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不同的GWAS软件如何如何计算SNP的解释百分比(PVE)?

这里,分享一下常用GWAS软件,比如GAPIT,GEMMA,GCTA是如何计算显著SNP解释百分比(PVE)的。 1....GEMMA如何计算PVE,GCTA如何计算PVE,EMMA如何计算PVE的各种问题,可以休矣。...讨论 读到此,你是否有一种豁然开朗的感觉,GWAS分析中显著SNP如何计算解释百分比(PVE)的相关问题,终于解决了。...最后,如果想要更严谨的计算多个SNP的解释百分比,或者一个区段内显著SNP的解释百分比(PVE),可以将该区段作为随机因子,在LMM模型中估算其方差组分,然后计算Vsnp/Vtotal的比值,这应该会降低假阳性...Genet. 10:302. doi: 10.3389/fgene.2019.00302 ❞ 里面将显著的SNP区段作为block,进行方差组分的估计,进而计算PVE: 之前,在星球内,有朋友问我如何计算

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    Java计算百分比方法

    基础百分比计算 在Java中,计算百分比是一个常见的任务,它涉及到基本的算术运算。本节将介绍如何在Java中执行基础的百分比计算。...使用Java进行基础百分比计算的示例 下面是一个更复杂的例子,演示如何计算一组数的平均百分比: public class AveragePercentageExample { public static...展示如何处理舍入以确保计算的准确性 在进行百分比计算时,通常需要将结果舍入到特定的小数位数。...本节将通过几个实际案例来展示如何在Java中进行百分比计算。 展示如何在实际应用中计算折扣百分比 在电子商务应用中,计算折扣是一个常见的需求。...%n", score, percentage); } } } 展示如何在财务应用中计算利润百分比 在财务分析中,计算利润百分比是一个基本的财务指标。

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    PowerBI: 条件格式中百分比的计算原理

    最近在使用条件格式中的图标功能时,发现存在一个百分比的名词。...通过查阅资料,发现百分比的计算是基于如下公式: 其中 Xn代表计算依据字段的当前取值,Xmin 是依据字段的最小值,Xmax 是依据字段的最大值。...公式的分母是整个区间的最大变动范围,数学上称之为极差,或全距。 基于上述百分比的计算公式,可以理解上图第4行货号STY0487对应的是半角。...销售金额的最大值是63111,最小值是0,所以百分比 = (39337 - 0)/ (63111 - 0)= 62%,对应的是半角的区间(33% ~ 67%)。...://learn.microsoft.com/zh-cn/power-bi/create-reports/desktop-conditional-table-formatting) [2] 条件格式中百分比的计算原理

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    【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比

    好不容易算好的每个样本中检测到的微生物的百分比含量 发现前面两行一个是没有分类的类型,另外一个是无法比对到微生物物种上的。这两行需要删掉,这样每个样本中微生物的占比就需要重新计算了。...删除之前,每个样本中微生物的占比为 下面我们用两种方法来实现 一、使用apply函数 #读入数据 a <- read.table(file="sample_bacteria_percentage.txt...colSums(result) #数据导出 write.table(result,file="remove_recal_percent1.txt",sep="\t",quote=F) 二、使用前面讲到过的☞...R中的sweep函数 #读入数据 a=read.table("sample_bacteria_percentage.txt",header=T,sep="\t",row.names=1) #删除前两行...#保存结果 write.table(file="remove_recal_percent2.txt",result,quote=F,sep="\t") 删除前两列之后,我们在来看一下每个样本中微生物的占比

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    使用 PostgreSQL 窗口函数进行百分比计算

    当我第一次学习 SQL 时,计算一组个人贡献的百分比是一件很笨拙的事情:首先计算百分比的分母然后将该分母连接回原始表以计算百分比这需要两次遍历表:一次用于分母,一次用于百分比。...使用现在的 PostgreSQL,您可以使用“窗口函数”[1]一次计算不同组的复杂百分比。示例数据这是我们的测试数据,一个由七名音乐家组成的小表,他们在两个乐队中表演。...( SELECT Sum(earnings) FROM musicians ) AS sumsORDER BY percent;借助现代 PostgreSQL,我们可以使用“窗口函数”来即时计算百分比的分母...每个音乐家的乐队收入百分比收入占总收入的百分比只是划分收入的一种方法:也许我们想知道相对于乐队收入,哪些音乐家赚的钱最多?如果用老式的方式来做这件事,SQL 就会变得更加复杂!...我们想要的不是所有收益的总和,而是每个波段计算的总和,这是通过在窗口函数的OVER子句中添加PARTITION来获得的。

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    GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇,MLM模型中如何计算PVE?

    GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇,MLM模型中如何计算PVE? #2021.12.24 1. R语言计算的PVE能否用于MLM模型?...昨天介绍了使用R语言计算显著SNP的表型方差解释百分比(PVE),它的步骤有三步: 第一步:将SNP和协变量(PCA和其它协变量)放到模型中,计算回归模型的R方(R-squared)「这一步加上显著SNP...MLM的GWAS模型如何计算PVE?...所以,在MLM模型的GWAS中,我们要选择MLM方法计算的PVE。 问题来了,如果不用GAPIT软件,该如何手动计算PVE值呢? 4....其它GWAS分析软件如何计算PVE 我们知道,其它GWAS软件中是没有PVE的结果的,比如: GEMMA GCTA中的fast-GWA 下一节介绍一下如何用R语言进行演示MLM的PVE计算方法。

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    GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇,GLM模型中如何计算PVE?

    GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇,GLM模型中如何计算PVE? #2021.12.22 1....# 这个是单位点包括此SNP的解释百分比(R方) 「上面两者之差,即为该SNP的解释百分比(PVE)」 $$SNP的PVE = Rsquare.of.Model.with.SNP - Rsquare.of.Model.without.SNP...相关问题在 GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第一篇,SNP解释百分比之和为何大于1?中有过介绍。 5. 用R语言如何计算? 简单来说,就是单位点的回归分析,计算R方。...这里,一般线性模型中,可以针对显著性的SNP,进行单位点回归分析,计算PVE。对于混合线性模型,也可以将显著性位点提取,进行R语言的手动计算,这个也是PVE计算的一种方法。...混合线性模型中,还有其它的计算方法,我们后面进行介绍,欢迎继续关注我。

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    GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第四篇,MLM模型中如何手动计算PVE?

    GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第四篇,MLM模型中如何手动计算PVE? #2021.12.25 今天介绍第四篇,如何手动计算MLM模型GWAS的PVE结果。...因为GAPIT中的MLM模型又PVE结果,但是常用的GEMMA、GCTA的GWAS结果并没有PVE,本篇介绍一下如何根据GWAS结果手动计算,用R语言进行演示。 1....GEMMA如何计算PVE,GCTA如何计算PVE,EMMA如何计算PVE的各种问题,可以休矣。...讨论 读到此,你是否有一种豁然开朗的感觉,GWAS分析中显著SNP如何计算解释百分比(PVE)的相关问题,终于解决了。...最后,如果想要更严谨的计算多个SNP的解释百分比,或者一个区段内显著SNP的解释百分比(PVE),可以将该区段作为随机因子,在LMM模型中估算其方差组分,然后计算Vsnp/Vtotal的比值,这应该会降低假阳性

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    如何用Origin绘制百分比堆积柱状图

    百分比堆积柱状图是一个很好的展现各个指标或者物种之间比例的图谱,生物医学中常见的图就是物种相对丰度图或者菌群相对丰度,用来直观地查看各个菌群的丰富程度。...今天我们就来说一下使用Origin如何做这种百分比形式的堆积柱状图(指标或物种的相对丰度图)。如下图所示: ? 软件 ?...选中数据,选择百分比堆积柱状图。Origin里面提供了两个模板绘制百分比堆积柱状图(横向或者竖向),我们选择竖着的堆积柱状图。 ? 3. 基本图形就出来了:一幅带有标签的百分比堆积柱状图。 ? 4....使用从属,用颜色系进行填充,可以将填充色和边框色设置成一样的,比较好看。 ? 5. 设置中间的连线为白色,这样就不用显示了 ? 6. 设置一个合适的间距 ? 7....如果你觉得显示的图例不合适,你可以显示成数据表中各个指标的数字 ? 8.

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    梯度是如何计算的

    引言 深度学习模型的训练本质上是一个优化问题,而常采用的优化算法是梯度下降法(SGD)。对于SGD算法,最重要的就是如何计算梯度。...如果你学过微积分,我相信你一定知道如何计算梯度,或者说计算导数。对于深度网络来说,其可以看成多层非线性函数的堆积,即: ?...如果大家细致观察的话,可以看到要求出最终的导数,你需要计算出中间结果:p与q。计算中间结果的过程一般是前向(forward)过程,然后再反向(backward)计算出最终的导数。...活学活用: 实现一个简单的神经网络 上面我们讲了链式法则,也讲了BP的思想,并且也讲了如何对矩阵运算求梯度。...,就是如何计算梯度。

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    前端css单位小结:vh、vw、百分比、rem、px、计算属性calc

    前端css单位小结:vh、vw、百分比、rem、px、计算属性calc 1 vh 视口的高度,也就是眼睛可以看到屏幕的高度,如果你的屏幕分辩率为1920*1080,那么视口的高度就是1080px,vh可用于写自适应...一般给css div 的 height赋值用。 2 vw 与vh相对的,视口的宽度,同理,如果你的屏幕分辩率为1920*1080,那么视口的宽度就是1080px,vw可用于写自适应。...一般给css div的width赋值用。 3 百分比 这里需要注意的是,百分比是继承的是父级元素的高与宽,如果父级元素没高宽,那么百分比就是无效的。百分比也可以用于自适应布局。...有时候在自适应的布局下,边框线通常用px来设定,比如1px啥的。 6 计算属性calc height: calc(~'100% - 7.4rem - 10px'); 这就是计算属性咯。...可以计算出当前的值,然后再赋值。

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    如何计算云计算的总体拥有成本

    以下将回顾一些最佳实践,以确定组织的云计算总体拥有成本(TCO),同时制定预算,以及在启动和运行工作之后如何避免意外中断。...组织还需要为工作负载建模预计的增长率。较高的百分比应表明对标准化和自动化的依赖程度更高,从而降低了大规模的总体成本。...然后,确定建模期结束时的最佳容量利用率百分比和资源单位。设置80%至90%的最大容量利用的现实上限。 考虑任何基础设施开销和管理要求。例如,包括任何已经存在的服务管理工具和网络安全防护。...获取成本构成 要捕获构成现有内部部署支出的详细信息并映射将如何转换为云计算,需要从通常属于资本支出的硬件开始。内部部署软件也通常算作资本支出,尽管它可以像数据库那样作为运营支出。...采用云计算不一定节省成本,因此成本不应该是唯一的决定性因素。但是,如果组织知道云计算的总体拥有成本,则可以更好地采用云计算做出明智的决定。

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    js如何使得四舍五入的百分比之和为100%

    但是,你可以采用一种策略,即先对所有的百分比进行常规的四舍五入,然后调整最后一个百分比的值以确保总和为100%。...以下是一个简单的示例,说明如何实现这一点:代码示例:function roundPercentages(percentages) { // 假设percentages是一个包含多个小数(表示百分比...计算需要添加到最后一个百分比的值,以确保总和为100% let remaining = 1 - sum; // 4....对最后一个百分比进行四舍五入(或调整),以确保总和为100% // 注意:这里我们直接设置最后一个百分比为剩余的值,而不是四舍五入 // 如果你需要四舍五入,可以计算remaining...如果你确实需要对最后一个百分比进行四舍五入,你可以计算remaining * 100,然后四舍五入这个值,最后再将结果除以100。但是,这样做可能会使总和稍微偏离100%。

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    如何计算MySQL的数据容量?

    MySQL中InnoDB引擎的表存储容量我们有什么方法可以计算出来?...MOS的这篇文章《How can I determine the total size of my InnoDB tables/dataset?》(Doc ID 1516454.1)给了我们答案。...按照文章所说,可以从数据库层面通过information_schema的tables视图了解innodb存储引擎的表容量(包括数据和索引), mysql> select round((sum(data_length...index_length))/1024/1024) AS tables_M from information_schema.tables where engine="innodb"; 返回:313 还可以通过统计操作系统的数据库文件容量来计算...因此如果有监控工具需要对MySQL空间容量进行监控的需求,就需要根据实际的需求,用准确的统计,避免出现误算。 如果您认为这篇文章有些帮助,还请不吝点下文章末尾的"点赞"和"在看",或者直接转发朋友圈,

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    如何花式计算20的阶乘?

    作者 | godweiyang 出品 | 公众号:算法码上来(ID:GodNLP) - BEGIN - 今天刷知乎看到个挺有意思的问题:「如何优雅地利用c++编程从1乘到20?」...我想这有啥难的,还能写出花来不成?结果看到高赞回答,感觉自己的智商有点不够用了。...随便来看一个高赞回答是怎么写的: 这个其实还算比较简单的,没啥难度,还有更晦涩的: 这个乍一看根本看不懂在写啥,当然平时也很少会写这种晦涩的代码。 CUDA花式整活!...今天我就教大家用CUDA来计算一下20的阶乘,就当作是CUDA的一个入门例子。...感谢@NekoDaemon老哥提供的优化建议,只需要在计算的时候根据线程号计算对应乘积元素就行,但是线程数仍然需要分配32个。

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