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Analytical Chemistry | 深度学习实现高分辨率LC-MS数据中的精确峰检测

液相色谱与质谱联用(LC-MS)是代谢组学中最受欢迎的分析平台之一。尽管基于LC-MS的代谢组学应用程序种类繁多以及分析硬件的发展,但是LC-MS数据的处理仍然遇到一些问题。最关键的瓶颈之一是原始数据处理,LC-MS原始数据通常由成千上万的原始MS质谱图组成;每个光谱都有其自己的序列号,并且该数目随保留时间(RT)的增加而增加。这些数据通常包含数千个信号,使得手动数据处理几乎变得不可能。当前用于自动LC-MS数据处理的流程通常包括以下步骤:(1)检测感兴趣区域(ROI);(2)检测色谱峰,然后对其进行积分;(3)所有样品的峰匹配(分组);(4)通过注释相应的加合物和碎片离子将属于同一代谢物的峰聚类为一组。

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Linked In微服务异常告警关联中的尖峰检测

LinkedIn 的技术栈由数千个不同的微服务以及它们之间相关联的复杂依赖项组成。当由于服务行为不当而导致生产中断时,找到造成中断的确切服务既具有挑战性又耗时。尽管每个服务在分布式基础架构中配置了多个警报,但在中断期间找到问题的真正根本原因就像大海捞针,即使使用了所有正确的仪器。这是因为客户端请求的关键路径中的每个服务都可能有多个活动警报。缺乏从这些不连贯的警报中获取有意义信息的适当机制通常会导致错误升级,从而导致问题解决时间增加。最重要的是,想象一下在半夜被 NOC 工程师吵醒,他们认为站点中断是由您的服务引起的,结果却意识到这是一次虚假升级,并非由您的服务引起。

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Nature子刊 | 使用非侵入式超高密度记录方法绘制大脑中央沟图谱

本文评估了使用带有镀金电极点的柔性印刷电路板(PCB)的超高密度脑电图(uHD EEG)系统。电极间距离为8.6mm,电极直径为5.9mm,电极密度高于市场上市售的脑电图系统。图1a描绘了标准化的电极定位系统。10-20系统中的21个标准位置是深灰色的。图1a还包括另外两个系统:10-10系统(标记为填充的浅灰色圆圈)和扩展的10-10系统(标记为浅灰色圆圈)。本文中的uHD脑电图系统由图1a中的小黑圈和图1b,c中的填充小黑圆圈表示。使用MATLAB(R2019b)的EEGLAB工具箱对收集到的数据进行预处理。我们采用平均去除法进行基线去除,并对0.5~40Hz的数据进行时域变换。用标记“1”分为“试验×通道×时间样本”格式。

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NeuXus开源工具:用于实时去除EEG-fMRI中的伪迹

摘要:同时获取脑电图和功能磁共振成像(EEG-fMRI)允许以高时间和空间分辨率对大脑的电生理和血流动力学进行互补研究。其中一个具有巨大潜力的应用是基于实时分析脑电图和功能磁共振成像信号进行目标脑活动的神经反馈训练。这依赖于实时减少严重伪迹对脑电图信号的影响,主要是梯度和脉冲伪迹。已经提出了一些方法来实现这个目的,但它们要么速度慢、依赖特定硬件、未公开或是专有软件。在这里,我们介绍了一种完全开源且公开可用的工具,用于同时进行脑电图和功能磁共振成像记录中的实时脑电图伪迹去除,它速度快且适用于任何硬件。我们的工具集成在Python工具包NeuXus中。我们在三个不同数据集上对NeuXus进行了基准测试,评估了伪迹功率减少和静息状态下背景信号保留、闭眼时α波带功率反应以及运动想象事件相关去同步化的能力。我们通过报告执行时间低于250毫秒证明了NeuXus的实时能力。总之,我们提供并验证了第一个完全开源且与硬件无关的解决方案,用于实时去除同时进行的脑电图和功能磁共振成像研究中的伪迹。

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使用Numpy和Opencv完成图像的基本数据分析(Part IV)

本文是使用python进行图像基本处理系列的第四部分,在本人之前的文章里介绍了一些非常基本的图像分析操作,见文章《使用Numpy和Opencv完成图像的基本数据分析Part I》、《使用Numpy和Opencv完成图像的基本数据分析 Part II》及《使用Numpy和Opencv完成图像的基本数据分析 Part III》,下面我们将继续介绍一些有关图像处理的好玩内容。 本文介绍的内容基本反映了我本人学习的图像处理课程中的内容,并不会加入任何工程项目中的图像处理内容,本文目的是尝试实现一些基本图像处理技术的基础知识,出于这个原因,本文继续使用 SciKit-Image,numpy数据包执行大多数的操作,此外,还会时不时的使用其他类型的工具库,比如图像处理中常用的OpenCV等: 本系列分为四个部分,分别为part I、part II、part III及part IV。刚开始想把这个系列分成两个部分,但由于内容丰富且各种处理操作获得的结果是令人着迷,因此不得不把它分成四个部分。系列所有的源代码地址:GitHub-Image-Processing-Python。现在,让我们开始吧!

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