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R in action读书笔记(2)-第五章:高级数据管理

5.4 控制流  语句(statement)是一条单独R语句或一复合语句(包含在花括号{ } R语 句,使用分号分隔);  条件(cond)是一条最终被解析真(TRUE)或假(FALSE...对于后者,行名将成为变量()名。 5.6.2整合数据 在R中使用一个或多个by变量和一个预先定义好函数来折叠(collapse)数据是比较容易。...调用格式:aggregate(x,by,FUN) 其中x是待折叠数据对象,by是一个变量名组成列表,这些变量将被去掉以形成新观测, 而FUN则是用来计算描述性统计量标量函数,它将被用来计算新观测...1、 融合 数据集融合是将它重构这样一种格式:每个测量变量独占一行,行带有要唯一确定这个测量所需标识符变量。...例: Library(reshape) Md<-melt(mydata,id=(c(“id”,””time”)))) 2、 重铸 cast()函数读取已融合数据,使用你提供公式和一个(可选)用于整合数据函数将其重塑

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R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据

对于每个不同assayPlatform,该函数生成一个以制表符分隔.txt数据文件。...第一是TCGA条码。第二是染色体ID。第三是序列起始位置。第四是序列结束位置。第5是段探测数。第6是base2 log(copyNumber/2)传输以0中心复制号。...对于每个文件/版本,该函数从数据表中选择信息,并将它们保存到以制表符分隔.txt文件作为输出。...第三是有机体。第4染色体ID。第5栏是该基因基因定位。从第6开始,每两对应一个示例,其中第一Log Ratio,第二非共享Log Ratio。...第4染色体ID。第5栏是该基因基因定位。从第6开始,每两对应一个样本,其中第一是光谱计数,第二是非共享光谱计数。

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Hive SQL 常用零碎知识

以下是这两个函数主要区别:CONCAT_WS(With Separator):用于在连接字符串时添加分隔符。您需要提供一个分隔符,并将分隔符应用在一要连接字符串之间。...而 CONCAT 仅按顺序连接字符串,而不考虑分隔符。根据所需输出格式,选择合适函数以方便地连接字符串。 6. NVL()函数NVL()函数是空判断函数,空NULL。...用法一:NVL(表达式A,表达式B) -- 例:如果id空,则返回0;否则返回idNVL(id,0)用法二:NVL2(表达式A,表达式B,表达式C)-- 例: 如果sex空,则返回1;否则返回...UNION和UNION ALLUNION:UNION操作符两个或多个查询结果集合并为一个结果集,去除其中重复行。UNION操作符会对结果进行去重,即如果两个结果集存在相同行,则只保留一份。...UNION ALL:UNION ALL操作符也两个或多个查询结果集合并为一个结果集,但不进行去重。UNION ALL会保留所有结果重复行,并将其全部加入到最终结果集中。

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python 字符串方法大全

每个制表符字符都会出现制表符位置(默认8,在第0,8,16等位置给出制表符位置)。要展开字符串,请将当前列设置零,逐个字符地检查字符串。...调用此方法字符串可以包含由大括号分隔文字文本或替换字段 {}。每个替换字段都包含位置参数数字索引或关键字参数名称。返回字符串副本,其中每个替换字段都替换为相应参数字符串。 ...str.partition(sep )  在第一次出现sep时拆分字符串返回包含分隔符之前部分3元分隔符本身以及分隔符之后部分。...str.rpartition(sep )  在最后一次出现sep时拆分字符串返回包含分隔符之前部分3元分隔符本身以及分隔符之后部分。...如果给出了sep,则连续分隔符不会组合在一起,被视为分隔字符串(例如,'1,,2'.split(',')返回 )。该月参数可以由多个字符(例如,返回)。返回使用指定分隔符拆分空字符串

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MADlib——基于SQL数据挖掘解决方案(23)——分类之SVM

文本可以是三个字符串任何子集,例如,kernel_func ='ga'创建一个高斯核函数。 kernel_params(可选) TEXT 缺省NULL。用逗号分隔键值对非线性内核参数。...与SQL“GROUP BY”类似,是一个表达式列表,用于输入数据集分组离散每个组训练一个模型。注意,如果使用分组,则不支持交叉验证。 params(可选) TEXT 缺省NULL。...其它参数 本小节参数在params参数作为字符串提供,其中包含逗号分隔名-对列表。所有这些命名参数都是可选,它们顺序无关紧要。...该表由一个名为epsilon组成,该指定epsilon,以及一个或多个grouping_col。额外将被忽略,并且此表不存在将使用参数epsilon中指定epsilon。...这将导致每个'a'元组y乘以2,并且每个'b'元组y乘以3。对于回归,类权重总是同一个。 6. 预测函数 (1)语法 预测函数用于估计给定新预测变量条件均值。

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【数据库设计和SQL基础语法】--查询数据--聚合函数

三、GROUP BY 子句 3.1 分组数据 基本概念 GROUP BY 子句用于查询结果集按照一个或多个进行分组,以便对每个应用聚合函数。...四、高级聚合函数 4.1 GROUP_CONCAT GROUP_CONCAT 是一种聚合函数,用于每个分组字符串合并为一个字符串,并可选地使用分隔分隔各个。...SEPARATOR: 可选参数,用于指定合并结果中值之间分隔符,默认为逗号。 注意事项 GROUP_CONCAT 通常用于合并文本数据,适用于需要将多个合并为一个字符串情况。...4.2 CONCAT_WS CONCAT_WS 是一种字符串函数,用于多个字符串连接在一起,使用指定分隔分隔它们。...CONCAT_WS 函数是 SQL 中一个方便工具,特别适用于需要将多个字符串连接在一起使用指定分隔符进行分隔场景。通过灵活使用分隔符,可以生成符合特定格式要求字符串

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【数据库设计和SQL基础语法】--查询数据--聚合函数

三、GROUP BY 子句 3.1 分组数据 基本概念 GROUP BY 子句用于查询结果集按照一个或多个进行分组,以便对每个应用聚合函数。...四、高级聚合函数 4.1 GROUP_CONCAT GROUP_CONCAT 是一种聚合函数,用于每个分组字符串合并为一个字符串,并可选地使用分隔分隔各个。...SEPARATOR: 可选参数,用于指定合并结果中值之间分隔符,默认为逗号。 注意事项 GROUP_CONCAT 通常用于合并文本数据,适用于需要将多个合并为一个字符串情况。...4.2 CONCAT_WS CONCAT_WS 是一种字符串函数,用于多个字符串连接在一起,使用指定分隔分隔它们。...CONCAT_WS 函数是 SQL 中一个方便工具,特别适用于需要将多个字符串连接在一起使用指定分隔符进行分隔场景。通过灵活使用分隔符,可以生成符合特定格式要求字符串

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Pandas数据转换

方法 描述 cat() 连接字符串 split() 在分隔符上分割字符串 rsplit() 从字符串末尾开始分隔字符串 get() 索引到每个元素(检索第i个元素) join() 使用分隔符在系列每个元素中加入字符串...Series每个字符串 slice_replace() 用传递替换每个字符串切片 count() 计数模式发生 startswith() 相当于每个元素str.startswith(pat...extract() 在每个元素上调用re.search,每个元素返回一行DataFrame,每个正则表达式捕获返回一 extractall() 在每个元素上调用re.findall,每个匹配返回一行...DataFrame,每个正则表达式捕获返回一 len() 计算字符串长度 strip() 相当于str.strip rstrip() 相当于str.rstrip lstrip() 相当于str.lstrip...(c)(b)ID结果拆分为原列表相应5使用equals检验是否一致。

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CSS进阶11-表格table

行,,行和单元格可以在它们周围绘制边框(CSS 2.2有两个边框模型)。开发者可以在单元格垂直或水平对齐数据,并可以一行或者一所有单元格数据对齐。...因此每个单元格是一个矩形盒,具有一个或多个网格单元宽度和高度。此矩形top row位于单元格父级所指定。...(因此,在这个模型,所有行一起正好覆盖表格,不留空隙;对于也是如此)。在 分隔边框模型separated borders modeledges与单元格border edges重合。...否则,该宽度有第一行'width'属性不是'auto'单元格确定。如果该单元格跨越多个,则宽度分散到各个。...在此算法,行(和行)和(和)都约束受其包含单元维度约束。设置宽度可能会间接影响行高度,反之亦然。在此不予详述。可以参考Column widths。

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Sqoop工具模块之sqoop-import 原

--split-limit :每个拆分大小上限。这仅适用于整数和日期对于日期或时间戳字段,它以秒计算。...该方式每个基于字符串表示形式记录写入分割文件,在各个行和之间使用分隔符进行行列划分。分隔符可以是逗号、制表符或其他字符。...例如:有一个表主键id最小0,最大1000,并且Sqoop指向使用4个任务,则Sqoop运行四个进程,每个进程都执行如下SQL语句: SELECT * FROM sometable WHERE...3.指定分隔符     如果数据库数据内容包含Hive缺省行分隔符(\n和\r字符)或分隔符(\01字符)字符串字段,则使用Sqoop数据导入到Hive时会遇到问题。     ...Sqoop当前所有序列化为HBase,方法是每个字段转换为其字符串表示(就像在文本模式中导入HDFS一样),然后将此字符串UTF-8字节插入到目标单元格

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Sqoop工具模块之sqoop-export 原

一、介绍 该export工具文件从HDFS导入RDBMS。目标表必须已经存在于数据库。根据用户指定分隔符读取输入文件并将其解析记录。...如果--input-null-string未指定,那么对于字符串类型字符串“null”将被解释空。...如果--input-null-non-string未指定,则字符串“null”和空字符串将被解释字符串。...如果指定了不正确分隔符,则Sqoop无法在每行中找到足够。这会导致导出mapper任务失败抛出异常:ParseExceptions。...四、导出相关问题 1、原子性 导出由多个线程并行执行。每个线程使用一个连接,单独连接到数据库;这些线程之间有独立事务。 Sqoop使用多行INSERT语法每个语句插入最多100条记录。

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前端调试必备:CHROME CONSOLE控制台使用:诊断记录

它将一个或多个表达式作为参数,并将其当前写入控制台,多个参数连接成空格分隔行。...console.group()命令使用一个字符串参数来设置名称。 在您JavaScript调用它之后,控制台开始所有后续输出组合在一起。...对于这些时间,您可以通过调用console.groupCollapsed()而不是console.group()来自动折叠,这样一个就可以自动折叠起来,不会因为消息太多而忽略其他。...字符串后面的参数按顺序应用于占位符。 以下示例使用字符串和数字格式化程序插入到输出字符串。你会在控制台上看到“Sam has 100 points”。...代码: 输出如下: 使用CSS设计控制台输出 CSS格式说明符允许您自定义控制台中显示。用说明符%c开始字符串给出你希望应用样式作为第二个参数,就是说第二个样式CSS样式。

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fscanf

_)说明示例A = fscanf(fileID,formatSpec) 打开文本文件数据读取到向量 A 根据 formatSpec 指定格式解释文件。...示例A = fscanf(fileID,formatSpec,sizeA) 文件数据读取到维度 sizeA 数组 A ,并将文件指针定位到最后读取之后。fscanf 按顺序填充 A。...对于数值数据,这是已读取数。您可以将此语法与前面语法任何输入参数结合使用。示例全部折叠文件内容读取到向量View MATLAB Command创建一个包含浮点数示例文本文件。...数据类型: doubleformatSpec - 数据字段格式 字符向量 | 字符串标量文件数据字段格式,指定为字符向量或由一个或多个转换设定符组成字符串标量。...要一次读取多个字符,请指定字段宽度。模式匹配%[...]只读取方括号字符,直到遇到第一个不匹配字符或空白。 示例:%[mus] 'summer ' 读作 'summ'。

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R语言基因数据分析可能会用到data.table函数整理

因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高效率。这里主要介绍在基因数据分析可能会用到函数。...,或者字符串(至少有一个"\n"); sep 之间分隔符; sep2 分隔符内再分隔分隔符,功能还没有应用; nrow 读取行数,默认-l全部,nrow=0仅仅返回列名;...,其它都加上双引号; sep 之间分隔符; sep2 对于是list,写出去时list成员间以sep2分隔,它们是处于一之内,然后内部再用字符分开; eol 行分隔符...转化字符通过R内部UTC转回本地时间。...(datatable.verbose=TRUE) 对于前面的DT,我现在f和d开头列名列作为测量变量,如下 pattern函数下面会讲,这里再讲一下是melt和dcast联合使用,先用melt

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生信中常见数据文件格式

其最初在Phred拼接软件定义与使用,对于每个碱基质量编码标示,不同软件采用不同方案,目前有5种方案: Sanger,Phred quality score,范围从0到92,对应ASCII...描述了基因上各种特征区间信息,包括染色体,基因,转录本等。GFF文件本质上是一个\t分隔,和gtf文件差不多,共9纯文本文件。...第九是attributes, 表示属性,每种属性采用key=value 形式,多个属性之间用;分号分隔。 gtf与gff比较 ?...thickEnd - 绘制特征结束位置(例如基因显示终止密码子)。 itemRgb- R,G,B形式RGB(例如255,0,0)。...如果轨道行 itemRgb属性设置“On”,则此RBG确定此BED行包含数据显示颜色。

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生信分析中常见数据文件格式

其最初在Phred拼接软件定义与使用,对于每个碱基质量编码标示,不同软件采用不同方案,目前有5种方案: Sanger,Phred quality score,范围从0到92,对应ASCII...描述了基因上各种特征区间信息,包括染色体,基因,转录本等。GFF文件本质上是一个\t分隔,和gtf文件差不多,共9纯文本文件。...第九是attributes, 表示属性,每种属性采用key=value 形式,多个属性之间用;分号分隔。...thickEnd - 绘制特征结束位置(例如基因显示终止密码子)。 itemRgb- R,G,B形式RGB(例如255,0,0)。...如果轨道行 itemRgb属性设置“On”,则此RBG确定此BED行包含数据显示颜色。

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「译文」如何在YAML输入多行字符串?

问题 在YAML,我有一个非常长字符串。我希望将其保存在编辑器80(大约)视图中,因此我想中断字符串。它语法是什么?...> 折叠样式[1]删除了字符串单个换行符(但在结尾处增加一个,并将双换行符转换为单换行符)。...| 字面风格[2]字符串每一个换行(newline)都变成一个字面换行(literal newline),并在最后加上一个换行。...另外,也可以使用折叠式风格(用>表示),其中每个换行符都被折叠成一个空格,除非它结束了一个空行或一个缩进较大行。 ️ 建议: 格式化文本(特别是Markdown)作为插入使用这个 |。...建议: 仅在非常具体情况下使用。这是唯一可以在不添加空格情况下一个很长标记(如URL)跨行分隔方法。也许在中间添加换行符是很有用

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shell脚本编写手册(2021重编)

# 匹配出现零次或一次大写字母 X X+ # 匹配一个或多个字母 X () # 括号内字符...,最左各位上补0,每次做一次右移就有实现var除以2 var&str # 与比较运算符,var和str对应位,对于每个二进制来说,如果二都为1,结果1.否则为0...,但相对于当前文件 FS # 字段分隔符 ( 默认是任何空格 ) IGNORECASE # 如果真(即非 0 ),则进行忽略大小写匹配... 2 当第二大于3时,创建空白文件,文件名为当前行第一个域$1 (touch $1) 3 文档 liu 字符串替换为 hong...4 求第二和 5 求第二平均值 6 求第二最大 7 第一过滤重复后,列出每一项,每一项出现次数,每一项大小总和

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