affero GNU 通用公共许可证（AGPL） a. 背景与历史 Affero GNU 通用公共许可证（AGPL）是 GPL 的扩展版本，专为网络应用设计。...GNU 宽通用公共许可证（LGPL） a. 背景与历史 GNU 宽通用公共许可证（LGPL）是 GPL 的一个较为宽松的版本，最初为库和组件设计。...使用场景 LGPL 特别适合那些希望在开源与商业应用之间找到平衡的项目，如库、框架和工具。它被广泛用于图形库（如 GTK）、音频处理库和其他中间件。 d.

    1.3K10

    MIT 6.S081Fall 2020 搭建risc-v与xv6开发调试环境

    2022-01-19日更新 很多人用 M1 架构编译都出现了错误 然后我同样复现了错误并且找到了解决办法 更详细的描述了不同的安装过程 本篇文章主要记录一下学习MIT6.S081课程部署实验环境的详细过程...课程链接：https://pdos.csail.mit.edu/6.S081/2020/ 我的环境： 电脑型号：MacBook Pro (14-inch, 2021) 系统版本：macOS Monterey...验证是否安装成功 //执行 riscv64-unknown-elf-gcc -v // 如打印以下内容代表安装成功 riscv64-unknown-elf-gcc -v Using built-in specs...Supported LTO compression algorithms: zlib gcc version 11.1.0 (GCC) 安装 Qemu qemu 是强大的虚拟机操作系统模拟器，在此课程中，...https://zhayujie.com/mit6828-env.html

    2.8K12

    如何在Bash中遍历由变量定义的数字范围

    问： 当范围由变量给出时，如何在Bash中遍历这一范围内的数字？...我知道我可以这样做(在 Bash 文档中称为“序列表达式”): for i in {1..5}; do echo $i; done 它会输出： 1 2 3 4 5 然而，我该如何用变量替换范围的任意一个端点呢...$END}; do echo $i; done 这会输出： {1..5} 答： 提问者代码不起作用的原因是花括号扩展在任何其他扩展之前执行，且其他扩展中具有特殊含义的任何字符都会在结果中保留下来。...参考文档： stackoverflow question 169511 https://www.gnu.org/software/bash/manual/bash.html#Brace-Expansion...相关阅读： 如何用Bash遍历文本文件的每一行 如何将一个大的文本文件拆分为行数相等的小文件 在bash中:-(冒号破折号)的用法 在Bash中如何从字符串中删除固定的前缀/后缀

    2.9K10

    Python编解码问题与文本文件处理

    处理方式二：添加errors参数： # 忽略 如b'So Paulo' city.encode("cp437", errors="ignore") # 替换为? 如b'S?...从网上直接复制代码到IDE中执行经常会报这个错。 处理文本文件 Unicode三明治： ? 在程序中尽量少接触二进制，把字节解码为字符，只处理字符串对象。...Python内置的open函数就是采用了这个原则，在读取文件时会做必要的解码，以文本模式写入文件时会做必要的编码。...).write("café") 4 >>> open("cafe.txt").read() 'caf茅' 写入文件时指定了utf8，但是读取文件没有指定，Python就会使用系统默认编码： >>> import...sys.getdefaultencoding() 'utf-8' >>> import sys # 文件名（不是文件内容）用这个 >>> sys.getfilesystemencoding() 'utf-8' GNU

    1.7K30

    多语言中的 .POT .PO .MO 和 xgettext

    ，其功能是抽取给定的文件中可供翻译的字符串。...C, C++, ObjectiveC, PO, Shell, Python, Lisp, EmacsLisp, librep, Scheme, Smalltalk, Java, JavaProperties.../hello.pot hello.js po 和 pot 文件都是文本文件 .POT pot 是 Portable Object Template。...文件格式 .po 文件虽然是文本文件，可以使用任何文本编辑器打开，但里面的内容也是按照一定的格式来编写的，对于一些基本的语法需要了解一下。 注释 注释都是非必填的，一共有五种。...php-format no-php-format 比如说下面的这段代码中 %d %s 是 php 中的语法，当原始的内容中有些是动态生成的的情况下，就像下面的这种语法，你需要明确告诉编辑器这是「代码语法

    2.4K31

    开源许可证解析：从MIT到GPL

    在分发软件的修改版本时，您需要在相关文件中包含原始的MIT许可证和版权声明，以保留原作者的权利和信息。 1.2 适用场景 由于MIT许可证的宽松性，它特别适用于希望被广泛使用和修改的项目。...许多流行的开源项目，如Node.js、Ruby on Rails和React等，都采用了MIT许可证，这有助于促进社区的发展和创新。...GPL许可证 GNU通用公共许可证（GPL）是一种“传染性”的开源许可证，它强调了保护软件自由和开源的原则，同时要求在基于GPL许可证的代码上构建的衍生作品也必须使用相同的GPL许可证。...许多知名的开源项目，如Linux内核、GNU工具链以及许多开源库，都采用了GPL许可证，促使了全球范围的合作和创新。...例如，Linux内核和许多GNU工具使用了GPL许可证，这促进了全球开发者社区的合作。 相比之下，MIT许可证没有这种要求，这可能导致软件的多个不兼容版本。

    1.5K11

    开源运动发展史与开源许可证（BSD、GPL、Apache、MIT、木兰（中国））的那些事儿

    理查德·斯托曼自由软件运动的主要项目就是著名的GNU（GNU是“GNU’S Not Unix”的首字母缩写）项目。...Copyright：指软件的著作权（也称版权）和其它一切权利归软件作者所私有，用户只有使用权，没有其它如复制、重新修改发布等权利。...Copyleft符号标记“Copyleft”思想脱胎于 RMS 的知识产权观——他认为知识产权是一种社会赋权，权利人应该被允许通过契约的方式，自由转让软件权利，如复制、修改、再发布的权利。...（2）如果你修改了代码，需要在被修改的文件中说明。（3）在延伸的代码中（修改开源代码衍生的代码）需要带有原来代码中的协议，商标，专利声明和其他原来作者规定需要包含的说明。...MIT是最宽松的自由软件许可证之一。基本上，只要您添加了原始mit许可证和版权声明的副本，就可以和BSD许可证那样，对原始软件进行许可范围内的任何操作，也相当于可以”为所欲为”。

    2.1K30

    当前开源协议概述及分类对比

    MIT协议 核心规则：保留原始版权声明即可自由使用、修改、闭源分发，无其他限制。 优势：极简灵活，商业友好（如React、Node.js）。 局限：无专利保护条款，衍生作品可能闭源。...GPL（GNU通用公共许可证） 核心规则：强传染性——任何衍生作品（含静态链接）必须开源（如Linux内核）。 GPLv2：不防硬件锁定（如路由器固件限制修改）。...LGPL（GNU宽通用公共许可证） 核心规则：动态链接库可被闭源软件调用（如FFmpeg、GTK），修改库本身则必须开源。 静态链接要求：需提供目标文件（.o）供用户替换。...适用场景：商业产品中嵌入开源组件（如浏览器引擎），企业可闭源主产品，仅开源组件层（如SDK）。...依赖检查：使用工具（如 FOSSology）扫描第三方库协议兼容性（例：GPL项目禁用MIT代码）。 隔离策略：Apache 2.0与GPLv3混用时，通过微服务架构隔离代码。

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