对这个oxy-Hb数据进行S型曲线拟合 - 腾讯云开发者社区

文章/答案/技术大牛

发布

基因型数据进行PCA分析是否提前对LD进行质控

之前我总是认为，基因型数据对PCA分析，不需要进行LD质控，因为PCA构建需要先计算G矩阵（基因型数据绘制PCA图和聚类分析图），而G矩阵依赖LD，原则上SNP位点越多，密度越高，G矩阵越能反应个体间的关系...）、英国 1（UK1）、英国 2（UK2）和芬兰人（Finland），使用所有的基因型数据，绘制PCA图：可以看到，芬兰人和意大利人分得比较清晰，但是另外三种人种（荷兰人、英国人1，英国人2）没有分开...如果对长区间的LD进行质控（removing long-range LD regions only），对于PC1和PC2结果不变，但是PC3和PC4结果好很多，如下图：亚群荷兰人和英国人也分得比较清楚...结论：对于差异比较大的群体，是否进行LD质控对分群结果没有影响。对于亚群体，对长LD进行质控，虽然PC1和PC2结果不变，但是PC3和PC4会提升区分性。...对于SNP数据量很多的，可以进行长LD质控，比如R2设置0.9，-indep-pairwise 50 10 0.9 注意，即使进行了LD质控，在进行GWAS分析时，也需要用所有的位点，不过PCA可以用LD

711 0

HLA-VBSeq:对全基因组数据进行HLA分型

HLA-VBseq 利用全基因组测序的数据，可以提供8位的HLA分型结果，其文献链接如下 https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471...-2164-16-S2-S7 在该文献中，利用30X的全基因组数据，对HLA-VBSeq, PHLAT, HLAminer这3款软件的分型结果进行了评估，准确率汇总如下 ?...可以看到，只有HLA-VBSeq提供了8位的分型结果，准确率高达99.94%；对于2位到4位的分型结果，其准确率也高于另外两款软件。...，如果觉得官网提供的版本较老，可以从IMGA/HLA数据库下载最新版。...软件的步骤较多，首先将fastq序列与参考基因组进行比对，得到bam文件，然后对该bam文件进行操作。步骤如下： 1.

1.7K2 0

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

使用paragraph软件利用二代测序数据对已知结构变异（SV）进行基因型分型（genotyping）

-019-1909-7 软件对应的github主页 https://github.com/Illumina/paragraph 软件可以直接使用conda进行安装参考基因组、变异vcf文件、二代测序数据...sv-genotyping-paper/blob/master/simulation/genotype-other-methods.sh 有了参考基因组、已知结构变异的vcf文件、和一些样本的二代测序数据...，对已知的结构变异进行基因型分型第一步是二代测序数据与参考基因组进行比对 bwa index ref.fa bwa mem ref.fa s2.fastq.gz -p -R "@RG\tID:$s2\...tSM:s2" -t 8 | samtools sort - > s2.bam bwa mem ref.fa s1.fastq.gz -p -R "@RG\tID:$s1\tSM:s1" -t 8 |...,read length s10,s1.bam,20,150 s20,s2.bam,20,150 运行paragraph multigrmpy.py -m samples_for_paragraph.txt

3120 0

用 Tax4Fun2 对 16S 微生物组数据进行功能预测

为了解决这个问题，开发团队使用了来自 90 个海带宏基因组的 68 个 MAGs ，构建特定于海带的宏基因组数据集。...接着从每个模拟环境中提取了 16S rRNA 基因序列，将它们以 97％的相似度聚类并计算了 FRI 值。随后根据模拟环境的实际基因组信息将这些值与 FRI 值进行了比较。...结果表明， Tax4Fun2 对微生物群落中功能冗余的进行了较好的估计（Spearman 等级相关性> 90％）。此外，用海水样本进行进一步验证。...为原核基因组进行功能注释 # Option A) 对单个基因组进行功能注释 assignFunction(genome_file = "OneProkaryoticGenome.fasta", file_extension...Mac 可能需要自定义 diamond 路径： # Option A) 对单个基因组进行功能注释 assignFunction(genome_file = "OneProkaryoticGenome.fasta

5.5K4 0

MATLAB 插值与拟合

######################################################################### csape() (3)分段3次埃尔米特插值(保型分段...3次插值): pchip() (4)分段多项式插值: mkpp() 2.2维插值 (1)通用接口: interp2() 二.拟合 1.1元多项式曲线拟合(Polynomial Curve Fitting...): 进行1元多项式曲线拟合:[p,S,mu] = polyfit(x,y,n) #参数说明: x,y:分别指定数据的x,y值 n:指定多项式的次数 p:返回按降幂排列的多项式系数...-3.3333 >> [p,S,mu]=polyfit([1,2,3],[1,4,9],1) p = 4.0000 4.6667 S = 包含以下字段的 struct...+bn*xn #参数说明: y:指定数据点的y坐标;为column array X:指定数据点的x坐标;为matrix(每列对应1个变量) #y,X的行数应相等;X(:,1)对应

8323 0

matlab如何做正交多项式曲线拟合,matlab正交多项式拟合

若取s( x , c…称A为回归矩阵,在Matlab中可用左除法求解 C ?...0.0397 x 2 Matlab 求解方法一: >> x=[-1 -0.75 -0…… 甚至是拟合的方法[6-7];②正交分解模型降阶法,主要就是在时域中,将正交多项式作为基底进行空间上的展开,主要有...,xn 是区间 [a,b] 上的高斯…… 就能用 matlab 或者别的工具对信号做小波变换的基本分析并且知道这个分析大概是…这完全取决于具体的使用需求,比如泰勒展开的 basis 就只是简单的非正交多项式...…… 掌握由离散点求曲线拟合的方法, 懂得运用最小二乘原理概念以及法方程组进行拟合。...现在介绍一种特殊的运用正交多项式的拟合数据的方法。 … 计算过程和结果(1)题目中给出 10 组离散型数据,要求给出次数分别为 3,4,5,6 的多项式拟合, 故选用离散正交多项式做曲线拟合。

1.5K3 0

读文万卷006期：使用U-Net全卷积网络实现脑肿瘤自动探测与分割；临床前AD代偿机制的EEG证据

记录256通道闭眼1分钟的静息态脑电数据，并进行分析。...Mulsant等人就对这两者进行了深入研究。...这个实验一方面证实了抗精神病药物与脑结构的变化确实存在联系，这对开具有替代药物的精神疾病处方很重要，另一方面说明了复发对大脑结构的不利影响对抗精神病的治疗也有影响。...对脊髓数据分析历来没有以相对统一的分析工具，各家各有自己的分析工具，这使得对于脊髓数据的分析由于各自的壁垒，在遇到多中心数据时使得结果无法被验证，这就导致研究成果无法获得广泛认可，这里BenjaminDe...SCT立足于先验的研究结果，并提供了一套先进的脊髓模板与图谱，并提供了对脊髓的弥散与功能像数据进行分割配准以及运动矫正等处理算法。

6772 0

基于MATLAB的多项式数据拟合方法研究-毕业论文

摘要：本论文先介绍了多项式数据拟合的相关背景，以及对整个课题做了一个完整的认识。接下来对拟合模型，多项式数学原理进行了详细的讲解，通过对文献的阅读以及自己的知识积累对原理有了一个系统的认识。...介绍多项式曲线拟合的基本理论，对多项式数据拟合原理进行了全方面的理论阐述，同时也阐述了曲线拟合的基本原理及多项式曲线拟合模型的建立。...具体记录了多项式曲线拟合的具体步骤，在建立理论的基础上具体实现多项式曲线的MATLAB实现方法的研究，采用MATLAB R2016a的平台对测量的数据进行多项式数据拟合，介绍了MATLAB的具体构造和曲线拟合工具...最后就是利用MATLAB中的plotfit函数对测量到的数据进行多项式拟合，并给出多项式曲线拟合图形，并对测试的结果进行总结，得出多项式曲线拟合的最佳拟合方法。...首先进行的就是对MATLAB界面的认识，在做实验的过程中用到的最多的就是MATLAB的命令行窗口，可以在里面输入我们要输入的数据，并且利用MATLAB内置的函数来对我们输入的数据进行分析。

2.9K4 0

PRISM软件9.5中文版下载安装，生物医学研究分析PRISM软件

导入、编辑、处理各类实验数据； b. 进行描述统计、假设检验、方差分析等统计分析； c. 进行曲线拟合、Ct计算、标准曲线绘制等操作。...用户可以通过这些元素进行数据处理、统计分析和曲线拟合等操作。PRISM软件的使用技巧数据导入技巧在使用PRISM软件进行数据导入时，需要注意以下技巧： a. 选择适合的数据导入方式； b....对拟合结果进行及时的记录和分析。实际案例本文以一实际生物信息学数据分析案例为例，详细介绍了如何使用PRISM软件进行数据处理和曲线拟合。...在该案例中，首先通过PRISM对目标数据进行了处理和分析，然后进行了统计和曲线拟合。通过对案例结果的统计和分析，得到了高质量的研究结论和曲线拟合成果。...通过这个实际操作案例，读者可以深入了解PRISM软件的灵活性、便利性和高效性。结论本文介绍了PRISM软件的基本功能和使用技巧，并以实际案例为例进行详细说明。

3462 0

利用MATLAB进行曲线拟合

在MATLAB中，利用函数ployfit和ployval进行多项式拟合。...1，多项式拟合示例：对ln(1+x)在[0,1]的采样数据作多项式拟合（1）对ln(1+x)在[0,1]内采样得到观测数据x、y。...二、指数函数拟合 1，指数函数拟合示例：对 1 - √x 在[0,1]的采样数据作指数函数拟合。（1）对 1 - √x 在[0,1]内采样得到观测数据 x、y。...三、交互式曲线拟合工具 MATLAB为用户提供了一个交互式曲线拟合工具 Basic Fitting interface。通过该工具，我们无须编写代码就可以完成一些常用的曲线拟合。...>> load census 此时MATLAB基本工作空间生成两个double型列向量 cdate 和 pop，cdate 表示1790~1990内10年为间隔的年份，pop为对应年份美国的人口。

3.2K3 0

经典DMP的问题及其解决办法

对于上面这个最原始的DMP来说，是有一些问题的，我们以离散型DMP为例，主要有以下2个问题：从第一个DMP的公式们可以看到，如果示教轨迹的起始点和目标位置非常接近，那么就趋于零，则这一项也趋于零...这个问题最直接的后果就是经典的DMP无法拟合起点终点非常接近的曲线，对于多维度的曲线拟合来说，其中任何一个维度存在这个问题就会导致整条曲线拟合失真，轨迹无法被复现。...改进型DMP 那么，有什么办法可解决这个问题呢？Stefan Schaal等人在其2008年的一篇论文（见文末的参考文献）中，给出了一种解决办法。...这样，给定示教轨迹的时候，就重新定义为：其中，DMP在学习示教轨迹的时候不需要进行时间放缩，因此，使用与经典DMP同样的方式来构造损失函数，求解过程与之前保持一致。...如果看完了觉得对你有帮助，欢迎点赞和转发分享。

8902 0

matlab中的曲线拟合与插值

曲线拟合与插值在大量的应用领域中，人们经常面临用一个解析函数描述数据(通常是测量值)的任务。对这个问题有两种方法。在插值法里，数据假定是正确的，要求以某种方法描述数据点之间所发生的情况。...最小二乘这个术语仅仅是使误差平方和最小的省略说法。在MATLAB中，函数polyfit求解最小二乘曲线拟合问题。为了阐述这个函数的用法，让我们以上面图11.1中的数据开始。 ...将这个解作图，并把此图与原始数据及2阶曲线拟合相比较，结果如何呢？ ...注意，在10阶拟合中，在左边和右边的极值处，数据点之间出现大的纹波。当企图进行高阶曲线拟合时，这种纹波现象经常发生。根据图11.2，显然，‘ 越多就越好 ’的观念在这里不适用。...11.2 一维插值正如在前一节对曲线拟合所描述的那样，插值定义为对数据点之间函数的估值方法，这些数据点是由某些集合给定。当人们不能很快地求出所需中间点的函数值时，插值是一个有价值的工具。

3.2K1 0

如何使用Python曲线拟合

下面是一个简单的例子，演示如何使用多项式进行曲线拟合，在做项目前首先，确保你已经安装了所需的库。1、问题背景在Python中，用户想要使用曲线拟合来处理一组数据点。...这些点通常看起来像这样:蓝色曲线表示输入的数据(在本例中为4个点)，绿色曲线是使用np.polyfit和polyfit1d进行曲线拟合的结果。...2.3 指定函数类型如果用户知道数据点的分布情况，可以使用指定的函数类型来进行曲线拟合。例如，如果数据点分布成一条直线，可以使用线性函数来拟合；如果数据点分布成一条抛物线，可以使用抛物线函数来拟合。...用户需要指定要拟合的函数类型，以及要拟合的数据。curve_fit()函数会自动计算拟合参数，并返回最佳拟合参数和拟合协方差矩阵。在这个例子中，我们首先生成了一些带有噪声的示例数据。...然后，我们使用numpy.polyfit函数对这些数据进行多项式拟合，degree变量指定了多项式的次数。最后，我们使用Matplotlib将原始数据和拟合曲线绘制在同一个图中。

4701 0

简简单单实现画笔工具，轻松绘制丝滑曲线

然后按住鼠标不放，进行拖拽。我们监听鼠标移动事件，如果是 “拖拽状态”，我们通过鼠标事件拿到最新的鼠标位置，保存起来。鼠标移动事件会在鼠标移动时按较小的间隔不断触发，于是我们能拿到一个个的点。...最后鼠标释放，这条线段就正式被绘制出来了，我们退出 “拖拽状态”，并把新增一个路径对象的数据添加到历史记录。对离散点做曲线拟合我们是无法从浏览器的 API 拿到曲线的，能拿到的只是一堆的点。...该方法的作用就是曲线拟合，将一个复杂的 path 简化为数据量更少形状更平滑的 path。 tolerance 是光滑程度，越大就越光滑，但同时也越不像原来的路径形状。...关注公众号，回复 ”曲线拟合“，获取《Graphics Gems》电子书 paper.js 的方法很好，但它的这个算法是和 paper.js 对象耦合在一起的，我不好抽出来，有一些工作量。...还有一种做法是在绘制过程中就进行曲线拟合（也叫防抖），甚至可以引入压感动态改变线的局部粗细，这样更接近像是 Photoshop 这类基于位图的画笔工具形态。

1511 0

数学建模番外篇2：作图练习-美赛2020E题

因此，从此篇博文开始将收集、汇总、精彩图像，总结其美观特点，并对部分图像进行复刻。本文重点研究2020年美赛E题O奖论文的精美插图。...比例关系变化图看到某论文这幅图很有特色：尝试对其复刻：技巧：使用圆形加扇形的叠加，巧妙表示饼状图。...曲线拟合图本来想实现曲线拟合，利用数据来拟合需要修改很多内容，太过麻烦。这里直接采用曲线拼接的方式拼上一段，调调色，完全看不出来是曲线图+形状。...三维聚类图 matlab和python都有能绘制三维图的函数，不过数据生成较为麻烦。这里采用模仿matlab坐标系绘制。...环形+圆型层次关系图环形+圆形的技巧，不只被一队用到。总概图特点：右侧加入时间线，背景渐变锐化。二维聚类图雷达图

1K1 0

OpenCV中实现曲线与圆拟合

使用OpenCV做图像处理与分析的时候，经常会遇到需要进行曲线拟合与圆拟合的场景，很多OpenCV开发者对此却是一筹莫展，其实OpenCV中是有现成的函数来实现圆拟合与直线拟合的，而且还会告诉你拟合的圆的半径是多少...，简直是超级方便，另外一个常用到的场景就是曲线拟合，常见的是基于多项式拟合，可以根据设定的多项式幂次生成多项式方程，然后根据方程进行一系列的点生成，形成完整的曲线，这个车道线检测，轮廓曲线拟合等场景下特别有用...下面就通过两个简单的例子来分别学习一下曲线拟合与圆拟合的应用。一：曲线拟合与应用基于Numpy包的polyfit函数实现，其支持的三个参数分别是x点集合、y点集合，以及多项式的幂次。...使用polyfit进行曲线拟合时候需要注意的是，多项式的幂次最大是数据点数目N - 1幂次多项式，比如有4个点，最多生成3阶多项式拟合。...cv.imshow("fit curve", image) cv.imwrite("D:/fitcurve.png", image) 二：圆拟合与应用圆的拟合是基于轮廓发现的结果，对发现的近似圆的轮廓

5.3K4 1

近红外脑成像技术（fNIRS）在建设工程安全领域的应用清华大学高水平SCI论文

1.png 本文设计了新的实验范式，以探究隐患识别过程中的脑眼协同机制，从而深化对隐患识别认知过程的理解。...在不同隐患类别下，氧合血红蛋白浓度变化（Oxy-Hb）的差异更为显著(图4)。坠落隐患的识别需要调用更多认知资源，而火灾隐患的识别则可以在认知活跃度较低的水平下完成。...脑部认知活动与眼动过程在隐患识别中的天花板效应通过对Oxy-Hb指标与瞳孔直径的相关性分析可以更深入了解两种认知响应机制的协同作用模式。...Journal of Construction Engineering and Management 140 [3] Bahn S. 2013....[5] Hasanzadeh S, Esmaeili B, Dodd MD. 2016.

9612 1

参数要足够多，神经网络性能才会好，这是什么原理？

传统上，只要参数的数量大于要满足的方程数量，我们就可以使用参数化模型来进行数据插值。但在深度学习中，一个令人困惑的现象是，模型训练使用的参数数量比这个经典理论所建议的要多得多。...神经网络规模的标准来自对其如何记忆数据的分析。但要了解数据记忆，我们必须首先了解网络的作用。神经网络中一项常见的任务是识别图像中的目标。...为了创建这种网络，研究人员首先需要提供数据图像及其标注，然后对其进行训练以学习相关参数，之后模型能正确识别图像中的目标。换句话说，训练使网络记住数据。...一个古老的数学结果表明，要将 n 个数据点与曲线拟合，则需要一个具有 n 个参数的函数。...点与点之间的大间隔意味着用一条平滑曲线拟合它们需要许多额外的参数。耶鲁大学的 Amin Karbasi 表示，「这个证明非常基础 —— 不需要繁重的数学运算，它说明了一些非常普遍的东西。」

9185 0

《PRML》读书笔记之三：概率论（下）

为了得到方差的无偏估计，我们需要进行如下处理：在之后的章节中我们可以发现，当采用贝叶斯方法时，会自动得到这一结果。当数据量增加时，最大似然估计的偏差会逐渐减小，极限情况下甚至会消失。...下面我们将给出这一偏差在多项式曲线拟合的过拟合问题中的体现。...3.6 曲线拟合再考察之前我们已经从误差最小化的角度介绍了多项式曲线拟合问题，本节我们将从概率角度来考察该问题，以更加深刻地认识误差函数和正则化，并且可以让我们从贝叶斯视角来看待这个问题。...多项式拟合问题的目标是基于由个输入值和其对应的目标值组成的训练集，当给定某个输入变量的新值时，能够对目标变量进行预测。我们可以使用概率分布来表达目标变量取值的不确定性。

5322 0

医学绘图软件Prism中文版软件下载，GraphPad Prism9.3下载安装

它不仅可以应用于生物统计学、曲线拟合和科学制图等领域，还能帮助医学科研人员管理和组织不同实验中收集的科学数据。...Prism 9对多变量数据表进行了许多重大改进。使用标准结构可以分析更大的数据集，并执行新的和改进的分析，主要改进如下：提高了数据列的上限 - 在每个数据表中最多输入1024列数据。...Prism会自动将分类文本变量编码为数值型哑变量。 2. 主成分分析（PCA）注：上图以二维形式显示了PCA的图形示例。Prism中的PCA可以对数百个变量进行分析！...在这个例子里的变量（颜色）是分类变量，但气泡图中的颜色也可以像下面这样由连续变量定义：此图中，符号的X坐标、Y坐标和大小的定义与上例相同。...对多个成对比较执行相应的分析后，点击一个按钮就可以将这些结果自动添加到图形中。要自定义这些线和星号，只需再次点击工具栏的按钮即可。如果对数据或分析进行了调整，图形上显示的结果将自动更新。

9341 0

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

基因型数据进行PCA分析是否提前对LD进行质控

HLA-VBSeq:对全基因组数据进行HLA分型

使用paragraph软件利用二代测序数据对已知结构变异（SV）进行基因型分型（genotyping）

用 Tax4Fun2 对 16S 微生物组数据进行功能预测

MATLAB 插值与拟合

matlab如何做正交多项式曲线拟合,matlab正交多项式拟合

读文万卷006期：使用U-Net全卷积网络实现脑肿瘤自动探测与分割；临床前AD代偿机制的EEG证据

基于MATLAB的多项式数据拟合方法研究-毕业论文

PRISM软件9.5中文版下载安装，生物医学研究分析PRISM软件

利用MATLAB进行曲线拟合

经典DMP的问题及其解决办法

matlab中的曲线拟合与插值

如何使用Python曲线拟合

简简单单实现画笔工具，轻松绘制丝滑曲线

数学建模番外篇2：作图练习-美赛2020E题

OpenCV中实现曲线与圆拟合

近红外脑成像技术（fNIRS）在建设工程安全领域的应用清华大学高水平SCI论文

参数要足够多，神经网络性能才会好，这是什么原理？

《PRML》读书笔记之三：概率论（下）

医学绘图软件Prism中文版软件下载，GraphPad Prism9.3下载安装

扫码

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐