如下图所示
除了中位数标准化之外,我们还可以使用z-score的方法来对表达谱数据进行标准化:
z-score=(表达量-均值)/标准差
那么下面小编就给大家演示一下如何使用前面讲到的☞R中的sweep...gene10
rownames(data)=paste0("gene",1:10)
#设置列明是sample1到sample10
colnames(data)=paste0("sample",1:10)
#计算每一行的均值...rowmean=apply(data,1,mean)
#计算每一行的标准差
rowsd=apply(data,1,sd)
#每一行基因表达值减去这一行的均值
data1=sweep(data,1,rowmean...)
#每一行基因表达值除以这一行的标准差
data2=sweep(data1,1,rowsd,'/')
data2
得到的结果如下
如果对R里面scale这个函数比较熟悉的小伙伴,可能已经发现了,scale...这个函数就能完成z-score的计算,我们来看看这个函数的说明
我们来看看scale这个函数的效果
#因为scale默认对列做操作,所以这里先用t对表达矩阵做一个转置
#计算完再用t转置回来
data3