在之前的文章中,我们分享了多个基因差异分析的可视化,使用的是ggpubr这个R包,ggpubr在标记p值时,可以根据指定的差异分组自动添加组间的连线,非常方便,但是无法指定添加的p值的位置,在某些时候会缺乏灵活性,今天要介绍的是另外一个R包ggsignif,其帮助手册链接如下
大家对ggplot应该很熟悉,那么围绕ggplot也开发了很多辅助的包,今天给大家介绍下如何在我们绘制的图像上简单的标注差异信息,比如P值、倍数差等。那么需要用到包ggsignif。首先看下安装:
参考:R绘图系列-带有significant信息的boxplot | showteeth's blog[1]GitHub - const-ae/ggsignif: Easily add significance brackets to your ggplots[2][ggplot2添加p值和显著性 - 简书 (jianshu.com)](https://www.jianshu.com/p/77f12664540b "ggplot2添加p值和显著性 - 简书 (jianshu.com "ggplot2添加p值和显著性 - 简书 (jianshu.com)")")
在昨天推文的基础上,如果是利用带重复的原始数据作图,然后利用geom_signif()函数作图的时候我遇到了报错,暂时还不知道如何解决。等找到原因了再来介绍。
研究者常常要比较两组数据是否有统计学差异,并且要将这种差异在图形上通过线和注释标注出来。
说明没问题,是得到了dataframe;这样:数据准备好了,作图的工具也准备好了,那么我们就开始作图:
❝本节来介绍如何对图形做显著性标记,介绍两种方法第一种通过代码来自动进行标记,另一种通过手动的方式来添加标记;两种方法各有其独特的用处,各位观众老爷细细品味。 加载R包 library(tidyverse) library(readxl) library(ggsignif) library(rstatix) library(ggpubr) library(ggsci) 统计分析 stat.test <- read_excel("41588_2022_1184_MOESM6_ESM.xlsx",sheet
比如这个结果,返回的就是95% 的置信区间。这里我们暂时不去看freqCI 函数算法本身是否正确。
先前提到了60-R可视化-8-用ggsignif做统计分析绘图 (qq.com)这个包。
在一些常见的统计图表中经常需要在一些图表中添加P值,那么今天小编给大家汇总一下关于统计图表中P值的添加方法。今天推文的主要内容如下:
❝本节来介绍如何使用ggplot2绘制配对连线云雨图,图形倒也简单主要是细节;小编给了两个案例来进行展示,有循环绘图需求的可以看最后一个案例;❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsignif) library(gghalves) library(ggsci) 数据清洗 df <- read_tsv("data.xls") %>% filter(year %in% c(1957,2007),continent !="Oceania") %>% select(
3.散点- 几何对象: geom_point()函数,size,alpha为控制点属性的参数
❝本节来介绍一种新的方法来进行分面注释,下面通过1个案例来进行展示 加载R包 library(tidyverse) library(ggh4x) library(ggsignif) library(ggsci) library(grid) 定义函数 annotation_custom2 <- function (grob, xmin = -Inf, xmax = Inf, ymin = -Inf, ymax = Inf, data) { layer(data = data, stat = Stat
总共是26个基因,它们都是在case 和 control两个分组需要看表达量差异,而且case 和 control两个分组内部都是10个病人。
1 webshot 在 生信星球 公众号看到的推文 听说你的桑基图也无法保存? 主要功能是可以把html文件保存为 png 或者 pdf 格式 2 pez 系统全面的系统发育R包 3 ggprism 在 YuLabSMU 公众号看到的推文 用ggplot2出GraphPad prism的图,坐标轴好多可选 4 r3dmol 在 YuLabSMU 公众号看到的推文 在R中对分子结构进行3D可视化 5 epiR 该包集合了流行病学中诸多描述性分析的函数。其中epi.tests函数专门用于计算诊断试验的灵敏度、特
写论文画图的时候小提琴图,热图,箱线图,画来画去都长得差不多,是不是觉得很烦恼?今天小编为大家介绍一个可以让科研论文统计绘图颜值提升好几个level的R包:ggstatsplot。
前几天发现一个非常有意思的数据可视化小例子https://github.com/nanli-7/basketballdatavisualization,自带数据和代码,非常好的学习材料,自己重复了其中绝大部分内容,但是最后一幅非常漂亮的图没有找到对应的代码,自己也没有思路应该如何入手;今天刷知乎的时候发现了一篇文章 深度好文 |Matplotlib 可视化最有价值的 50 个图表(附完整 Python 源代码), 发现里面有一张图和自己没能画出来的非常像,才知道这类图叫计数图(Counts plot),但是
CellMiner数据库,主要是通过国家癌症研究所癌症研究中心(NCI)所列出的60种癌细胞为基础而建立的。该数据库最初发表于2009年,后于2012年在Cancer Research杂志上进行了更新,题目为“CellMiner: a web-based suite of genomic and pharmacologic tools to explore transcript and drug patterns in the NCI-60 cell line set”。大家后期在使用该数据库记得应用相关文献。
这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息,防止它们在我的脑袋里走丢了。
gghalves可以通过ggplot2轻松地编写自己想要的一半一半(half-half plots)的图片。比如:在散点旁边显示箱线图、在小提琴图旁边显示点图。
ggplot2添加箭头https://ggplot2.tidyverse.org/reference/geom_segment.html
这里使用到的是geom_tile()函数。把填充设置为白色,然后把边框线设置为灰色就可以达成这种效果
使用R语言的ggplot2作图,使用geom_text()函数添加文本,因为文本比较长,所以想在文本中间添加一个换行符,这样添加文本后就可以换行显示 📷 image.png 这个是数据 但是使用R语言读取进来的时候为什么会多一个斜杠呢? 📷 image.png 我是win10系统 R语言是4.0.3 我之前好像也这样处理过数据,当时好像没有遇到过这个问题呀 暂时不知道问题出在哪了 查了还没有找到资料 linux系统也有这个问题 📷 image.png 现在想到的办法是只能把这一列数据拆分成两列,读入以后再使
这个代码技术含量非常高,大家如果提问绘图相关的,一定要学会生成测试数据哦。有了测试数据,大家就很容易去帮助你。
前面对比了已取消航班和未取消航班的出发时间,使用学习到的知识对这个对比的可视化结果进行改善。
ggplot2是由Hadley Wickham设计的R软件包,它有助于数据绘图。在本实验中,我们将简要介绍该软件包的一些功能。如果您想了解更多关于如何使用ggplot2的信息,我们建议您阅读Hadley Wickham撰写的“ggplot2 Elegant graphics for data analysis”。
刚开始学习数据科学的人都会面对同一个问题: 不知道该先学习哪种编程语言。 不仅仅是编程语言,像Tableau,SPSS等软件系统也是同样的情况。有越来越多的工具和编程语言,很难知道该选择哪一种。 事实是,你的时间有限。学习一门新的编程语言相当于一项巨大的投资,因此在选择语言时需要有战略性。 很明显,一些语言会给你的投资带来很高的回报(付出的时间和金钱投资)。然而其他语言可能是你每年只用几次的纯粹辅助工具。 我给你的建议就是:先学习R语言 专注于一种语言 在说明为什么你应该学习R语言之前,我想强调的是,在开始
可以看到如往常一样,中文字符也是以方块的形式展示,但是如果我们点击Export将其导出为pdf格式可以看到中文字符正常显示了,如下图所示。
https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP
感觉ggplot 绘图中的图例/legend,完全可以作为一个单独的内容讲很久,特此来总结一下。
第一次使用这个包需要安装,直接运行install.packages("patternplot")命令进行安装
最近看到很多人问下面这个图怎么绘制,看着确实不错。于是我查了一些资料,这个图叫split violin或者half violin,本质上是一种小提琴图。参考代码在https://gist.github.com/Karel-Kroeze/746685f5613e01ba820a31e57f87ec87
今天的推文介绍下半部分SNP位点的碱基类型的实现办法,背景颜色这里借助的是ggplot2包中的geom_tile()函数;表示碱基的文本借助的是geom_text()函数
写在前面: 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源,为了博人眼球,而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。 当然了,R包本来就是免费的,你只是不会下载而已,所以重新发下这篇优秀的文章,教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包,一定要在写文章的时候引用,尊重别人的劳动。 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决
上一期我们对《R数据科学》第3.7节进行了内容介绍和习题解答,细心的读者可以发现,这里直接跳转到了5.3节了。原因在于中间各节内容干货较少,也没有习题,所以就跳过了。
最近有人在公众号后台留言问到这个问题,今天的推文介绍一下ggplot2做堆积柱形图并添加误差线的办法 完整代码 ''' 堆积柱形图添加误差线 ''' getwd() library(ggplot2) library(dplyr) library(see) df<-read.csv("penguins.csv") head(df) df %>% na.omit() %>% group_by(species,sex) %>% summarise(mean_value=mean(bill_le
视频地址:http://mpvideo.qpic.cn/0b2ewiaakaaahmalygztmbrvbmwdawzaabia.f10002.mp4? 参考文章: 【0代码】单基因泛癌分析教程 视频
object of type ‘symbol‘ is not subsettable
上期展示了ESITMATE(基于转录组数据)计算免疫得分和肿瘤纯度的一个例子,详见ggplot2实现分半小提琴图绘制基因表达谱和免疫得分。实际上计算肿瘤纯度的方法还有InfiniumPurify(基于甲基化数据)、ABSOLUTE(基于体细胞拷贝数变异)、PurityEst(基于突变数据)等等,而计算免疫浸润的有Cibersort、ssGSEA、TIMER等算法。
我需要安装R软件包stochvol,该软件包 仅适用于3.6.0版的R。因此,我安装了R(3.6.0 版本),并使用打开它 RStudio。但是现在 ,即使我成功 使用来 安装软件包,也无法加载任何库 。具体来说,我需要加载的库是stochvol ,Rcpp和 caret。我尝试重新安装 R, 但仍然无法正常工作。
哦转换完ID之后发现这个数据集没有我想要的两个基因; 换一个,随便搜了几篇文章里所使用到的数据集: ①GSE6044和GSE40275 ②GSE43346和GSE6044 ③GSE6044和GSE11969 ④GSE40275,GSE1037,GSE44447 综合多个数据集的数据可以看到,DLL3在小细胞肺癌中高表达。
今天我们来学习一下刘永鑫老师2019年发表在Nature Biotechnology上的文章NRT1.1B is associated with root microbiota composition and nitrogen use in field-grown rice中的代码。
在Shiny中,reactive()是一个函数,用于创建一个响应式变量(reactive variable)。当Shiny应用程序的输入参数或状态改变时,这个响应式变量会被重新计算,并返回一个计算结果。换句话说,reactive()用于定义响应式表达式,当输入参数或状态改变时,它会自动重新计算Shiny。
前面几节学了基本作图和美学映射,虽然有现成的代码,但是对于初学者,可能还是会经常碰到一些报错,这些其实是正常的,即使很熟练了也一样会遇到报错,区别是能否快速找到并解决问题,下面列几个常见的报错类型。
"ggplot2"是我们常用的绘图包,但是使用ggplot2绘图时,输出的坐标轴标签总是按照字母排序,无法使用我们输入文件中排列的顺序。今天小编就教大家解决这一问题。
patchwork是基于ggplot2的拼图包,因为ggplot2本身没有强大的拼图语法,而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。
来源:深度学习与NLP 在过去的几个月里,我一直在收集AI相关知识,并整理成易于记忆的备忘录。在这期间,我也和我的朋友、同事分享这些备忘录,都反映不错,所以我决定把这些知识组织一下,并分享出来。包括神经网络结构、机器学习、神经网络图结构、Tensorflow基本概念、Pandas、Numpy、Python、Scikit - Learn、Scipy等核心知识。 1、神经网络结构整理 📷 神经网络结构备忘录 2、神经网络图整理 📷 神经网络图整备忘录 📷 神经网络图整备忘录 📷 神经网络图整备忘录 3、机器学习
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