生物医学或其他研究论文中的“表一”多为基线特征的描述性统计。使用R单独进行统计，汇总，然后结果复制到excel表中，耗时耗力且易错！...由于数据中的分类变量是数值形式，所以分类变量展示的也是均值（标准差）。...三 多组汇总 1 分组统计 实际结果中，通常需要对数据集按照某个变量的分组进行汇总。...注意NA不作为分组 结果可看出，对trt进行分组且对每一组均进行了汇总，且统计输出了检验的P值。...()等效； 分类变量可使用fisher.test()进行fisher精确检验，通过exact（）指定进行fisher精确检验的变量。
其基本原理是先对总体的特征做出某种假设，然后通过抽样研究的统计推理，对此假设应该被拒绝还是接受做出推断。其基本原理如下所示： （1）先假设总体某项假设成立，计算其会导致什么结果产生。...所谓不合理现象产生，并非指形式逻辑上的绝对矛盾，而是基于小概率原理：概率很小的事件在一次试验中几乎是不可能发生的，若发生了，就是不合理的。至于怎样才算是“小概率”呢？...通常可将概率不超过 0.05 的事件称为“小概率事件”，也可视具体情形而取 0.1 或 0.01 等。在假设检验中常记这个概率为 α，称为显著性水平。而把原先设定的假设成为原假设，记作 H0。...μ ≤ μ0， H1:μ > μ0 假设检验就是根据样本观察结果对原假设（H0）进行检验，接受 H0，就否定 H1；拒绝 H0，就接受 H1。...(y) fisher.test(y) z <- table(x$Improved,x$Sex) chisq.test(z) fisher.test(z) 写在最后：有时间我们会努力更新的。
，也就是计算(p1/(1-p1))/(p2/(1-p2))的区间，是一个衡量Fisher检验中相关程度的指标，得到的结果可以跟1比较。...不过这里的结果同样和假设检验的结果相矛盾，原因同上。 和fisher.test()一样，在chisq.test()中的标准χ2检验需要矩阵类型的数据源。...，所以你想找到一个随着分组序号递增或者递减的趋势。...这个检验的本质是一个用分数对不同部分进行的加权线性回归，我们对当前的数据进行检验，就成为了一个自由度为1的χ2检验。...▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲ 为了分析行列都多于两个分类的表格数据，可以使用函数chisq.test()和 fisher.test()，但是后者在每一格数字比较大而且超出两行或两列时的计算量非常大
，也就是计算(p1/(1-p1))/(p2/(1-p2))的区间，是一个衡量Fisher检验中相关程度的指标，得到的结果可以跟1比较。...不过这里的结果同样和假设检验的结果相矛盾，原因同上。 和fisher.test()一样，在chisq.test()中的标准χ2检验需要矩阵类型的数据源。...，所以你想找到一个随着分组序号递增或者递减的趋势。...，k，这些数据使得我们前后每组之间是有顺序的。这个检验的本质是一个用分数对不同部分进行的加权线性回归，我们对当前的数据进行检验，就成为了一个自由度为1的χ2检验。...▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲ 为了分析行列都多于两个分类的表格数据，可以使用函数chisq.test()和 fisher.test()，但是后者在每一格数字比较大而且超出两行或两列时的计算量非常大
找到了一篇2018年研究生数学建模C题获奖论文——对恐怖袭击事件记录数据的量化分析。自己去年也参加了并且选择的也是这道赛题，然而实力有限并没有最终完成论文。好好学习这篇论文的思路。...关于赛题 赛题第一问：对恐怖袭击事件的危害程度建立量化分析模型。...论文中的思路：（1）根据一定标准筛选变量；（2）数值变量标准化，分类变量进行哑变量；（3）主成分分析计算每个变量的权重和危害系数得分F值；（4）对F值进行K-Means。...赛题提供的原始数据量非常庞大，第一步肯定是对原始数据进行预处理，自己当时也想到了，但是根据什么标准来处理数据自己当时是一点思路也没有。...Fisher精确独立检验 在样本数较少时（单元的期望频数小于4），需要用Fisher精确检验来完成独立性检验 实例：乙肝免疫球蛋白预防胎儿宫内感染HBV的效果 组别 阳性 阴性 合计 预防注射组 4 18
因为最近又有一批临床数据要进行统计，所以趁机把卡方检验的R语言实现再重新梳理一遍。 这篇文章涵盖了孙振球，徐勇勇《医学统计学》第4版 卡方检验章节 中的 所有内容。...当 n或 T的 Fisher 确切概率法。 R×C表资料的分类及其检验方法的选择： R×C表资料可以分为双向无序、单向有序、双向有序属性相同和双向有序属性不同4类。...另一种情况是R×C表资料中的分组变量 (如疗法)为无序的，而指标变量（如疗效按等级分组）是有序的。其研究目的为比较不同疗法的疗效，此种单向有序R×C表资料宜用秩转换的非参数检验进行分析。...下面使用R语言自带的chisq.test()函数进行演示。 使用课本例7-2的数据，这是一个连续校正卡方检验。...频数分布拟合优度卡方检验 使用课本例7-13的数据。 R语言做卡方拟合优度检验非常简单，关键是概率的计算，这里我们直接用课本中的概率。
2、测试数据及代码 见文末客服小姐姐二维码。 ?...2、"分组"连续型变量的统计描述 上面介绍了获取整体数据的描述性统计量的方法，更多时候我们需要将数据分组后分别计算各组的描述性统计量，函数by()或者aggregate()可以解决这个难题。...多系列、多分格和四分相关系数都假设有序变量或二分变量由潜在的正态分布导出。请参考此程序包所附文档以了解更多。 在计算好相关系数以后，如何对它们进行统计显著性检验呢?...图6是用chisq.test()对示例数据做的卡方检验示例，说明了治疗效果和性别是否独立。但是下面的warning message是怎么回事呢？...如果各组不独立(如重复测量设计或随机区组设计)，那么Friedman检验（函数friedman.test()）会更合适。（示例数据来自于R基础安装中的state.x77数据集。） ?
Wilcoxon符号秩检验：用于比较配对样本的差异，例如比较患者治疗前后的生物标记物水平。 Fisher精确检验：用于比较两个分类变量的分布是否相关，例如比较两种治疗方法对疾病治愈率的影响。...# 假设数据存储在一个数据框df中，其中group为分组变量，value为数值变量 result <- aov(value ~ group, data = df) print(summary(result...)) # 二分类变量的卡方检验 # 假设数据存储在一个数据框df中，其中变量A和B为二分类变量 result chisq.test(df$A, df$B) print(result) # 配对样本的...# 二分类变量的Fisher精确检验 # 假设数据存储在一个数据框df中，其中变量A和B为二分类变量 result fisher.test(df$A, df$B) print(result)...在使用这些检验前，请确保对统计检验有足够的理解，并根据实际情况进行适当的数据处理和分析。另外，R语言中有许多相关的包和函数可以实现更多类型的统计检验，您可以根据具体需求搜索相关文档和资料。
GEO数据库中的数据是公开的，很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析，其中差异表达分析是最常见的分析策略之一，为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据，官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便的进行差异分析...从名字也可以看出，该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中，然后进行差异分析，本质上是通过以下两个bioconductor上的R包实现的 GEOquery limma GEOquery...用于自动下载GEO数据，并读取到R环境中；limma是一个经典的差异分析软件，用于执行差异分析。...在网页上可以看到GEO2R的按钮，点击这个按钮就可以进行分析了, 除了差异分析外，GEO2R还提供了一些简单的数据可视化功能。 1....第一个参数用于选择多重假设检验的P值校正算法，第二个参数表示是否对原始的表达量进行log转换，第三个参数调整最终结果中展示的对应的platfrom的注释信息，是基于客户提供的supplement file
同一组数据分组 需求：一个 list 里可能会有出现一个用户多条数据的情况。要把多条用户数据合并成一条。 思路：将相同的数据中可以进行确认是相同的数据，拿来做分组的 key，这样保证不会重。...实际中使用，以用户数据为例，可能用户名和身份证号是不会变的，用这两个条件拼接起来。
R 语言在统计分析方面起了很大的作用，并且其开开放性更是促进了大量分析R包的出现。今天我们就不一一去列举相关的R包，而是总结一下R语言自带的统计学函数。...一、统计学数据的生成函数： norm 正态分布 f F分布 unif 均匀分布 cauchy 柯西分布 binom 二项分布 geom 几何分布 diag 对角阵 二、基础的运算函数 abs 绝对值...最大 cummin 最小 mean 均值 weighted,mean 加权平均数 median 中位数 三、基础的统计量的计算函数 cor 相关系数 sd 标准差 四、基础统计分析函数 chisq.test...卡方检验，进行独立性检验 prop.test 对总体均值进行假设检验 shapiro.test 正态分布检验 t.test T检验，对总体均值进行区间估计 aov 方差分析 anova 一个或多个模型对象的方差分析...cor.test 相关分析 wilcox.test wilcoxon秩和检验 fisher.test 费舍尔精确检验 ks.test K检验(经验分布的Kolmogorov-Smirnov检验) binom.test
提示结果可能不准确，因为皮尔森卡方拟合由度检验要求分组后每组的频数至少要大于等于5，而后三组中出现的频率分别为3，2，0，均小于5，解决问题的方法是将后三组合成一组，此时的频数为5，满足要求，重写R语言代码...解： 最小期望值T=(11*9)/33=3 fisher检验，在R语言中使用fisher.test( ) fisher.test(x, y = NULL, workspace...解：因为是在相同个体上进行的两次检验，因此使用McNemar检验， H0：对相同痰样本测定中，甲乙两种方法检出率没有差异。 ...为了检验改厂生产的电池是否符合其规定的标准，现从新近生产的一批电池中抽取了随即样本，并对这20个电池的寿命进行了测试，其结果如下（单位：安培小时）： 137.0 140.0...3.3.5.二元数据相关检验 例20.某种矿石中两种有用成分A，B，取10个样品，每个样品中成分A的含量百分数x(%)，及B的含量百分数y(%)的数据下表所示，对两组数据进行相关性检验。 ?
做临床数据分析的时候我们经常会用卡方检验或者Fisher精确检验去看看不同的临床特征在两组里面有没有显著差异。...接下来我们就来用R代码做卡方检验，算出P值 先来对年龄做卡方检验 ################# #Age ################# table=matrix(c(51,66,66,189...(table) 这里算出来的卡方值和p值跟Table2中是一致的 接下来我们来对组织病理分期来做卡方检验 ######################## #stage #############...解决方法是用Fisher精确检验 fisher.test(table) 你会发现这个时候就没有warning了，并且p值跟文中的是一样的，这是巧合吗？...55,62,75,181),nrow=2) colnames(table)=c("High","Low") rownames(table)=c("Deceased","Living") table 跟表中数据保持一致
适用条件 已知一个总体均数 已知一个样本均数及该样本标准差 样本正态分布或近似正态总体 实际应用中，当数据量足够大时，对样本正态分布要求不再严格。...示例 我们使用的是R里内置的“npk”数据集，该数据集由24行和5列数据组成，第一列代表区组（共6个），N、P和K分别代表氮、磷和钾元素的使用情况，yield代表豌豆产量，该数据集主要是用来研究不同肥料对豌豆产量的影响...适用条件： 1.所有的理论数T≥5并且总样本量n≥40,用Pearson卡方进行检验. 2.如果理论数T＜5但T≥1,并且n≥40,用连续性校正的卡方进行检验. 3.如果有理论数T＜1或n＜40,则用Fisher...) ##进行fisher检验 秩和检验 ---- 秩和检验是对原假设的非参数检验，在不需要假设两个样本空间都为正态分布的情况下，测试它们的分布是否完全相同。...6.需要注意的是制作分组信息的因子向量是，因子水平的前后顺序，在R的很多模型中，默认将因子向量的第一个水平看作对照组 如果数据量大并且要求比较conservative的话可以所有方法都用下，然后取并集
这个检验对小样本进行更加保守地估计，设置选项correct=FALSE使用无校正的Pearson卡方检验。 Fisher精确检验 对于小样本而言Fisher精确检验更为适合。...小样本的2x2列表非常典型，样本更多、更复杂的列表计算强度非常大。当然，用R进行比较复杂的计算也是没有太大问题的。...假设该处理一天监控测量三次——早上、中午和晚上，而你想要你的检验能够控制它。那么你可以使用CMH检验对2x2x3列联表进行操作，第三个变量是你想要控制的变量。...R中的CMH检验可以处理比2x2xK维度更高的数据，例如你处理3x3xK列联表。 在接下来的例子里有三个变量：Location，Allele和Habitat。...例如，假设你想要检验是否一个处理增加了一个人对某个问题反应“yes”的概率，而且你只有每个人处理前和处理后的数据。标准的卡方检验将不合适，因为它假设了组别是独立的。
p=3715 统计测试最常见的领域之一是测试列联表中的独立性。在这篇文章中，我将展示如何计算列联表，我将在列联表中引入两个流行的测试：卡方检验和Fisher精确检验。 什么是列联表？...尽管如此，应避免对具有多个维度的列联表进行统计检验，因为除其他原因外，解释结果将具有挑战性。...：断描述了羊毛断的次数 描述了经过测试的羊毛类型 张力∈ { L ，M，H}张力∈{大号，中号，H}给出了施加在螺纹上的张力（低，中或高）。...数据集中的每一行表示单个织机的测量值。为了解释不同织机的可变性，对羊毛和张力的每种组合进行了9次测量，数据集总共包含9 ⋅ 2 ⋅ 3 = 549⋅2⋅3=54 观察结果。...摘要：卡方对费舍尔的精确检验 以下是两个测试的属性摘要： 标准 卡方检验 费舍尔的确切测试 最小样本量 大 小 准确性 近似 精确 列联表 任意维度 通常为2x2 解释 皮尔逊残差 优势比 通常，Fisher
卡方检验 对于2维的频率表，我们可以使用R语言的卡方检验函数chisq.test()来进行独立性检验，用以判断行变量和列变量之间是否相关。...需要注意的是卡方检验要求列联表中每格的数值或者期望值大于5，如果该条件不满足，那么R中就会使用Yate’s矫正公式进行计算： A Fisher Exact Test） 费希尔精确检验是一个基于超几何分布的检验变量间独立性的方法，在R语言中可以直接使用fisher.test(x)函数来进行计算，这里x通常就是一个二维的列联表...fisher.test(mytable) ? 在R中输出的结果有p值、备择假设、95%置信区间、OR值，从结果来看p-value>0.05,说明吸烟和性别不相关，这个结论和卡方检验的结果一致。...在R语言中我们可以通过mantelhaen.test(x)函数来实现，这里x通常是一个三维数据表。 mytable 的因素 ?
描述性统计分析 R基础包自带summary()函数用于获取描述性统计量，我们调用自带的车辆路试数据集mtcars进行下面相应的展示。...格式： by(data, INDICES, FUN) 其中，data为一个数据框或矩阵，INDICES是一个因子或因子组成的列表，定义了分组，FUN是任意函数。...卡方独立性检验 使用chisq.test()函数对二联表的行变量和列变量进行卡方独立性检验。...Fisher精确检验 使用fisher.test()函数进行Fisher精确检验，Fisher检验的原假设是：边界固定的列联表中行和列是相互独立的。...可以使用cor.test()对单个的Pearson、Spearman和Kendall相关系数进行检验。
在获取数据，并且完成数据的清洗之后，首要的事就是对整个数据集进行探索性的研究，这个过程中会利用到各种描述性统计量和推断性统计量来初探变量间和变量内部的基本关系，本篇笔者便基于R，对一些常用的数据探索方法进行总结...同样地，在R中完成这个任务有若干种方法： 利用aggregate()来对数据数组求描述性统计量： aggregate(data,by,fun)，其中data为待考察的数据所在的数据框，至少有两列，其中一列为分组依据的类别型数据...summaryBy()来分组计算描述性统计量： summaryBy(x1+x2+x3~by,data,FUN)，其中data为目标数据框，x1,x2,x3,by均为data中的变量，且by为分组依据变量...describeBy()分组计算概述统计量： psych中的describeBy(data,by)，其中data为目标数据框，by为分组依据的数据： > library(psych) > describeBy...,method)对单个的相关系数进行检验，其中的x与y为要检验相关性的变量，alternative用来指定进行双侧检验或单侧检验（取值为'two.side'、'less'、'greater'），而method
下面我们以MASS包中的UScrime数据（美国47个州刑罚制度对犯罪率的影响）为例进行分析（这里我们省略正态总体的检验，而事实上t检验、F检验、方差分析等都需要进行正态总体检验），数据如下所示： 数据中...Kruskal-Wallis检验，在R中可以使用kruskal.test()函数进行，其使用格式如下所示： kruskal.test(y~A, data=data.frame) 其中A是拥有2个或更多水平的因子变量...在分析数据的时候，一定要搞清楚实验设计原理，采用相应的分析方法。变量之间不独立存在很多种情况，其中重复测试（完全区组设计）结果可以用矩阵表示，而其它数据则只能储存在数据框中。...在R中可以使用fisher.test()函数进行fisher精确检验，其使用方法如下所示： diet=c("yes","yes","yes","yes","yes","yes","yes","yes",...在R中皮尔森卡方检验可以使用卡方检验的chisq.test()函数，示例如下： A=c(52, 19) B=c(39, 3) data=rbind(A, B) colnames(data)=c("cancer
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