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    Micapipe:一个用于多模态神经成像和连接组分析的管道

    多模态磁共振成像(MRI)通过促进对大脑跨多尺度和活体大脑的微结构、几何结构、功能和连接组的分析,加速了人类神经科学。然而,多模态神经成像的丰富性和复杂性要求使用处理方法来整合跨模态的信息,并在不同的空间尺度上整合研究结果。在这里,我们提出了micapipe,一个开放的多模态MRI数据集的处理管道。基于符合bids的输入数据,micapipe可以生成i)来自扩散束造影的结构连接组,ii)来自静息态信号相关性的功能连接组,iii)量化皮层-皮层邻近性的测地线距离矩阵,以及iv)评估皮层髓鞘代理区域间相似性的微观结构轮廓协方差矩阵。上述矩阵可以在已建立的18个皮层包裹(100-1000个包裹)中自动生成,以及皮层下和小脑包裹,使研究人员能够轻松地在不同的空间尺度上复制发现。结果是在三个不同的表面空间上表示(native, conte69, fsaverage5)。处理后的输出可以在个体和组层面上进行质量控制。Micapipe在几个数据集上进行了测试,可以在https://github.com/MICA-MNI/micapipe上获得,使用说明记录在https://micapipe.readthedocs.io/,并可封装作为BIDS App http://bids-apps.neuroimaging.io/apps/。我们希望Micapipe将促进对人脑微结构、形态、功能、和连接组的稳健和整合研究。

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