参考链接 1、https://ggplot2.tidyverse.org/reference/sec_axis.html 2、https://www.r-graph-gallery.com/line-chart-dual-Y-axis-ggplot2...版本遇到的报错，没有找到解决办法，换成R4.1.0之后运行成功了 我将示例数据保存下来了，如果以上代码没有运行成功，可以在公众号获取数据，保存数据的代码 save(df_day,df_hour,df_normal...geom_segment()函数实现的 library(ggplot2) library(lubridate) 作图 ggplot() + theme_bw() + geom_segment(...yend = -30), size = 8, colour = gray(0.5)) 对x轴操作的代码...，添加双坐标轴的代码 ggplot() + theme_bw() + geom_segment(data = df_normal, aes(x = date,
gg.gap诞生记 “站长，小站工具qPCR在线分析功能非常好，但有些基因的表达量太高了，图做出来值非常大，能否想prism那样把y轴做个截断呢？”...面对的疑问，站长最开始并没有想到去开发一个R包解决。 ggplot2以及依赖它开发的包已经丰富，原以为在网络搜索一下肯定有解决方案，但谁曾想这样的需求真的没有找到完美的解决方案。...不管三七二一，画个草图先： 思路很简单，就是先按照y轴切，然后用cowplot去拼接。...一顿野路子代码操作，beta版出来了：gg1gap和gg2gap这两个包只能完成bar图y轴切割，而截断数最多也就只能两段。...小站VIP群中的树神（微信ID:一棵树）精通R包制作，为了让野路子出来的代码更完善，拉上树神一起干，不仅实现截取多个截断，还可以对任意ggplot2对象进行截断，再不断测试修补bug之后，gg.gap终于在今天这个有意义的日子正式上线
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...将ggplot2列入Depends会让你的包在被加载/测试的同时加载ggplot2。这会让其他想要使用你包的人通过::使用你的函数而无需加载它。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...plotrix包 利用gap.barplot()进进行绘制，将gap参数设置为90，420进行y轴截断，可加入参数axis.break()对截断形状进行修改。...),breakcol="black",style="slashuah")##在右侧Y轴把gap位置换成slash； ?...• 其他案例（官方里面的案例）：可将利用horiz=TRUE将图横着画。...ggplot2包 第二种方式是利用ggplot2进行绘制。首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。
本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...plotrix包 利用gap.barplot()进进行绘制，将gap参数设置为90，420进行y轴截断，可加入参数axis.break()对截断形状进行修改。...• 其他案例（官方里面的案例）：可将利用horiz=TRUE将图横着画。...ggplot2包 第二种方式是利用ggplot2进行绘制。首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。...参考资料： R语言作图——坐标轴截断画图 http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a4ee1ad0102x5at.html ggplot坐标轴截断 https://www.jianshu.com
01 — 如何理解formula中y~.和y~x:z的含义？ y~. 和 y~x:z 是一个简单的formula。~和 : 是formula中的运算符，但它们与通常理解的数学运算符存在一定的差距。...公式formula中“~”符号将模型的响应变量（在~左侧）和解释变量（在~右侧）联系起来。...以下是formula中其他一些运算符的含义： ~ ：~连接公式两侧，~的左侧是因变量，右侧是自变量。 + ：模型中不同的项用+分隔。注意R语言中默认表达式带常数项，因此估计 只需要写y~x。...对某一变量取对数，可以直接写log(y)~log(x)，这一表达式的含义就是估计 ；自然指数同样也可以直接表示为exp()；但如果想要表示加减乘除和平方之类，需要用到I()这个运算符。...y~x+w+z的含义： y~x+I(w+z)的含义： 可以发现，第二个公式将w+z作为一个整体估计这一变量的参数。
今天跟大家分享的是ggplot图表中的一类重要元素——线条。...不要觉得专门为线条写一章推送有点小题大做，其实线条对于图表而言，功不可没，即便是不起眼的网格、轴线、或者线条的粗线、线型、磅数等都将决定着你的图表品质。...R语言中ggplot函数系统中涉及到线条的地方有很多，最常见的场景就是我们做geom_line()（折线图）、geom_path（）(路径图),以及图表的绘图区（panel）、图表区、网格系统（grid...今天以一个折线图为例，简要说明ggplot函数中关于线条的主要参数及其效果。...以上依次使用的线条粗度值为1,2,3,4,5,6，大家可以通过图表感受到ggplot图表中线条的粗度变化规律。
今天跟大家分享ggplot图表系统中形状。 在ggplot函数系统中，形状是一类重要的映射属性，如同颜色一样，它可以被赋予给变量，当然也可以直接指定实际的形状类别。...ggplot函数的图层理念中，修改局部图层的元素，需要在局部图层内进行设定，这里需要在geom_point（）函数内部进行形状设定。 R绘图系统中存储着的形状符号多达25种： ?...你也可以通过将形状映射指定给一个分类变量，这样不同的形状将会作为分类标识： ggplot(mydata,aes(Company,Sale,group=Year,colour=Year))+geom_line...作用于单个图层的映射属性要放在对应图层中，（比如作用于线条的属性要放在geom_line()内，作用于形状的属性要放在geom_point()内）,作用于全局的属性要放在全局系统函数层内【ggplot（...（比如本例中同时作用于折线图和散点图的数据集、x轴y轴变量以及分组变量等） 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得的一些体会和心得，希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程中少走一些弯路，限于个人能力和水平
、|、-、+、x、o、O matplotlib坐标轴若显示中文，需要修改默认属性，rcParams将字体改为中文字体。这里的sans-serif表示非衬线字体将其值设为SimHei(中文黑体)。...：直方图颜色的透明度 直方图与柱形图相似但不同，直方图表示的是离散型数值的区间分布情况；更多关于直方图hist的教程请参考官方文档。...，如果sum(x)>1，会对sum(x)进行归一化操作。...需要手动将坐标轴负号设为False才能正常显示负号。 3. 效果演示 ? 六、polar()函数 1.函数功能 绘制雷达图（极线图） 2....,mec,capthick,capsize) x：数据点的水平位置 y：数据点的垂直位置 fmt：数据点的标记样式和数据点标记的连接线样式 xerr：x轴方向数据点的误差计算方法 yerr：y轴方向数据误差点的计算方法
1.初识 ggplot2 包 ggplot2 包提供了一套基于图层语法的绘图系统，它弥补了 R 基础绘图系统里的函数缺乏一致性的缺点，将 R 的绘图功能提升到了一个全新的境界。...我们首先来探索车重和耗油量的关系，将变量 wt 映射到 x 轴，变量 mpg 映射到 y 轴。...接下来我们将探索用 ggplot2 包绘制常用统计图形的方法。 2.分布的特征 在探索数据的过程中，最基本的手段就是观察单个变量的取值情况。对于连续型变量，可以绘制直方图或密度曲线图。...= …density…”用于设定 y 轴为频率（密度），stat_density( )是一种用于计算密度估计曲线的统计变换。...在 R 的应用中，可视化是一个非常活跃的领域，新的包层出不穷。网站 The R Graph Gallery 收集了各种新颖的图形以及相应的示例代码，值得对可视化感兴趣的读者关注。
以克拉(carat)数为X轴变量，价格(price)为Y轴变量。...p ggplot(data = small, mapping = aes(x = carat, y = price)) ##上面这行代码把数据映射XY坐标轴上，需要告诉ggplot2，这些数据要映射成什么样的几何对象...（cut为数据集中的一个分类性状）： p ggplot(data=small, mapping=aes(x=carat, y=price, shape=cut)) p+geom_point() #...我们可以用前面直方图的参数来画side-by-side的柱状图，填充颜色或者按比例画图，它们是高度一致的。...ggplot(small)+geom_boxplot(aes(x=cut, y=price,fill=color)) #geom_boxplot将数据映射到箱式图上，上面的代码，我们应该很熟悉了，按切工
4.6 ggplot2程序包 ggplot2是R中用于绘图的高级程序包，它将绘图视为一种映射—数学空问到图形元索空间的映射，例如将不同的数值映射为不同的颜色或其他图形属性。...=clarity))#定义的第一图层存储于p中 (2)几何对象 基本图层确定了数据源和映射后，通过加号(+)就可以不断地添加新图层.第二图层添加几何对象类的函数，在图中绘制图形元素其他类型的图形，如直方图...:position用于这一层图形的位置调整，常用于条形图(bar)和直方图，取值为“identity”时表示直接显示，" dodge”为按分类变量并列放置，" stack”为堆叠放置，"fill”显示相对比例...”) 生成文件后，默认在后台扫一开，所以查看图形文件前需要用dev.off()关闭文件 此外，程序包ggplot2中的函数ggsave()也用于保存图形，并且可以指定为不同的文件类型。...、名称及扩展名，文件路径也可以通过path设置;plot填写图形对象，默认为最后显示的图形:device指定要使用的设备，自动提取文件扩展名;scale为比例因子。
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 treeggplot-remove-na-factor-level-in-legend ggtree(tree_1)+ geom_tree(aes(color=group...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python
也正因其代表不同的图层，因此也可以利用新的图层对旧的图层进行叠加（或覆盖）。 先后顺序 但也正和图层的叠加一样，R中ggplot 的叠加也有先后顺序，后来的图层会覆盖在原来的图层上。...x,y 时，需要设定参数 stat ，其默认参数为 count （也正因此geom_bar 对应stat_count），它会计算出选择的对象在出现的频数作为y。...若希望显示出的不是频数，而是频率，则可以通过为y 赋值，将直方图计算出的统计结果重新映射给比例 ..prop.. 。...theme 中的参数，如通过rel函数将字体大小提升到1.5倍： ggplot(new_metadata) + geom_point(aes(x = age_in_days, y= samplemeans...练习题 6-2 #练习6-2 # 1.尝试写出下图的代码 # 数据是iris # X轴是Species # y轴是Sepal.Width # 图是箱线图 library(ggplot2) test =
⑤method="normalize"，模标准化，将数据除以每行或者每列的平方和的平方根(defaultMARGIN=1)，模标准化后每行、列的平方和为1（向量的模为1），也即在笛卡尔坐标系中到原点的欧氏距离为...R最常使用的作图函数为plot()，下面通过一个简单的例子来介绍R中图形构建方法： attach(mtcars) #加载R内置示例数据（这是一个数据框，可自己查看） plot(wt, mpg) abline..."/yaxt="n"：禁用x/y轴的刻度线 xlim：xlim=c(a,b)将x轴刻度范围限定在a到b ylim：ylim=c(a,b)将y轴刻度范围限定在a到b xaxs：控制x轴显示范围，默认为“r...（scale）：将数据的取值映射到图形空间 ggplot2中两个主要的作图函数为qplot()和ggplot()。...⑵直方图 在ggplot2中，geom_histogram()可以在图层上添加直方图，stat_density()可以在图层上添加密度曲线，我们使用ggplot内置的示例数据mpg做直方图，如下所示：
("text", x = 16.5, y = 52, label = "r^2==0.42"，parse=T)#这里是数学公式 *ggplot中的文本不能直接以表达式对象作为输入，其参数通常是字符串...如果宽度超过了响应的数据范围，那么它可能不是适合你数据的最好模型 #将密度曲线叠加到直方图上可以为观测值的理论分布和实际分布进行比较 #由于密度曲线独影的y轴坐标较小，如果将其叠加到未做任何变换的直方图上可能很难看清曲线...#还是要加上y=..density..这样会将直方图比例缩放致与密度曲线相同的高度，不会特别突兀 ggplot(birthwt_mod, aes(x = bwt, y = ..density..)) +...#与直方图类似，可以通过binwidth（）函数来控制折线图的组距 #或者通过设定每组组距将x轴分为特定数目的组 ggplot(faithful, aes(x = waiting)) + geom_freqpoly...A：设定binaxia='y'将数据点沿着y轴堆叠，并按照x轴对他们进行分组 ##binaxis='y' library(gcookbook) ggplot(heightweight, aes(x =
title() 添加标题 text() 添加文字 ggplot2 作图 ggplot2是与base r语言不同的作图语法，最少元素包括：指定数据、美学映射、几何对象 ggplot2...scale() 统计转换：数据的统计作图 stat() 坐标系统：数据的坐标转换 coord() 面：数据的作图排列 facet_() 主题：图形的背景、网格、轴、默认字体、大小等 theme...= 24) #形状 输出结果： ase() 常用属性： 属性 参数 颜色 color 大小 size 形状 shape 透明度 alpha 填充颜色 fill 点的形状与编号： 21-25分为边框与填充的颜色...))+ geom_smooth()+ geom_point() 输出结果： head(diamonds) #两种函数均可统计内置数据diamonds中cut列的重复次数 ggplot(data...) + geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop.., group = 1))#group = 1必选 # 直方图指定映射，按比例堆叠 ggplot
然而，图形语法的翻译在ggplot2中没有对应关系（它的作用是由内置的R功能发挥的）。...4.3.3.2 使用比例来改变几何图层的美学效果 从数据到美学属性的映射由比例函数控制，例如在4.3.2.1，轴中x-y位置的scale_y_continuous（）和scale_x_continuous...例如，在连续情况下，用刻度填充直方图或密度图；在离散情况下，比例用于填充直方图或条形图，或者在映射颜色、大小或形状时用于散点图。我们需要知道，映射到变量的美学属性取决于所使用的geom()函数。...4.3.3.3 使用坐标系统来调节和限制X轴和Y轴 坐标系的用途是在计算机屏幕上调整从坐标到二维平面的映射。在ggplot2中可用的不同坐标系中，笛卡尔坐标系和极坐标系是最常用的坐标系。...在这个公式中，我们可以看到使用**+运算符**将附加变量z加到y上。 使用facet_wrap(公式)将一大系列绘图分解为多个小绘图 wrap刻面将一系列大绘图生成单个类别的多个小绘图。
在之前的推送中，曾经有过一篇介绍excel图表辅助线的制作方法，其中用到的技巧五花八门、令人眼花缭乱。 而ggplot图表系统中的辅助线添加起来却异常简单，非常易于操作。...以上柱形图中，我们如果想要了解五个公司的销售额均值以及单个公司销售额与均值的对比情况，需要在图表中添加一条平均线。...以上通过geom_hline图层为柱形图添加了均值辅助线，但是大家一定好奇为啥均值线那么低，低于所有公司的销售额，因为均值是季度均值，而销售额是年度累计销售额。 接下来我们制作一个分季度的柱形图。...以上散点图没有很明显的分散趋势，不过为了演示散点图中的辅助线，我还是将散点像素画处理，给散点图加上均值十字线。...像素画处理之后，再加上均值十字线，你可以清晰地看到，数据分布形态中，左下角最为密集。 辅助线的另外一种常见的用途就是在时间序列数据中。
1.常用的可视化R包 图片 2.三种R包的作图函数 #作图分三类 #1.基础包 略显陈旧 了解一下 plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) text(6.5,4...) + stat_count(mapping = aes(x = cut)) ## 图片的横坐标为钻石切割质量，纵坐标为每个取值的格式。...") #5.2count改为prop，统计比例而不是具体数目，group参数表示分类统一比例 ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x...() ##jitter绘制抖动的点图 图片 # 6.2堆叠直方图 ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut,fill=clarity...geom_boxplot() + coord_flip() ##可以实现X轴，Y轴的转换 图片 #极坐标系coord_polar() bar ggplot(data = diamonds) +
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