考虑到公众号后台数不胜数的提问其实并不是生物学知识或者数据处理知识的困惑，仅仅是绘图小技巧以及数据转换的困难。所以我们一再强调系统性掌握编程知识的重要性，在这个打基础方面我让实习生“身先士卒”，起码每个人在每个编程语言上面都需要看至少五本书而且每本书都需要看五遍以上，并且详细的记录笔记。
本次内容介绍条形图的绘制，包括基本条形图、簇状条形图、频数条形图、堆积条形图、百分比条形图。
最近科研绘图中，需要解决这么一个需求。如何将下图中的左图（低配版）转化为右图（高配版， x，y 轴分离）。
今天是大年初三，想必小伙伴们都放假在家陪着爸爸妈妈，吃着家乡的饭，和家人一起过节，小编在这里给大家拜个年~祝大家新年新气象，新年好运气有福气，工作顺利，身体健康~
另存为csv格式，存储到Rstudio的工作目录下。这边我命名为 example_1.csv
坐标轴重叠是常见的绘图问题，常规的解决方式是增加图形的宽度、降低字体大小、坐标轴文字旋转。还有 2 个新的方式，自动错位排列和隐藏重叠坐标轴。
整理毕业论文数据的时候，想将RNA-seq上游的一些分析结果可视化，主要是比对和定量的结果，通过图表展示反而没有那么直观，经过一番摸索，最后画出了下面的图。
ggplot2已经非常好用了，但是大家对美的追求是永无止境的，比如对于坐标轴，有人可能更喜欢base r那种，base r的很多默认图形，坐标轴都是分离的，比如这种：
本期开始继续基础图表(柱形图/条形图(bar charts))的绘制推文教程，但在系列绘制之前，我们先介绍下个人较喜欢的一个绘图R包-ggchicklet包，用于绘制带圆角角度的柱形图(Rounded Segmented Column)。主要涉及的知识点如下：
❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制镶嵌条形图,下面通过一个小例子来展示 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(camcorder) library(ggtext) 导入数据 incl_gen_2019 <- read_tsv("incl_gen_2019.xls") %>% mutate(OECD = rowMeans(select(., 3:last_col()))) %>% rename(provisions = 1) %>% add_r
在上一节中[[77-R可视化13-多个ggplot图象映射实现以假乱真的dodge+stack效果]]，我们提到了这张图：
关于这个误差bar的添加，主要的问题其实是计算的问题，需要max和min，如果存在分组的问题，那么就需要使用按照分组再计算max和min，然后再在aes中使用。 love&peace
条形图是科研中常用的图，但是有时候可能你会觉得普通的条形图过于平平无奇。还有些时候展示的空间有限，数据却很庞大，这时再用普通的条形图可能就不利于展示信息了。那么要怎么办呢？不如考虑一下使用环状条形图。我们先来看几个关于环状条形图的例子。
Geom_text（）将文本直接添加到绘图中。 geom_label（）在文本后面绘制一个矩形，使其更易于阅读。
本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。
没有难学的技艺，只有不够辛勤的付出！ 今天这篇文章推送仿的的是网易数独的一幅信息图，内容呈现的是全球各国人民对于养老所持的态度，数据来源于Pew Reserch Centre。 图表整体难度中等，使用
ggplot2是一个神奇的R包，可以将自己的统计数据绘制成想要的图案。从今天起小编计划为各位观众老爷们带来一个ggplot2的系列教程。那么首先呢，大家在可视化自己的科研数据时，最最最常用的就是绘制一个带误差或者显著值的柱状图。
最近遇到一个问题，如何将ggplot 连续性数据的坐标轴文本，自定义成想要的分类数据，比如1:10 的数值替换成 id1, id2...id10，实现以假乱真的效果。
今天的推文是昨天推文的延续 跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右。在昨天的推文中模仿了论文 Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders中的 figure2B image.png image.png 但是有一个细节没有能够实现，就是让坐标轴以上图样子的科学计数法显示，昨天的推文发出后有读者留言了对应的
使用R语言的ggplot2作图，使用geom_text()函数添加文本，因为文本比较长，所以想在文本中间添加一个换行符，这样添加文本后就可以换行显示 image.png 这个是数据 但是使用R语言读取进来的时候为什么会多一个斜杠呢？ image.png 我是win10系统 R语言是4.0.3 我之前好像也这样处理过数据，当时好像没有遇到过这个问题呀 暂时不知道问题出在哪了 查了还没有找到资料 linux系统也有这个问题 image.png 现在想到的办法是只能把这一列数据拆分成两列，读入以后再使
这是position_dodge()的简写形式，它会自动计算需要的dodge宽度。不能设置preserve参数。
今天推文模仿的图片是来自于论文 Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders。有读者在公众号的后台留言问 论文中Figure2中的A图如何实现 image.png image.png 今天的推文就介绍一下，因为A图的数据较多，我们来模仿B图，过程其实是一样的 image.png image.png 左边两幅图是柱形图叠加误差线还叠加了散点图 最右
做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。如果是研究比较多的物种，可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好，最后可以很少的代码拿到很漂亮的结果图。但是如果是比较小众的物种，没办法借助clusterProfiler这个R包的话,如何得到和clusterProfiler一样的可视化结果呢？今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码
不可否认的是里面的优秀资源确实不少，比如；https://rpubs.com/Mentors_Ubiqum/geom_col_1 一步步带你绘制各种各样条形图：
总共4个分组的差异分析，频率为4的基因就是共同的差异表达基因。我们选择3个来显示：
有的小朋友可能会说，这不就是个背景吗？在[[57-R可视化6-ggplot2三部曲最终之进阶为菜鸟]] 中我也提到过主题中的panel.background 参数，比如下图：
1 webshot 在 生信星球 公众号看到的推文 听说你的桑基图也无法保存？ 主要功能是可以把html文件保存为 png 或者 pdf 格式 2 pez 系统全面的系统发育R包 3 ggprism 在 YuLabSMU 公众号看到的推文 用ggplot2出GraphPad prism的图，坐标轴好多可选 4 r3dmol 在 YuLabSMU 公众号看到的推文 在R中对分子结构进行3D可视化 5 epiR 该包集合了流行病学中诸多描述性分析的函数。其中epi.tests函数专门用于计算诊断试验的灵敏度、特
我们使用广义线性模型（Generalized Linear Models，简称GLM）来研究客户的非正态数据，并探索非线性关系（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。
💡专注R语言在🩺生物医学中的使用 首先是加载R包和数据 library(tidyverse) library(ggtext) library(showtext) showtext_auto() load("E:/R/r-learning/r4ds/000files/df_animals_2.rdata") 主题设置 theme_set(theme_minimal(base_size = 19, base_family = "Girassol")) theme_update( text = elem
今日心血来潮，看到一幅制作精良的图表，就想使用ggplot2代码实现，虽然不知道该怎么称呼这个图表，但是能顺利做出来也是很有成就感的！ 加载数据包 library("ggplot2") library("grid") library("showtext") library("Cairo") font.add("myfont","msyh.ttc") 构造图形数据源 mydata<-data.frame( id=1:13, class=rep_len(1:4, length=13), Label=c("Eve
本文将给大家介绍一个ggplot2灰常牛X的可视化扩展包，我将该包主页的包用法介绍整理成中文，分享给大家。 包名叫geofacet，有经验的charter大概能猜出来个大概，没错该包是关于可视化数据中的地理信息，以及维度分面。 作者命名非常讲究，将该包的两个主要核心功能进行组合命名。 地理信息可视化分面，这么吊的包你肯定是第一次看到吧（其实之前介绍过一些地图上的mini 柱形图、饼图等都算这一类），但是这里的分面功能做的更加彻底，作者还是遵循惯例，将这种基于地理信息分面的可视化功能对接了ggplot2,并
https://github.com/plemey/SARSCoV2origins
整理文本进行情感分析是典型的文本分析案例，当打算深度阅读一篇文章时，可以利用我们对单词的情感意图的理解来推断一篇文章是积极的还是消极的，或者其他可能带有一些更微妙的情感特征，比如惊讶或厌恶。最近特别好奇读文学相关的本科生或者硕士生到底毕业论文是写啥，从网上了解一番之后发现，部分文科生的毕业论文是这样的，《从Jane Austen个人感情经历来看<傲慢与偏见>中体现的爱情婚姻观》、《某某作家部分作品及其爱情观的分析》、《浅析某某作家笔下的人物性格魅力：以xxx为例》～
蝴蝶图是一种形似蝴蝶双向柱状图。做GO term 的时候常常同时展现上调和下调的数据，因此，这里用ggplot2绘制GO term双向柱状图。 输入数据为clusterProfiler的GO term 结果，其他方式做的go term 也可，这里只用到通路和Pvalue。
首先我们定义一下什么是攻防一体，在前面的回答中有答主采用的标准是——全明星球员并且入选最佳防守阵容。本篇文章采用的标准是：
1写在前面 写毕业课题统计时编写的一段代码，大量数据很快就可以统计出结果并作用，方便的很。统计使用的是r基础stat包，绘图使用的ggplot2包。都是很常见的，网上教程也很多。 2示例数据 示例为利用excel随机生成的一列数字 y <- read.table("clipboard", header = F) 该法是直接访问的剪贴板，可以用read.xlsx，read.table，read.csv等函数读取已经整理好的数据。分组信息也可读入。 3输入分组信息 a1 <- factor(c(rep(c
今天小编给大家介绍一下子弹图(Bullet chart) 的绘制方法，主要内容包括：
本节来复现「nature medicine」上的一张图，此图将饼图与环状条形图进行了组合也别有一番风格，小编稍微写了一些代码有更高需求的可以在此基础上进行进一步的拓展； 原文 Data-driven identification of post-acute SARS-CoV-2 infection subphenotypes 加载R包 library(tidyverse) library(readxl) library(camcorder) library(ggtext) library(ggsci)
分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数
其实这个问题在需要有文本标注的图形中经常遇到，在文本数量较多且图形布局较为拥挤时，大部分制作者选择使用图片处理工具如AI等，进行单独的文本添加。
https://news.cgtn.com/news/2020-05-08/Beijing-Winter-Olympics-color-system-and-dynamic-graphics-released-QkvJxPsfBu/index.html
这其实就是pheatmap 画的非常简单的一张图。通过源代码我们可以发现它其实也是借助了grid 包操作。
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