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ucinet网络分析实例(网络分析app)

UCINET为菜单驱动的Windows程序,可能是最知名和最经常被使用的处理社会网络数据和其他相似性数据的综合性分析程序。与UCINET捆绑在一起的还有Pajek、Mage和NetDraw等三个软件。UCINET能够处理的原始数据为矩阵格式,提供了大量数据管理和转化工具。该程序本身不包含 网络可视化的图形程序,但可将数据和处理结果输出至NetDraw、Pajek、Mage和KrackPlot等软件作图。UCINET包含大量包括探测凝聚子群(cliques, clans, plexes)和区域(components, cores)、中心性分析(centrality)、个人网络分析和结构洞分析在内的网络分析程序。UCINET还包含为数众多的基于过程的分析程序,如聚类分析、多维标度、二模标度(奇异值分解、因子分析和对应分析)、角色和地位分析(结构、角色和正则对等性)和拟合中心-边缘模型。此外,UCINET提供了从简单统计到拟合p1模型在内的多种统计程序。

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    WGCNA:加权基因共表达网络分析

    加权基因表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA),又叫权重基因共表达网络分析,其根本思想是根据基因表达模式的不同,挖掘出相似表达模式的基因,定义为模块(module)的一种算法。具有相似表达模式的基因很可能是紧密共调控的,功能紧密相关的或同一条信号通路或过程的成员,有其特定的生理意义。芯片原始数据由R语言预处理后,得到基因表达数据,然后由maSigPro包处理得到整个肝再生过程和肝癌发生发展过程中的差异表达用来构建加权基因共表达网络。然后根据基因表达的相似性(共表达的基因)把网络分成几个模块,把每个模块和外部特征(比如时间点,病理进程等)进行关联,同时和maSigPro结果进行对比,鉴定模块中的关键基因(driver gene或hub gene),进行可视化。

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    基于图论的复杂脑网络分析中的常用指标

    目前,基于图论的复杂脑网络分析技术是当前脑科学研究的热点,在脑科学领域的应用是复杂脑网络理论的一个重要分支。不论你的研究技术采用的是EEG、MEG、fMRI还是DTI,不论你研究的正常的大脑高级认知过程还是诸如精神分裂等疾病的脑功能/结构异常变化,复杂脑网络技术都可以作为一个十分强大的分析工具应用于上述情况。目前,大量的研究成果已经证明,大脑既不是一个完全的随机网络(random network),也不是一个完全的有序网络(regular network),而是具有“经济性的”小世界网络特性。所谓的小世界网络(Small-word network),是指其具有较小的特征路径长度L和较大的聚类系数C,换句话说,小世界网络的L、C处于有序网络和随机网络之间。由于运用复杂脑网络分析技术需要一定的数学基础和对图论较好的理解,使得很多研究者对复杂脑网络理论望而却步。这里,小编以较为通俗的语言给大家介绍几个复杂脑网络分析中的常用指标,以期和大家共同学习、共同进步。

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    答读者问:非计算机专业的学生如何学习数据分析

    大家好,大数据文摘愿意在力所能及的范围内,解答读者问题。本期提问是大三的学生,南瓜灯。也欢迎大家在文末“写评论”处写出你的看法、答复、新问题。如果你的问题有足够的普遍性、代表性,也许下期就能入选。 本期问题 提问人:南瓜灯 问题描述:你好,我是学市场营销专业的学生,现在大三,由于读了大数据时代这本书,对大数据及数据分析非常有兴趣,而且现在大数据分析得到国家支持,同时各行业大数据浪潮也将到来,而且通过数据分析,可以把原本两个完全没有关联的商品通过销售数据的分析,得到两者之间的关联,感觉非常的奇妙,以后也想立志

    05

    社交网络分析的 R 基础:(一)初探 R 语言

    3 年的硕士生涯一转眼就过去了,和社交网络也打了很长时间交道。最近突然想给自己挖个坑,想给这 3 年写个总结,画上一个句号。回想当时学习 R 语言时也是非常戏剧性的,开始科研生活时到处发邮件要源代码,发完最后一封本以为又是无功而返,很意外的收到了秒回的邮件,邮件中附上了由 R 语言编写的实验代码。当时过于开心,因为终于有热心的作者回复了,以至于没有仔细考虑,想都没想对着满是警告的代码开始了 R 语言学习之旅。之后的几天陆陆续续的收到了其他作者的回复,实验代码多是使用 Python 构建的,好吧只能咬咬牙继续了。当时的学习苦于资料太少,唯一的参考只有那份 R 语言实验代码,因此萌生了写一份站在社交网络分析角度的 R 语言教程。《社交网络分析的 R 基础》中所介绍的内容都是最新的技术,Visual Studio Code 在半年之前甚至无法调试 R 语言,代码规范遵循 Google's R Style Guide。该系列博客一共包含六篇文章,具体的目录如下:

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    使用 IBM SPSS Modeler 进行社交网络分析,用15哦

    社交网络分析是人、组织、计算机或者其他信息或知识处理实体之间的关系和流动信息的映射和测量。图 1 是社交网络的一个示意图,其中的节点表示人、组织、计算机或者其他信息或知识处理实体;连线表示节点之间的关系或信息流动。信息流动的方式有很多,比如邮件,电话,短信,博客,等等。假设 A 经常与 B 和 C 通电话,通过分析 A 的电话 ID 记录,可以构筑出图 1 中的简单社交网络。从此图中我们可以看出 A, B, C, 三人 中,A 具有较强的影响力。如果 A 获得了正面或者负面的消息,这消息会很快传递给 B 和 C。而 B 与 C 之间的影响力是间接的,只能通过 A 来传播。

    07

    DCP:一款用于弥散磁共振成像连接组学的工具箱

    摘要:由弥散磁共振成像(dMRI)衍生的大脑结构网络反映了大脑区域之间的白质连接,可以定量描述整个大脑的解剖连接模式。结构性脑连接组的发展导致了大量dMRI处理包和网络分析工具箱的出现。然而,基于dMRI数据的全自动网络分析仍然具有挑战性。在这项研究中,我们开发了一个名为“扩散连接组管道”(DCP)的跨平台MATLAB工具箱,用于自动构建大脑结构网络并计算网络的拓扑属性。该工具箱集成了一些开发的软件包,包括 FSL、Diffusion Toolkit、SPM、Camino、MRtrix3和MRIcron。它可以处理从任意数量的参与者那里收集的原始dMRI数据,并且还与来自HCP和英国生物样本库等公共数据集的预处理文件兼容。此外,友好的图形用户界面允许用户配置他们的处理管道,而无需任何编程。为了证明DCP的能力和有效性,使用DCP进行了两次测试。结果表明,DCP可以重现我们之前研究的发现。但是,DCP存在一些局限性,例如依赖 MATLAB 并且无法修复基于度量的加权网络。尽管存在这些局限性,但总体而言,DCP软件为白质网络构建和分析提供了标准化的全自动计算工作流程,有利于推进未来人脑连接组学应用研究。

    01

    六个主要的社会网络分析软件的比较

    UCINET为菜单驱动的Windows程序,可能是最知名和最经常被使用的处理社会网络数据和其他相似性数据的综合性分析程序。与UCINET捆绑在一 起的还有Pajek、Mage和NetDraw等三个软件。UCINET能够处理的原始数据为矩阵格式,提供了大量数据管理和转化工具。该程序本身不包含 网络可视化的图形程序,但可将数据和处理结果输出至NetDraw、Pajek、Mage和KrackPlot等软件作图。UCINET包含大量包括探测 凝聚子群(cliques, clans, plexes)和区域(components, cores)、中心性分析(centrality)、个人网络分析和结构洞分析在内的网络分析程序。UCINET还包含为数众多的基于过程的分析程序,如 聚类分析、多维标度、二模标度(奇异值分解、因子分析和对应分析)、角色和地位分析(结构、角色和正则对等性)和拟合中心-边缘模型。此外,UCINET 提供了从简单统计到拟合p1模型在内的多种统计程序。

    02

    关系网络理论︱细讲中介中心性(Betweeness Centrality)

    中介中心性(Betweeness Centrality),又叫中间中心性,中间性,居间中心性等等。以下是学者们对中介中心性的解释。 中介中心性主要是由美国社会学家林顿·弗里曼(Freeman,1979)教授提出来的一个概念,它测量的是一个点在多大程度上位于图中其他“点对”的“中间”。他认为,如果一个行动者处于多对行动者之间,那么他的度数一般较低,这个相对来说度数比较低的点可能起到重要的“中介”作用,因而处于网络的中心,根据这个思路就可以测量点的中间中心性。[1] 居间中心性建立在以下假设基础上,即一个人如果可把持传播通道的话,则他可能会获得更大的权力。在下图中,节点D很明显处于一个权力位置——节点A、B、C与E、F、G之间所有的信息流通都要通过D。这种传播瓶颈的位置可能是危险的,无论如何——它也可被解释为相当大的压力。居间中心性的另一个重要作用就是它能够分辨出谁是“跨界者”(boundary spanners)——那些在两个或多个团体中扮演着不可或缺的桥梁作用的个体。比如:一个在计算机科学学术世界和音乐世界的跨界者,而我则是在计算机科学方面(获得了博士学位)和长期从事爵士和摇滚伴奏领域的跨界者。[2] 点的中心性是一个用以量化点在网络中地位重要性的图论概念。中间中心性是常用来进行中心性测度的指标,它是指网络中经过某点并连接这两点的最短路径占这两点之间的最短路径线总数之比。

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    网络生物学的未来新方向

    今天我们介绍2022年在圣母大学组织的一个网络生物学未来方向研讨会,本文由研讨会参与者合著,总结了研讨会的讨论,预计其将帮助塑造网络生物学未来计算和算法研究的短期和长期愿景。网络生物学是一个跨学科领域,集计算科学和生物科学于一体,对于深入理解细胞功能和疾病至关重要。该领域存在约20年,仍处于初级发展阶段。由于多种因素导致该领域发生了快速变化和出现了新的计算挑战,包括数据复杂性的增加和不同组织水平上多种数据类型的出现以及数据量的增长。这意味着该领域的研究方向也需要发展。因此,汇聚了网络生物学各个计算和算法方面的活跃研究者,以确定这个领域的紧迫挑战。讨论的主题包括:生物网络的推断和比较、多模态数据整合和异构网络、高阶网络分析、网络上的机器学习以及基于网络的个体化医学。

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