如何在snakemake文件中添加sbatch选项，如--wait

在snakemake文件中添加sbatch选项，如--wait，可以通过在rule的定义中使用params参数来实现。params参数可以用于传递额外的参数给rule的执行部分。

首先，在需要添加sbatch选项的rule中，可以在rule的定义中添加一个params字段，用于接收sbatch选项的值。例如：

rule my_rule:
    input:
        "input.txt"
    output:
        "output.txt"
    params:
        sbatch_options="--wait"
    shell:
        """
        sbatch {params.sbatch_options} my_script.sh {input} {output}
        """

在上述示例中，params字段中的sbatch_options接收了"--wait"作为sbatch选项的值。

然后，在shell部分的命令中，可以使用{params.sbatch_options}来引用sbatch选项的值，并将其传递给sbatch命令。

这样，在执行snakemake时，sbatch选项"--wait"将会被添加到sbatch命令中。

注意：上述示例中的my_script.sh是一个示意的脚本文件，你需要根据实际情况替换为你自己的脚本文件。

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