在Snakemake中创建嵌套循环可以通过使用动态规则和参数化规则来实现。以下是一个示例:
首先,我们需要定义一个参数化规则,用于生成需要嵌套循环的任务列表。假设我们有两个参数,A和B,它们分别取值为[1, 2, 3]和[4, 5, 6]。我们可以使用product函数来生成所有可能的组合:
A = [1, 2, 3]
B = [4, 5, 6]
rule all:
input:
expand("output/{a}_{b}.txt", a=A, b=B)
rule generate_tasks:
output:
"tasks.txt"
run:
with open(output[0], "w") as f:
for a, b in product(A, B):
f.write(f"{a}\t{b}\n")
接下来,我们可以使用动态规则来读取任务列表,并为每个任务创建一个规则。我们可以使用include函数来动态加载规则文件:
rule all:
input:
expand("output/{a}_{b}.txt", a=A, b=B)
rule generate_tasks:
output:
"tasks.txt"
run:
with open(output[0], "w") as f:
for a, b in product(A, B):
f.write(f"{a}\t{b}\n")
include: "tasks.txt"
rule process_task:
input:
task_file="tasks.txt"
output:
"output/{a}_{b}.txt"
params:
a=lambda wildcards: wildcards.task.split("\t")[0],
b=lambda wildcards: wildcards.task.split("\t")[1]
run:
a = params.a
b = params.b
# 执行任务的代码
shell("echo {a} {b} > {output}")
在这个例子中,我们使用include函数加载了一个名为"tasks.txt"的规则文件。该文件包含了所有需要执行的任务,每行一个任务,以制表符分隔参数A和B的值。在process_task规则中,我们使用params来动态获取任务的参数,并将其传递给任务的执行代码。
通过这种方式,我们可以在Snakemake中创建嵌套循环,并为每个循环创建一个任务。这样可以方便地处理多个参数组合的情况,提高工作效率。
请注意,以上示例中的代码仅用于演示目的,实际使用时需要根据具体需求进行适当修改。
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