我正在使用基于区域的图像分割,为此我需要将我的dicom文件转换为灰度,我在一个图像中执行它工作良好,但对于多个图像在给我一个错误。
def DicomtoRGB(dicomfile,bt,wt):
"""Create new image(numpy array) filled with certain color in RGB"""
# Create black blank image
image = np.zeros((dicomfile.shape[0], dicomfile.shape[1], 3), np.uin
我在一个文件夹里有几千张dicom图片。我在pydicom上是这样读的
import numpy as np
import dicom
folder = "/images"
imgs = [dicom.read_file(folder + '/' + s) for s in os.listdir(folder)]
然后,我想将所有图像堆叠成一个numpy数组,如下所示:
data = np.stack([i.pixel_array for i in imgs])
但是,图像的大小或不同,因此无法堆叠。
如何添加将所有图像大小调整为1000x1000的步骤?
我正在读取一个dicom图像并访问它的像素阵列。之后,使用sitk.Write将该数组再次保存为dicom格式,但要读取的原始图像和写入后的相同图像之间存在差异。如何才能获得相同的图像显示。我正在使用Radiant Viewer来可视化Dicom图像。我想要与输入相同的输出。代码以及输入和输出图像如下所示: # Reading a dicom image
Image = pydicom.dcmread('Input.dcm')
output = Image.pixel_array
#Saving the image into another folder
img = sit
我有带有核磁共振图像的文件夹,我试图用我自己的数据复制MRnet研究。它们的模型工作在每个主题的一个.npy文件上,形状(s,3,256,256),s是给定主题的切片数(不同主题)。
我看过几种不同的方法来解决这个问题,但似乎没有一个对我有用。我得到的最接近的是,至少将.dcm文件转换为JPEG,使用:
import pydicom
import os
import numpy as np
import cv2
dicom_folder = 'C:/Users/GlaDOS/PythonProjects/dicomnpy/DICOMFILES/sub1/' # Set the
我正在从事我的大学项目:我需要使用python程序将stl文件转换成g代码。为此,我使用了来自github link - ()的程序文件。该程序运行良好,但我有一个问题,即我无法将stl文件转换为json;我已经向scislice程序员询问了这个问题:
我想知道scislice是将stl文件转换为gcode,还是将JSON文件转换为gcode?我们希望将STL转换为gcode,以便我们的3D打印机接收命令并能够打印。如果您的程序将JSON文件隐藏为gcode,那么我想知道如何将stl文件转换为JSON文件?“
我已经从这里下载了一个示例.stl文件:
然后,我使用以下代码获取numpy数组,以便使用matplotlib进行进一步的图像处理:
import numpy as np
from stl import mesh
np.set_printoptions(threshold=np.nan)
# Using an existing stl file:
your_mesh = mesh.Mesh.from_file('300_polygon_sphere_100mm.stl')
data = np.array(your_mesh)
print(data.shape)
不幸的是,
我是图像处理的新手,想知道如何使用python对dicom图像进行预处理。我遵循以下教程:我的数据中没有SliceThickness属性。我怎么计算呢?
这是我拥有的示例数据集:
下面是我的代码:
import pydicom
import os
import numpy
from matplotlib import pyplot, cm
PathDicom = "xyz\images"
lstFilesDCM = [] # creating an empty list
for dirName, subdirList, fileList in os.walk(Pa
我的代码读取一个DICOM文件,将像素信息放入numpy数组,然后修改numpy数组。它使用列表,因为我试图同时操作多个DICOM文件。我还没有找到任何关于如何获取修改后的numpy数组并使其再次成为DICOM文件的信息,以便我可以在Python之外使用它。 #IMPORT
import cv2
import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
import matplotlib.pyplot as plt
import SimpleITK as sitk
from glob import glob
import pydico
我试着编辑一个stl文件。关于这一点,我使用numpy-stl读取stl文件。现在,当我试图拆分其中的行时,它显示了一个错误:
'numpy.ndarray‘对象没有属性’拆分‘
如何克服这一问题?下面是密码。
import numpy as np
import stl
from stl import mesh
lines = mesh.Mesh.from_file('mesh.stl')
count = 0
for line in lines:
if line.split()[0] == "solid":
repl = line.
我有一个数组,它包含在从Dicom Image提取的PixelData中。
代码如下:
byte[] bytes = img.PixelData.GetFrame(0).Data; // img is the Dicom Image
int count = bytes.Length / 2;
ushort[] words = new ushort[count];
for (int i = 0, p = 0; i < count; i++, p += 2)
{
words[i] = Bi