毫无疑问的指向data.table 包中的fread。 它有两个优点： 效率飞速，自带多线程操作； data.table 格式很好地节约内存。 可是，300多G 对我来说还是有些大了。...而如snowfall 等并行处理的包，似乎无法处理readLines 这种文件链接，在我的测试中，每次并行循环都会重建链接，也就是若干个前N 行的文件。 1.2-将数据拆分 那么该如何来并行呢？...2-优化处理过程 首先，我的矩阵是从数据框得到的，而它们读入时被定义为了字符串型，我需要对他们使用转型。 使用apply？来点多线程，mapply? no,no,no。...其中The sparklyr package 似乎很有意思，也有一本对应的书：Mastering Spark with R (therinspark.com)[6] 当然，私以为如果是本地几百G 大小的数据处理...如果更大规模的数据量呢？至少我暂时还没有遇到。而且简单的数据处理，linux 中的sed 或awk 也是不错的选择，csvtk 也是一个很好用的软件。 ps：感觉我的这期翻译味好重，奇怪了。
1.文档编写目的 ---- 继上一章介绍如何使用R连接Hive与Impala后，Fayson接下来讲讲如何在CDH集群中提交R的Spark作业，Spark自带了R语言的支持，在此就不做介绍，本文章主要讲述如何使用...Rstudio提供的sparklyr包，向CDH集群的Yarn提交R的Spark作业。...包，你可以连接到Spark本地实例以及远程Spark集群，本文档主要讲述了R通过调用sparklyr提供的SparkAPI接口与Spark集群建立连接，而未实现在Spark中调用R的函数库或自定义方法。...如何在Spark集群中分布式运行R的所有代码（Spark调用R的函数库及自定义方法），Fayson会在接下来的文章做详细介绍。 醉酒鞭名马，少年多浮夸！ 岭南浣溪沙，呕吐酒肆下！...挚友不肯放，数据玩的花！ 温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。 ---- 推荐关注Hadoop实操，第一时间，分享更多Hadoop干货，欢迎转发和分享。
这样可以让你用你最喜欢的R包来访问Spark里的数据，比如仅在R中实现的特定的统计分析方法，或者像NLP的高级分析，等等。...因为目前spark_apply()的实现需要在工作节点上也安装R环境，在这篇文章里，我们将介绍如何在CDH集群中运行spark_apply()。我们会介绍两种方法：1.使用Parcel。...然后你就可以在Cloudera Manager中添加Parcel的仓库地址。...注意：因为存在环境变量配置的问题：https://github.com/rstudio/sparklyr/issues/915，所以目前只能使用sparklyr的upstreamversion。...在这个例子中，我们使用spacyr package（https://github.com/kbenoit/spacyr），这个包R绑定了spaCy（https://spacy.io），一个新的Python
而《R语言数据高效处理指南》这本书定位即为“R语言数据处理101”，希望R语言的使用者能够在较早的阶段就习得基本而有效的数据处理基本技术。 R语言的书籍那么多为什么推荐这一本呢？...主要这本书的内容从基础到进阶、循序渐进，对新手非常友好： （1）循序渐进式教学：本书由基础数据处理（base-r）—简洁高效数据处理（tidyverse生态系统）—高速数据处理（data.table）...—分布式数据处理（sparklyr），从基础到进阶操作，一应俱全。...《R语言数据高效处理指南》读者群体包括在校的大学生、数据分析从业人员和致力于更加高效地处理数据的所有的R语言使用者。...读者在本书中不仅能够学到数据处理中的实用技术，还能培养在数据分析中的探索性思维。
R for Data Science 关于这本书 这本书将教我们如何用R来做数据科学：学习如何将自己的数据导入R中，把它变成最有用的结构，转换，可视化并对数据进行建模。...就像化学家学习如何清洁试管和储存实验室一样，我们将学会如何清洁数据，绘制绘图——还有许多其他的东西。...这些技能使得数据科学得以发展，在这里我们可以用R找到最佳的解决方法，我们将学习如何使用图形语法、文字编程和可重复性研究来节省时间。还将学习如何在清洗整理、可视化和探索数据时管理认知资源。...data.table更适合处理大数据，更大则需要学Hadoop或者Spark了（sparklyr,rhipe,ddr）； 不讲Python和Julia等其他编程语言。...精通一门比所以东西都去学点好，这会让你更快解决你的问题，毕竟人的精力是有限的； 不讲非矩阵数据。图片、声音、树、文本文件暂不涉及； 不讲命题论证。
fread中nThread 参数的使用 注意默认nThread=getDTthreads()，即使用所有能用的核心，但并不是核心用的越多越好，本人亲自测试的情况下，其实单核具有较强的性能，只有在数据大于...因此对于不是非常巨大的文件，建议设置为1，不要使用全部核心 fread中sep是自动检测的 所以在循环读入文件的过程中，就算不同文件的分隔符不同，也可以循环一次性方便的读入； 还有就算后续改变了文件的分隔符...as.data.table函数中同样有一个rownames参数，设置为T可以将行名保留下来作为data.table的一列 不建议set和for循环一起使用 虽然set可以在内存上直接改变数值，但在R... 类似于集合运算，data.table中fintersect, fsetdiff, funion，fsetequal函数能对不同数据框的行求交集，差集，并集等 可以直接对列按分隔符进行分割 应用...分隔，分割成c1，c2两列 支持类似于SQLs的分组运算 带有rollup， cube， groupingsets函数 参考资料 data.table 1.11.2 manual：https://cran.r-project.org
温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。 1.文档编写目的 ---- CDSW中提供的基础镜像中已有R的环境，但是在真实使用过程中往往需要安装更多R的包。...进入R的控制台安装包,我们这里安装了sparklyr和h2o包，为了方便我这里就偷懒直接使用外网环境安装的包，具体R的私有源使用可参考如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...4.使用library加载sparklyr和h2o包 [cm5o3n83s1.jpeg] 在没有安装sparklyr和h2o包的情况下，能够正常加载这两个包。...首先通过Docker命令启动CDSW的基础镜像，我们会在这个基础镜像中做一些配置修改和R包的预安装，并最终另存为我们所需要的“定制化”Docker。...在这个需要定制化的镜像中，本文讲述了如何修改R的私有源地址，但为了方便依旧采用了公网预安装需要的sparklyr和h2o，具体如何制作R的私有源，请参考如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。
读取数据 ---- 你可以使用dplyr的copy_to函数将R的data frames拷贝到Spark。（更典型的是你可以通过spark_read的一系列函数读取Spark集群中的数据。）...dplyr ---- 针对集群中的表，我们现在可以使用所有可用的dplyr的verbs。...函数与你在使用R的data frames时是一样的，但如果使用的是sparklyr，它们其实是被推到远端的Spark集群里执行的。...# copy mtcars into spark mtcars_tbl <- copy_to(sc, mtcars) # transform our data set, and then partition...sas7bdat（https://github.com/bnosac/spark.sas7bdat）扩展包可以并行的将SAS中的sas7bdat格式的数据集读入到Spark的DataFrames。
data.table为了加快速度，会直接在对象地址修改，因此如果需要就要在修改前copy，直接修改的命令有:=添加一列，set系列命令比如下面提到的setattr,setnames,setorder等；...当使用dt_names = names(DT)的时候，修改dt_names会修改原data.table的列名，如果不想被修改，这个时候应copy原data.table，也可以使用dt_names <-...比：=还快，通常和循环配合使用 至于这个操作究竟有多快，可以看一下(参照官方manual的命令），另外个人觉得最牛的三个函数是set(）,fread,和fwrite fread fread(input...； drop,需要取掉的列名或者列号，要其它的； colClasses，类字符矢量，用于罕见的覆盖而不是常规使用，只会使一列变为更高的类型，不能降低类型； integer64,读如64位的整型数;...那么就会默认使用FALSE; qmethod,怎样处理双引号，"escape",类似于C风格，用反斜杠逃避双引，“double",默认，双引号成对； logicalAsInt,逻辑值作为数字写出还是作为
温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。...使用的一些知识，本篇文章主要介绍如何在CDSW平台上运行一个TensorFlow的示例，在学习本章知识前，你需要知道以下知识： 《如何在Windows Server2008搭建DNS服务并配置泛域名解析...》 《如何利用Dnsmasq构建小型集群的本地DNS服务器》 《如何在Windows Server2012搭建DNS服务并配置泛域名解析》 《如何在CDH5.13中安装CDSW1.2》 《如何基于CDSW...基础镜像定制Docker》 《如何在CDSW中使用R绘制直方图》 《如何使用CDSW在CDH集群通过sparklyr提交R的Spark作业》 内容概述 1.下载示例代码及创建TensorFlow工程 2...温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。
r的future包提供了一种实现多线程并行计算的接口，但有时候在使用时，我发现r启动了比我设定的多得多的计算资源。...： 首先问题不是出在future上面，它只是一个管理器之类的东西，启动并行资源最后收集结果。...问题的核心在于R很多包或者底层库在你不知道的情况下启动了并行计算，例如data.table。...举一个例子就是，如果你指定了4个worker，你只想使用4个CPU核心计算，但如果并行计算的内容函数使用了像data.table包的操作，而默认情况下data.table为了加速计算会使用系统全部的核心数目...如@mxblsdl展示的例子，就可以手动进行设定解决这样的问题，即并行计算的函数开头设定仅只使用单线程（这样就变成了 4x1 = 4）。
温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。...CDSW使用的一些知识，本篇文章主要介绍如何在CDSW平台上运行一个TensorFlow的示例，在学习本章知识前，你需要知道以下知识： 《如何在Windows Server2008搭建DNS服务并配置泛域名解析...》 《如何利用Dnsmasq构建小型集群的本地DNS服务器》 《如何在Windows Server2012搭建DNS服务并配置泛域名解析》 《如何在CDH5.13中安装CDSW1.2》 《如何基于CDSW...基础镜像定制Docker》 《如何在CDSW中使用R绘制直方图》 《如何使用CDSW在CDH集群通过sparklyr提交R的Spark作业》 内容概述 1.下载示例代码及创建TensorFlow工程 2...温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。 推荐关注Hadoop实操，第一时间，分享更多Hadoop干货，欢迎转发和分享。
写 在前面 最近@黄小绵羊同学给大猫留言，说你当时那篇《如何在分词中导入搜狗字典》怎么太监了呢？第一期只讲了如何导入单个词典，并且承诺在下一期会给出批量导入的方法，但第二期至今遥遥无期。...概 述 上一期大猫讲到了如何使用@qinwf写的cidian包（大家可以在github上找到）将搜狗词典导入分词词库，使用到的核心函数是： decode_scel 至于批量导入呢，其实方法非常简单。...核心就是使用list.files函数获取工作目录下面的所有词库文件名，然后使用lapply函数全部导入。最后把导入的文件汇总并去除重复的观测后输出，就大功告成啦。 一步一步来。...# 将所有的txt字典导入并整合成单一的用户词典，这里使用到了data.table包中的rbindlist函数 ---- dict.paths <- list.files(cidian.dir, pattern...其实这个技能在《35行代码搞定事件研究法》中已经涉及，只是一来那几期比较久远，二来那几期内容众多，大家可能把这个知识点忽略了。不过没关系，重要的东西重复三遍，大猫在下期就再讲一遍分组回归哈。
我让学员发来一下对应的gse数据集，然后去下载这个这个文件，自己读取看了看； counts <- data.table::fread('GSE190482_UMIsMatrix.txt.gz',data.table...Ensembl 使用类似于 ENSG00000139618 的 ID 标识基因，其中 "ENSG" 表示 Ensembl Gene，后面的数字为特定基因的唯一标识符。...Ensembl 还提供了其他类型的 ID，如转录本 ID（ENST）、蛋白质 ID（ENSP）等。...Gene Symbol：Gene Symbol 是一种更为常见的基因命名体系，使用了类似于 "TP53"（编码 p53 蛋白的基因）的简短字母数字组合来表示基因。...RefSeq 基因通常使用类似于 "NM_000546.6" 的格式，其中 "NM" 表示 mRNA 的 RefSeq ID，后面的数字是该基因的特定版本，".6" 表示修订版本。
，不一给出，虽然工具迁移确实面临着很高昂的代价，特别是时间成本、学习成本，但是迁移之后获得的高效、代码简洁的体验还是很爽的，以上特别是管道函数的迁移感触最深，再也不存在自己写完的东西间歇性懵逼的场景了。...data.table 1、I/O性能： data.table的被推崇的重要原因就是他的IO吞吐性能在R语言诸多包中首屈一指，这里以一个1.6G多的2015年纽约自行车出行数据集为例来检验其性能到底如何，...data.table列索引 列索引与数据框相比操作体验差异比较大，data.table的列索引摒弃了data.frame时代的向量化参数，而使用list参数进行列索引。...当整列和聚合的单值同时输出时，可以支持自动补齐操作。 当聚合函数与data.table中的分组参数一起使用时，data.table的真正威力才逐渐显露。 mydata[,....如果想要运行的同时进行输出则可以在结尾加上[] setorder(mydata,carrier,-arr_delay)[] ? 这个功能有点儿类似于基础函数中，在语句外部加上圆括号。
在实际使用中，data.talbe::fread()的读取速度可以比原生的read.csv有3-10倍的提升速度。...2. httr httr是一个高级的网络请求库，类似于Python中的Tornado和Requests,除了提供基本的Restful接口设计功能，比如GET(), HEAD(),PATCH...2. jsonlite 类似于Python中的json库，参考前文 [[原]数据流编程教程：R语言与非结构化数据共舞](https://segmentfault.com/a/11......如果使用purrr包就可以很好的解决这一问题。...6.知乎的高分问答：如何使用 ggplot2？
R语言这些优质的特性，使得它始终在数据统计分析领域的 SAS、Stata、SPSS、Python、Matlab 等同类软件中占据领先地位。...tidybayes（贝叶斯模型）、tidyquant（金融） 、fpp3（时间序列）、tidytext（文本挖掘）、tidygraph（网络图）、sf（空间数据分析）、tidybulk（生信）、sparklyr...我写东西的特点就是，每个知识点都搜集很多相关最新资料，自己先学得透彻明白，再把自己的理解用最通俗易懂语言表达出来。看过我知乎专栏文章的人，应当对此有所体会。 3....基本使用 （常用数据操作的dplyr语法与data.table语法对照）。...本书所用的软件 本书使用最新版本的R语言4.1.1和RStudio 1.4，主要使用的R包是tidyverse 1.3.1系列。
因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数。...需要取掉的列名或者列号，要其它的； colClasses 类字符矢量，用于罕见的覆盖而不是常规使用，只会使一列变为更高的类型，不能降低类型； integer64 读如64位的整型数;...和文件存在，那么就会默认使用FALSE; qmethod 怎样处理双引号，"escape",类似于C风格，用反斜杠逃避双引，“double",默认，双引号成对； logicalAsInt...by ]语法做 但是如果我要将上述DT中的v3作为一个影响因素，作为tag，先按v1、v2汇总，再将对应的v4值分为v3=1和v3=2两类，查看v1、v2取值相同v3不同对应v4的情况，这个时候用dcast...正则表达式集； cols 要匹配的字符矢量； 例子在讲melt函数的时候已有 rbindlist 类似于data.frame的rbind，不过比rbind的速度更快，并且总是返回
的产品CDSW(Cloudera Data Science WorkBench)的安装及示例代码的运行，在《如何基于CDSW基础镜像定制Docker》中已经介绍了Docker镜像的定制，在这里我们基于CDSW1.2.2...在使用的过程中，如果用户的环境与公网是通的则还好，对于多数企业来说搭建CDSW平台都是在业务网无法访问外网，在需要使用第三方Packages时比较麻烦需要将包从外网下载然后上传至Docker容器使用命令进行安装...在学习本章知识前，你可能需要了解以下知识： 《如何在Windows Server2008搭建DNS服务并配置泛域名解析》 《如何利用Dnsmasq构建小型集群的本地DNS服务器》 《如何在Windows...Server2012搭建DNS服务并配置泛域名解析》 《如何在CDH5.13中安装CDSW1.2》 《如何在CDSW中使用R绘制直方图》 《如何使用CDSW在CDH集群通过sparklyr提交R的Spark...packages正常 [5uh2c3174z.jpeg] 在CDSW界面使用library(sparklyr)加载安装好的packages [hgqtaa5cq9.jpeg] 如上图显示加载packages
SAS里面总结数据:MEANS SAS当然还有类似于excel的数据透视表和R的data.table的模块，就是MEANS。...此外，还可以使用BY或者CLASS进行 分组统计，VAR选择变量等。 image.png 当然这些统计量也可以直接的写入一个SAS数据表，只需要加上一个OUTPUT就可以了。...image.png 最终结果： 类似的，还可以增加统计量（类似于MEANS那里）： image.png 可以得到： 最后还可以混合FORMAT等等，可以变得相当的复杂。...貌似这东西是美国劳工部鼓捣出来的格式... image.png BOSS级汇报表格呈现了......这东西基本就是前面几个的超级混合体，反正你想搞到的汇报模式总是能够搞出来的。
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