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如何指定带相对路径的snakemake包装器?

在Snakemake中,可以使用相对路径来指定包装器。要指定带有相对路径的Snakemake包装器,需要按照以下步骤操作:

  1. 在你的Snakemake工作流目录中创建一个名为"wrappers"的文件夹,用于存放包装器文件。
  2. 在"wrappers"文件夹中创建一个新的文件,命名为你想要包装器的名称,例如"my_wrapper.py"。
  3. 在"my_wrapper.py"中,编写你的包装器代码。这个包装器代码负责定义任务的输入、输出和执行规则。
  4. 在你的Snakemake规则中,使用wrapper关键字来指定包装器。例如:
  5. 在你的Snakemake规则中,使用wrapper关键字来指定包装器。例如:
  6. 在这个例子中,wrapper关键字指定了包装器文件的相对路径。
  7. 运行你的Snakemake工作流。Snakemake将根据你指定的包装器来执行任务。

这样,你就可以使用相对路径来指定Snakemake包装器了。请注意,这只是指定包装器的一种方法,你也可以使用其他方法来指定包装器,例如使用绝对路径或从外部URL加载包装器。

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