如何在Perl中合并两个FASTA文件(一个带换行符的文件)？

在Perl中合并两个FASTA文件，可以使用以下代码：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $file1 = "file1.fasta";
my $file2 = "file2.fasta";

open(my $fh1, "<", $file1) or die "Can't open $file1: $!";
open(my $fh2, "<", $file2) or die "Can't open $file2: $!";

my $fasta1 = do { local $/; <$fh1> };
my $fasta2 = do { local $/; <$fh2> };

close($fh1);
close($fh2);

my @sequences1 = split(/>/, $fasta1);
my @sequences2 = split(/>/, $fasta2);

foreach my $seq (@sequences1) {
    if ($seq =~ />/) {
        print ">$seq";
    } else {
        print "$seq\n";
    }
}

foreach my $seq (@sequences2) {
    if ($seq =~ />/) {
        print ">$seq";
    } else {
        print "$seq\n";
    }
}

这个代码会读取两个FASTA文件，并将它们的内容合并成一个新的FASTA文件。它首先打开两个文件，然后读取它们的内容，并将内容分割成单独的序列。最后，它将每个序列的标题和序列内容打印出来，形成一个新的FASTA文件。

在这个代码中，我们使用了Perl的文件操作和正则表达式功能来实现FASTA文件的合并。我们使用了open函数来打开文件，并使用do和local来读取文件的内容。然后，我们使用split函数将文件内容分割成单独的序列，并使用foreach循环将每个序列的标题和序列内容打印出来。