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使用fasterq-dump命令将sra格式数据转换为fastq格式遇到的问题

aws-http (下载速度超级快) 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra...想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器..., 以fasterq-dump in cluster为关键词搜索,找到了一些关于这个问题的讨论 https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/161 https://...github.com/ncbi/sra-tools/issues/463 大家的问题基本都是一样的 计算机集群,slurm这个命令提交系统 BeeGFS 这个存储系统 和我的硬件情况一样 没有找到解决办法.../ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定 SRR5187763 不带后缀名sra 文件下载好以后转换起来还是相当快的 大家如果遇到这个问题也可以试试这个替代方案

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    讲解numpy.float64 object cannot be interpreted as an integer

    讲解numpy.float64无法被解释为整数的问题在使用NumPy进行数组运算时,有时会遇到numpy.float64无法被解释为整数的错误。本文将解释产生这个错误的原因,并提供一些解决方法。...在上面的示例中,我们将浮点数3.14转换为整数类型,并将结果打印出来。这样就避免了错误。2....在上面的示例中,我们将浮点数3.14转换为整数类型,并将结果打印出来。3....示例代码:计算数组元素的累计和下面是一个使用NumPy计算数组元素累计和的示例代码,结合实际应用场景,展示了如何处理numpy.float64无法被解释为整数的问题。...接下来,我们使用astype()方法将浮点数数组转换为整数数组int_arr。然后,我们使用np.cumsum()函数计算整数数组的累计和,并将结果存储在cumulative_sum变量中。

    82510

    R语言 常见函数知识点梳理与解析 | 精选分析

    这一函数在去除数据框中缺失值时很有用。...aggregate:计算各数据子集的概括统计量 tapply:对“不规则”数组应用函数 17、数学计算 +, -, *, /, ^, %%, %/%:四则运算 ceiling,floor,round...array:建立数组 matrix:生成矩阵 data.matrix:把数据框转换为数值型矩阵 lower.tri:矩阵的下三角部分 mat.or.vec:生成矩阵或向量 t:矩阵转置 cbind:把列合并为矩阵...rbind:把行合并为矩阵 diag:矩阵对角元素向量或生成对角矩阵 aperm:数组转置 nrow, ncol:计算数组的行数和列数 dim:对象的维向量 dimnames:对象的维名 row/colnames...window:时间窗 说明:本文中前半部分内容为作者自行整理,后半部分内容引自网络,稍作整理(蓝色标记部分是笔者认为比较常见和使用的函数)。

    2.3K21

    看图学NumPy:掌握n维数组基础知识点,看这一篇就够了

    因此,常见的做法是定义一个Python列表,对它进行操作,然后再转换为NumPy数组,或者用np.zeros和np.empty初始化数组,预分配必要的空间: ?...这些问题已在math.isclose函数中得到解决。 矩阵运算 NumPy中曾经有一个专用的类matrix,但现在已弃用,因此下面将交替使用矩阵和2D数组两个词。 矩阵初始化语法与向量相似: ?...默认情况下,一维数组在二维操作中被视为行向量。因此,将矩阵乘以行向量时,可以使用(n,)或(1,n),结果将相同。 如果需要列向量,则有转置方法对其进行操作: ?...append就像hstack一样,该函数无法自动转置一维数组,因此再次需要对向量进行转置或添加长度,或者使用column_stack代替: ?...如果不方便使用axis,可以将数组转换硬编码为hstack的形式: ? 这种转换没有实际的复制发生。它只是混合索引的顺序。 混合索引顺序的另一个操作是数组转置。检查它可能会让我们对三维数组更加熟悉。

    6K20

    1-JavaScipt基础概念

    : 这种三元运算符 几点注意 每行末尾以分号;作结,但在一行只有一条语句的情况下分号;可以省略(不建议省略) 定义变量时前面的var可加可不加 加:变量为局部变量 不加:变量是全局变量(同样不建议使用,...在方法声明中有一个隐藏的内置对象(数组),arguments 封装所有实参列表 5....方法 join(参数):将数组中的元素按照指定的分隔符合并为一个字符串 push():向数组的尾部添加一个或多个元素,并返回数组长度 3. 属性 length数组的长度 4....创建 Math对象不用创建,可以直接使用Math.方法名()调用方法 2. 方法 random() ceil floor round 等等.... 3....(比直接强转功能更强大,该方法会逐一判断每一个字符是否是数字,直到不是数字为止,将前边的字符转为number) isNaN():判断一个变量是否为NaN eval():将JavaScript字符串转为JS

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    Python体系练手项目200例(附源代码),练完可显著提升python水平(鲲鹏编程–Python教育新物种)

    将十进制转换为二进制: >>> bin(10) '0b1010' 2.十转八 十进制转换为八进制: >>> oct(9) '0o11' 3 十转十六 十进制转换为十六进制: >>> hex...、数值型等转换为字符串类型 >>> i = 100 >>> str(i) '100' 6.十转 ASCII 十进制整数对应的 ASCII 字符 chr(65) ‘A’ 7.ASCII...class type(name, bases, dict) 传入参数,返回 object 类型: 32.两种创建属性方法 返回 property 属性,典型的用法: 使用 C 类: 使用...38.父子关系鉴定 第二个参数可为元组: 39.所有对象之根 object 是所有类的基类 40.一键查看对象所有方法 不带参数时返回当前范围内的变量、方法和定义的类型列表;带参数时返回参数...的属性,方法列表。

    3.5K30

    TypeError: ‘float‘ Object Cannot Be Interpreted as an Integer:浮点对象不能作为整数解释的完美解决方法

    本文将详细解析该错误的成因及解决方法,并结合实际代码示例帮助你更好地理解和处理这一问题。无论你是初学者还是经验丰富的开发者,这篇文章都将为你提供实用的建议。...引言 Python是一种非常灵活和强大的编程语言,但在编程过程中,类型不匹配是一个常见的问题。尤其是在进行循环、索引或定义范围时,若使用浮点数而非整数,便会触发TypeError。...列表索引 在访问列表或数组元素时,索引必须是整数。...如果你确定浮点数应该被视为整数,可以使用int()函数将其转换: num = 5.7 print(range(int(num))) # 将浮点数转换为整数 输出将是: 0 1 2 3 4 3.2...使用round()函数 你还可以使用round()函数来四舍五入浮点数: num = 5.7 print(range(round(num))) # 使用四舍五入后的整数 3.3 检查变量类型 在进行计算或传递参数前

    27010

    PHP核心编程知识点

    十进制转二进制 整数 除二取余法 填充法 小数:乘二取整 十进制转其他进制 整数:除 n 取余 小数:乘 n 取整 八进制、二进制、十六进制直接的互转 二、八之间的互转 八转二:一拆三(421码)...二转八:三并一 二、十六之间的互转 十六转二:一拆四 二转十六:四并一 八、十六之间的互转 八转十六:先一拆三,再四并一 十六转八:先一拆四,再三并一 3.整型数据 表示形式 十进制 八进制,以...自增自减:++和——在前面和在后面的区别 3.赋值运算符 复合的赋值运算符 赋值运算符的结合性:右结合 赋值表达式的值就是被赋值的那个变量的值$a = 100 4.字符串连接符 主要和逗号的区别 在运算之前是将两边的操作数都自动转换为字符串类...include和require include和include_once 10.脚本的执行控制 die或exit sleep 八、函数 1.函数的定义 2.函数的组成 函数名 函数参数列表 函数体...,加上参数true就是返回一个浮点型的时间戳 12.数学函数 abs sqrt pow ceil|floor round rand|mt_rand 九、数组 数组初步 数组创建:显示创建,隐式创建

    3.4K51

    R语言的常用函数速查

    因子 factor:因子 codes:因子的编码 levels:因子的各水平的名字nlevels:因子的水平个数 cut:把数值型对象分区间转换为因子table:交叉频数表 split:按因子分组aggregate...:计算各数据子集的概括统计量tapply:对“不规则”数组应用函数 二、数学 1....数组 array:建立数组 matrix:生成矩阵data.matrix:把数据框转换为数值型矩阵lower.tri:矩阵的下三角部分 mat.or.vec:生成矩阵或向量t:矩阵转置 cbind:把列合并为矩阵...rbind:把行合并为矩阵diag:矩阵对角元素向量或生成对角矩阵aperm:数组转置 nrow, ncol:计算数组的行数和列数dim:对象的维向量 dimnames:对象的维名row/colnames...:行名或列名 %*%:矩阵乘法crossprod:矩阵交叉乘积(内积) outer:数组外积kronecker:数组的Kronecker积 apply:对数组的某些维应用函数tapply:对“不规则”数组应用函数

    2.7K90

    python数组使用(超级全面)「建议收藏」

    定义方式:arr = {元素k:v} 2、下面具体说明这些数组的使用方法和技巧: (1) list 链表数组 a、定义时初始化 a = [1,2,[1,2,3]] b、定义时不初始化 一维数组...str, ‘ ‘) #将string转list,以空格切分 S.join(list, ‘ ‘) #将list转string,以空格连接 处理字符串的内置函数 len(str) #串长度 cmp(...定义方式:arr = {元素k:v} 2、下面具体说明这些数组的使用方法和技巧: (1) list 链表数组 a、定义时初始化 a = [1,2,[1,2,3]] b、定义时不初始化 一维数组...str, ‘ ‘) #将string转list,以空格切分 S.join(list, ‘ ‘) #将list转string,以空格连接 处理字符串的内置函数 len(str) #串长度 cmp(...定义方式:arr = {元素k:v} 2、下面具体说明这些数组的使用方法和技巧: (1) list 链表数组 a、定义时初始化 a = [1,2,[1,2,3]] b、定义时不初始化 一维数组:

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