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如何在R中可视化覆盖圆图的集群?

在R中可视化覆盖圆图的集群可以使用circlize包来实现。circlize包提供了一种简单而灵活的方式来绘制圆形图形,用于可视化集群数据。

以下是一个基本的步骤来在R中可视化覆盖圆图的集群:

  1. 安装circlize包(如果尚未安装):
代码语言:txt
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install.packages("circlize")
  1. 加载circlize包:
代码语言:txt
复制
library(circlize)
  1. 创建一个圆形图形的基本框架:
代码语言:txt
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circos.initialize()
  1. 创建一个矩阵来表示集群数据,每一行代表一个样本,每一列代表一个特征:
代码语言:txt
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data <- matrix(data, nrow = num_samples, ncol = num_features)
  1. 根据集群数据创建覆盖圆图:
代码语言:txt
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circos.trackPlotRegion(ylim = c(0, 1))
for (i in 1:num_samples) {
  circos.lines(1:num_features, data[i,], col = cluster_colors[i])
}

其中,cluster_colors是一个向量,包含每个样本对应的颜色。

  1. 添加刻度标签和标题等其他元素:
代码语言:txt
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circos.axis(h = "outside")
circos.text(1:num_features, labels = feature_names, facing = "bending")
title("Cluster Coverage Circle Plot")

完整的代码示例:

代码语言:txt
复制
install.packages("circlize")
library(circlize)

circos.initialize()

data <- matrix(data, nrow = num_samples, ncol = num_features)

circos.trackPlotRegion(ylim = c(0, 1))
for (i in 1:num_samples) {
  circos.lines(1:num_features, data[i,], col = cluster_colors[i])
}

circos.axis(h = "outside")
circos.text(1:num_features, labels = feature_names, facing = "bending")
title("Cluster Coverage Circle Plot")

这样就可以在R中可视化覆盖圆图的集群了。

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