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    使用fasterq-dump命令将sra格式数据转换为fastq格式遇到的问题

    从NCBI下载了一些转录组数据,这里用到的下载工具是kingfisher ,github的链接是 https://github.com/wwood/kingfisher-download 下载方法选的是...aws-http (下载速度超级快) 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra...想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器...github.com/ncbi/sra-tools/issues/463 大家的问题基本都是一样的 计算机集群,slurm这个命令提交系统 BeeGFS 这个存储系统 和我的硬件情况一样 没有找到解决办法...,如果没有下载就指定 SRR5187763 不带后缀名sra 文件下载好以后转换起来还是相当快的 大家如果遇到这个问题也可以试试这个替代方案

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    【BERT系列】—— 将Tensorflow格式的模型转换为Pytorch格式的模型

    以BERT为代表的预训练模型是目前NLP领域最火热的方向,但是Google发布的 BERT 是Tensorflow格式的,这让使用pytorch格式 程序猿 们很为难。...为解决这个问题,本篇以BERT为例,介绍将Tensorflow格式的模型转换为Pytorch格式的模型。 1....工具安装 [image.png] 使用工具为:Transformers(链接),该工具对常用的预训练模型进行封装,可以非常方便的使用 pytorch调用预训练模型。...模型转换 下载google的 BERT 模型; 使用如下命令进行转换: export BERT\_BASE\_DIR=/path/to/bert/uncased\_L-12\_H-768\_A-12 transformers...bert \ $BERT\_BASE\_DIR/bert\_model.ckpt \ $BERT\_BASE\_DIR/bert\_config.json \ $BERT\_BASE\_DIR

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    js 将json字符串转换为json对象的方法解析

    将json字符串转换为json对象的方法。...在数据传输过程中,json是以文本,即字符串的形式传递的,而JS操作的是JSON对象,所以,JSON对象和JSON字符串之间的相互转换是关键 例如: JSON字符串: var str1 = '{ "name...(); //由JSON字符串转换为JSON对象 或者 var obj = JSON.parse(str); //由JSON字符串转换为JSON对象 然后,就可以这样读取: Alert(obj.name)...例如: var last=obj.toJSONString(); //将JSON对象转化为JSON字符 或者 var last=JSON.stringify(obj); //将JSON对象转化为JSON...新版本的 JSON 修改了 API,将 JSON.stringify() 和 JSON.parse() 两个方法都注入到了 Javascript 的内建对象里面,前者变成了 Object.toJSONString

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    解决php无法将string转换为json的办法

    背景:最近在开发小程序(替客户做的),一个水印小程序,通过接口实现了去掉水印,原理很简单,但是由于目标解析的地址域名太多,用了域名通配后也是出现不在合法域名中的错误,于是只能用自己的服务器来进行一个踏板...,所以当数据回调后需要清洗数据出来给小程序用,在这里就出现了问题: $result=send_post('https://****.cn/video.php', $post_data); // $info...= json_decode(trim($result),true); $info=json_encode($result); echo gettype($info); 通过json_decode、json_encode...也无法转换为json,同样是string类型 解决办法: 去空trim() 解决代码: $result=send_post('https://*****/video.php', $post_data...); $info = json_decode(trim($result),true); echo gettype($info);

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    将读取的文本内容转换为特定格式

    1 问题 在完成小组作业的过程中,我们开发的“游客信息管理系统”中有一个“查询”功能,就是输入游客的姓名然后输出全部信息。要实现这个功能就需要从保存到外部的目录中读取文本并且复原成原来的形式。...2 方法 先定义一个读取文件的函数,将读取的内容返return出去 定义一个格式转化的函数,将转换完成的数据return出去。 通过实验、实践等证明提出的方法是有效的,是能够解决开头提出的问题。...read_file(filename): f = open(filename,encoding='utf-8') data=f.readlines() f.close()return data# 将文件转化成字典...new_dict[line[0]] = line[1] new_list.append(new_dict) return new_list 3 结语 针对将读取的文本内容转换为特定格式问题...,提出创建读取和转化函数的方法,通过代入系统中做实验,证明该方法是有效的,本文的方法在对已经是一种格式的文本没有办法更好地处理,只能处理纯文本,不能处理列表格式的文本,未来可以继续研究如何处理字典、列表等的格式

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    C#如何简单快速的解析复杂的JSON格式接口数据

    他说不会解析为C#对象,问能不能帮助一下他,教他一下以后如何碰到这类复杂的JSON格式都会进行解析。...二、提出问题 一般API接口都会有一个自己定义的标准的响应的数据格式,比如这位同学对接的API接口数据格式说明(如下图),从图中我们可以看到code节点和message节点是固定响应头,唯一变化的是data...二、分析问题 先来一个简单一点的JSON格式: 再来稍微一点复杂的JSON格式 如果接口字段少一点的话,我们还可以JSON节点通过手动进行Mapping映射为C#实体对象属性。...(记住一定要先复制自己想要转换的JSON格式字符串哦) 2、打开VS2019(其他低版本VS版本阿笨没测试,自己去试一下哦),找到【编辑】-【选择性粘贴】-【将JSON粘贴为类】 image.png...示例一:简单格式的JSO你字符串: 示例二:稍微复杂一点的字符串 示例三:Dictionary 转JSON字符串 示例四:数组[] 转JSON字符串 示例五:集合转

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    GDAL的java环境配置以及将shp转换为json

    概述: 前两天,有位同仁再问我一个问题,问题大概是介个样子的:打包shp数据位zip格式并上传,上传完成后再在web上展示出来。...这个需求,以前在Arcgis Online上见过,所以还是比较熟悉的,所以我就给他说:先将zip解压,再读取shp数据并将之转换为Geojson返回前台,并在web上展示出来。...同时,我想他请教了如何实现的转换,他告诉我说是GDAL实现的,并给了我关键代码,因为代码是C#的,所以,经过周末的折腾,在JAVA上实现了,在此分享给大家。...将GDAL下载完成后,将所有的dll文件复制到jdk的安装路径“C:\Program Files (x86)\Java\jdk1.7.0_17\jre\bin”下即可。...接着,将JDAL.jar文件添加到你的Java lib引用中去。 最后,代码实现。

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