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我正在尝试在我的Snakemake规则中使用奇点。当在本地运行我的Snakemake流水线时，这是预期的。然而，当我尝试使用sbatch提交到我的计算集群时，我遇到了错误。我想知道您是否有任何建议，关于如何将本地管道转换为可以在集群上工作的管道。提前谢谢你！导致错误的规则使用奇点来调用带有DeepVariant的变量：rule d
浏览 7提问于2020-02-04得票数 0
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我正在尝试将现有管道中的脚本绑定到我的snakemake管道中。我用奇点设置了码头管道，它可以工作。类似地，当我将完全相同的命令合并到我的Snakefile中时，它也能工作： input: "out_file.bam" "some_command.sh {inp
浏览 5提问于2020-05-17得票数 0
我正在尝试将Snakemake与奇异性结合起来，并且我注意到一个简单的awk命令在使用奇点时不再起作用。最后一行中的$1被bash取代，而不是被awk用作第一个字段。"test.txt" "cat /etc/passwd | awk -F':' '{{print $1}}' > {output}"
当我在没有奇点的情况下运行snakema
浏览 0提问于2018-06-21得票数 5
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考虑以下snakemake规则： singularity: ".-c1 --use-singularity的形式运行它时，它会出现一个错误，因为容器中没有路径中的python解释器。在奇点容器上运行"source /some/path/to/env.sh“命令？/ubuntu.sif /path/to/python --version >> tmp.txt
"&quo
浏览 0提问于2022-07-10得票数 0
我开始尝试在Snakemake中使用容器，我有一个问题，什么需要预先构建到容器中，什么不需要。\ }} 2>&1 | tee -a {log}我想运行bwa，在那里我有一个相当大的用户提供的参考(我也想使用ensemble-VEP，它有自己的大型参考数据库来处理)。我想我的问题可以归结为: Snakemake将哪些文件/位
浏览 9提问于2021-10-06得票数 4
对于snakemakev5.27+
有没有办法用指向本地镜像的容器指令来运行snakemake？例如，如果我将Docker容器存储在Dockerhub上，并且我在本地也有一个副本，当运行snakemake时，如果本地已经存在完全相同的副本，我不希望规则从DockerHub中拉出一个奇点镜像副本。
浏览 16提问于2021-01-10得票数 1
每当我以奇异的方式使用snakemake并希望创建一个目录或文件时，如果我尝试在snakemake目录之外编写，就会遇到只读错误。hello.txt在snakemake目录中创建。但是，如果我的touch命令试图在snakemake目录之外创建一个文件： docker://some_image "touch /home/user/hello.txt"
然后，我得到以下
浏览 4提问于2022-06-21得票数 0
我猜这是与引用相关的问题，因为singularity exec在这里添加了另一层引用，对吗？ 所以，我想我的问题是如何避免这种引用地狱-有什么想法？
浏览 14提问于2019-02-03得票数 0
我正在尝试使用带有docker图像的snakemake，但在docker卷上遇到了问题。不幸的是，没有关于如何使用'singularity-args‘来做这件事的细节。我的snakemake文件是： input: output:
touch('a/我正在尝试将我的主目录挂载到docker &
浏览 0提问于2019-09-17得票数 2
我有一个稍微奇怪的问题:考虑一下容器化工作流的情况，在这种情况下，使用单个奇异容器执行整个工作流。这仍然需要python可以在系统上调用snakemake --使用--奇异性，对吗？我能否只在容器中安装python、snakemake和奇异点并执行这对集群配置是否安全编辑:似乎根本不工作-我无法从另一个容器中得到奇异的蛇形.
浏览 1提问于2019-02-27得票数 1
我在和Snakemake建一条管道。一条规则涉及使用readr读取CSV文件的R脚本。Snakemake建议在Miniconda容器上使用Mambaforge，因为它更快，但我认为我的错误涉及Mambaforge，因为使用Miniconda解决了错误。下面是一个复制错误的工作流：singularity: "docker://condaforge/mambaforge"
input:@input[
浏览 4提问于2021-06-21得票数 2
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我正在尝试在一个docker容器中运行一个snakemake命令。我使用命令snakemake -j all --use-singularity --verbose，但它在Pulling singularity image [image]上挂起。\ --recursive但正如我所说的，我是否需要将docker镜像重新配置为奇点镜像？
浏览 0提问于2021-01-01得票数 0
让我们有一个简单的蛇形文件，如 input: "plots/dataset2.pdf"docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2" "somecommand {input} {output}"
如果我很好地理解了，当我运行snakemake--use-sing
浏览 1提问于2018-10-10得票数 6
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TLDR I得到以下错误：
“如果包装器的构建器不是非常小心，那么依赖主机库的</e
浏览 5提问于2020-09-21得票数 1
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我在我的snakemake工作流中执行R脚本时遇到了一些问题。我的个人.Rprofile似乎是在R脚本中加载的。该作业在一个奇点容器内运行，问题是我在R配置文件中自动加载了一些没有安装在容器中的包。当然，我可以通过编辑我的R配置文件来解决这个问题，但其他所有想要使用管道的人都必须这样做，这是我不喜欢的。有没有人知道如何解决这个问题？
谢谢!
浏览 6提问于2018-09-17得票数 4
我有一个管道，它使用全局奇点图像和基于规则的conda包装器。现在我需要学习如何。在官方文件链接中，它说：
最小可重现性示例：# Files
REF_GENOME:
浏览 8提问于2020-09-24得票数 0
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我相信这可以通过from snakemake import something等通过他们的api来实现。我如何实现这一点？一般说来，我们如何通过Snakefile中的api为snakemake提供选项/参数？
浏览 0提问于2020-02-20得票数 0
3回答
我目前正在研究奇点和docker。我正在为MPI环境运行奇点。
我想为MPI使用奇点的优点，但是奇点文件非常大。因此，在运行奇点图像后，我想将其转换为docker图像，然后保存它，这将节省磁盘空间。这有可能将奇点图像转换为docker图像吗？
浏览 2提问于2020-02-28得票数 2
1回答
不幸的是，由于奇点的原因，stargazer拒绝创建表。由于这些奇点来自多个层次的重叠因素，因此它们很难避免。这就是为什么我在寻找替代解决方案的原因。下面是一个有效的示例：library(stargazer)dat<-data.frame(one=c(sample(1000:1239
浏览 3提问于2012-11-28得票数 1
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