我正在尝试使用Snakemake来读取大量的英文.txt文件，并在上面运行一个python脚本，但是当我运行它时，它似乎完全挂起了--我已经离开它很长一段时间了，没有任何响应，而实际的脚本只需要很少的时间就可以运行
浏览 15提问于2020-02-21得票数 1
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我正在使用一个相当大的snakemake文件来调用30个患者的突变。工作流程的第一步是对齐。我遇到的问题是，snakemake调度程序似乎首先为所有30名患者执行第一步(即对齐)。这反过来需要大量(临时)磁盘空间(>>10TB)。这是非常无效的，因为当工作流程完成时，一个患者只占用不到1 GB (仅vcf文件)。所以我的问题是，是否有一种方法可以“迫使”snakemake在开始对新患者进行比对(第一步)之前完成对一个患者的处理，同时仍然并行化所有事情。我<e
浏览 4提问于2021-04-30得票数 0
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在尝试运行snakemake时，我总是必须安装/下载conda。(snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.shCreating conda environment ..我注意到conda安装在.snakemake/文件夹中。
浏览 22提问于2022-02-25得票数 1
我正在寻找一种以编程方式关闭/退出/停止运行的snakemake工作流的方法--本质上使用在工作流中调用的python函数，但是可能会遇到一个无法恢复的错误，要求工作流停止以进行人工干预。该函数检查是否存在锁文件，以指定正在使用的核心和可用的核心。这些文件是作为basecaller的shell命令的一部分创建和删除的。使用资源，并行gpu作业的数量仅限于可用的核心数量。这是可行的，但我希望能够捕捉意外的问题，例如，一个gpu_lock文件被删除或不清理。我担心它不会清理不完整的文件等。
浏览 10提问于2022-10-11得票数 6
我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。in {1..3} structure.py -K $num --input=fileprefix --output=fileprefix
done 有多个以fileprefix开头的输入文件我的config和snakemake文件如下。当我只使用一个线程时，问题仍然存在
浏览 23提问于2019-01-29得票数 1
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每当我以奇异的方式使用snakemake并希望创建一个目录或文件时，如果我尝试在snakemake目录之外编写，就会遇到只读错误。hello.txt在snakemake目录中创建。但是，如果我的touch命令试图在snakemake目录之外创建一个文件： docker://some_image "touch /home/user/hello.
浏览 4提问于2022-06-21得票数 0
我目前正在编写一个snakemake管道，我想为此包括一个perl脚本。脚本不是由我编写的，而是从页面编写的。我以前从未使用过perl。当我运行这个程序时，我会收到以下错误：
无法打开perl脚本“./ script /filter_five_end.pl”：找不到这样的文件或目录根据我在研究过程中所了解到的，perl脚本的1行设置了perl可执行文件的路径。/scripts&#
浏览 12提问于2022-08-09得票数 5
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我刚开始使用snakemake，在snakemake中做映射时有一个简单的问题。我有一对_1.fastq.gz & _2.fastq.gz，我想为大约10对fastq.gz做对尾映射。所以我为这个写了一个snakemake文件。import osimport glob
(SAMPLES,READS,) = glob_wildcards("raw/{sample}_{read}.fastq.gzminiconda3/envs&
浏览 1提问于2019-05-23得票数 1
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我的数据文件夹包含三个文件: gene_list.txt、expression_JGI.txt、expression_UBC.txt。-c1 extract时，我会收到以下错误消息：rule all: "data/expression_JGI_subset.txt",
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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我在Snakemake中为那些没有多少编程知识的人编写了一个管道，所以我希望他们能够通过在命令行中请求snakemake all -c来运行整个管道。我的Snakefile中有两个配置文件：configfile: "config_samples.yaml"
这些配置文件将由Snakemake合并。config.yaml是标准配置文件。config_samples.yaml是一个配置文件<
浏览 7提问于2021-10-25得票数 1
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情况是，一开始我在本地机器上运行流水线很好，但提交到集群时失败了。在发布这个问题后，我发现snakemake的版本是3.13.3，所以我更新到了v5.7.3，然后我发现它在本地机器和集群上都失败了。Look above for error message也许我的snakam
浏览 103提问于2019-11-06得票数 0
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星型索引问题到步骤4
、、、
我试图用snakemake在管道上索引一个参考基因组，我制定了这样的规则： input: (one of the commands exited with non-zero
浏览 3提问于2021-04-20得票数 0
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我正在写一个snakemake管道，它做了很多对齐前后的质量控制。在流水线的末尾，我对这些QC结果运行multiQC。强制multiqc在最后运行的一种方法是将上述规则的所有输出文件包含在multiqc规则的input指令中，如下所示： rule a: output: "a.outputrule multiqc: output: "multiqc.output"
浏览 62提问于2021-06-24得票数 3
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关于snakemakeBuilding DAG of jobs...snakemake -n dagBuilding DAG of jobs...我的主要snake文件：wholeblood.smk文件：g_b
浏览 0提问于2019-05-23得票数 1
我的snakemake文件包含一个简单的规则： output: conda:当我使用命令snakemake -j 1 --use-conda --conda-frontend conda运行上面的snakemake文件时，我得到了ModuleNotFoundErrorEDIT2:我尝试</em
浏览 21提问于2022-11-17得票数 0
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我有大量的输入文件组织如下：├── set1/│ ├── file1_R2.fq.gz│我正在尝试生成一个snakemake工作流来读取所有这些，而我已经在第一条规则上失败了。dynamic()规则使用all函数，奇怪的是，它确实找到了文件，但仍然给出了这个错误：Dynamic output is deprecated i
浏览 8提问于2019-08-02得票数 3
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我是第一次接触Snakemake，我想知道在使用expand()时是否可以将可选的输出文件放入snakemake规则中。我正在使用bowtie2-build为我的参考基因组创建索引，但根据基因组大小的不同，bowtie2会创建具有不同扩展名的索引文件：.bt2用于小基因组，.bt21用于大基因组。"reference_genome"] "bowtie2-build {input} reference/{para
浏览 52提问于2021-10-05得票数 2
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当之前在流水线中创建的文件被删除时，SnakeMake似乎不认为这是一个问题，只要后面的文件还在： input: "testC1.txt", "testC2.txt"
rm testA*.txt testB*.txt testC*.txtecho "test2" >test2.txt
snakemak
浏览 1提问于2017-09-01得票数 9
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我希望将发送到snakemake命令的所有/大部分参数放在Snakemake文件中，并缩短命令行。而不是跑： snakemake
mem : "10000M"当我跑
浏览 4提问于2020-05-13得票数 0
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我有一个运行python脚本的Snakefile，它输出一个目录中的许多文件。$ snakemake --cluster "sbatch --job-name=snakemake" --jobs 200 --latency-wait 1000
当我执行以下命令时，一些文件不会运行，Snakemake也不会终止。我尝试编写一个包含上述snakemake命令的bash脚本，并执行了sbatch script.sh，但没有在Snakefi
浏览 8提问于2021-02-22得票数 0
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