在snakemake文件中添加sbatch选项,如--wait,可以通过在rule的定义中使用params参数来实现。params参数可以用于传递额外的参数给rule的执行部分。
首先,在需要添加sbatch选项的rule中,可以在rule的定义中添加一个params字段,用于接收sbatch选项的值。例如:
rule my_rule:
input:
"input.txt"
output:
"output.txt"
params:
sbatch_options="--wait"
shell:
"""
sbatch {params.sbatch_options} my_script.sh {input} {output}
"""
在上述示例中,params字段中的sbatch_options接收了"--wait"作为sbatch选项的值。
然后,在shell部分的命令中,可以使用{params.sbatch_options}来引用sbatch选项的值,并将其传递给sbatch命令。
这样,在执行snakemake时,sbatch选项"--wait"将会被添加到sbatch命令中。
注意:上述示例中的my_script.sh是一个示意的脚本文件,你需要根据实际情况替换为你自己的脚本文件。
推荐的腾讯云相关产品和产品介绍链接地址:
请注意,以上推荐的腾讯云产品仅供参考,具体选择应根据实际需求和情况进行。
没有搜到相关的沙龙
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云