首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

如何在VMD上绘制多个pbc盒子?

在VMD上绘制多个pbc盒子需要进行以下步骤:

  1. 打开VMD软件,并加载需要绘制pbc盒子的分子结构文件。可以通过菜单栏的File -> New Molecule选项或者快捷键Ctrl+N来创建一个新的分子结构。
  2. 使用菜单栏的Graphics -> Representations选项或者快捷键Ctrl+R,打开Representations窗口。在该窗口中,可以设置分子结构的显示方式和可视化效果。
  3. 在Representations窗口中,选择Atoms并勾选Display选项。接下来,点击左侧的Selection按钮,在弹出的对话框中输入选择命令来选定需要显示的分子结构。
  4. 在Representations窗口中,选择Box,并勾选Display选项。然后,通过设置Dimensions选项来确定pbc盒子的大小。可以手动输入长、宽、高的数值,也可以通过鼠标进行拖动和调整。
  5. 点击Apply按钮,即可在VMD的主窗口中显示出带有pbc盒子的分子结构。
  6. 如果需要绘制多个pbc盒子,可以重复上述步骤,并选择不同的分子结构或调整pbc盒子的位置和大小。

需要注意的是,VMD是一款功能强大的分子可视化软件,适用于生物、化学、材料等领域的分子结构研究。在云计算领域,VMD可以用于可视化分子模拟、药物设计、蛋白质结构分析等任务。

腾讯云提供了云计算平台和各种云服务,例如弹性计算、容器服务、人工智能、大数据等。具体与VMD相关的产品和服务,可参考腾讯云的云计算平台介绍页面(https://cloud.tencent.com/solution/hpc)以及相关产品文档和案例。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

  • 如何识别度量数据中的改进信号

    MR(Moving Range)图表的数据,对应其上方X图表中每两个连续数据点之间差异的绝对值(即总是正数)。即X图表中后一个数据值减去前一个数据值的差的绝对值,就是后一个数据在MR图表的数据。...只有在模版中输入数据,就能自动绘制PBC图表。 图2中已经框出了判断不可预测的信号的4个规则的例子。可以对照这些例子,来理解下面判断不可预测的信号的4个规则。...再看一个通过PBC图表,发现经验信号的例子。图4是根据我最近9天的体重绘制PBC图表。从中能看出,6月16日的数据,要低于X图表的下限74.49,并且竟然达成了我的把体重控制在75公斤的目标。...用PBC图表实现度量驱动改进的步骤 1. 选择行动指标 首先要选择行动指标(actionable)(网页转化率)进行度量。不要度量虚荣指标(网页访问量)。...绘制PBC图表 点击参考资料2中页面的链接,获取excel格式的PBC模版。然后在表中Data一列输入事先准备好的度量数据。数据的个数以20个为最佳。如果没有那么多,那至少准备6个数据。

    1.2K30

    autodock分子对接结果分析_分子对接公司

    官网下载安装http://mgltools.scripps.edu/downloads 2、对接体系选择 PDB搜索 进入PDB,搜索“drug complex”,检索出蛋白+小分子复合物,大体看了一下...进入VMD进行可视化,可以看出来小分子结合没有导致蛋白质结构发生大变化。因此可以选用这个体系。...Grid->Macormolecule->Open打开之前处理好的刚性残基文件; Grid->Set Map Types->Open Ligand,打开配体文件;Grid-> Grid Box准备一个大盒子...最理想的位置是在原来配体的附近,而且最佳的盒子大小是正好包含活性位点,并且格点间隔要稍微小一点(格子越大,精度越小)。 版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。...发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

    2.6K20

    VMD可视化hdf5格式的分子轨迹文件

    层级结构,可读性相对较好,有silx view这样轻量级的软件可以直接高效读取hdf5文件的内容; 压缩率高,存储下来的文件大小远小于csv等明文数据格式; 支持数据帧读取,有很多高效的数据处理软件vaex...在确定需要选择hdf5格式的文件作为分子动力学轨迹的存储格式之后,我们需要考虑下一步如何在已有的可视化软件,VMD中,去展示hdf5格式的轨迹文件。...有一个开源软件叫VMD-h5mdplugin专门支持了在VMD显示hdf5格式的分子轨迹文件。...源码安装 首先我们需要将Gitee代码仓的代码clone下来: $ git clone https://gitee.com/helloyesterday/VMD-h5mdplugin.git 正克隆到...效果展示 安装完成后,让我们来看看效果: 感兴趣的童鞋可以通过该链接下载文件到本地测试一下,下载解压之后,直接用vmd xxx.h5md即可(这里的h5md格式本质还是hdf5,只是在名称稍作调整

    64010

    Python实现“EMDEEMDVMD+Hilbert时频图”与“CWT小波时频图”

    在其基础,集成经验模态分解(EEMD)在EMD分解前加不同的高斯白噪声,一定程度上抑制了“模态混叠”,但增加了计算成本。...,VMD分解采用的是GitHub的vmdpy代码,fftlw是笔者之前博文写的快速傅里叶变化代码,请自行下载。...、CWT小波时频图   连续小波时频图是转载自知乎文章 连续小波变换(CWT)时频图绘制 python实现 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Fri Dec...理论100、200、300Hz的颜色应一样亮: 版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。...发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

    4.5K40

    “链引擎”入驻案例 | 每天超过35万条存证链,长安链支撑链价值流动

    本期重点介绍“PBC计划”入驻单位—区块链可信存证平台-至信链。...针对金融纠纷场景电子证据多、认定难、成本高的现状,至信链推出金融电子证据存证解决方案,金融机构线上业务发生时,对关键证据(借款合同、身份认证、放款凭证)进行区块链存证,从技术保障电子证据的真实性,同时保护交易数据原文等商业秘密...此方案在中国建设银行总行及9个分行得到应用并复制到多个其他商业银行。...腾讯云至信链现已驻长安链“链引擎”(PBC)计划,后续将可以得到PBC计划“技术力、品牌力、生态力、价值力”等四大引擎持续赋能。...,申请加入长安链“链引擎”PBC计划。

    61510

    CSS3笔记

    background-clip 规定背景的绘制区域。...flex-end:弹性盒子元素的侧轴(纵轴)起始位置的边界紧靠住该行的侧轴结束边界。 center:弹性盒子元素在该行的侧轴(纵轴)居中放置。...(如果该行的尺寸小于弹性盒子元素的尺寸,则会向两个方向溢出相同的长度)。 baseline:弹性盒子元素的行内轴与侧轴为同一条,则该值与'flex-start'等效。...center:弹性盒子元素在该行的侧轴(纵轴)居中放置。(如果该行的尺寸小于弹性盒子元素的尺寸,则会向两个方向溢出相同的长度)。...baseline:弹性盒子元素的行内轴与侧轴为同一条,则该值与'flex-start'等效。其它情况下,该值将参与基线对齐。

    3.6K30

    SAP S4 HANA业务伙伴工具集(BDT)

    程序逻辑: •每个应用程序的事件(读取数据、检查数据、保存数据) •表事件(应用程序/功能组之间的通信 •每个视图的事件 o用于准备表(排序等)的PBC事件 o数据输入前的PBO事件从定制表中读取文本、...BUS4)小节表示屏幕区域,并包含一个或多个视图视图(事务BUS3)视图表示技术屏幕(Dynpro),并包含一个或多个字段组字段组(事务处理BUS2)字段组包含一个或多个字段视图视图是BDT中最重要的元素之一...它是配置(定制对象)和工作台对象(PBO/PAI功能模块)之间的连接。视图定义字段收集在一个视图中,如果: •具有相同的上下文 •检查是相同的 视图中的字段位于子屏幕,每个视图都分配给技术子屏幕。...视图可以用于多个对象(BP角色)。...您可以看到分配给字段组3379的3个字段: SPERQ_TXT–字段值描述的文本字段 GS_LFA1-SPERQ–技术屏幕字段(输入字段),通过导航到视图CVIV60的屏幕绘制器,您可以看到技术屏幕字段

    45530

    Unity 如何实现框选游戏战斗单位

    Preface 本文简单介绍如何实现即时战略游戏中框选战斗单位的功能,如图所示: 框选战斗单位 实现思路: 本文将该功能的实现拆分为以下部分: •在屏幕坐标系中绘制框选范围;•根据框选范围定位其在世界坐标系中对应的区域...✨ 如何在屏幕坐标系内绘制框选框 使用Line Renderer光线渲染器组件来进行范围绘制,当鼠标按下时,可以获得框选范围的起始点,鼠标持续按下时,鼠标位置则是框选范围的结束点,根据这两个点的坐标可以求得另外两个顶点的坐标...;•halfExtents:该盒子长宽高的一半。...= null) { outline.enabled = true; } } 如图所示,我们已经实现了基本的框选功能: 框选功能 在框选时,还需要清除一次框选的内容,因此我们使用一个...Input.GetMouseButtonUp(0)) { //取消光线渲染器 lineRenderer.enabled = false; //首先清除一次的框选记录

    1.1K20

    “万能钥匙”可以打开大脑:脑刺激个性化医疗的新领域

    为此,他们设计了两种工具:一种新颖的电刺激波,用于绘制大脑活动图;一种新的机器学习技术,可以从刺激过程中收集的大脑数据中学习地图。...在每一个案例中,他们第一次能够预测跨多个区域的大脑活动结果。...Shanechi和她的团队此前已经开发了一些机器学习技术,可以从大脑活动中解码精神障碍的症状,情绪。...现在,他们有了更好地预测刺激如何在个体基础上影响大脑活动的新能力,他们寻求将他们的发现结合起来,为精神障碍的个性化治疗。...Shanechi表示:“通过把这两个盒子放在一起,我们希望建立一个闭环脑机接口,通过实时跟踪大脑活动的症状,并通过预测刺激的变化如何改变活动,来调整电刺激治疗的剂量,从而改变这些症状。”

    35810

    【FFmpeg】Filter 过滤器 ③ ( 文字水印 - drawtext 过滤器 | drawtext 过滤器支持库编译配置 | drawtext 过滤器常用参数 )

    ffmpeg-codecs.html 一、文字水印 - drawtext 过滤器 1、drawtext 过滤器简介 drawtext 过滤器 是 FFmpeg 中的一个 视频过滤器 , 用于 在 视频画面帧 绘制文本...设置要添加的 文本 , 参数值 类型是字符串 ; 参数选项 : text='Hello World' ; 完整的 过滤器 选项 : drawtext=text='Hello World' , 如果有多个选项...- box / borderw / boxcolor 使用 box 参数 , 可以设置 文字水印 的 背景盒子 ; 显示 文字水印 时 , 可以显示一个背景盒子 , 这个盒子类似于 CSS 中的盒子..., 可以设置边框 , 背景颜色 , 边框可以分别设置 四个方向 的边框属性 , 宽度和颜色 ; box 参数可设置三个值 : 1 : 绘制方框 ; 0 : 不绘制方框 ; borderw : 绘制带有指定边框宽度的方框...: 0xFF0000 ; 颜色英文名称 : 使用 颜色的英文名称 表示颜色 , : white 白色 , black 黑色 ; 十六进制颜色值 : 使用 十六进制颜色值 表示颜色 , : #FF0000

    69910

    5G边缘网络虚拟化的利器:vCPE和SD-WAN

    对于5G来说,一个重大的改变是如今的虚拟化趋势,SDN、NFV、分布式云和网络切片。 正因如此,整个无线网络基础设施将需要实现从核心到边缘,从专有硬件/软件组件到虚拟网络功能的转变。...通过使用NFV和SDN对网络进行抽象,运营商将不再依赖于专用硬件,EPC或RAN。...NFV允许虚拟化功能在基于x86的开放平台硬件运行。例如DPI、防火墙、SD-WAN和vCPE的成功部署。 从架构到无线接入,NFV能够以各种方式改进5G。...SDN将如何在5G核心网和接入网上运行? 5G核心网和接入网可能会使用网络切片技术将一个物理基础设施分割成多个虚拟网络,以便每个片在相同的基础设施下提供不同的且唯一的连接。...有些盒子会带有一个外部USB/调制解调器端口,用于5G连接或将无线集成到盒子本身。 在5G使用SD-WAN有什么好处? 识别异常和DDoS攻击。 优先考虑流量和QoS。

    1.4K10

    VUE+WebPack游戏设计:'乘法防线'游戏设计

    同时为了便于在canvas绘制图案,我们引入一个第三方库叫做CreateJS,它能帮我们管理在canvas绘制的各种图形。 ? 乘法防线的游戏目的是为了帮助小学生学习乘法运算法则。...游戏的主要内容是,很多个盒子从天而降,盒子里面含有一个数字,在界面的底部,有两排数字按钮,玩家选择底部两个数字按钮,点击后游戏会计算玩家选中的两个按钮数值乘机,如果乘机结果跟正在下落的盒子数值一样,那么这个盒子就会爆掉...当盒子下落超过底边防线时,游戏就结束了。 从技术看,游戏的一大要点在于如何使用html5的canvas对象绘制图案,并且如何利用canvas接口实现绚丽的动画效果。...接下来我们看看如何绘制含有数字的盒子。...CreateJS 提供的这些接口类,目的是让我们方便的在canvas绘制各种复杂的图形图像,或者是高效的显示动画效果。

    80520

    一文 get 入门 canvas 的最佳路径

    咱们一起来看看这个问题,这个问题问了两个小问题: 1.如何在 canvas 绘制多边形? 2.鼠标怎么选中绘制的某一个图形? 那么咱们就来分为两个问题解答。...以上这些步骤会用到一些 API: beginPath() 新建一条路径,生成之后,图形绘制命令被指向到路径生成路径。 closePath() 闭合路径之后图形绘制命令又重新指向到上下文中。...现在绘制多边形就没有什么问题了。 canvas 找出指定的图形 首先,完成描述一下这个问题:按下鼠标,如何判断出选中了某一个图形? 比如下图: ?...很形象的一个例,就是公司发的月饼盒子,就是里面圆圆的月饼 ? 的包围盒。 包围盒的方案有个缺点,选取的范围比较粗。比如上图的红框,框选了不是多边形部分的内容。...分出来了多个包围盒,这种情况在图形特别复杂的时候,包围盒这个方案就有点粗糙了。 还有下图这种,实心和空心圆,用包围盒也就非常的不友好。 ? 那怎么办?

    91261

    CSS揭秘:特殊形状绘制自适应椭圆、梯形和平行四边形

    目录: 1、自适应椭圆的绘制 2、平行四边形的绘制 3、切角效果 4、梯形标签页 1、自适应椭圆的绘制 问题描述:我们知道只要给border-radius设定固定值或百分比就能实现圆角的效果,但椭圆要如何实现呢...实际我们可以用border-radius单独设定指定水平和垂直半径,形成椭圆角的效果,如下代码的效果就是四个角度是椭圆的角。...border-radius: 50% / 50%; 另外border-radius可以单独设置四个角的水平和垂直半径,方式就是:border-radius:四个水平/四个垂直,:border-radius...: 50%/ 0 100% 100% 0;就能画出如下的效果,非常好用: 2、平行四边形的绘制 问题描述:我们实现平行四边形首先想到的方法就是transform进行形变,但这样会影响道盒子内部的内容,有没有其他替代方案呢...transparent 15px, #58a 0); 但是如果要实现两个或更多的切角该怎么实现呢,首先尝试写两次命令,发现后面的背景设置会覆盖前面的,导致失效 这里通过background-size设置多个背景的大小

    42310

    当Sklearn遇上Plotly,会擦出怎样的火花?

    多线拟合 同样,在绘制多个变量及多个子图时,也不需要设置多画布,只要设置好参数 'x','y','facet_col','color' 即可。...这里使用Scatter绘图,可以通过用不同的颜色着色训练和测试数据点,将训练集与测试集数据及拟合线绘制在同一张画布,即可很容易地看到模型是否能很好地拟合测试数据。 ?...单个函数调用来绘制每个图形 第一个图显示了如何在单个分割(使用facet分组)可视化每个模型参数的分数。 每个大块代表不同数据分割下,不同网格参数的R方和。...第二个图汇总了所有分割的结果,每个盒子代表一个单一的模型。三组盒子代表三个不同的树深度'max_depth',每组中不同颜色的盒子代表不同的评价标准'criterion'。...此处主要是将模型的预测概率、模型效果可视化,假正率真正率曲线图、绘制ROC曲线图等。

    8.5K10
    领券