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我正在尝试制作一个NMDS图，以显示岩池物种的存在/缺失与不同环境变量之间的关系。我不确定如何在这里显示我所有的数据，所以如果你需要更多的信息，请让我知道并告诉我如何分享它！我附上了截图来显示我的部分数据，这样你就可以知道它是如何布局的。在第一张图片中，行名是物种，列名为1表示存在，0表示不存在。
到目前为止，我还包括了我的R脚本。目前，我有代表岩石池底的形状(圆圈代表基岩，三角形代表卵石)，我有代表波浪曝
浏览 138提问于2020-11-19得票数 0
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我正在使用R包素食从社区数据生成NMDS排序图，并希望包括其长度与所选物种的重要性相对应的向量(即来自原点的箭头)。我如何才能将显示的箭头限制为仅显示在数据的顶部四分位数中的那些物种呢？我可以计算每个矢量的长度，但不知道如何将打印的箭头限制为满足所需标准的箭头。
浏览 1提问于2017-02-21得票数 0
我正在完成一个用素食和ggplot2创建的NMDS图，但不知道如何将envfit物种加载矢量添加到图中。当我尝试的时候，它会显示“无效的图形状态”。下面的示例由另一个问题()略微修改而来，但它表达了我想要包含的示例，因为我使用这个问题帮助我首先将metaMDS放在ggplot2中：library(ggplot2)
# calculate distance for NMDS
浏览 1提问于2013-02-05得票数 13
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我已经使用geom_segment()在顶部添加了环境向量(来自vegan中的envfit()函数)，并使用geom_text() (代码如下)将相应的标签添加到与线段相同的坐标： ggplot() +geom_point(data = nmds.sites.plot, aes(x = NMDS1, y = NMDS2, col = greening), size = 2) +
labs(title但是，由于标签居中对齐，因此标签
浏览 92提问于2020-11-21得票数 2
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我制作了一个NMDS图，并绘制了我的环境，如下所示sites=c("Site A","Site B","Site C","Site D","Site E","Site F","G","Site H","Site I","Site J","Site K","Site L&q
浏览 3提问于2019-12-12得票数 1
我正在使用素食包在R中绘制NMDS，分析社区相似性。这是基于社区矩阵，其中包括不同的治疗方法：plot(NMDS)
有人能告诉我如何画箭头来显示单个物种对处理的反应吗
浏览 2提问于2013-05-24得票数 0
我正在使用无约束排序(PCA或NMDS)分析一些微生物组数据，然后使用素食软件包中的envfit函数对环境向量进行拟合。envfit的输出包括envfit模型中包含的每个矢量或因子的r2值，但我感兴趣的是所有矢量/因子所解释的总变化量，而不仅仅是独立变量。我认为我不能简单地将分配给每个环境变量的R2值
浏览 33提问于2019-11-07得票数 2
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我有来自采石场和石灰质草原地点的繁殖鸟类组合数据，并希望在nmds排序图中显示它们，以及作为矢量的环境参数。我如何整理物种标签？我在用素食套餐来做圣职。我已经使用goeveg包中的ordiselect函数减少了显示的物种数量。标签仍然是重叠的，但我不想进一步减少物种。 使用orditkplot函数，我似乎不能得到一个美观的结果。在使用该函数时，我也无法仅显示物种的子集。ord.nmds</e
浏览 37提问于2019-02-17得票数 0
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我使用ggord在R中创建了NMDS绘图。它同时显示了绘图和物种，但我希望从绘图中删除所有物种名称和箭头。有什么解决方案吗？下面是我的代码： cols=c("red", "lightcoral", "chocolate", "orange= element_blank(), panel.grid.minor = element
浏览 13提问于2018-08-22得票数 1
我现正尝试分析三个不同地点的物种组成与每个地点所量度的环境因素的关系。我创建了一个NMDS图，然后开始尝试执行ANOSIM测试。我只能计算出如何测试这三个站点之间的相似性，而不知道如何将环境因素作为一个变量添加到相似度中。species_是我的数据框架，只包含丰富度，speciesdata_是我的数据框架，包含丰富度、站点和栖息地作为列。
浏览 1提问于2022-05-10得票数 0
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关于如何在envfit()包中重新创建来自函数的结果，我有一个问题。chem.scores.envfit
“您在表中看到的值是用于将向量投影到排序中的线性回归的标准化系数这些是单位长度箭头
浏览 3提问于2020-03-31得票数 1
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环境结果中的r2意味着什么？
据我所知，所提供的有关轴的值(PCA、NMDS等)是相关系数，pvalue是显着性的检验。但我不明白r2代表什么？如果在回归方法中看到的是通常的R，那么envfit的拟合度在哪里？
浏览 2提问于2016-04-26得票数 3
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我试图弄清楚盐度是否会对无脊椎动物的群落结构产生影响。我已经设法创建了NMDS，但每次我尝试ordiplot或envfit时，都会出现数据类型不合适的错误。有没有其他向量命令我可以用？这是我的数据 dput(无脊椎动物) structure(list(X = structure(c(9L, 5L, 6L, 13L, 22L, 14L, 7L, data.sco
浏览 60提问于2020-04-06得票数 0
我想修改phyloseq包生成的图(从github下载)。Phyloseq图是ggplot2对象，所以我认为可以通过向phyloseq创建的对象添加ggplot2对象来添加元素。在某些情况下，这是有效的，但在其他情况下不是，我不明白为什么。(GP1, GP.ord, type = "biplot", color = "SampleType", shape = "Phylum", title = "biplot")
现在，我将尝试从素食包中添加一
浏览 3提问于2014-11-05得票数 3
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我想生成与河流集水区的栅格数据集的地形/坡度一致的矢量箭头。我已经在ArcGIS中创建了一个点的渔网网格，我想为设置长度的每个点创建一个箭头，这些点将遵循坡度的形状，即遵循阻力最小的路径，线将在3 x 3网格中逐渐跟随较小的数字。我想我可以用矢量图生成矢量箭头。是否有可能实现与光栅一致的</e
浏览 0提问于2017-09-13得票数 0
我正在做一项独立的研究，研究圣安东尼奥河流域鱼类的物种群落组成数据。我在R中使用NMDS来分析我的结果。relative_abundance_fish_data[1:100,5:51])set.seed()ordiplot(nmds1)
然后，我将我
浏览 7提问于2022-10-27得票数 0
max=10)dune.spec$var3<-runif(30, min=100, max=200)ord <- metaMDS(dune)
ord.fit <- envfit(ord ~ A1 + Management, data=dune.env, perm=999我想知道是否有一种有意义的方法将这两种措施都添加到NMDS中</em
浏览 20提问于2017-11-22得票数 0
我正在用envfit制作一个NMDS排序图，在R中使用环境向量，在我的一些环境变量中，我丢失了一些值。为了不排除在一个变量中包含缺失值的所有变量(如na.rm=TRUE)中的所有行，我已经分别对每个变量运行envfit，但现在希望将结果绘制在相同的图上。因此，我需要使用arrow.mul参数使箭头的比例尺相互比较。在这里，我遇到了我的问题:向量<
浏览 1提问于2018-03-13得票数 1
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我正在用Python编写一个模拟，它包括可以在环境中运行的代理，并且具有速度矢量。环境还包括另一种类型的对象(食物)。我想让代理人“看到”的只是距离r的食物，只有当食物和正x轴θ之间的角度在某个“视场”内时，这个“视场”被定义为从速度向量到正X轴之间的β角的+-α度。在我这里添加的插图中，蓝色箭头是速度矢量，它与正x轴成一个β角
浏览 4提问于2014-05-04得票数 0
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基本上，我在2D环境中加载一个指向东方的箭头(上边是北，左边是西，右边是东，下边是南)。我希望它能在3D环境中指向真实的东方，这样它就会自动旋转到正确的方向。我画了一幅画来准确地描述我的情况。(虚线箭头是我加载的箭头，实线箭头是我使用核心运动数据时需要的箭头)现在我做到了
浏览 16提问于2017-02-15得票数 2
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