在snakemake中处理配置文件中提供的ftp链接,可以通过以下步骤实现:
ftp_link: ftp://example.com/path/to/file.txt
rule some_rule:
input:
...
output:
...
params:
ftp_link=config["ftp_link"]
shell:
"""
some_command {params.ftp_link} ...
"""
在params中的config["ftp_link"]
即是读取配置文件中的ftp链接参数。
from ftplib import FTP
# 解析ftp链接
ftp_link = "ftp://example.com/path/to/file.txt"
ftp_parts = ftp_link.split("/")
ftp_host = ftp_parts[2] # example.com
ftp_path = "/".join(ftp_parts[3:]) # path/to/file.txt
# 连接到ftp服务器
ftp = FTP(ftp_host)
ftp.login()
# 下载文件
local_file = "file.txt"
with open(local_file, "wb") as f:
ftp.retrbinary(f"RETR {ftp_path}", f.write)
# 关闭连接
ftp.quit()
以上代码将ftp链接分割为主机和路径,然后使用ftplib连接到ftp服务器,下载文件并保存到本地。
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