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    R语言ggtree:进化树序列id改成物种名称

    通常我们会使用比对好fasta文件构建进化树,fasta文件中大于号后内容就是最终进化树上文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中一些内容,那该怎么办呢?...本篇推文介绍一下使用R语言ggtree包实现这个目的 这个问题是来源于公众号一位读者提问 ?...大家可以关注我公众号 小明数据分析笔记本 留言相关问题,如果我恰巧会的话,我会抽出时间介绍对应解决办法 首先你已经有了构建好进化树文件 (Synergus:0.1976902387,(((((Periclistus...image.png 第一x就是进化树中原本序列名称 第二y是想要替换成id名称 读入进化树文件 library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile...image.png 把这个新进化树写出到文件里 write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk") 这样就达成目的了 这里导出进化树文件没有了最初支持率信息,我们再通过一行代码给他加上就好了

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    MySQL核心知识点整理大全1-笔记

    MySQL数据库是一个以表为基础数据库管理系统,常用数据类型有整数、浮点数、字符型、日期型等,其中最主要数据存储单位是表,一个表可以包含若干个字段,每个字段有其唯一名称和数据类型。...2.表 表是存储数据基本单位,用于存储一个特定类型数据集合。表由若干组成,每一都有一个唯一名称和数据类型,用于存储特定类型数据。表每一行都包含一数据,也称为记录或行。...3. 是表组成部分之一,包含了一个特定类型数据,每个都由其唯一名称和数据类型组成。数据类型包括整数型、浮点型、字符型、日期型等。在创建表时,需要指定每个名称和数据类型。...在MySQL常用索引包括B树、B+树等,其中B+树是一种常用索引类型,它具有高度平衡性和查询效率,被广泛应用于数据库系统。...以下示例“employee”表姓名修改为“李四”: UPDATE employee SET name='李四' WHERE id=1; 5.删除数据 删除数据可以通过DELETE语句来完成,可以指定需要删除行和

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    特征工程入门:应该保留和去掉那些特征

    现在在这个数据集中,如果我们仔细看,有一是品牌名称,一是型号名称,还有一是手机(它基本上包含了品牌和型号名称)。...一个特性分解为多个特性 这个片段中最常见例子是日期和地址。一个日期主要由年、月、日组成,比如以“07/28/2019”形式。...如果我们日期分解成2019年,7或7月28日,它会帮助我们加入各种其他表表在一个简单方法,也会容易操作数据,因为现在而不是日期格式,我们必须处理数字容易得多。...特征工程常用方法 现在我们知道了什么是特征工程,让我们来看看我们可以通过哪些技术来进行特征工程。特性工程有各种各样方法,但我讨论一些最常见技术和实践,我在我常规问题中使用。...分类转换技术(替换值、单热编码、标签编码等)——这些技术用于分类特性转换为各自数字编码值,因为有些算法(如xgboost)不能识别分类特性。正确技术取决于每类别数量、分类数量等等。

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    MySQL学习笔记:SQL分类

    在本文中,我们深入探讨 SQL 分类及其各自作用。 1. DDL在SQL(结构化查询语言),DDL(数据定义语言)是一用于定义或修改数据库结构语句。...下面介绍DML基本概念、常用语句。2.1 DML基本概念DML是SQL中用于操作数据核心部分,它包括以下四种语句:SELECT:查询数据,可以根据条件筛选、排序、分组等。...INSERT:向表插入新数据。UPDATE:修改表数据。DELETE:删除表数据。2.2 SELECTSELECT语句是DML中最常用语句,用于从数据库查询数据。...例如,employees表中年龄大于40员工名字修改为全大写:UPDATE employeesSET name = UPPER(name5)WHERE age > 40;2.4 DELETEDELETE...SELECT, INSERT, UPDATE, DELETE: 允许操作。employees: 表名称。4.4 管理用户和角色之间关系可以角色授予用户,这样用户就继承了角色权限。

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    Linux常用命令速查-用户管理

    :x:2:sys:x:3:adm:x:4:tty:x:5:disk:x:6: 文件格式: 用户名称:用户密码:GID:用户列表,每个用户之间用,号分割;本字段可以为空;如果字段为空表示用户为GID...-n新用户 将用户名字改为新名字 切换用户 如果一个用户同时属于多个用户,那么用户可以在用户之间切换,以便具有其他用户权限 newgrp root ◆ 用户 ◆ 查看系统所有用户...删除用户 userdel testUser 常用参数: -r 删除用户目录 ◆ 其他命令 ◆ 显示目前登入系统用户信息 who 常用参数: -H 显示各栏位标题信息 -u 显示闲置时间,若该用户在前一分钟之内有进行任何动作...,标示成"."...-dIP地址转换成主机名称 -f指定记录文件 -n或-  设置列出名单显示数 -R 不显示登入系统主机名称或IP地址 -x  显示系统关机,重新开机,以及执行等级改变等信息

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    如何以正确方法做数据建模?

    如上图,这些数据如果存储在Excel表格,你可以按“订单日期”进行筛选,并将数量、单位成本和单价相加。还可以对“公司名称”、“类别”或“产品名称应用筛选器。...你注意到,从每个维度表到事实表关系是一对多,并在一个方向上过滤记录,如关系行上箭头所示。例如,“客户信息表”与“在线销售”之间关系基于这两个表“客户Key”。...这些还可以用于执行复杂计算,如比率、运行总计和时间序列比较。 4 维度概念 现在,让我们回顾一些常见实用维度建模。 1 角色扮演维度 维度实体可以在报告扮演多个角色。...为此,必须有一个日期维度表,其中包含一段时间内连续日期记录。我们可能需要从过去五年到今年年底所有日期。日期维度是角色扮演维度中最常见示例,但在查看更多日期示例之前,让我们先看看另一个场景。...关系筛选器更改为“双向”可修复问题并满足报告要求。 ? 如前所述,双向滤波器引入了潜在性能损失。

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    两种主要存储方式区别

    (从这个讨论忽略诸如Oracle或Greenplum行/混合系统以避免混淆,但是这些系统存储方面比A接近B) A和B区别: 数据模型:数据模型。...独立性:A数据实体或“行”部分存储在单独,并且能够单独访问这些族。...请注意,这意味着必须明确存储特定行未定义列作为在列表NULL;否则我们不能再根据它们在相应列表位置来匹配值。 同时,A系统将为每个值显式存储行名称,列名称或二者。...因此,这些系统显式地为一行每个元素或单个column-family每个元素行名/值对提供列名/值对。 (A通常还会存储每个时间戳,但解释这只会使这个讨论复杂化)。...这导致B通常比A(至少对于容易适合于关系模型结构化数据)占用更少存储空间。此外,通过仅存储值而没有列名或行名称,B优化了操作性能,其中读取每个元素并应用操作(如谓词评估或聚合)。

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    MySql笔记

    常用存储引擎是innoDB(默认)和Myisam。 字段类型:当前字段存储数据类型必须是一开始指定好。...分组查询 使用group by 对查询结果分组 如果对数据进行分组统计就需要使用group by group by表按值进行分组 值相同为一 SELECT class_id, COUNT(...x四舍五入有y位小数值 mod(x,y) 返回x/y模 greatest(1,2,3,4,5) 返回集合中最值 least(1,2,3,4,5) 返回集合中最值...DELIMITER语句标准分隔符 - 分号(;)更改为://。 在这种情况下,分隔符从分号(;)更改为双斜杠//。为什么我们必须更改分隔符?...因为我们想将存储过程作为整体传递给服务器,而不是让mysql工具一次解释每个语句。 在END关键字之后,使用分隔符//来指示存储过程结束。

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    06-性能测试之JMeter参数化

    简单来说,参数化一般用法就是脚本某些输入使用参数来代替,在脚本运行时指定参数取值范围和规则,这样,脚本在运行时候就可以根据需要选取不同参数值作为输入。...文件名:保存参数化文件; 文件编码:要和文件编码格式保持一致; 变量名称:对应参数文件每变量名,类似Excel文件文件头,起到标示作用,同事也是后续引用标识符,建议采用有意义英文标示;(...有几列参数,这里就写几个参数名,每个名称中间用英文逗号分隔,这里user、pwd就可以在其它地方调用了user、user、{pwd}) 忽略首行:我们参数化文件,第一行是测试数据,即不需要忽略首行,所以选择...:这里选择False,不结束 线程共享模式:4种模式,所有线程,当前线程,当前线程,自定义 (2)替换脚本 这次我们修改为4个线程 修改登录请求参数 ? (3)查看运行结果 ?...test plan执行过程不能发生取值改变,因此一般仅test plan不需要随迭代发生改变参数(只取一次参数)设置在此处;例如:被测应用host和port值。

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    2024全网最为详细红帽系列【RHCSA-(11)】初级及进阶Linux保姆级别骚操作教程;学不费来砍我

    1.用户管理 1.1用户管理 语法格式: groupadd [-r] 用户名称 常用选项详解说明: 常用选项: -g GID——指定新用户标识号(GID),默认值是已有的最大GID加1。...举例: #向系统添加一个ID为1000,名为group1 sudo groupadd -g 1000 group1 1.2 修改用户属性 语法格式: groupmod 选项 用户 常用选项详解说明...-n 新用户——将用户名字改为新名字修改用户名称和用户GID值。 举例: #group1GID修改为2000,名修改为group11。...注意:只有root用户和管理员才能够使用该命令 常用选项详解说明: -r 删除密码 -a——把用户加入 -d——把用户从删除。...sudo usermod -aG group1 li4 如果 group1 是一个需要特殊权限(例如 sudo 权限),你可以 zhang3 添加到 sudo (假设你系统使用是基于 Debian

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    在Excel制作甘特图,超简单

    甘特图是规划师和项目经理最简单、最有效视觉工具,而Excel是制作甘特图最简洁常用工具。...本文介绍如何在Excel制作甘特图: 1.使用堆积条形图快速绘制简单甘特图 2.通过调整Excel图表和次坐标轴,在甘特图中为每个任务添加完成状态 3.使用Excel表动态甘特图,以便在时间线自动更新情况下轻松添加...选择“任务”,按住CTRL键选择“日期”、“状态”和“剩余天数”,然后单击“插入”选项卡“图表”“堆积条形图”。注意,选择也包括标题。...图2 步骤3:选择“日期”数据,数字格式从“常规”更改为“短日期”,也可以在CTRL+1对话框自定义格式。 图3 注:也可以在图表更改数字格式。...双击包含任务名称垂直坐标轴,在右侧“设置坐标轴格式”任务窗格,选取“坐标轴选项”栏“逆序类别”。 图5 步骤6:双击图表顶部日期轴,并将“边界”最小值设置为43337。

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    Linux 命令(240)—— tput 命令

    否则,reset 作用与 init 相同。 longname 输出终端名称。长名称是 terminfo 数据库终端描述第一行 lastname。...-V 显示 tput 使用程序库 ncurses 版本。 5.常用示例 操作光标 (1)光标属性。 在 Unix Shell 脚本或在命令行,移动光标或更改光标属性可能是非常有用。...tput rc光标返回到使用tput sc保存原始位置。 (4)更改光标属性。 在向某一设备显示数据时,很多时候您并不希望看到光标。光标转换为不可见可以使数据滚动时屏幕看起来整洁。...tput cnorm 操作文本 更改文本显示方式可以让用户注意到菜单词或警惕用户注意某些重要内容。...,前景颜色更改为红色: tput setb 6 tput setf 4 要反显当前颜色方案,只需执行 tput rev。

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    PostgreSQL查询简介

    在结构化查询语言(SQL),几乎总是使用SELECT语句进行查询。 在本指南中,我们讨论SQL查询基本语法以及一些常用函数和运算符。...到目前为止,我们经历过示例包括SQL查询中一些常用关键字和子句。这些对于基本查询很有用,但如果您尝试执行计算或根据数据导出标量值(单个值,而不是一多个不同值),则它们无用。...在本节,我们解释并提供一些常用查询子句示例。 除了FROM和WHERE之外,最常用查询子句之一是GROUP BY子句。它通常在您对一执行聚合函数时使用,但与另一匹配值相关。...=table2.related_column; 请注意,因为JOIN子句比较了多个表内容,所以前面的示例通过在名称前面加上表名称和句点来指定从哪个表中选择每个。...; 它只需要从名称与Barbaraname行找到wins值,并且子查询和外部查询返回数据彼此独立。

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    探索性数据分析,Seaborn必会几种图

    hue需要是离散变量,含义是x(离散变量)每个组别根据类别变量hue,再次进行分组,分组后用不同颜色来表示。 palette:调色板名称,支持列表或字典,用于hue变量不同级别的颜色。...绘图说明: 图1:单变量tip箱型图; 图2:按类别变量time分组后箱型图; 图3:根据smoker类别变量,对图2每组再次分组结果,共有4箱型图。...hue,style和size最好是传入类别型变量,因为要根据这些分类字段对前面的每个进行细粒度分组表示。 hue是指,用不同颜色来表示再次分组后样本。...row和 col两个可选参数,输入值为data变量名称, 作用是按照分类变量划分整个网格为多行或多。...heatmap 热力图,矩形数据绘制为颜色编码矩阵,也就是,通过数据透视表,数据拆分为多个组别(格子),最终每个格子value用颜色进行展示。

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    数据库知识学习,数据库设计优化攻略(六)

    这个表一分为二或者更多分,但是表还是这个表,只是 将其内容存储分开,这样读取就快了 N 倍了 原理:表数据是无法放在文件,但是文件可以放在文件,表可以放在文件,这样就间接实现了表数据存放...在不同文件。...,因为要扫描数据变得 少 ,查询可以更快地运行,这样操作大大提高了性能,表进行分区后,逻辑上表仍然是一张完整表,只是数据在物 理上存放到多个表空间(物理文件上),这样查询数据时,不至于每次都扫描整张表...myRangePS2 AS PARTITION xx1 TO (a, b, c); 注释:在分区函数 XX1 上创建分区架构:myRangePS2,分别为 A,B,C 三个区间 A,B,C 分别为三个文件名称..., 而且必须三个 NDF 隶属于这三个,文件所属文件一旦创建就不能修改 3.1.2.3 对表进行分区 常用数据规范--数据空间类型修改为:分区方案,然后选择分区方案名称和分区列表,结果如图所示:

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    Linux相关

    切片直接保存在内建变量,1,2…( 支持对单个切片判断,支持循环判断,默认分隔符为空格。...awk -F "," '{print $2}' test.txt 日志第1/3进行打印,并对第1数据进行分类统计 awk '{print $1,$3}' email.out | awk '{...zip文件(lib.zip) 11、docker常用命令 #1、查看docker中下载好镜像: docker images #2、查询需要容器名称: docker search mysql...-n新用户 将用户名字改为新名字 删除用户 groupdel groupname 可以看到自己分组和分组id cat /etc/group 16、sudo用户权限操作 比如我们使用普通用户操作用户或者操作用户...kibana-8.3.3-linux-x86_64.tar.gz所有者改为用户sum、所有改为sum chown -R sum:sum /usr/sum/kibana-8.3.3-linux-x86

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