尽管.bib文件，但在PDF R Markdown输出中没有参考书目

在PDF R Markdown输出中没有参考书目的问题可能是由于以下几个原因导致的：

1. 引用格式错误：在R Markdown中，引用参考文献需要使用BibTeX格式的.bib文件，并在文中使用[@引用标识符]的方式进行引用。请确保你的.bib文件中的引用标识符与文中的引用标识符一致，并且在文中正确地使用了引用标识符。
2. 缺少引用样式：在R Markdown中，需要指定一个引用样式来格式化参考文献的输出。你可以在YAML头部的bibliography字段中指定.bib文件的路径，并在csl字段中指定引用样式文件的路径。例如：

bibliography: references.bib
csl: apa.csl

请确保你的R Markdown文件中包含了正确的引用样式。

1. 缺少必要的插件或软件：在生成PDF输出时，需要确保你的系统中安装了相应的LaTeX发行版，并且已经安装了必要的插件和软件。如果你使用的是RStudio，可以尝试安装tinytex包来自动安装所需的LaTeX组件。

如果你已经确认了以上几点，但问题仍然存在，可能需要进一步检查你的.bib文件和R Markdown文件的格式是否正确，并确保你的环境配置正确。如果问题仍然无法解决，建议查阅R Markdown和相关工具的官方文档，或者在相关的技术社区中寻求帮助。