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可以让深度学习编译器来指导算子优化吗

之前在阅读Ansor论文的时候(https://zhuanlan.zhihu.com/p/390783734)我就在想这样一个问题,既然Ansor是在人为指定的推导规则下启发式的生成高性能的Scheduler模板。那么这个算子生成的Scheduler模板是否可以反过来指导我们写程序呢?嗯,然后我就开启了这个实验,但最近因为工作的事情delay得厉害,终于在这个周末抽出时间来更新这个实验结果并且记录了这篇文章。由于笔者只对GEMM的优化熟悉,这里就以优化X86的GEMM为例子来探索。希望这篇文章能为你带来启发,文章所有的实验代码都放到了https://github.com/BBuf/tvm_learn ,感兴趣的可以点个star一起学习(学习TVM的4个月里,这个工程已经收到了快100star了,我很感激)。

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10X Cell Ranger ATAC 算法概述

执行此步骤是为了修复条形码(barcode,细胞的标识)中偶尔出现的测序错误,从而使片段与原始条形码相关联,从而提高数据质量。16bp条形码序列是从“I2”索引读取得到的。每个条形码序列都根据正确的条形码序列的“白名单”进行检查,并计算每个白名单条形码的频率。我们试图纠正不在白名单上的条形码,方法是找出所有白名单上的条形码,它们与观察到的序列之间的2个差异(汉明距离(Hamming distance)<= 2),并根据reads数据中条形码的丰度和不正确碱基的质量值对它们进行评分。如果在此模型中,未出现在白名单中的观察到的条形码有90%的概率是真实的条形码,则将其更正为白名单条形码。

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Nat. Methods | scBasset:基于DNA序列的单细胞ATAC-seq卷积神经网络建模

本文介绍由美国生物科技公司Calico Life Sciences的Han Yuan 和 David R. Kelley共同通讯发表在 Nature methods 的研究成果:单细胞ATAC-seq(scATAC)在研究表观遗传景观中的细胞异质性方面具有巨大前景,但由于数据高维性和稀疏性的特点,scATAC的分析仍然面临重大挑战。为此,作者提出了一种基于DNA序列的卷积神经网络方法(scBasset)来对scATAC数据进行建模。实验表明,通过利用可及性峰值下的DNA序列信息和神经网络模型的表达能力,scBasset在scATAC和单细胞多组数据集的各种任务中展现了最先进的性能,包括细胞类型识别、scATAC去噪、数据集成和转录因子活性推断。

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破译混合云架构的关键点:云数据传输

混合云架构融合了私有云和公有云,如何部署混合云已经成为IT圈里面最热门的话题之一。大部分数据中心团队都发现这种架构在技术上具有极大的挑战,这些挑战主要源于各种工具的不成熟和云产品的快速发展。 出于各种原因,IT团队需要将云资源同时分配在私有云和公有云上,从而产生了混合云。其中首要原因是云爆发。云爆发指应用运行在私有云或数据中心中,当私有云计算能力达到顶峰时按需加入公有云资源。除此之外还有经济原因,公有云能降低资源开销,同时也能降低维护成本。 解决峰值业务的访问 对企业来说,在公有云服务提供商(如亚马逊云服务

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Linked In微服务异常告警关联中的尖峰检测

LinkedIn 的技术栈由数千个不同的微服务以及它们之间相关联的复杂依赖项组成。当由于服务行为不当而导致生产中断时,找到造成中断的确切服务既具有挑战性又耗时。尽管每个服务在分布式基础架构中配置了多个警报,但在中断期间找到问题的真正根本原因就像大海捞针,即使使用了所有正确的仪器。这是因为客户端请求的关键路径中的每个服务都可能有多个活动警报。缺乏从这些不连贯的警报中获取有意义信息的适当机制通常会导致错误升级,从而导致问题解决时间增加。最重要的是,想象一下在半夜被 NOC 工程师吵醒,他们认为站点中断是由您的服务引起的,结果却意识到这是一次虚假升级,并非由您的服务引起。

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​以边为中心的时变功能脑网络及其在自闭症中的应用

大脑区域之间的相互作用随着时间的推移而变化,这可以用时变功能连接(tvFC)来描述。估计tvFC的常用方法使用滑动窗口,并提供有限的时间分辨率。另一种替代方法是使用最近提出的边中心方法,这种方法可以跟踪成对大脑区域之间共同波动模式的每时每刻变化。在这里,我们首先研究了边时间序列的动态特征,并将其与滑动窗口tvFC (sw-tvFC)中的动态特征进行了比较。然后,我们使用边时间序列来比较自闭症谱系障碍(ASD)受试者和健康对照组(CN)。我们的结果表明,相对于sw-tvFC,边时间序列捕获了快速和突发的网络水平波动,这些波动在观看电影期间同步。研究的第二部分的结果表明,在CN和ASD中,大脑区域集体共同波动的峰值振幅的大小(估计为边时间序列的平方根(RSS)是相似的。然而,相对于CN, ASD中RSS信号的波谷到波谷持续时间更长。此外,高振幅共波动的边比较表明,网络内边在CN中表现出更大的幅度波动。我们的研究结果表明,由边时间序列捕获的高振幅共波动提供了有关脑功能动力学中断的细节,这可能被用于开发新的精神障碍生物标志物。

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