广义宏基因组：泛指研究微生物组的学科—宏基因组学(Metagenomics)，狭义仅指宏基因组测，区别于扩增子测序与宏转录组测序，主要分析样品物种组成与功能基因。...二、研究对象 宏基因组研究是微生物研究的延伸，传统微生物研究都可以采用宏基因组测序的方法。只要有微生物的地方，都可以采用宏基因组研究的方法。...EBI 宏基因组测序样品分类统计 三、发展历史 宏基因组的发展与测序技术的发展是息息相关的，正是因为高通量测序的出现，才让宏基因组测序成为可能。...七、宏基因组测序与扩增子测序比较 当前宏基因组研究主要包括扩增子测序，宏基因组测序以及宏转录组测序等技术方法。科研人员在进行微生物学研究中经常不知道该选择哪种合适的方法。...而宏基因组包含未知种类和数目的微生物，并且由于宏基因组测序数据量较大，分析难度也水涨船高。宏基因组数据分析需要微生物学，计算机，统计学等基础。
一、宏基因组样品提取 宏基因组研究涉及的样品广泛，因此样品提取比较困难，且有很强的针对性。这里面为大家推荐国内的 Bio-protocol 精选集。...“Bio-protocol 联合宏基因组共同发起了《微生物组实验手册》项目，以填补微生物组领域方法空白，解决实验和分析难重复的问题，推动实验标准化，助力微生物组学发展。...《微生物组实验手册》共有 167 名编委、评审，和 352 位作者的加入，集合了 125 个研究所和大学，以微生物组为主题，包括样本制备、分离培养、扩增子、宏基因组、代谢组、数据分析等实验和分析方法，为读者提供...2.1 如何去除宿主污染 宏基因组测序过程中，一些样品往往会包括宿主基因组和一些抑制因子，例如复杂多糖、胆酸盐、脂类和尿酸等，这些都会对测序目标序列造成影响。...因此，对于此类宏基因组样品，减少宿主污染非常重要。
基于reads比对注释的物种binning可以获得宏基因组微生物群落的物种组成信息，但无法获得组成物种的基因组。...宏基因组分析Pipeline 测序数据的解析：Fastq与FastQC 测序数据的质控：Trimmomatic！...宏基因组reads筛选：去除宿主序列 测序数据的组装：常用软件工具 宏基因组多样品的混合组装 Contigs与genes丰度计算 免组装宏基因组群落分析 GraPhlAn物种谱可视化 宏基因组编码基因预测...宏基因组bins质量评估 宏基因组binning: Metabat 更新中…… MetaBAT（https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat）是基于contigs
宏基因组binning也即将序列进行聚类、分装，是根据基因组特征以及组装信息等将属于不同基因组的序列分离开来的过程。...在宏基因组中分离单基因组，可利用序列特征或序列组装信息，常见的可用信息主要有以下几种： a.根据核酸使用频率（通常是四核苷酸频率）、GC含量和必需的单拷贝基因等基因组特征； b.根据contig序列的覆盖度...其优势是可以聚类出宏基因组中丰度非常低的物种，而且可以分离系统发育关系很近的物种。...考虑到在宏基因组组装中reads利用率很低，单样品5Gb测序量情况下，环境样品组装reads利用率一般只有10%左右，肠道样品或极端环境样品组装reads利用率一般能达到30%，这样很多物种，尤其是低丰度的物种的...目前已发表的宏基因组关联分析（MWAS）和多组学联合分析文章中，宏基因组binning很多都用genes binning方法，尤其是疾病的MWAS研究中基本都用genes binning[4]。
J.err sh prokka.sh 选项参数： --outdir：输出结果目录 --prefix ：输出结果前缀 --metagenome：标记，输入数据为宏基因组序列
conda install -y bwa conda install -y bwa-mem2 conda install -y kraken2 conda install -y minimap2 二、宏基因组数据库
今天就后者简单分享宏基因组在临床应用上的一些观点，初入临检方向，若有不当之处，烦请指正。 - ? - 伴随着检验技术发展及医院经验累积，面对感染，临床已经有了一套比较成熟的解决方案。...基于宏基因组学研究拓展，mNGS检测技术逐渐受到临床专家的认可。相关概念可以查看之前鲍师傅 @鲍志炜的专栏查看，这里简单啰嗦一下。...中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识[本文附更正][J]. 中华传染病杂志, 2020, 38(11):681-689.
第一章 宏基因组数据的生物信息分析 这章的内容基本上是概论和综述，不过读读同样有收获的，毕竟大牛写的书，认知还是比我水平高很多的。
QL65，1G内存，250G硬盘，3200集显 中规中矩的配置，运行WIN7应该没有问题，便便今晚的装WIN 7后，时不时会卡，并且不是一般的卡，放首歌都会卡 后来上网查，宏基的机子要设置msconfig...里面，调成双核才不会卡，照做，的确不再卡了 很奇怪，我试过设置Y450，调成双核模式，没什么感觉，但宏基这款却差距如此明显
一、eggnog-mapper简介 拼接完的宏基因组序列，进行基因预测，去冗余，最终得到宏基因组测序的基因组。那么这些基因都有哪些功能呢?这就需要进行基因功能注释。...宏基因组中通常包括很多新发现的基因，无法比对上已知数据库。所以，在宏基因组研究中，一部分或者大部分基因无法注释得到功能属于正常现象。
继续上次的读书笔记，宏基因组学习笔记。 宏基因组 1.定义 metagenomics， 在希腊语中meta意思是超越的。...宏基因组研究的目的是通过对菌种（株）的鉴定，获得真实的多样性数据，功能，协作和进化。宏基因组分析的三个任务是物种分析（它们是谁），功能分析（能干什么，潜力），比较分析（怎么比较它们）。 ?...前者适合进行物种组成、宏基因组功能和代谢途径分析；后者可以进行物种分类和基因功能预测。 取样 首先是序列打断成合适的长度，加接头。然后，片段大小选择和去除无接头的序列。...注释 基因组和宏基因组功能注释前者用组装的长contigs注释，后者以未组装的reads或短contigs注释。注释用的工具主要有RAST、IMG等。...和单个基因组功能注释类似，分配假定基因功能和邻近分类，但只有不到一半的宏基因组数据能被注释。
偶然间在 youtube 上看到 Dan Knights 的 Microbiome Discovery 宏基因组入门课程，大致浏览了一下，由浅入深，从理论到实践讲得非常不错，真是相见恨晚 QAQ，只看这个应该完全足够入门宏基因组了...How microbiome data are generated •如何产生这些数据的•两种测序方法的优劣•宏基因组测序•扩增子测序 网址 https://youtu.be/FWT1HBzlWOE 3
宏基因组数据可以不经组装，直接将测序获得的reads比对到公共数据库中，利用比对到的数据库序列的物种归属信息对reads进行物种分类，从而快速获得群落的物种组成信息。...宏基因组分析Pipeline 测序数据的解析：Fastq与FastQC 测序数据的质控：Trimmomatic！...测序数据的筛选：去除宿主序列 测序数据的组装：常用软件工具 免组装宏基因组群落分析 更新中…… 01 KAIJU KAIJU（http://kaiju.binf.ku.dk/）是一个对宏基因组高通量测序数据进行物种分类的工具...progenomes.embl.de/）所有蛋白序列 -n：下载NCBI NR数据库并提取属于细菌、古菌和病毒的蛋白质序列 -e：下载NCBI NR数据库并提取属于细菌、古菌、病毒以及真菌、真核微生物的蛋白质序列 -m：下载海洋宏基因组网站...接下来使用metaphlan2对宏基因组clean reads进行分析： nohup metaphlan2.py --nproc 20 --stat tavg_l --bowtie2out meta.bowtie2
宏基因组中同样可以对基因进行定量。利用 Salmon 软件可以对宏基因组基因丰度进行定量。salmon 是一款新的、极快的计数软件。
一、宏基因组拼接原理 基因组拼接一直是整个基因组数据分析中最重要和最核心的工作，因为基因组包含了一个物种全部的遗传信息。...宏基因组拼接 Metagenomically-Assembled Genomes (MAGs)，与单个物种拼接类似，但由于宏基因组属于混合样品，并且各个样品之间丰度不同，因此拼接难度更大。...通过宏基因组拼接，可以得到更加完整的基因组序列和基因序列。...而对于宏基因来说还存在各个样品测序深度不均匀的影响，这些都会影响到宏基因组的拼接效果。 在以上所有因素当中，重复序列是基因组拼接最大的影响因素。...三、二代模拟数据宏基因组拼接 3.1 混合模拟数据 人为添加 10 种微生物，其中包括 8 株细菌，两株真菌。
基于环境的复杂性与研究对象的不同，宏基因组数据在组装之前常需要过滤掉一些序列以防干扰研究。例如要研究动植物组织或肠道的微生物组，往往需要去除宿主的DNA序列。...假如研究的是人类肠道微生物的宏基因组，需要去除属于人基因组的序列。具体方法为将质控后的序列和人类基因组序列进行比对，将比对上的序列去除。...宏基因组分析Pipeline 测序数据的解析：Fastq与FastQC 测序数据的质控：Trimmomatic！...宏基因组reads筛选：去除宿主序列 测序数据的组装：常用软件工具 更新中…… 短序列有参比对常用的软件有BWA、Bowtie、BBMap等。下面以Bowtie 2为例。
下面是这本书的第二章： 什么是微生物组数据 2.1 测序 16S或者宏基因组测序后，数据使用Qiime或Mothur，比对或者denovo聚类生成OTU表格，注释获得物种分类表，以及相对丰度。
一般来说，宏基因组测序数据量越大越有利于序列组装，要想深入了解微生物群落往往需要深度测序，然而对于项目中大批量的样品，受制于成本每个样品的测序量不会很大；此外，对于动物组织等特殊样本，去掉宿主序列后剩余的数据往往很少...1 Spades Spades（http://cab.spbu.ru/software/spades/）可用于进行单细菌基因组组装，也能用于宏基因组测序数据，可以进行二代与三代测序数据的混合组装，也支持多样品组装...600 -t 20 & 具体参数介绍详见：测序数据的组装：常用软件工具 2 Megahit MEGAHIT（https://github.com/voutcn/megahit）是一个快速的节约内存的宏基因组二代测序数据拼接工具
宏基因组分析Pipeline 测序数据的解析：Fastq与FastQC 测序数据的质控：Trimmomatic！...测序数据的筛选：去除宿主序列 测序数据的组装：常用软件工具 免组装宏基因组群落分析 GraPhlAn宏基因组物种谱可视化 更新中…… Metaphlan2直接输出的结果文件及不同样本融合的物种谱（或者其他来源的相同格式的物种谱
《宏基因组分析课程》属于“扩增子分析的进阶”，主要是shotgun metagenome宏基因组数据分析、Linux下流程使用等。...从Linux和R基础、宏基因组Linux服务器分析平台搭建、Windows常用统计分析软件、数据分析图表解读和实战、宏基因组有参(Reference-based适合人类、动物肠道等)和无参(De novo...编号 主题 简介 11 Linux基础 简介、远程登陆、文件传输、常用命令 12 Linux软件安装 Conda安装与配置，宏基因组相关软件安装和数据库下载 13 Win软件安装 git、R、Rstudio...易生信团队将分享多年经验摸索优秀软件和布置技巧，并分享全部源代码，让你在主流Linux服务器系统(Ubuntu 16/18.04，CentOS7等主流发行版)上快速布置宏基因组分析流程依赖的几十款常用软件...我们也会带大家在Linux上配置整个分析可视化平台 (Mac跟Linux类似，无做区别对待，但部分软件可能安装方式不同，未做深入测试，不建议参加培训时使用）。
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