在snakemake profile yaml文件中,可以通过定义key=var参数来设置参数。
具体步骤如下:
- 打开snakemake profile yaml文件,该文件通常位于用户的home目录下的.snakemake/profiles目录中,如果不存在该目录,则需要手动创建。
- 在yaml文件中,可以使用以下语法来定义key=var参数:
- 在yaml文件中,可以使用以下语法来定义key=var参数:
- 其中,key是参数的名称,var是参数的值。
- 可以根据需要定义多个参数,每个参数占据一行,例如:
- 可以根据需要定义多个参数,每个参数占据一行,例如:
- 上述示例中,定义了三个参数,分别是input_file、output_dir和threads。
- 参数的值可以是字符串、整数、浮点数等类型,根据具体需求进行设置。
- 在定义参数时,可以根据需要添加注释,以#符号开头,例如:
- 在定义参数时,可以根据需要添加注释,以#符号开头,例如:
- 注释可以提高代码的可读性,方便他人理解参数的用途。
在定义完参数后,可以在snakemake规则文件中使用这些参数。例如,可以通过config["input_file"]
来获取input_file参数的值。
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