如何将CRAN包导出到Conda yaml文件？
将CRAN包导出到Conda yaml文件的过程涉及到将R语言的环境转换为Python的环境。下面是一个完善且全面的答案：
CRAN（Comprehensive R Archive Network）是R语言的软件包仓库，而Conda是Python的包管理器。将CRAN包导出到Conda yaml文件的目的是为了在Python环境中使用R语言的包。
要将CRAN包导出到Conda yaml文件，可以按照以下步骤进行操作：
- 首先，确保已经安装了R语言和Conda。可以从官方网站下载并安装它们。
- 打开R语言的命令行界面（R Console）或者RStudio。
- 在R语言的命令行界面中，使用以下命令安装
conda包： - 在R语言的命令行界面中，使用以下命令安装
conda包： - 安装完
conda包后，加载该包： - 安装完
conda包后，加载该包： - 使用以下命令创建一个Conda环境，并指定要导出的CRAN包：
- 使用以下命令创建一个Conda环境，并指定要导出的CRAN包：
- 其中，
myenv是要创建的Conda环境的名称，package1和package2是要导出的CRAN包的名称。可以根据需要添加更多的包。 - 创建完Conda环境后，使用以下命令导出环境到Conda yaml文件：
- 创建完Conda环境后，使用以下命令导出环境到Conda yaml文件：
- 其中，
myenv是要导出的Conda环境的名称，environment.yml是导出的Conda yaml文件的文件名。可以根据需要修改文件名。 - 导出完成后，可以在当前工作目录中找到生成的Conda yaml文件。
这样，就成功将CRAN包导出到Conda yaml文件了。导出的Conda yaml文件可以用于创建相同的环境，并在Python中使用R语言的包。
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我正在尝试将conda伪造版本的xagg升级到最新版本(v0.3.0)。不过，内置Azure管道测试当我将原料的PR设置到conda锻造存储库时就会运行，但是失败了，错误是：
import: 'xagg'
import: 'xagg'
+ pip check
xagg 0.3.0 requires pytables, which is not installed.
(完整的日志是)
奇怪的是，pytables在meta.yaml中被明确提到(meta.yaml是通过grayskull生成的，并在PR changes 中列出)，并且至少根据测试日志正确地安装到测试
浏览 6提问于2022-04-06得票数 1
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1回答
这应该是简单的，因为最近阶段的蟒蛇应该与R.很好地兼容，我正在学习本教程，
然而，在这第三行，
%R library(lme4)
我发现了一个错误：
RRuntimeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-26-ce7ee867bca4> in <module>()
----> 1 get_ipython().magic(u'R library(lme4)')
/home/myname/anaconda2/lib/pyt
浏览 2提问于2018-06-29得票数 1
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2回答
将Anaconda环境导出到YAML文件的典型命令是：
conda env export --name my_env > myenv.yml
然而，一个巨大的问题是该文件的可读性，因为它包含了所有库及其所有依赖项的硬规范。Anaconda是否有办法导出包含这些依赖项的最优最小命令子集的列表，以提高YAML的可读性？例如，如果您在conda环境中安装的全部是pip和scipy，那么Anaconda是否有一种方法可以实现该文件只需读取：
name: my_env
channels:
- defaults
dependencies:
- scipy=1.3.1
- pip=19.2
浏览 4提问于2020-10-09得票数 21
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有anaconda，全包的conda env。还有迷你康达，还有迷你套餐。 而不是导出到yaml文件或txt文件，要导出当前环境。转换成一个bash可执行sh文件。 因此，此文件可用于安装env。适用于气隙环境。
浏览 42提问于2019-01-15得票数 1
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我已经将运行Ubuntu16.04的工作机器上的虚拟环境导出到一个"environment.yaml“文件中，然后尝试使用该文件在我的主计算机上创建相同的虚拟环境，该主机也运行Ubuntu16.04，但我得到了以下错误：
使用Anaconda站点
获取包元数据..。
解决包装规格：.
错误:当前linux-64通道中缺少的包：
ca-证书2017.08.26 h1d4fec5_
py27h9ceb091_ 2017.7.27.1
libedit 3.1 heed3624_
libffi 3.2.1 hd88cf55_4
libgcc-ng 7.2.0 h7cc24e
浏览 6提问于2017-11-13得票数 0
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1回答
论诗歌环境
、、
我有一个conda环境，我想要转换成一个诗歌环境。
我尝试的是将conda环境的environment.yaml转换为诗歌可以读取的pyproject.toml文件。在这里，您有以下步骤：
生成yaml文件
conda env export --from-history > environment.yaml
--from-history标志只包含我明确要求的包。下面是文件安装后的样子: C:\Users\EDOCIC\Screepts\My_projects\Tests\conda2poetry\condaenv通道：-缺省依赖关系：- numpy
用environment.yaml手动
浏览 6提问于2022-05-11得票数 6
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我试图安装这个软件包，以便在conda中与R一起使用：
但是，我在conda安装中得到了以下错误消息：
$ conda InstallHoteling抓取包元数据.
PackageNotFoundError:当前通道中缺少的包：
霍特林
我们已在下列渠道搜寻这些包裹：
浏览 3提问于2018-01-16得票数 1
1回答
从bash脚本导出env
、、、、
我想出了下面的bash脚本将我的conda-env导出到一个文件中。
run.sh
#!/usr/bin/bash
while [[ $# -gt 0 ]]; do
option=$1
case "$option" in
-e|--export)
conda env export -n myenv | grep -v "^prefix: " > ../setup/env.yaml
shift
;;
esac
done
在命令行中执行时，行conda env export -n myen
浏览 1提问于2021-04-16得票数 1
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1回答
如何将yaml文件传递给推理配置？yaml文件与我的score.py文件位于同一个源目录中。
我的yaml脚本名为score_env.yaml
name: inference_environment
dependencies:
- python=3.8.1
- pip:
- azureml-defaults
- numpy
- scikit-learn
- joblib
- pandas
下列内容正确吗
inf_conf = InferenceConfig(entry_script="score.py",environment="score_env.yaml"
浏览 14提问于2022-10-26得票数 1
1回答
，我正在尝试用码头来设置木星。我想提供多种语言内核(python、scala、R等)。现在它似乎对其他人有用，但是R.每次我执行一个‘绘图’函数时，浏览器都会告诉我“内核似乎已经死了，它将自动重新启动”
日志中的错误消息是：
***caught segfault ***
address 0x35da0, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: png(tf, width, height, "in", pointsize, bg, res, antialias = antialias)
2: dev.cb(tf)
浏览 3提问于2016-06-09得票数 0
1回答
我理解条目脚本/评分脚本是什么，并做什么。以为例。由于我很难像描述的那样通过代码公开已部署的模型(也请参阅)，所以我尝试使用UI ml.azure.com。我对强制依赖关系: conda依赖关系文件感到有点困惑：
我有一个R模型，但很明显，这是Python的问题。在这个箱子里我该用什么？
浏览 5提问于2021-05-14得票数 1
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在使用yaml文件创建环境时，可以将channel_priority设置为strict吗？例如：
name: my_environment
channels:
- conda-forge
dependencies:
- python
- geopandas
- rasterio
浏览 6提问于2019-10-25得票数 15
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我正在使用骨架在conda中构建一个R包。在使用所需的包准备环境之后，我执行以下命令
$ conda skeleton cran arules
$ conda build r-arules
生成菜谱文件，一切看起来都正常，但是build命令会导致以下错误：
Adding in variants from internal_defaults
INFO:conda_build.variants:Adding in variants from internal_defaults
Attempting to finalize metadata for r-arules
INFO:conda_build
浏览 3提问于2018-05-04得票数 1
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直到几天前，我还在Conda上完成了R的启动和运行，当时我在处理包时，不得不删除环境。现在，我正在尝试重新创造我的环境，一切都不再只是起作用了。
要知道的事情：
OS: MacOS BigSur
Conda环境包含:Python3.8和R3.6.1
> version
_
platform x86_64-apple-darwin13.4.0
arch x86_64
os darwin13.4.0
浏览 4提问于2021-03-05得票数 0
2回答
我希望有一个YAML文件，既可以用来创建虚拟环境，也可以(最重要的)作为conda将包安装到全局环境中的基础。我正在尝试：
conda install --file ENV.yaml
但它不起作用，因为conda期望pip-like格式的需求。我应该执行什么命令来全局安装我的YAML文件中的包？
浏览 0提问于2019-10-07得票数 15
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1回答
我有一个有效的pip包，我想把它放到Anaconda.org服务器上。我使用conda框架创建了meta.yaml文件，其中包含对pint的要求(没有选择特定的版本，因此它应该缺省为最新版本)。然而，当我尝试用conda build构建包时，conda抛出了这个错误：raise DependencyNeedsBuildingError(exc, subdir=subdir) conda_build.exceptions.DependencyNeedsBuildingError: Unsatisfiable dependencies for platform osx-64: ['pint
浏览 18提问于2017-08-25得票数 7
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3回答
我的macbook系统信息：
macOS高塞拉利昂
版本10.13.4
而且，我正试图跟踪，在我的macbook中安装ros-动能发行版。不过，在进入initialize-rosdep步骤之前，这一切都很好：
$ sudo -H rosdep init
$ rosdep update
以下是问题所在：
错误:无法从：网站下载默认资源列表。
因此，我必须去网站上找到建议，如：
# os-specific listings first
yaml https://raw.githubusercontent.com/ros/rosdistro/master/rosdep/osx
浏览 2提问于2018-04-27得票数 0
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1回答
我想在木星笔记本上安装R的。
我无法在木星笔记本上安装这个软件包，以下是在上面链接的网站上给出的说明--一个R木星笔记本：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rain")
我得到以下错误：
Warning message:
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘gmp’ had non-zero exit statusWarning message:
In install
浏览 2提问于2016-06-28得票数 2
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11回答
我使用开箱即用的Anaconda安装来使用Python。现在我读到，在这个安装中也可以“包含”R世界，并且可以在木星/Ipython笔记本中使用IR内核。
我找到了安装许多著名的R包的命令: conda安装-c r-要点
我初学者的问题：
如何安装没有包含在R-基本包中的R包？例如，在CRAN上可用的R包。"pip“只适用于PyPI Python包，不是吗？
浏览 4提问于2016-01-10得票数 69
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在官方qiime2网站上使用给定的yaml文件将最新的yaml版本安装到conda环境中时。安装会产生一个与genomeinfodbdata包有关的错误。
我尝试更新conda环境并使用其他genomeinfodbdata版本。但它不起作用。
浏览 8提问于2022-11-15得票数 0
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2回答
我正在使用Anaconda来管理我的R-安装。它非常适合Anaconda提供的R通道中的软件包，但我在安装Anaconda repos中没有包含的软件包时遇到了麻烦。
我尝试过几种不同的方法，这些方法都列在下面，以及它们的错误输出。
1. install.packages('rafalib')
建议在这里工作，。我的.libPaths()指向'/home/user/anaconda2/lib/R/library'。
退出：
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in d
浏览 6提问于2016-04-15得票数 11
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我想使用Conda从一个YAML文件创建一个虚拟环境。然而，许多包最终都会出现冲突错误。解决这个问题的最好方法是单独安装每个包，而不是从YAML文件创建一个虚拟环境，对吧？如果有人知道更好的方法，请让我知道。
浏览 126提问于2020-05-28得票数 2
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1回答
我正在尝试构建(然后上传)一个conda包，它将包含我在C++中开发的自定义程序。
简化问题，我有一个下面的meta.yaml
package:
name: CoolName
version: "1.0.0"
source:
path: ./source
requirements:
build:
- make
和下面的build.sh
make
我有两个问题：
1)我应该如何并在何处复制二进制文件，这是make编译的结果，以便在环境激活时确实能够识别它？
2)如何将g++指定为受抚养人？我希望这个包能在linux-64和osx-64.在构建过程中(在
浏览 1提问于2020-05-28得票数 3
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我自定义了用户笔记本环境 (安装自定义python包)
FROM jupyter/minimal-notebook:177037d09156
# Get the latest image tag at:
# https://hub.docker.com/r/jupyter/minimal-notebook/tags/
# Inspect the Dockerfile at:
# https://github.com/jupyter/docker-stacks/tree/master/minimal-notebook/Dockerfile
# install additional packag
浏览 5提问于2020-04-20得票数 1
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我试图在R-Studio中安装'yaml‘和'stringi’包，但它总是给我这些错误：
> install.packages("stringi")
Package which is only available in source form, and may need compilation of C/C++/Fortran: ‘stringi’
These will not be installed
或
> install.packages('yaml')
Package which is only available in so
浏览 0提问于2015-07-06得票数 29
我试图在Anaconda发行版中构建和安装conda软件包，但几乎没有成功。现在我正试着为烧瓶做一个包装。我从Continuum的.bat、.sh和.yaml食谱文件中复制了。这些文件位于我的桌面上名为flask-wtf的目录中，我在它上运行了conda build flask-wtf。它返回消息：Error: No packages found matching: wtforms。我在任何地方都没有安装wtform，所以现在我有两个问题：
1)如果我安装了wtforms，我是否必须在全局安装它，还是可以将它保存在相关的conda中? 2)如果我从tarball安装了wtforms，是否需要保
浏览 2提问于2013-09-06得票数 2
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Conda允许您定义一个yaml配置文件，以便创建一个新的环境。
我想知道在哪里可以找到关于使用yaml键的文档参考，比如name、channels和dependencies。
浏览 0提问于2020-12-10得票数 1
2回答
最近，我转向了Anaconda发行版，我正在尝试了解问题的诀窍。我想安装，因为还没有conda的配方，所以我试了一下
conda pipbuild layered-yaml-attrdict-config
这导致了以下输出(我删除了系统路径中的无关条目)：
C:\Anaconda>conda install layered-yaml-attrdict-config
Fetching package metadata: ..
Error: No packages found matching: layered-yaml-attrdict-config
C:\Anaconda>con
浏览 3提问于2014-06-20得票数 3
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我想在我的conda环境文件中指定确切的版本。我在environment.yaml中添加了一个未版本化的条目，然后添加了conda env update，从而安装了可用的最新版本。
# environment.yaml
channels:
- conda-forge
- bioconda
- r
- defaults
dependencies:
- gawk=4.2.1
- plink # new package -- get the latest
使用以下命令更新了环境：
$ conda env update -n myenv -f environment.yaml
浏览 5提问于2018-09-26得票数 3
为了构建一个conda包，我有以下meta.yaml文件：
package:
name: dsutils
version: 1.0
source:
git_rev: cat_files_bq_utils
git_url: https://**********.git
requirements:
build:
- python
- setuptools
run:
- python
- pandas
- scipy
- numpy
- scikit-learn ==0.17.0
- google-api-
浏览 4提问于2016-05-31得票数 5
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我有一个带有python=3.6.0的conda环境以及它的所有依赖项。现在，我想使用这个yaml文件创建另一个具有相同依赖项的环境，但是使用python=3.7.0，而不需要一个一个地安装具有正确版本的包。
浏览 2提问于2020-11-03得票数 5
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我正在尝试为我拥有的Perl模块创建一个包，然后将它放在本地通道中，以便能够在conda环境中安装它。我正试图跟踪conda文档，但由于这是我第一次尝试这样做，我有点迷失了自我。
从零开始创建conda包的文档：
要理解meta.yaml文件的元数据：
Doc build：
因此，首先，我用一个meta.yaml文件和一个build.sh文件创建了一个食谱。我的conda中包含的Perl版本为5.26.2。但是，Perl模块是用Perl 5.18.2编写的。我找不到修改Perl版本的方法.
我试着：
$ conda-build <path_to_perl_module>/recip
浏览 0提问于2019-06-28得票数 2
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1回答
从备份启动Anconda3
、、、、
尝试在bash的新计算机上重新运行Anaconda，但没有工作。所以我又下载了Anaconda3。
我从偷来的电脑上有备份。我可以看到anaconda3文件夹，在里面可以找到envs文件夹。在我的每个环境中都有一个文件夹。不幸的是，当我打开特定的环境文件夹时，我找不到任何.yml文件。注意:我以前从未将任何环境导出到yml文件。
不幸的是，我无法导入任何以前的环境，因为我找不到任何. .yml/yaml文件。
有人能说明如何从备份的环境(在envs文件夹中)查找或生成yml文件吗？
浏览 7提问于2021-05-22得票数 3
回答已采纳
我正在尝试安装包--Party及其依赖项mtvnorm、multcomp、硬币和party --然而，在运行脚本时-- install.packages(" party ")我得到了以下错误:还安装了依赖项‘multcomp’、‘mvtnorm’、‘投币’。
尝试URL '‘内容类型’application/x‘长度为606470字节(592 KB)
安装源代码包“mvtnorm”. **包“mvtnorm”成功解压缩，MD5和检查了** libs clang -I/Users/ feliperuiz/anaconda/lib/R/ -DNDEBUG -i/Users
浏览 4提问于2017-04-30得票数 1
1回答
我试图通过朱庇特笔记本中的conda下载图形库(后来我签入了终端，它也以同样的方式进行)。不幸的是，我看到警告conda没有找到。
首先，我用木星写了这篇文章：
!pip install conda --user
并得到：
Requirement already satisfied: conda in /home/user_name/.local/lib/python3.6/site-packages (4.3.16)
Requirement already satisfied: pycosat>=0.6.1 in /home/user_name/.local/lib/python3.6
浏览 1提问于2019-08-12得票数 1
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我尝试在azuremlsdk映像上安装rocker/tidyverse:latest for R：
dir.create("library")
install.packages("azuremlsdk", repos="https://cloud.r-project.org", lib="library")
azuremlsdk::install_azureml()
但是，我在最后一行中得到了以下错误：
loadNamespace(名称)中的错误:没有称为‘azuremlsdk’调用的包：.loadNamespace ->
浏览 4提问于2020-01-24得票数 0
1回答
我试图用一个数据管道制作一个conda包。我们的想法是通过我们的部门在本地分发软件包，以便快速部署。
我们的管道使用了两个在普通conda通道中不适用于Windows的包: SimpleITK和scitools3。通常，在我们使用所有其他conda包依赖项创建了conda环境之后，我们通常会通过pip安装这两个包。
我制作了以下conda软件包配方meta.yaml
{% set name = "package_name" %}
{% set version = "1.0.0" %}
package:
name: "{{ name|lower }}
浏览 5提问于2020-11-19得票数 8
我使用了miniconda2，但我不得不升级到miniconda3。但是，如何将miniconda3 2的环境导出到miniconda3？
提前谢谢你，
更新
我找到了下面的脚本：
for env in $(conda env list | cut -d" " -f1); do
if [[ ${env:0:1} == "#" ]] ; then continue; fi;
conda env export -n $env > ${env}.yml
done
它只选择新的miniconda3环境，而不是位于不同文件夹中的旧miniconda2。
浏览 6提问于2022-05-19得票数 0
我正在实习(是的，我是新手)。我的上司告诉我要创造一个conda环境。她递给我一个包含许多包裹的日志文件。
一个快速的qwant.com搜索向我展示了通过
conda env create --file env_file.yaml
然而，我给出的文件不是yaml文件，它的结构如下：
# packages in environment at /home/supervisors_name/.conda/envs/pancancer:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex
浏览 0提问于2021-05-06得票数 1
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我正在为用于conda包的python包编写一个meta.yaml文件，其方式可以与CI系统一起使用。如何为包指定外部软件需求？这意味着软件不是python库，但是要通过包单元测试才能通过？来澄清：所需的模块不是python包，但是python包依赖于它。
浏览 5提问于2015-03-06得票数 3
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根据的说法，同时使用来自pip和conda的软件包是不安全的。
不幸的是，当conda和pip一起用于创建环境时，可能会出现问题.一种肯定的方法是只使用conda软件包。
但是，conda引入了一个特性，其中可以在环境YAML文件中指定pip依赖项。
使用此功能安全吗？它会导致破坏的环境吗？我们应该做些什么来确保这不会发生呢？
浏览 16提问于2022-03-14得票数 0
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1回答
我希望利用Conda包管理器的语言不可知元素。然而，它并没有镜像CRAN包存储库，这阻止了我的团队使用Conda来管理R的包。
有没有解决这个问题的办法或扩展这个库的计划？我对安装'quanteda‘和'xgboost’这样的软件包很感兴趣，而不是独立安装所有的软件包？
这将允许我们作为一个团队在Conda中进行所有的包管理。
浏览 20提问于2018-02-13得票数 1
给定一个.yaml文件，例如 channels:
- conda-forge
- bioconda
- rdonnelly
- defaults
dependencies:
#Python
- python
- jupyter_core
- leidenalg
- glpk
- gseapy
- pandas
- scipy
#R
- r-corrplot
- rstudio=1.2.502 是否可以自动检查是否有任何(以及哪些)依赖项与当前操作系统不兼容？我经常在Windows、OSX和Linux之间切换操作系统，所以能够移植环境对我来说很重要。
浏览 24提问于2020-07-20得票数 2
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1回答
常见的问题，但到目前为止我还没有解决方案-所以也许你可以帮助一个在IT方面经验相当少的迷路的生物信息学家。我需要在我的mac Big Sur 11.5.1上的R环境(R版本4.1.1)中安装Cairo，并得到以下错误： > install.packages("Cairo")
...
checking for pkg-config... /usr/local/bin/pkg-config
checking whether pkg-config knows about cairo... no
configure: CAIRO_LIBS is unset, attemptin
浏览 439提问于2021-09-02得票数 0
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可以从两个yaml文件创建conda环境吗？
就像这样
conda创建-f env1.yml -f env2.yml
还是从一个yaml文件创建环境，然后用第二个yaml文件更新环境？
conda创建-f env1.ymlcondaenv更新-f env2.yml
浏览 3提问于2021-01-11得票数 0
1回答
我试图将一组JAR文件打包到一个conda包中。原因是我可以将这个包推到内部conda存储库，然后使用conda来管理部署。我的looks .食谱/元. this看起来像这样
package:
name: my_java_apps
version: 0.0.0
source:
path: ../build/allJars
当我跑的时候
conda构建conda.食谱/元数据
我会生成一个.bz2文件。然而，当我查看该文件(解压缩它)时，我没有看到任何我的JAR.我只看到conda食谱相关的文件(即info/文件夹)。
我的文件夹结构如下：
project_root/
浏览 1提问于2018-02-19得票数 2
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1回答
我运行的一些代码包括这一部分：
if (!require("yaml")) {
install.packages("yaml")
library("yaml")
}
当我在它的rstudio中运行时，所有的东西都可以无缝地运行，没有bug。但是，当我尝试在命令行上运行我的代码时，我得到了这个错误：
$ Rscript.exe file.R
Loading required package: yaml
Installing package(s) into ‘/usr/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is uns
浏览 1提问于2013-07-18得票数 36
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我有一些C++代码，打算使用Rcpp导出到r包中。但是，此代码通过以下方式链接到
#include <fftw3.h>
在文件的顶部。当我试图编译这段代码时，我会意外地得到错误。
fatal error: 'fftw3.h' file not found
如何正确地链接到此文件，以便在编译我的包时可用？我知道Makevars文件通常可以用来链接到系统库，但是由于这个库是外部的，所以我不知道该做什么。
谢谢,
埃里克。
浏览 12提问于2022-01-03得票数 1
2回答
我想从离线计算机上的.yaml文件中创建一个Conda环境(即没有互联网访问)。在一台在线机器上，它工作得非常好：
conda env create -f environment.yaml
但是，它不能在脱机机器上工作，因为这样就找不到包了。我该怎么做？
如果这是不可能的，那么是否还有一种简单的方法可以让我的整个Conda环境到达离线计算机(包括Conda和pip安装的软件包)？
一个接一个地从.tar.bz2文件中安装它们是可行的，但这非常麻烦，所以我想避免这种情况。
浏览 1提问于2017-08-21得票数 3
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