我有一个包含3个染色体字符串的文件,我想把它连接到一个基因组中。然后,我必须跨多个线程访问这个连接字符串(我使用pthread_t)。为此,我必须在提取数据时使用pthread_mutex_lock,然后使用strcat连接使用const *函数fai_fetch提取的数据,然后将数据保存为char* (参见下文)。
// genome_size the size of all the chromosomes together
// chr_total the number of chromosomes I wish to concatenate
char* genome = (char*)
我正在为遗传算法/神经进化写一个库。目前,该程序使用多态性允许多种类型的基因组。所以我的代码是这样的:
class Genome { // Interface
// Some abstract functions
}
class SpecificGenome : public Genome {
// implementation
public:
int do_something(int x); // Specific behavior, which only this SpecificGenome has
}
class Population {
publi
我正在研究2600+基因组,希望研究不同群体的基因组、基因和基因间的特征。如果分类组只有很少的代表,就没有问题。在分类组具有多个基因组的情况下,我应该在什么基础上删除相似的基因组,以便从每个分类组中只获得几个代表。我是否应该使用lenght或GC%或其他特征来删除基因组-例如,如果两个基因组的GC%变异小于1%,我将删除它。类似这样的事情。请建议接受的方式,并友好地解释原因以及。
Example:
I have around 60 genomes of Mycobacterium sps
More than 20 are of M. tuberculosis alone which have
我正在使用一个unix shell脚本,它可以构建基因组,然后创建一个系统发展史。根据您使用的基因组组装器,最终输出(系统发生图)可能会发生变化。我希望比较使用不同基因组组装器的效果。我已经开发了一些指标来比较它们,但我需要帮助组织它们,以便我可以运行有用的分析。我想将我的数据按列导入excel中。
这是我用来输出数据的脚本:
echo "Enter the size (Mb or Gb) of your data set:"
read SIZEOFDATASET
echo "The size of your data set is $SIZEOFDATASET"