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利用samtools将sam格式的文件与bam格式的文件进行相互转换

主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果 而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存 在进行下一步的转录本组装时要用到cufflinks软件,而...cufflinks只接受bam格式的文件作为输入,所以我们要把sam格式的文件转换为bam格式的文件以便进行下一步操作 samtools可以有效地帮我们解决这个问题 samtools view [-bhuHS...] [-t in.reList] [-o output] [-f repFlag] [-F skipFlag] [-q minMapQ] [-l library] [-r read] -b 以BAM格式输出...,可以用于samtools的后续分析 -u 以未压缩的BAM格式输出,可以节约时间,一般在管道执行时使用 -h 在结果中包含头header -H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头...,cufflinks还需要我们把转换后的bam格式文件进行排序 samtools sort aln.bam >aln.sorted_bam 建议使用tophat2+cufflinks的软件组合进行转录组的比对和分析

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    Linux对文件中的特殊字符进行替换(单个文件与多个文件替换)

    https://blog.csdn.net/xfg0218/article/details/80901752 echo "参数说明" echo -e "\t 把此脚本复制到带有特殊字符的文件夹下运行此脚本即可把全部文件进行替换...end_seconds-start_seconds))"s" # 退出脚本 exit 运行效果 [root@sggp ascii]# sh asciiReplaceScriptAll.sh 参数说明 把此脚本复制到带有特殊字符的文件夹下运行此脚本即可把全部文件进行替换...特殊字符查看表 # https://blog.csdn.net/xfg0218/article/details/80901752 echo "参数说明" echo -e "\t 此脚本会替换文件中的特殊字符...,第一个参数是带有特殊字符的文件" echo -e "\t 例如: sh asciiReplaceScriptSimple.sh asciiFile.log" echo # 对输入参数进行校验...[root@sggp ascii]# sh asciiReplaceScriptSimple.sh xiaoxu.sh 参数说明 此脚本会替换文件中的特殊字符,第一个参数是带有特殊字符的文件

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    MySQL 中不要拿字符串类型的字段直接与数字进行比较

    在进行数据清理的时候,需要对值为 0 的行进行清理,然后直接与数字 0 进行了对比,然后发现大部分的行都会被删除了,百思不得其解。...后来经过排查,发现在 MySQL 查询中,'abc' 和 '0' 比较结果显然是不等的,但如果 'abc' 和 0 比较呢?结果居然是相等的。...在 MySQL 官方文档中关于比较的章节中: Strings are automatically converted to numbers and numbers to strings as necessary...也就是说:在比较的时候,字符串和数字进行对比是可能会被转为数字的,具体来说: 对于数字开头的字符串来说,转为数字的结果就是截取前面的数字部分,比如 '123abc' 会被转换成 123。...---- 在对 WordPress postmeta 表或者其他 meta 表进行查询的时候,要特别注意的是:meta_value 字段的类型是 text,所以也不要直接和 0 进行对比,特别是不要直接拿这个逻辑对

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    (数据科学学习手札08)系统聚类法的Python源码实现(与Python,R自带方法进行比较)

    聚类分析是数据挖掘方法中应用非常广泛的一项,而聚类分析根据其大体方法的不同又分为系统聚类和快速聚类,其中系统聚类的优点是可以很直观的得到聚类数不同时具体类中包括了哪些样本,而Python和R中都有直接用来聚类分析的函数...一、仅使用numpy包进行系统聚类的实现: '''以重心法为距离选择方法搭建的系统聚类算法原型''' # @Feffery # @说明:目前仅支持维度为2,重心法的情况 import numpy as...= round(((flu_data[0,i]-flu_data[0,j])**2+(flu_data[1,i]-flu_data[1,j])**2)**0.5,4) '''将距离矩阵中的...与Scipy中系统聚类方法进行比较: '''与Scipy中自带的层次聚类方法进行比较''' import scipy.cluster.hierarchy as sch import numpy as np...与R自带系统聚类算法进行比较: > #系统聚类法的R实现 > rm(list=ls()) > a <- Sys.time() > price <- c(1.1,1.2,1.3,1.4,10,11,20,21,33,34

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    生物信息数据分析教程视频——13-3种R包(DESeq2、edgeR和limma)进行RNAseq的差异表达分析与比较

    ) source("H:/MedBioInfoCloud/analysis/TCGA/new/00-fun/del_dup_sample.R") ###差异分析的函数 source("H:/MedBioInfoCloud.../analysis/fun/countsDEAnalysis.R") ###火山图绘制函数 source("H:/MedBioInfoCloud/analysis/fun/plotDEGvolcanoFig.R...") ###TCGA数据库中33中癌症类型 project <- getGDCprojects()$project_id project <- project[grep("TCGA-",project)...vn_pcDEG,vn_lncRNA_DEG,file = paste0(opt_deg,"all-DEG-DESeq2-edgeR-limma.Rdata")) ###===========3种方法的差异分析结果比较...:该函数在前面文章【基于count数据的基因差异表达分析万能代码】中有提到,获取方式在最早的差异分析教程文章中获取【一文就会TCGA数据库基因表达差异分析】,现在分享一下这个函数。

    1.3K20

    实战语言模型~语料词典的生成

    也就是说首先要按照词频的顺序为每个词汇分配一个编号,然后将这些词汇表保存到一个独立的vocab文件中。...,比较什么由key决定; key:用列表元素的某个属性或函数进行作为关键字,有默认值,迭代集合中的一项; reverse:排序规则. reverse = True 降序 或者 reverse = False...下面是是对train样本中的单词进行替换: import codecs RAW_DATA = r"./data/ptb.train.txt"#原始的训练数据集文件 VOCAB = r"..../model/model_ptb_id/ptb.train.id"#将单词替换为单词编号后的输出文件 #读取词汇表,并建立词汇到单词编号的映射 with codecs.open(VOCAB,'r',"...(行数-1),因为ID从0开始; 将词汇表存放到一个vocab文件中; 替换文本单词 将文本转化为用单词编号的形式来表示; ?

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    Unix & Linux 大学教程 学习总结

    因此可以将程序的结构描述为,在一个进程之内,不止一个线程在同时进行。...(4)选择选项 28,文件简单操作 split 分割文件 tac 反转文本行顺序 rev 反转字符 colrm 删除指定的数据列,然后将剩余的数据写入标准输出 29,比较和抽取 cmp 逐字节地比较两个文件...) (1)从输入流中读取一行 (2)执行指定的命令,对该行进行必要的交换 (3)将该行写入到输出流中 number [,number] |/regex/ 对指定行进行操作或者包含特定字符串的行 5,10s...\>    匹配单词的结尾 [abc]    匹配abc中的任何字符 [^abc]    匹配不在abc中的任何字符 ()    组:视为一个单独的单元 |    匹配选择之一 \    引用:从字面上解释元字符...设备与驱动器) tmpfs    临时存储文件系统 37,目录操作 . .. ~ pushd popd dirs ls -CrR1F(C列,r字母表从大到小显示,R全部子目录,1文件名占一行,F带标志

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    基于内容的图像检索技术:从特征到检索

    由于词向量通常是很稀疏的,我们无需遍历目标库中的所有文件,因而可以通过建立倒排文件,对每个单词构建一个列表,列表中是所有包含当前单词的图像meta信息。...实际业务应用时,我们将二进制特征用作减小搜索空间的一种方式,采用多级查找方式,首先对查询图像与目标数据库中的图像的二进制特征进行汉明距离计算,选取top N距离对应的图像,然后再进行浮点向量间的距离计算...倒排文件通过聚类生成量化器,对原始特征进行量化,建立索引。量化操作可以过滤特征本身的噪声,使得相似的特征能够被匹配到,但是也会引入量化噪声。...最终返回的T个候选向量为u_i包含的向量和v_j包含的向量的交集。 ? 上述过程中,作者提出使用multi-sequence算法进行距离计算和比较。...1) 计算q与一阶码表S中各码字距离,返回top r最小距离和对应码字索引;时间复杂度为O(KD+KLogK) 2) 计算q与二级码表T中各码字距离,计算(6)中的最终距离;这个步骤返回一个rK大小的数组

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    周杰伦在唱什么?数据可视化告诉你!

    为了尽量完整地呈现从原始数据到可视化的过程,接下来我们会先简单讲解数据的预处理过程,即如何将 JSON 数据转化为Excel 格式,以及如何对周杰伦的歌曲进行分词。...若你希望跳过数据预处理的过程,也可以在《数据可视化设计指南:从数据到新知》一书的下载文件中,直接使用分好词的 Excel 文件进行可视化练习。...数据预处理指的是将原始数据处理成我们希望的格式,并提取出我们需要的信息。...换句话说,如果你有一个文档文件,也可以直接粘贴进微词云进行分词。 接下来我们用周杰伦的歌词文档来尝试一下。选择“分词筛词后导入”,然后将图1 的 .txt 格式的文档粘贴进微词云。...之后,我们可以在“配置”栏中编辑词云的显示方式。其中,“计算模式”指的是字体的大小是否严格与词频匹配,因此我们选择“严格比例”。另外,我们还可以更改文字的颜色,以及文字云中单词的数量等。

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    python3中的RE(正则表达式)-总

    1.引入正则模块(Regular Expression)     要使用python3中的RE则必须引入 re模块 import re #引入正则表达式 2.主要使用的方法 match(), 从左到右进行匹配...原始字符串raw, 先来看如下实例: ?     在上图中: 在给str赋值"\nabc"前加上"r"之后,python解释器会自动给str的值"\nabc"在加上一个"\".    ...使str在被打印的时候,能够保持原始字符串的值"\nabc"打印出来.     例二: (原始字符串在正则表达式中的应用) ?    ...假若没有原始自付出r,则我们就要进行如下的操作:  给pattern加上双倍的"\"以避免转义字符中减少"\".会比较麻烦 当我们使用r原始字符串时,就不必考虑字符串的转移问题,更易集中解决字符匹配问题...匹配分组 字符 功能 | 匹配左右任意一个表达式 (ab) 将括号中字符作为一个分组 \num 引用分组num匹配到的字符串 (?

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    预训练语言模型合辑~

    动态 Mask 原始的 BERT 在训练之前就把数据 Mask 了,然后在整个训练过程中都是保持数据不变的,称为 Static Mask。即同一个句子在整个训练过程中,Mask 掉的单词都是一样的。...RoBERTa 也对 batch 大小进行了实验,原始的 BERT 使用的 batch = 256,训练步数为 1M,这与 batch = 2K,训练步数 125K 的计算量是一样的,与 batch =...原始BERT模型使用[MASK] token进行掩蔽,但是[MASK] token在微调阶段从未出现,这会造成预训练任务与下游微调任务不一致;因此 MacBERT 使用类似的单词来掩蔽需要被掩蔽的单词。...类似的单词可以通过同义词工具包(Synonyms)获得,该工具包是基于word2vec相似度计算来获取同义词的。选择一个N-gram进行掩码时,该论文将分别找到相似的单词。...使用15%的百分比输入单词进行掩蔽,其中80%将替换为相似的单词,10%将替换为随机单词,剩下的10%将保留原始单词。

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    从零开始构建大语言模型(MEAP)

    最后,有趣的是,尽管原始的 transformer 模型明确设计用于语言翻译,但 GPT 模型——尽管其更大但更简单的架构旨在进行下一个单词的预测——也能够执行翻译任务。...的文本文件中,以便使用 Python 的标准文件读取实用程序加载: 列表 2.1 将短篇小说作为文本示例读入 Python with open("the-verdict.txt", "r", encoding...根据上述去标记化文本与原始输入文本的比较,我们知道埃迪斯·沃顿(Edith Wharton)的短篇小说The Verdict训练数据集中不包含单词“Hello”和“palace”。...[-0.4015, 0.9666, -1.1481]], grad_fn=) 如果我们将标记 ID 3 的嵌入向量与先前的嵌入矩阵进行比较,我们会看到它与第四行完全相同...嵌入将离散数据(如文字或图像)转换为连续的向量空间,使其与神经网络操作兼容。 作为第一步,原始文本被分解为标记,这些标记可以是单词或字符。然后,这些标记被转换为整数表示,称为标记 ID。

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    NAACL 2019 | ​注意力模仿:通过关注上下文来更好地嵌入单词

    我们将FCM的上下文嵌入替换为加权嵌入 其中 是Ci 中单词嵌入的平均值,α则是衡量上下文的可靠性。为了获得有意义的可靠性衡量标准,关键在于可靠的上下文通常与许多其他上下文表达一致。...为了更好的评估模型,我们应用了一种新的内在评估方法,该方法通过将嵌入空间转换为公共空间来对其进行比较(第4.1节)。...然后,我们将从原始语料库获得的skipgram嵌入与通过在降采样语料库上训练的某种模型学习的嵌入进行比较。使用VecMap将两个嵌入空间转换为一个公共空间, 我们提供除降采样词外的所有词作为映射字典。...4.3 实体输入 我们使用实体数据集,用于预测单词的细粒度命名实体类型,我们使用与第4.2节中相同的设置来训练逻辑回归模型,并对测试集中在WWC中出小于等于100次的所有单词进行评估。...使用Herbelot和Baroni(2017)的测试集,并使用FCM-ctx和AM-ctx将给定的相似度得分与相应单词嵌入的余弦相似度进行比较,以获取虚构单词的嵌入。

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    NAACL 2019 | ​注意力模仿:通过关注上下文来更好地嵌入单词

    我们将FCM的上下文嵌入替换为加权嵌入 ? 其中 ? 是Ci 中单词嵌入的平均值,α则是衡量上下文的可靠性。为了获得有意义的可靠性衡量标准,关键在于可靠的上下文通常与许多其他上下文表达一致。...为了更好的评估模型,我们应用了一种新的内在评估方法,该方法通过将嵌入空间转换为公共空间来对其进行比较(第4.1节)。...然后,我们将从原始语料库获得的skipgram嵌入与通过在降采样语料库上训练的某种模型学习的嵌入进行比较。使用VecMap将两个嵌入空间转换为一个公共空间, 我们提供除降采样词外的所有词作为映射字典。...我们还尝试了一种变体,将降采样后的单词放入训练集中,这样一来,该模型就可用完全从无到有地学习这些单词,而且还可以利用他们的原始嵌入。...使用Herbelot和Baroni(2017)的测试集,并使用FCM-ctx和AM-ctx将给定的相似度得分与相应单词嵌入的余弦相似度进行比较,以获取虚构单词的嵌入。

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    武汉大学提出:用于基于统一Aspect的情感分析的关系感知协作学习

    SC 目的是预测一个tag序列(和原始句子等长),其中分别表示每个单词的极性。...此外,一个单词不可以既是方面词又是情感词,因此加入了合页损失作为正则项来约束和 R2是SC和之间的三元关系。注意直接使用注意力权重来相加的,而不是在最后阶段。...R3是SC和OE之间的双向关系,这表明,在对情感极性进行预测时,需要对抽取出的观点术语多加关注。...为了建模R3,采用和R2同样的方式,也就是对SC中的利用生成的 tag序列进行更新,如下: 这样的话情感词在注意力机制中可以得到更大的权重,从而有利于情感分类。...最后将各层的最终预测结果进行平均池化的操作 这种shortcut-like的架构可以促进低层中的功能具有意义和信息量,反过来这也有助于高层做出更好的预测。

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    评论文本挖掘

    可视化和报告:将挖掘结果以图表、报告等形式呈现,以便用户更容易地理解和分析数据。 评论文本挖掘在各种应用场景中具有重要价值  市场调查:了解消费者对产品或服务的需求和期望,以便进行针对性的改进。...词干提取的目标是将单词还原到它们的基本形式,以便进行进一步的文本处理和分析。  词形还原 – Lemmatisation 将单词的各种形态转换回它们的基本形态或词典形式。...与词干提取不同,词形还原考虑了单词的语法和语义信息,以确保还原后的单词在语境中是正确的。...参数path是保存图片的路径和文件名。 render_embed(): 将词云图嵌入到HTML页面中。返回一个包含词云图的HTML代码字符串。...这个方法主要用于Jupyter Notebook中的交互式显示。 to_image(): 将词云图转换为PIL.Image对象。可以使用此方法将词云图保存为其他格式的图片文件。

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    Python过气,Hadoop凉了?零基础项目实战诠释何为经典

    本文将简单介绍 Hadoop 的基础知识、原理与运行机制,并且会从零开始搭建 Hadoop 本地模式,并基于 Python+Hadoop 实现单词统计功能。...(图1) 当我们向 Hadoop 写入一个大文件时,客户端首先会向 NameNode 服务器获取元数据信息,得到元数据信息后向相应的 DataNode 写入文件,Hadoop 框架会比较文件的大小与数据块的大小...,如果文件的大小小于数据块的大小,则文件不再切分,直接保存到相应的数据块中;如果文件的大小大于数据块的大小, Hadoop 框架则会将原来的大文件进行切分,形成若干数据块文件,并将这些数据块文件存储到相应的数据块中...map 阶段:map() 函数中的参数会以键值对的形式进行输入,经过 map() 函数的一系列并行处理后,将产生的中间结果输出到本地磁盘。...(图4) 原始数据以“(k, 原始数据行data)”的形式输入到 map 阶段,经过 map 阶段的 map() 函数一系列并行处理后,将中间结果数据以“{(k1, v1), (k1, v2)}”的形式输出到本地

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