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R数据科学整洁之道：使用 readr 进行数据导入

，大多数都是 Tab 键隔开的表格数据，可用下面两个函数来读取或者保存： read_tsv，读取Tab键隔开的文本文件的内容到数据框中。...write_tsv，与 read_tsv 相反，将数据框中的内容保存到文本文件中。...为了演示，我们这里使用 R 自带的一个“鸢尾花”数据集: iris，该数据集有 5 列，分别是：花萼长度、花萼宽度、花瓣长度、花瓣宽度以及花的种类。...write_tsv(iris, 'iris.tsv') iris的内容就被保存到当前目录下的iris.tsv文件中了，文件的每一行由Tab键隔开。...读取数据集 df = read_tsv('iris.tsv') 硬盘上iris.tsv文件内的内容被读取到了df数据框中，显示一下df前几行内容： kable(head(df)) Sepal.Length

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Day4：R语言课程（向量和因子取子集）

我们使用的R中的函数将取决于我们引入的数据文件的类型（例如文本，Stata，SPSS，SAS，Excel等）以及该文件中的数据如何分开或分隔。下表列出了可用于从常见文件格式导入数据的函数。...metadata <- read.csv(file="data/mouse_exp_design.csv") 注意：read.csv默认将包含字符（即文本）的列强制转换为factor数据类型。...2.检查数据结构 R有很多基本函数可用于检查数据并对其进行汇总。以测试数据metadata为例。 输入变量名metadata，回车来查看数据框; 变量中包含样本信息。...数据框和矩阵变量： `dim()`：返回数据集的维度 `nrow()`：返回数据集中的行数 `ncol()`：返回数据集中的列数 `rownames()`：返回数据集中的行名称 `colnames()`...数据框或矩阵只是组合在一起的向量集合。因此，从向量开始，学习如何访问不同的元素，然后将这些概念扩展到数据框。

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    Day5-学习笔记（2024年2月2日）

    ，eg：a 的数值，我们可以访问向量中的元素，eg:x 的向量写法，意为将x定义为由元素1，2...，可通过函数matrix()创建三、数组与矩阵相似，但是维度可以大于2，可通过函数array()创建四、数据框由于不同的列可以包含不同模式的数据，数据框较矩阵更为常见，可用函数data.frame()创建五...、列表列表是数据类型中最为复杂的一种，列表就是一些对象或成分的有序集合，可能包含若干向量、矩阵、数据框甚至其他列表，可用函数list()来创建。...",header=T)2、查看行名和列名、行数和列数colnames(a) #查看列名rownames(a) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4..dim(a)#几行几列3、数据框的导出write.table...5、提取元素ax,y#第x行第y列ax,#第x行a,y#第y列ay #也是第y列aa:b#第a列到第b列ac(a,b)#第a列和第b列a$列名#也可以提取列（支持Tab自动补全，不过只能提取一列）6、直接使用数据框中的变量

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    如何用 Pandas 存取和交换数据？

    CSV/TSV 我们来看最常见的两种格式，分别是： csv ：逗号分隔数据文本文件； tsv ：制表符分隔数据文本文件； 先尝试把 Pandas 数据框导出为 csv 文件。...将生成的 csv 文件拖入文本编辑器内，效果如下： ? 你可以清楚地看到，逗号分割了表头和数据。 有意思的是，因为第一句评论里包含了换行符，所以就真的记录到两行上面。而文本的两端，有引号包裹。...df_list = df.copy() 然后，我们把分词的结果，存到新的数据框 df_list 的 text 列上面。...首先，你会发现列的位置发生了调换。好在对于数据框来说，这不是问题，因为列之间的相对位置本来也没有特殊含义。 其次，你能看到，那些引号都没有出现。 为了进一步验证，我们还是调取第一行列表的第一个元素。...小结 通过阅读本文，希望你已经掌握了以下知识点： Pandas 数据框常用的数据导出格式； csv/tsv 对于文本列表导出和读取中会遇到的问题； pickle 格式的导出与导入，以及二进制文件难以直接阅读的问题

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    R语言 数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

    data.frame生成指定数据框的列名及列的内容，如代码所示，此时列名不需添加""，df1为变量名，格式为列名=列的向量*matrix矩阵与向量一样只允许同一种数据类型，否则会被转换，可以理解为二维的向量...，data.frame数据框允许不同列不同的数据类型，但同一列只允许一种数据类型*数据框中括号内行在列前df1 tsv改变文件名而来的，此时用csv打开会报错，该知识点用于防止部分代码中错误应用csv套用tsv等#文件读写部分(文件位于R_02的Rproject中)#1.读取ex1.txt txt用read.table...=1指定第一列为行名，check.names=F指定不转化特殊字符#注意：数据框不允许重复的行名#rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) #再次重复：数据框不允许重复的列名...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1

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    文件操作

    背景 一般情况下我们需要分析的数据都是存储在文件中，那么利用 R 分析数据的第一步就是将输入读入 R 语言。如果分析的数据是记录在纸质载体上，还需要将数据手动录入，然后保存为一个文件。...在 R 中分析文件一般是文件文件，通常是以逗号分隔的 csv 文件，如果数据本身包含逗号，就需要使用制表符 tab 分隔的文件。...例如文件是否是一个标准的列表形式，也就是是否为结构化数据。文件存储格式，是二进制还是纯文本，如果是纯文本，文件扩展名是什么？用什么分隔符分割？文件有多少行，多少列？第一行是否为列名，第一列是否为行名？...,header = T,sep = ",",row.names = 1,na.strings = "NA",stringsAsFactors = F) 无论使用哪个函数读取文件，R 中读入的数据都存储为数据框这种数据类型...View(dta) #查看数据属性信息 str(dta) 四、函数写入文件 数据处理结束之后，需要将存储在变量中的结果保存到文件中，R 提供了大量写入文件的函数，这些函数通常与 read

    4K10

    Learn R 函数和R包

    ") #ls是展示出该包中的函数 R语言中的函数 （）前的是函数 [] 是取子集，一定是个数据 【】里有“，”->向量或矩阵 [[]] 前的通常是个列表 列表取子集 $ 数据框取子集 的默认格式是表格； #2.记事本也可以打开； #3.sublime（适用大文件）打开 #4.R语言读取 #表格文件读到R语言中，就得到了一个数据框，对数据框进行的修改不会同步到表格文件，需重新导出...分隔符 常见的分隔符：逗号、空格、制表符（\t) 将表格文件读取到R语言中 read.table() #读取txt格式 read.csv()#读取csv格式 文件的导出 不要覆盖原文件 代码可重复 数据可重现...-------注意，数据框不允许有重复的行名，也就是第一列不能有重复值------ 图片 3.读取soft.txt >soft 数据不方正...>save(soft,file = "soft.Rdata") >rm(list = ls()) #将环境中的所有数据清空 为了看保存的文件 >load(file = "soft.Rdata") 练习

    2K00

    Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

    建库测序方法包括通量高覆盖率低的10X数据和通量低覆盖率高的FACS筛选+Smartseq2建库技术。 起始数据于2017年12月20日释放，包含20个组织/器官的100,000细胞的转录组图谱。...答案: FACS : 54,838 cells; Droplet : 42,193 cells 读入数据 (Smartseq2) 读入逗号分隔的count matrix，存储为数据框: dat = read.delim...CellRanger默认的输出格式是.mtx文件用于存储这个稀疏矩阵，第一列是基因的坐标（0-based），第二列是细胞的坐标（0-based），第三列是大于0的表达值 (长表格形式)。...打开.mtx文件会看到两行标题行后面是包含总行数 (基因数)、列数 (样本数)和稀疏矩阵总行数 (生信宝典注：所有细胞中表达不为0的基因的总和)的一行数据。...，而实际的基因和样品的名字必须单独存储到文件genes.tsv和barcodes.tsv。

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    R语言做生态位分化分析（4）结果保存到本地自己作图

    但是这个结果非常大，保存到本地以后有60多个G（暂时还没太搞懂这个数据里都有什么）。...最后能用到的结果是 result$p.values result$p.values%>%as.data.frame()%>%rownames_to_column() 这个是 p 值，可以转换为数据框保存...") 这个是作图用到的数据 第一行是 结果图垂直虚线的位置 单独把这个数据保存成一个数据框然后输出应该就可以了，图用这个数据来做 其余的行是频率分布直方图的数据 result$d.plot result...("reps.overlap.tsv") 读取数据作图 read_tsv("reps.overlap.tsv") %>% filter(rowname !...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

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    进阶数据库系列（十二）：PostgreSQL 索引技术详解

    INCLUDE：指定一个列的列表，其中的列将被包括在索引中作为非键列。不能作为索引扫描的条件，主要作用是相关数据索存储在索引中，访问时无需访问该索引的基表。...column_name：一个表列的名称。 expression：一个基于一个或者更多个表列的表达式。如语法中所示，表达式通常必须被写在圆括号中。...用于解决一些B-tree，GIN难以解决的数据减少问题，例如，范围是否相交，是否包含，地理位置中的点面相交，或者按点搜索附近的点。...(支持btree的操作符) 当用户需要按任意列进行搜索时，gin支持多列展开单独建立索引域，同时支持内部多域索引的bitmapAnd, bitmapor合并，快速的返回按任意列搜索请求的数据。...假设执行了一个查询，该查询包含某列的条件;如果所查找的值没有进入区间，则可以跳过整个range;但如果它们确实在，所有块中的所有行都必须被查看以从中选择匹配的行。

    4.5K40

    GEO—芯片GSE3292 _pd 中无法找到分组信息—火山图中添加目标基因

    可以看到这个数据集pd中是不包含分组信息（HPV阳性和阴性）的。在网页中找到分组信息，如下。可以看到分组信息对应的ID号是pd表格中title列中内容的后面的数字。...所以我们要额外处理pd表格把对应的分组信息加到对应的GSM数据集后。我采用的方法是直接复制上表内容，形成sup.tsv，然后读取到R中，按照ID值从小到大排列。...处理pd的title列，将"UNC HNSCC01-0394"、 "UNC HNSCC02-0387"等的“-”去掉，再按照title列内容后面的数字，如010394、020387等进行从小到大排列。...可以看到现在sup.tsv和pd的行顺序是一致了，然后直接将sup.tsv的HPV列加到pd中即可。...(\\d+)$", "\\1", pd$title))# 按照提取的数字排序数据框pd_sorted 列pd_sorted

    40210

    2023.4生信马拉松day5-文件读写

    ，对数据框的操作和修改是不会同步到表格文件的； -（2）分隔符 逗号、空格、制表符\t 补充知识-文件后缀： csv文件全称是comma separated values，逗号分隔文件； tsv文件全称是...，不改特殊字符 ③ 数据框不允许重复的行名，否则会报错； 图片 解决办法：先不加row.names参数读进来，然后处理第一列的重复值（如两列取平均、去重复），之后再将第一列设置成行名 #注意：数据框不允许重复的行名...3.将数据框导出成为表格文件 读取→编辑修改→导出 write.csv(test,file="example.csv") write.table(test,file="example.txt") 注：...；不局限于变量什么数据类型；支持多个变量存到同一个Rdata; -（3）整存整取，不会因参数不同打开得到不同的东西; -（4）用save()函数保存 用load()函数加载——别忘记加引号、加文件名后缀...，这一步之后class(x)会发现依然不是数值型 mean(as.numeric(x)) 注意： 矩阵只允许一种数据类型，要改得整个矩阵一起改（不能单独改某一列的数据类型）；或者先把矩阵改成数据框再改某列

    1.6K60

    不走寻常路的单细胞表达量矩阵读取

    之前在在单细胞天地教程：表达矩阵逆转为10X的标准输出3个文件，详细介绍过 10X技术的单细胞转录组的3个标准文件，虽然说绝大部分文献提供其数据的时候并不是标准的文件名字，但是3个文件的文件名字还是通常会遵循以下模式...： Feature / Gene-Barcodes Matrix 文件：这个文件的命名通常包含了数据类型（例如基因表达量）和文件格式（例如稀疏矩阵）。...一般情况下，这个文件名中可能包含 "matrix"、"gene_bc_matrix" 或类似的关键词。有时也会包含数据集的名称或样本编号。...函数进行数据转换，在 R 语言中，reshape2 包提供了 dcast() 函数，用于将数据框从长格式（long format）转换为宽格式（wide format）。...长格式数据通常包含多行和少列，每行对应一个观察值，并且包含一个用于标识不同组的变量；而宽格式数据通常包含少行和多列，每行对应一个唯一的标识符，并且包含多个变量。

    89510

    如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

    我们还是以TCGA-CHOL（胆管癌）这套数据给大家举例。 1. 打开TCGA数据库官网，https://portal.gdc.cancer.gov/。在对话框中输入想要查找的肿瘤的名称。...前面下载的gdc_sample_sheet.2022-08-06.tsv拷贝到TCGA_CHOL，更名为methylation_sample_sheet.tsv。...最终得到的文件夹结构如下 methylation文件夹的结果如下，包含45个单独的文件夹 每个文件夹下面是一个样本的DNA甲基化数据 打开这个betas.txt文件，内容如下。...第一列为450K芯片的探针ID，每一个对应一个CpG位点，后面是代表甲基化水平的beta值，从0-1，0表示完全非甲基化，1表示完全甲基化。...今天的分享就先到这里，后面我们会给大家讲解如何使用R代码将这45个样本的甲基化值合并成一个矩阵。

    4.3K31

    如何在 Linux 中将 CSV 文件转换为 TSV 文件？

    CSV（逗号分隔值）文件：CSV文件使用逗号作为字段之间的分隔符，每一行表示一个记录，每个字段包含在引号中或不使用引号。...以下是使用sed命令将CSV文件转换为TSV文件的步骤：打开终端，并进入包含要转换的CSV文件的目录。...执行以下命令来将CSV文件转换为TSV文件，并将输出保存到新的文件中：sed 's/,/\t/g' input.csv > output.tsv在上面的命令中，input.csv是要转换的CSV文件的名称...以下是使用awk命令将CSV文件转换为TSV文件的步骤：打开终端，并进入包含要转换的CSV文件的目录。...执行以下命令来将CSV文件转换为TSV文件，并将输出保存到新的文件中：awk 'BEGIN {FS=","; OFS="\t"} {$1=$1}1' input.csv > output.tsv在上面的命令中

    2.7K00

    Excel小技巧29：编辑行或列的快捷键

    通常，我们会选择要插入列或行的位置，然后单击功能区“开始”选项卡中的“插入——插入工作表行”或“插入——插入工作表列”命令，或者单击鼠标右键，在快捷菜单中选择“插入”命令，在弹出的对话框中选取相应的插入操作命令...无论何种操作，都需要好几步，其实可以使用组合键来完成插入新列或新行的操作。 插入新列 按Alt+i+c组合键，将在当前列的左侧添加新列。其中，“i”代表插入，“c”代表列。...插入新行 按Alt+i+r组合键，将在当前行的上方添加新行。其中，“i”代表插入，“r”代表行。 插入是Excel中最常用的操作之一，然而选择整个数据列或该列中的一部分数据，也是常见操作。...插入行或列 按Ctrl+Shift+加号(+)组合键，将弹出“插入”对话框，可以选择插入单元格、整行或整列，如下图1所示。 ?...图1 删除行或列 按Ctrl+减号(-)组合键，将弹出“删除”对话框，可以选择删除单元格、整行或整列，如下图2所示。 ? 图2

    2.4K10

    Jelys Note之生信入门class5

    、矩阵取子集 [[]]---列表取子集 $ 数据框取列，列表取子集 <- 赋值 = 赋值，连接形式参数与实际参数 == 判断是否相等 !...----文件读取是R语言中的数据框来源 【变量名test--存在R语言内部=read.csv("文件名")】 【表格文件读入到R语言里，就得到了一个数据框，对数据框进行的任何修改都不会同步到表格文件】...失败有两种表现：1.报错2.意外结果 （3）将数据框导出，成为表格文件 csv格式：write.csv() text格式：write.table() 注意： ！！...一切操作在r语言中进行 （4）R特有的数据保存格式：Rdata Rdata：保存的是变量，不是表格文件 支持多个变量存到同一个Rdata 是R语言特有的数据存储格式，其他软件无法打开 · 相关命令：...=哑巴地雷 连续两个分隔符=空列=一切看不见的东西都会被认为是！

    1.4K10

    TCGA分析-数据下载2

    #eSet 通常是一个包含多个数据集的对象，这些数据集可能来自一个生物实验。在这些数据集中，第一列数据可能是样本的标识符、组别、条件、处理方式等表型数据。...通过将 eSet 数据框中的第一列赋值给新的变量 eSet，可以方便地对这些数据进行后续的分析和处理。#上述代码提取表达矩阵，但是提取出来是0行，不存在。...这个函数通常与setNames()函数一起使用，后者为数据框的列设置名称。#phenoData的全称是表型数据。在生物信息学中，它通常指的是描述样本信息的临床数据，如年龄、性别、治疗手段等。...#.提取表达矩阵 read.delim函数用于读取以制表符为分隔符的文本文件，并将其解析为数据框（data frame）对象。它通常用于读取以 .txt 或 .tsv 格式保存的数据文件。...row.names 参数设置为 1，您可以指定数据框中的第一列作为行名。

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