首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

如何在Rmarkdown包vignette中嵌入rgl快照

Rmarkdown是一个用于创建动态文档的R包,而vignette是R包中用于提供示例和教程的文档。嵌入rgl快照可以让我们在vignette中展示3D图形和交互式可视化。

要在Rmarkdown包vignette中嵌入rgl快照,可以按照以下步骤进行操作:

  1. 安装和加载必要的包:首先,确保已经安装了rgl包和Rmarkdown包。可以使用以下命令安装这两个包:
代码语言:txt
复制
install.packages("rgl")
install.packages("rmarkdown")

然后,加载这两个包:

代码语言:txt
复制
library(rgl)
library(rmarkdown)
  1. 创建一个新的Rmarkdown vignette:使用以下命令创建一个新的Rmarkdown vignette文件:
代码语言:txt
复制
rmarkdown::draft("my_vignette.Rmd", template = "package", package = "mypackage")

这将创建一个名为my_vignette.Rmd的文件,其中"mypackage"是你的包名。

  1. 在Rmarkdown vignette中嵌入rgl快照:在my_vignette.Rmd文件中,可以使用以下代码块来嵌入rgl快照:
代码语言:txt
复制
```{r rgl_snapshot, fig.cap = "My rgl snapshot", fig.show = "hide"}
library(rgl)
open3d()
# 在这里添加你的rgl代码来创建3D图形
rgl.snapshot("my_snapshot.png")
代码语言:txt
复制

在上面的代码块中,我们首先加载rgl包并创建一个新的3D场景。然后,你可以添加你的rgl代码来创建所需的3D图形。最后,使用rgl.snapshot函数将当前的3D场景保存为一个快照文件(例如my_snapshot.png)。

4. 构建和呈现vignette:使用以下命令构建和呈现vignette:

```R
rmarkdown::render("my_vignette.Rmd")

这将生成一个HTML或PDF格式的vignette文档,其中包含嵌入的rgl快照。

总结: 在Rmarkdown包vignette中嵌入rgl快照的步骤包括安装和加载必要的包、创建一个新的Rmarkdown vignette、在Rmarkdown vignette中嵌入rgl快照,并最后构建和呈现vignette。通过这些步骤,我们可以在vignette中展示3D图形和交互式可视化。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

93-R分享06-Rmd的多种输出格式

R Markdown文件(.Rmd)文件支持多种输出, 网页(html_document)、MS Word(word_document)、PDF(pdf_document, 需要LaTeX编译器支持)...不过,对于内容的输出图片来说,其结果会保存在一个文件夹: 这时候有两个选择: 将图片上传到图床,并不在Rmd 输出图片,这也是我一直使用的方法; 利用Mweb 的发布服务,将本地图床一键全部上传到云端...输出的方法 这些内容我们除了可以直接在yaml 头部文件设置外,还可以使用命令render特别设置: render("1-example.Rmd", output_format = "word_document...[18]tufte::tufte_book: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/tufte-handouts.html [19]html_vignette: https...://bookdown.org/yihui/rmarkdown/r-package-vignette.html [20]github_document: https://rmarkdown.rstudio.com

2.2K20
  • R沟通|设置xaringan主题

    简介 上一期我们讲解了如何使用谢益辉写的xaringan[1]制作幻灯片,推文在这:R沟通|用xaringan制作幻灯片。但是最后留了一个小尾巴,如果你不喜欢最原始版本的主题的话。...更多细节和示例可以在vignette(“ggplot2-themes”)中找到。...使用Tab键 在RStudio打开该模板 你也可以跳过上述内容,仅从RStudio的“新建Rmarkdwon文档”菜单创建一个“Ninja Themed Presentation”。 ?...在Rmarkdown你也可以加入表情哦!不妨试试😎 如果你对Rmarkdown制作文本沟通系列感兴趣,可以看前几次推文。...xaringanthemer/articles/xaringanthemer.html#themes [5] showtext: https://github.com/yixuan/showtext [6] 如何在写轮眼中加入元素

    1.2K40

    用 R Bookdown 做本书,上线

    unsetunsetBookdown 的优势unsetunset Bookdown 是著名 R 作者谢益辉开发的,主要服务于数据科学家和统计学家,但它的灵活性和易用性也使得其他领域的作者能够利用它来撰写...而 RMarkdown 是建立在 Markdown 基础之上的一种语言,旨在方便将文本和代码混合在同一个文件。 用途:Markdown 主要用于编写格式化文本,网页、文章、文档等。...而 RMarkdown 则专门设计用于数据分析与报告,允许在同一个文件交织代码 (通常是 R 代码) 和文字说明。 代码执行:Markdown 无法直接执行代码,只能将代码块展示为格式化文本。...而 RMarkdown 可以执行嵌入的代码块,将结果动态渲染到文档。这对于分析报告和可重复研究非常有用。 输出格式:Markdown 通常会被渲染为 HTML、PDF 等格式。...而 RMarkdown 主要由 R 生态圈的工具支持, RStudio IDE。

    11710

    R:如何使用RMarkdown渲染中文pdf报告

    Rmarkdown作为一种将R等编程语言和Markdown的简洁语法结合在一起的增强版Markdown语法,其在报告输出、数据分析、沟通交流的易用性和便利性已得到了足够的体现。...Rmarkdown的一个重要特点就是可以在普通Markdown语法之上内嵌R等语言代码,并可以格式化输出和展示代码的结果,展示图表等。...似乎是谢益辉(https://yihui.org/)的rticles出现了bug,所以更确切的说,本文是展示如何在Rstudio中使用rticles的CTex模板完成中文pdf报告的渲染。...RMarkdown渲染成pdf是先渲染成LaTeX,然后再转成pdf的,所以上面的准备工具也可以看到需要安装一种LaTeX编译环境,此处是使用益辉大佬的tinytex自动安装的当前系统可用的tinytex...益辉大佬将很多杂志的Rmarkdown模板整理成rticles,这样可以直接创建相应的RMarkdown模板,新建的CTex模板如图所示: ?

    4.3K10

    学习R语言,一篇文章让你从懵圈到入门

    在实际工作,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。具体如下: ?...HAWQ数据库的数据 dplyr:提供了一个访问常见数据库的接口 data.table:data.table的fread()函数可以快速读取大数据集 git2r:用于访问git仓库 数据整理 以下...ggnetwork:网络状图形的geoms ggradar:绘制雷达图 ggTimeSeries:时间序列数据可视化 ggtree:树图可视化 ggseas:季节调整工具 lattice:生成栅栏图 rgl...rmarkdown :用于创建可重复性报告和动态文档 knitr:用于在PDF和HTML文档嵌入R代码块 flexdashboard:基于rmarkdown,可以轻松的创建仪表盘 bookdown...Server Pro:为企业级用户提供一个Shiny应用程序服务器 rsconnect:用于将Shiny应用程序部署到shinyapps.io plumber:用于将R代码转化为一个web API rmarkdown

    4.1K31

    Rmarkdown使用及转换为R文件

    Rmarkdown简介 想必熟悉小洁老师的学员们都有看过小洁老师发的如何做好你的R语言笔记,这也是马拉松课程的课前准备工作的一项——学习如何记录笔记。 那什么是Rmarkdown呢?...以下是R Markdown的一些主要特点和用途: 可嵌入R代码:在R Markdown文档,你可以直接嵌入R代码块,并使用R语言进行数据处理、分析和可视化。...你可以根据需要选择适合的输出格式,并使用相应的R和设置来生成最终的文档。 可嵌入文本和标记:除了R代码,你还可以在R Markdown文档嵌入文本、标题、段落、列表、链接、图片等。...动态生成结果:R Markdown可以自动执行R代码块,并将结果嵌入到文档。这意味着你可以在文档显示数据摘要、统计摘要、图表、表格和其他分析结果,而无需手动复制和粘贴。...可交互性和可重复性:R Markdown文档可以包含交互式元素,Shiny应用程序、可交互的图表和动态可视化。

    40630

    学习R语言,一篇文章让你从懵圈到入门

    在实际工作,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。...HAWQ数据库的数据 dplyr:提供了一个访问常见数据库的接口 data.table:data.table的fread()函数可以快速读取大数据集 git2r:用于访问git仓库 数据整理 以下...ggnetwork:网络状图形的geoms ggradar:绘制雷达图 ggTimeSeries:时间序列数据可视化 ggtree:树图可视化 ggseas:季节调整工具 lattice:生成栅栏图 rgl...rmarkdown :用于创建可重复性报告和动态文档 knitr:用于在PDF和HTML文档嵌入R代码块 flexdashboard:基于rmarkdown,可以轻松的创建仪表盘 bookdown...Server Pro:为企业级用户提供一个Shiny应用程序服务器 rsconnect:用于将Shiny应用程序部署到shinyapps.io plumber:用于将R代码转化为一个web API rmarkdown

    3.7K40

    学习R语言,一篇文章让你从懵圈到入门

    在实际工作,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。...:用于连接PostgreSQL数据库的R bigrquery用于连接Google BigQuery的R PivotalR:用于读取Pivitol(Greenplum)和HAWQ数据库的数据 dplyr...ggnetwork:网络状图形的geoms ggradar:绘制雷达图 ggTimeSeries:时间序列数据可视化 ggtree:树图可视化 ggseas:季节调整工具 lattice:生成栅栏图 rgl...rmarkdown :用于创建可重复性报告和动态文档 knitr:用于在PDF和HTML文档嵌入R代码块 flexdashboard:基于rmarkdown,可以轻松的创建仪表盘 bookdown:以...Server Pro:为企业级用户提供一个Shiny应用程序服务器 rsconnect:用于将Shiny应用程序部署到shinyapps.io plumber:用于将R代码转化为一个web API rmarkdown

    3.6K60

    rmarkdown+flexdashboard制作dashboard原型

    这里所说的解决方案不仅是指R语言里面有诸多的图形语法系统(比如base系统、grid系统、lattic系统等),更重要的是它拥有(目前比较成熟的)系统级输出方案,你可以理解为如何在项目中从一而终的组织你的分析内容...flexdashboard与shiny的扩展shinydoahboard异曲同工,将rmarkdown扩展除了灵活布局能力,使其基本具备了开发简易仪表盘的能力,而且兼容性很好,不仅可以满足本地各种格式的输出...flexdashboard支持故事版功能(很好用的功能,与tableau的故事版如出一辙)。 flexdashboard同时也支持将shiny部件嵌入文档来实现可视化的动态更新。...Data Table DT输出的表格支持动态筛选和分页功能,交互体验很有特色。...嵌入rmarkdown文档,实现动态更新数据 ### Contact Rate ```{r} renderGauge({ rate <- computeContactRate(input$region

    4.3K30

    R沟通|Bookdown中文书稿写作手册(上)

    这本小册子可视为一个写中文书稿的Bokdown模板,也是中文Bookdown写作的一本说明书,其中汇总了书稿几大核心要素的写作技巧。...针对代码伴随,早期对这类图书有二个解决方案: Sweave/knitr + R 本质上它是在 TEXTEX 嵌入R代码块,并由R在后台运行后将结果也嵌入到 TEXTEX ,再由 TEXTEX 的编译引擎生成...随着Rstudio的越来越成熟与强大(得益于许多优秀的出现,knitr, kableExtra), Rstudio不仅是一个很好的代码编辑器(Eidtor), 也是一个非常好的集成开发环境(IDE)...Rmarkdown 视频新增两节视频(写轮眼幻灯片制作)需要视频内的文档,可在公众号回复【rmarkdown】 R沟通|Rmarkdown教程(4) R沟通|Rmarkdown教程(3) R沟通...|Rmarkdown教程(2) R沟通|Rmarkdown教程(1)

    2.2K21

    Seurat软件学习11-细胞周期内容的分析

    图片 代码来源:https://satijalab.org/seurat/articles/cell_cycle_vignette.html Cell-Cycle Scoring and Regression...我们展示了如何在scRNA-seq数据减轻细胞周期异质性的影响,方法是根据典型的标记物计算细胞周期阶段的分数,并在预处理期间将这些分数从数据回归。...你可以在这里下载运行这个小流程所需的文件https://www.dropbox.com/s/3dby3bjsaf5arrw/cell_cycle_vignette_files.zip?dl=1。...在某些情况下,我们发现这可能会对下游分析产生负面影响,特别是在分化过程小鼠造血),干细胞处于静止状态,而分化细胞正在增殖(或相反)。...GIMAP6, IGHM, CD24A, MN1 ## PC_ 4 ## Positive: CSRP3, ST8SIA6, SCIN, LGALS1, APOE, ITGB7, MFSD2B, RGL1

    88530

    R文档沟通|Dashboards入门(1)

    简介 在本章,我们将介绍基于 flexdashboard[1] 的仪表盘。 仪表盘在业务风格的报告特别常见。它们可以用来突出报告的概要和关键内容。...仪表盘的布局通常是基于网格搭建的,各个组件排列在各种大小的“盒子”。 使用 flexdashboard ,你可以 使用 R Markdown 将一组相关数据可视化作为指示盘进行发布。...嵌入各种各样的组件,包括 HTML 小部件、R 图形、表格数据和文本注释等内容。 可以指定按行或列进行布局(各组件会自动调整大小以填满浏览器,并且在移动设备上也十分适配)。...当然Rstudio官网也给出了该的视频介绍[3],小编搬运来在b站啦!讲的比我好多了! 拓展 flexdashboard的Rstudio官网[4]给出了非常多的模板,如下所示: ?...最近有幸加入了Rmarkdown中文书写作及翻译的队伍,这个应该算是我任务的一部分吧(初稿)。之后还有两期把flexdashboard讲清楚,分享给大家。

    1.4K30

    「R」Rmarkdown与Shiny

    Rmarkdown Rmarkdown扩展了markdown的语法,所以markdown能写的,Rmarkdown能写,后者还提供了一些新的特性,特别是图表,很nice。...嵌入表格和图表 这也是rmarkdown吸引人的地方,通过R代码直接输出表格和图!这有赖于益辉大神写的knitr。...,JavaScript库(例如DataTables)可以很方便将大数据集嵌入网页,它可以自动执行分页,也支持搜索与筛选。...下面说说如何嵌入图。 一般的图非常简单,和平常写R代码一样,不过不在.R写,而是在.Rmd写,将你的代码写入如下的代码框,使用Control+Alt+i可以直接插入一个代码框。...嵌入交互图 前面演示的都是静态的,现在咱们来玩动态的。 ggvis是RStudio开发的一个交互图扩展,她利用Vega作为后端支持。

    3.2K30

    将rmd文件输出为含中文的pdf:踩过的坑及最终解决

    Rmarkdown模板,名字为CTeX,效果如图。...RMarkdown渲染成pdf是先渲染成LaTeX,然后再转成pdf的,所以上面的准备工具也可以看到需要安装一种LaTeX编译环境图片Rmd输出过程首先R Markdown会将Rmd文件转化为一个名为...提供了适用于各类场景的rmd模板,安装以后便可以选择支持中文的模板,在rstudio菜单栏依次选择file->new file->R Markdown,然后选择下图所示的模板。...输出pdf首先需要latex的支持,因此要下载tinytex,而此时输出pdf,则会出现“只有英文没有中文”的情况(936 error),此时安装rticles,选择支持中文pdf的ctex格式,就解决问题了...官方帮助文档如何在Linux系统rmd转pdf?

    54810

    R简单教程

    R概述 R是什么 R,类似C、Python库的概念,指包含特定领域的函数、数据、文档等的集合。通过调用,可以直接使用现成的数据、函数等,使开发方便快捷高效。...为什么学习R R的强大在于包含了各种各样的,使用非常有利于便捷开发。 一些功能在现有的并不存在,需要自己实现,实现后通过打包方便代码的复用。...man/: R函数手册目录,包含了定义函数的手册。 vignettes/: R项目目录,包含了本项目的使用指导。 tests/: R函数测试目录,包含了定义函数的测试及功能的测试。...R函数,以后每次需要函数的时候,直接载入就可以了,方便快捷。...生成文档的方法如下: devtools::use_vignette("hello-tutorial") 生成文档后,使用rmarkdown的语法进行编写如下: --- title: "Hello_Tutorial

    1.8K100

    「R」R 基础语法与获取帮助

    比如,如果我们想要得到grDevices的帮助文档,可以使用: > library(help="grDevices") 有些函数(尤其是Bioconductor的函数)会包含至少一个指南文档(vignette...比如,查看affy的指南文档: > vignette("affy") 想要查看已加载的所有的指南文档,可以使用下面命令: > vignette(all=FALSE) 想要查看已安装的所有的指南文档...,使用: > vignette(all=TRUE) 最后介绍一下在实战如何去搜索和学习一个 R : 打开浏览器,使用你自己最喜欢的搜索引擎 使用 CRAN 名(优先)或Bioconductor...名 的方式搜索一个CRAN UCSCXenaTools,一般会看到类似下图的信息: ?...,一般是网页或 PDF 文件,如果你想要把一个应用到自己工作,这些文档尽量都阅读一下

    54411

    R语言实例:利用css对shiny页面优化及htmlwidgets创建控件

    摘要 本演讲将介绍如何利用CSS对shiny页面进行个性化设计及在网页嵌入视频;并通过一个详细案例介绍了利用htmlwidgets开发HTML控件,基于D3.JS库创建简单的交互桑基图,包括控件创建...3、将样式直接添加到HTML控件标签:直接在用户界面的单个HTML元素添加CSS样式,优先级高于其他的CSS源。...创建新 创建一个新名为myd3plus,将会生成treemap.R、treemap.ymal和treemap.js三个文件。...修改treemap.R的文件配置 在treemap.R,删除message=message命令,增加data=data命令。...与Rmarkdown结合 利用htmlwidgets创建的控件,很容易与Rmarkdown和Shiny结合。 ? 我的分享到此结束,谢谢大家!

    2.7K60
    领券