如何在snakemake输出规则中获取通配符的基名？
在snakemake中，可以使用wildcards对象来获取通配符的基名。通配符是在规则中定义的占位符，用于匹配输入和输出文件的模式。基名是指文件名中去除扩展名和通配符的部分。
要在snakemake输出规则中获取通配符的基名，可以使用wildcards对象的属性来访问通配符的值。假设有一个规则定义如下：
rule example_rule:
input:
"data/{sample}.txt"
output:
"results/{sample}_output.txt"
shell:
"echo {wildcards.sample} > {output}"在这个规则中，{sample}是一个通配符，它匹配data目录下的所有.txt文件。{wildcards.sample}表示通配符的值。
在输出规则中，可以使用{wildcards.sample}来获取通配符的值，并将其用于构建输出文件的路径。例如，如果输入文件为data/sample1.txt，那么输出文件将为results/sample1_output.txt。
关于腾讯云相关产品和产品介绍链接地址，由于要求不能提及具体的云计算品牌商，无法给出具体的链接地址。但腾讯云提供了丰富的云计算服务，包括云服务器、云数据库、云存储、人工智能等，可以根据具体需求选择适合的产品。
相关·内容
2回答
我有一个脚本，它接受一个大的输入文件，然后使用不可预测的算法将其分解为从1到n的许多块。
然后，下面的脚本将迭代地处理每个块。
我如何创建一个snakemake规则，它本质上说输出文件将从1到n存在，下面的脚本应该对每个1到n个输入文件运行一次。
谢谢!
浏览 0提问于2018-05-17得票数 1
回答已采纳
我正在运行一个带有主Snakefile的工作流，其中包括rules文件夹中的规则，并从这些包含的规则中调用rscript。
下面是几行代码及其特定的文件：
Snakefile：
samples = pd.read_table("samples.csv", header=0, sep=',', index_col=0)
rule extract:
input:
'summary/umi_expression_matrix.tsv'
include: "rules/extract_expression_single.s
浏览 1提问于2018-01-06得票数 1
我正在运行一个带有检查点的Snakemake工作流，从它收集以前未知数量的输出文件。然后，Snakemake应该根据带有下一个规则的文件号创建许多任务，将收集到的检查点文件的某些部分作为通配符用于该规则通配符。这一切都很好，除非我希望该规则也创建日志和/或基准文件，此时抛出：
SyntaxError:
Not all output, log and benchmark files of rule plasmid_spades contain the same wildcards. This is crucial though, in order to avoid that two or mor
浏览 5提问于2022-07-01得票数 1
我正在练习用snakemake编写工作流。
我的Snakefile的内容
configfile: "config.yaml"
rule get_col:
input:
expand("data/{file}.csv",file=config["datname"])
output:
expand("output/{file}_col{param}.csv",file=config["datname"],param=config["cols"])
params:
col=
浏览 10提问于2020-10-28得票数 1
回答已采纳
我试着用snakemake制作一个简单的管道，从网上下载两个文件，然后将它们合并到一个输出中。
我认为能起作用的是以下代码：
dwn_lnks = {
'1': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa',
'2': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa'
}
import os
# association between chromosom
浏览 1提问于2017-06-22得票数 3
回答已采纳
我是Snakemake的新手，我想创建一个管道，它接受给定的输入文本文件，并将其内容连接到给定的输出文件。但是，我希望能够在运行时指定输入和输出文件的名称，因此这两个文件名都不是在Snakefile中硬编码的。现在我能想到的就是：
rule all:
input:
"{input}.txt",
"{output}.txt"
rule output_files:
input:
"{input}.txt"
浏览 2提问于2020-06-25得票数 0
我最近决定从snakemake开始。我找不到任何符合我需要的东西，无论是在堆栈上，还是在snakemake文档上。我觉得有些事情我不明白，我可能需要一些解释。 我正在尝试创建一个简单的snakemake工作流程，它将一个fastq文件和一个序列摘要文件(其中包含有关读取的信息)作为输入，并将fast中的读取内容过滤成几个文件(low.fastq和high.fastq)。 我的输入数据和我正在尝试执行的Snakefile存储如下： .
├── data
│ ├── sequencing-summary-example.txt
│ └── tiny-example.fastq
├──
浏览 13提问于2019-08-27得票数 6
我在NGS分析的工作流程中使用了snakemake。在一条规则中，我利用了来自另一条规则的唯一(临时)输出。这条规则的rule.The输出也是唯一的，有助于创建最终的输出。在这些规则上使用简单的通配符{sample}。我没有看到任何循环依赖，但是snakemake告诉我有：
Snakefile第xxx行中的CyclicGraphException :对规则的循环依赖
我知道有一个选项可以调查这个问题：--debug-dag。
我如何解释输出？候选人与被选中的是什么？
这是规则的我的(伪)代码：
rule split_fasta:
input:
dataFile="
浏览 22提问于2019-07-26得票数 2
1回答
我在用snakemake开发一条管道。我试图为目录中的每个文件创建指向新目标的符号链接。我不知道会有多少文件，所以我尝试使用动态输出。
rule source:
output: dynamic('{n}.txt')
run:
source_dir = config["windows"]
source = os.listdir(source_dir)
for w in source:
shell("ln -s %s/%s source/%s" % (source
浏览 3提问于2017-06-29得票数 3
回答已采纳
是否可以按照执行的顺序对单个通配符进行snakemake的模拟运行？
当我称之为试运行时，我在底部得到以下信息：
Job counts:
count jobs
1 all
1 assembly_eval
5 cat_fastq
1 createGenLogDir
5 createLogDir
5 flye
5 medaka_first
5 medaka_
浏览 7提问于2022-06-27得票数 0
我遇到了一些情况，我希望Snakemake会抱怨不明确的规则，但没有，所以我试图准确地找出预期的行为应该是什么。
例如，将其作为规则1.smk：
rule rule1:
output: "something.txt"
rule rule2:
output: "{thing}.txt"
rule rule3:
output: "{thing}.{ext}"
如果我请求file.txt，它就会如期而至地抱怨：
$ snakemake -n --debug-dag -s rules1.smk file.txt
Buildin
浏览 10提问于2022-10-19得票数 1
回答已采纳
1回答
我对snakemake非常陌生，我正试图为每个示例创建一个merged.fastq。下面是我的蛇形。
configfile: "config.yaml"
print(config['samples'])
print(config['ss_files'])
print(config['pass_files'])
rule all:
input:
expand("{sample}/data/genome_assembly/medaka/medaka.fasta", sample=config[
浏览 4提问于2020-09-06得票数 0
以下是snakemake教程的高级部分中的一个简短示例：
rule bwa_map:
input:
"data/genome.fa",
lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
output:
"mapped_reads/{sample}.bam"
threads: 8
shell:
"bwa mem -t {threads} {input} | samtools view -Sb - > {output}"
现在假设我在几个月
浏览 1提问于2016-11-11得票数 4
我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则：
rule sanitize_labels:
input:
"data/raw/labels/rois_essence_31_10_2019_final.shp",
"data/raw/labels/pts_carte_auto_final.shp"
output:
"data/interim/labels/rois_essence_31_10_2019_final.csv",
"data/
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
回答已采纳
我有一个字典，可以将文件名映射到样本名称，再映射到条形码：
dict = {'file_1': {'sample1': 'barcode1', 'sample2': 'barcode2'}}
我需要使用Snakemake来读取这个字典，并使用键/值作为输入和输出。
这就是我要找的：
Input:
file_1.fastq.gz
Output:
o1 = barcode1.fastq.gz,
o2 = barcode2.fastq.gz,
Shell:
"""
浏览 0提问于2020-10-28得票数 0
我有一个文件夹，其中生成规则的输出。我在运行snakemake时遇到了很大的麻烦。如果我没有在rule all中指定输出，则根本不运行规则(称为neo4j)。如果我尝试用snakemake neo4j手动运行它(我不希望如此)，那么我会得到一个错误：
WorkflowError:目标规则可能不包含通配符。请指定没有通配符的具体文件或规则。
我试着以不同的方式指定规则的输出，但没有一种方法起作用。
使用expand：
展开(‘results/ne4j/{sample}/cl_nodes.csv’，expand('results/neo4j/{sample}/cl_contai
浏览 1提问于2018-08-29得票数 0
回答已采纳
我正在使用snakemake创建规则和提交工作在我们的高性能计算机与slurm。为了使输出“更漂亮”，我希望能够在资源指令中设置job_name参数，以便将正在使用的通配符集成到作业名中。
例如..。
datasets = ["bioethanol", "human", "lake"]
rule clean_data:
input:
script="code/exmample.sh",
data="data/{dataset}/input.txt"
output:
"da
浏览 5提问于2022-04-06得票数 0
回答已采纳
1回答
我有一个文件，每个输入都有前缀，我的文件是snakemake规则： > "PB0206,SRR10694951,PB0216,SRR10694963"
> "PB0212,PB0202"
> "PB0199,PB0205"
> "PB0215,PB0219"
> "PB0197,PB0211"
> "PB0204,SRR10694964,PB0214"
> "PB0210,SRR10694969,PB0209,SRR10694950"
浏览 55提问于2021-08-05得票数 0
1回答
我正试图对RNAseq数据进行质量控制。我使用Snakemake作为工作流管理器，并且意识到Snakemake不喜欢一对多的规则。我定义一个检查点可以解决这个问题，但是当我运行这个脚本时，我会得到这个错误消息，并使用规则fastqc。
MissingInputException in line 49 of /home/user/2022-h1n1/Snakefile:
Missing input files for rule fastqc:
raw/[]_R1.fastq.gz
这是我的Snakefile，我有规则download_data中链接的数据。这个文件是61.1Gb，所以如果您的系统
浏览 3提问于2022-01-05得票数 0
回答已采纳
我在snakemake是个新手，我试着去了解它是如何工作的。我试着拉一个简单的蛇形
from snakemake.utils import min_version
min_version("5.3.0")
max_reads: 250000
sra_id: ["SRR1187735"]
rule all:
input:
"DATA/{sra_id}.fastq.gz"
rule prefetch:
output:
"DATA/{sra_id}.fastq.gz"
p
浏览 5提问于2021-04-01得票数 1
我一直有一个奇怪的错误，我无法纠正。我正在Ubuntu20.04机器上的conda环境中使用snakemake 7.8.2 (也尝试在我们的集群上运行这个程序，并发生了相同的错误)。由于一些奇怪的原因，我的一个具有通配符的规则不能用作以下规则的扩展输入，并且不断地给我一个错误，当输入文件在前面的规则中非常清楚地创建时，它们就丢失了。
以下是我的两条规则：
### Use R to generate figures of each run's sequencing summary
rule rejected_seq_figures:
input:
seq_summary =
浏览 12提问于2022-06-21得票数 0
我想运行一个命令(chipseq-greylist)，它在每次使用一个输入文件运行时输出三个文件。输出文件的名称由命令自动选择。一个例子是：
chipseq-greylist --outdir out_dir A.bam
这一行将产生三个输出文件：A-greystats.csv, A-greydepth.tsv and A-grey.bed。我感兴趣的是将所有*-grey.bed文件收集到一个目录中，以便稍后使用。
由于这是我在许多文件上使用的管道的一部分，所以我使用Snakemake来处理所有这些作业。我知道将目录指定为输出()是可能的，这将完全符合我的要求。但是，当我以一个目录作为输出制定
浏览 0提问于2018-08-24得票数 0
我正在学习Snakemake，我对wildcard.wildcard_name和{wildcard_name}之间的区别感到困惑。例如，如果这是规则：
rule get_genome_fasta:
"""
Retrieve the sequence in fasta format for a genome.
"""
output:
"data/raw_external/{genome_id}.fa.gz"
params:
fasta_path = lambda wildcards: config["geno
浏览 1提问于2021-01-23得票数 1
回答已采纳
2回答
我有Snakamake规则如下所示，其中通配符包含特殊字符，所以我使用sub对它们进行转义，请参阅答案。输出文件：data/extract_AAV(1).csv。
import re
rule get_data:
input:
output: "data/extract_{re.sub(r'([()])', r'\\\1', filename)}.csv"
shell: "python get_data.py --filename {re.sub(r'([()])', r'\\\1'
浏览 4提问于2020-04-28得票数 1
我有几个SRA文件，我从NCBI网站下载。现在，我想将它们添加到我的snakemake工作流中。但是，如果没有可用的prefetch，我希望保留下载它们的能力。我有个简单的规则，
BASE = "/path/to/working/folder"
rule all:
input: [f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_1.fastq", f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_2.fastq"]
shell:
"echo Finished"
rule get
浏览 1提问于2020-09-03得票数 1
1回答
我绝对是蛇咬牙的初学者。据我所知，我正在建造一条管道。我的问题是，是否将Snakefile与我想要处理的NameError:发生的数据文件放在一起，但是如果我将Snakefile移动到父目录并编辑输入:和输出的路径信息:代码可以工作。我遗漏了什么？
rule sra_convert:
input:
"rna/{id}.sra"
output:
"rna/fastq/{id}.fastq"
shell:
"fastq-dump {input} -O {output}"
当我运行
浏览 3提问于2019-05-17得票数 2
我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。 我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。 for num in {1..3}
do
structure.py -K $num --input=fileprefix --output=fileprefix
done 有多个以fileprefix开头的输入文件。每次运行有两个主要输出，例如对于K=1，它们是fileprefix.1.meanP，fileprefix.1.meanQ。我的c
浏览 23提问于2019-01-29得票数 1
回答已采纳
我正在编写一个snakemake，用于从Nanopore测序中生产SAR-CoV-2变体.我正在编写的管道是基于的，所以我使用artic guppyplex和artic minion。
我所写的snakemake有以下步骤：
压缩所有条形码的所有fastq文件(规则zipFq)
使用guppyplex (规则guppyplex)执行读筛选
调用artic minion管道(规则minion)
将stderr和stdout从qsub移动到工作目录下的文件夹(规则mvQsubLogs)。
下面是我到目前为止写的蛇形蛋糕，它起作用了。
barcodes = ['bar
浏览 2提问于2021-06-02得票数 0
回答已采纳
2回答
我需要在集群中运行snakemake规则，因此对于某些规则，我需要一些工具和库来加载，而这些工具与其他规则是独立/独占的。在这种情况下，如何在我的snakemake规则中指定这些。例如，对于rule score，我目前需要module load r/3.5.1和export R_lib =/user/tools/software，在运行snakemake之前，我在命令行中分别运行这些行。但是，如果有一种方法可以在规则中作为env来实现，那就太好了。
问题，
我有个规矩如下，
rule score:
input:
count=os.path.join(conf
浏览 0提问于2019-05-27得票数 1
回答已采纳
非常感谢您在Snakemake工作流方面的帮助。我一直在使用函数为我的第一个Snakemake规则定义输入文件，从一个样本数据中识别成对的fastq文件。这个效果很好。
# fastq1 input function definition
def fq1_from_sample(wildcards):
return samples_df.loc[wildcards.sample, "fastq_1"]
# fastq2 input function definition
def fq2_from_sample(wildcards):
return samples_df
浏览 12提问于2022-03-18得票数 0
我在Snakemake上遇到了一个WildcardError: Wildcards in input files cannot be determined from output files问题。问题是我不想在输入文件名中保留变量部分。例如，假设我有这些文件。
$ mkdir input
$ touch input/a-foo.txt
$ touch input/b-wsdfg.txt
$ touch input/c-3523.txt
我有一个像这样的Snakemake文件：
subjects = ['a', 'b', 'c']
result_
浏览 9提问于2021-03-10得票数 1
回答已采纳
1回答
正如您可以在标题上看到的那样，我对存储shell命令的结果并将其传递给另一条规则感兴趣。
贝娄是我的规矩：
SAMTOOLS = config["SAMTOOLS"]
rule useDepth:
input:
depth = "{individual}_{chr}.fixmate.sort.rgmdup.bam.depth"
output:
tmpVCF = "{individual}_{chr}.vcf"
run:
depth = storage.fetch("chrDepth")
浏览 3提问于2017-08-28得票数 0
回答已采纳
1回答
我正在Snakemake 7.2.1的管道上工作。我有一个保存在config.yaml中的参数列表，我想将它们传递给一个脚本。相同的配置文件还包含一个列表，我需要使用它来运行规则。config.yaml实例
entry0:
- 1
- 2
- 3
entry1:
- 1
- 2
- 3
entry2:
- 1
- 2
- 3
到目前为止：
configfile: "config.yaml"
output_folder="/output/path"
variable = config.get("entry0")
浏览 4提问于2022-10-14得票数 0
我在用snakemake来运行我的管道。
rule fisrt_rule:
input: "{sample}/path/to/{sample}.txt"
output: "{sample}/path/to/{sample}.stat"
shell:
"""
do something
"""
rule next_rule:
input:
folder="{sample}/path/to/"
浏览 2提问于2021-01-29得票数 1
回答已采纳
我正在编写一个snakemake管道，以最终识别冠状病毒变体。
下面是一个包含三个步骤的最小示例：
LOGDIR = '/path/to/logDir'
barcodes = ['barcode49', 'barcode50', 'barcode51']
rule all:
input:
expand([
# guppyplex
"out/guppyplex/{barcode}/{barcode}.fastq",
#
浏览 54提问于2021-06-09得票数 1
回答已采纳
1回答
我目前正在使用Snakemake作为一个生物信息学项目。给定人类参考基因组(hg19)和bam文件，我希望能够指定多个具有相同名称但扩展名不同的输出文件。这是我的密码
rule gridss_preprocess:
input:
ref=config['ref'],
bam=config['bamdir'] + "{sample}.dedup.downsampled.bam",
bai=config['bamdir']
浏览 7提问于2022-06-28得票数 1
3回答
是否有一种方法可以重用snakemake中的规则，只更改params
例如：
rule job1:
...
params:
reference = "path/to/ref1"
...
rule job2:
input: rules.job1.output
...
params:
reference = "path/to/ref2"
job1和job2规则在执行相同的任务，但我需要依次调用它们，并且必须修改reference参数。它为一个非常类似的任务生成大量代码。
我试着为这个步
浏览 7提问于2016-12-06得票数 4
回答已采纳
1回答
我是新手使用snakemake，我有一个问题，当使用PICARD MergeSamFiles合并bam文件为一个bam文件。我想将1_sorted.bam 2_sorted.bam ...10_sorted.bam合并为一个带有目录名的bam文件。 import snakemake.io
import os.path
PICARD="/data/src/picard.jar"
(SAMPLES,)=glob_wildcards("bam/{sample}_sorted.bam")
NAME=os.path.dirname
def bam_inputs(w
浏览 29提问于2019-05-24得票数 1
回答已采纳
当您使用--restart-times >= 1执行snakemake脚本时，它将尝试重新执行失败的运行。在重新执行时，可以通过"resources“中的lambda函数访问执行尝试的次数。但是，我希望在我的规则之外访问python代码块中的尝试次数。我已经尝试将变量从resources块传递到我的python函数，但无济于事。我的snakemake版本是5.32.1，与6.0.3的快速测试看起来非常相似。
def getTargetFiles(files, attempted):
do stuff
return modified-target-files
ru
浏览 0提问于2021-06-08得票数 1
在前面问题之后的帮助下，此代码在两个目录中的每个目录中创建目标(名为"practice_phased_reversed.vcf“的文件的副本。
dirs=['k_1','k2_10']
rule all:
input:
expand("{f}/practice_phased_reversed.vcf",f=dirs)
rule r1:
input:
"practice_phased_reversed.vcf"
o
浏览 1提问于2020-04-11得票数 0
我创建了这样的规则：
rule picard_addRG2:
input:
"mapped_reads/merged_samples/{sample}.dedup.bam"
output:
"mapped_reads/merged_samples/{sample}_rg.dedup.bam"
params:
sample_idi = config['samples'],
library = "library00"
shell:
浏览 0提问于2017-09-19得票数 0
回答已采纳
我有一个{"file“-> "url"}映射的字典，我想用Snakemake下载它们。对应的下载规则如下：
rule download_file:
output:
file="{file}"
params:
url=lambda wildcards: files_to_url_dict[wildcards.file],
shell: """wget "{params.url}" -o "{output.file}""&
浏览 6提问于2021-09-03得票数 0
2回答
我被困在如何和蛇相处的问题上了。
首先，说我的“全部”规则是：
rule all:
input: "SA.txt", "SA_T1.txt", "SA_T2.txt",
"SB.txt", "SB_T1.txt", "SB_T2.txt", "SB_T3.txt"
注意，SA有两个_T#文件，而SB有三个这样的文件，这是其中的一个关键元素。
现在我想写一条这样的规则来生成这些文件：
rule X:
output: N="S{X}.txt"
浏览 0提问于2018-03-16得票数 3
1回答
我刚开始使用snakemake，在snakemake中做映射时有一个简单的问题。我有一对_1.fastq.gz & _2.fastq.gz，我想为大约10对fastq.gz做对尾映射。所以我为这个写了一个snakemake文件。
import os
import snakemake.io
import glob
(SAMPLES,READS,) = glob_wildcards("raw/{sample}_{read}.fastq.gz")
READS=["1","2"]
REF="/data/data/reference/re
浏览 1提问于2019-05-23得票数 1
回答已采纳
在执行shell命令之前，是否有可能避免删除snakemake规则中定义的输出文件？我在这里找到了对这种行为的描述：
我要做的是为输入列表和输出文件列表(N:M关系)定义一个规则。如果其中一个输入文件已更改，则应触发此规则。然后，在shell命令中调用的python脚本只创建那些不存在的输出，或者与已经存在的文件相比内容已经更改的输出(即在python脚本中实现了更改检测)。我希望下面这样的规则能够解决这个问题，但是由于output.jsons在运行python脚本之前被删除了，所以所有的output.jsons都将使用一个新的时间戳来创建，而不仅仅是那些已经更改的。
rule jsons:
浏览 0提问于2018-03-08得票数 2
回答已采纳
我正在运行的程序只需要指定目录即可保存输出文件。如果我用snakemake运行它，它会给我错误： IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'BOB/call_images/chrX_194_1967_BOB_78.rpkm.png' 我的尝试： rule all:
input:
"BOB/call_images/"
rule plot:
input:
hdf="BOB/hdf5/analysis.hdf5",
txt="
浏览 86提问于2021-04-21得票数 0
回答已采纳
1回答
我有大量的输入文件组织如下：
data/
├── set1/
│ ├── file1_R1.fq.gz
│ ├── file1_R2.fq.gz
│ ├── file2_R1.fq.gz
│ ├── file2_R2.fq.gz
| :
│ └── fileX_R2.fq.gz
├── another_set/
│ ├── asdf1_R1.fq.gz
│ ├── asdf1_R2.fq.gz
│ ├── asdf2_R1.fq.gz
│ ├── asdf2_R2.fq.gz
| :
│ └── asdfX_R2.fq.gz
:
└── m
浏览 8提问于2019-08-02得票数 3
回答已采纳
我正在运行一个管道，并试图通过在一个配置文件(config.yaml)中声明路径来优化它。config.yaml文件包含查找要在管道中运行的脚本的路径，但是当我展开路径的通配符时，管道不会运行脚本。脚本本身运行良好。为了解释我的问题：
rule with_script:
input: someinput
output: someoutput
script: expand("{script_path}/scriptfile", script_path = config[scriptpath])
输入、输出或规则都不包含脚本的路径通配符，所以这里是我第一次声明它。包含路径的conf
浏览 11提问于2022-06-27得票数 0
回答已采纳
我有一个snakemake文件，其中一条规则生成一个来自女巫的文件，我想提取标题并在我的规则中作为通配符使用。Snakemake指南提供了一个示例，在这个示例中，它创建了类似通配符的新文件夹，但是如果我能够避免这种情况，那将是很好的，因为在某些情况下，它需要创建100-200个文件夹。对如何使它发挥作用有什么建议吗？
链接到snakemake指南：
import pandas as pd
rule all:
input:
final_report = expand('report_{fruit}.txt', fruit= ???)
rule cre
浏览 4提问于2021-11-24得票数 1
回答已采纳
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
实时音视频活动推荐
腾讯云开发者
