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读取GEO数据库的单细胞转录组表达矩阵文本文件的一种方式

AUCell包的AUCell_calcAUC函数计算每个细胞的每个基因集的活性程度 发现AUCell包使用了 GSE60361 数据集的单细胞转录组表达矩阵,是直接读取文本文件文件,代码具有学习价值,值得反复分享...最后读入的表达矩阵被整理好了,是小鼠的约2万个基因的3千多个细胞的表达矩阵,如下所示: > dim(exprMatrix) [1] 19972 3005 > > exprMatrix[1:5,1:4]...0 0 Cldn12 1 1 1 0 总有人问GEO表达矩阵如何下载如何读取...Linux(2019更新版)》 把R的知识点路线图搞定,如下: 了解常量和变量概念 加减乘除等运算(计算器) 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子) 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表) 文件读取和写出...第2阶段:做到文本文件的表格化处理,类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余,查找,切割,替换,合并,补齐,熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。

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伴随矩阵求逆矩阵(已知A的伴随矩阵求A的逆矩阵)

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 在之前的文章《线性代数之矩阵》中已经介绍了一些关于矩阵的基本概念,本篇文章主要就求解逆矩阵进行进一步总结。...=0,我们就称A为非奇异矩阵。奇异矩阵是没有逆矩阵的。...最后我想说的是我本来想求逆矩阵的,不凑巧找了个奇异矩阵,饶恕我吧:( 伴随矩阵 Adjugate Matrix 伴随矩阵是将matrix of cofactors进行转置(transpose)之后得到的矩阵...[3,2] 由于本篇文章的例子A是一个奇异矩阵,因此没有逆矩阵,但如果是非奇异矩阵,我们则可以按照之前的公式求得逆矩阵。...逆矩阵计算 初等变换 求解逆矩阵除了上面的方法外,还可以用更加直观的方法进行求解,这就是初等变换,其原理就是根据A乘以A的逆等于单位矩阵I这个原理,感兴趣的同学可以看参考链接中的视频。

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    算法系列-----矩阵(三)-------------矩阵的子矩阵

    矩阵的子矩阵 注意矩阵的下标是从 0开始的到n-1和m-1 获取某一列的子矩阵: /** * 矩阵的子矩阵函数 * * @param args *...参数a是个浮点型(double)的二维数组,n是去掉的列号 * @return 返回值是一个浮点型二维数组(矩阵去掉第n列后的矩阵) */ public static double[][] zjz...: /** * 矩阵的子矩阵函数 * * @param args * 参数a是个浮点型(double)的二维数组,place是去掉的行号 * @return...double)的二维数组,m是要去掉的行号,n是去掉的列号 * @return 返回值是一个浮点型二维数组(矩阵去掉第m行和n列后的矩阵) */ public static double[][...----- 3.0 2.0 4.0 矩阵的子矩阵 -------------------------------- 1.0 3.0 矩阵的子矩阵 -------------------------

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    矩阵运算_逆矩阵的运算

    ,先计算好所要某种变换所需要的元素填写入矩阵,然后逐一将模型的所有顶点和矩阵相乘就可以将模型的所有顶点按所希望的变换为新的坐标(除非矩阵元素设置错误),这里可以看出,矩阵中的每个数据(元素)是至关重要的...单位矩阵 有一种特殊的矩阵,由左上右下的元素组成的对角线,如果之上的所有元素都为1,且其它为0,该矩阵则称为单位矩阵,任何顶点与单位矩阵相乘的结果等于该顶点的原始坐标,即不发生任何变换。...,比如先画了一辆汽车的车身,然后根据汽车的当前位置绘制车轮,就必须保持原先的矩阵,相对汽车的位置进行变换,而有时却要从原点开始计算,所以矩阵的管理是通过一系列的矩阵函数操作的,最常用的是矩阵堆栈的操作,...矩阵的乘积不可逆的,即MN不等于NM,因此在安排变换时要注意顺序,另外,在顶点与复合矩阵相乘的结果是与矩阵合并顺序相反的。...矩阵相乘的计算公式分解: 复合矩阵计算方式为,将左边的矩阵M的每个行元素与右边矩阵N的每列元素进行点乘运算就是新矩阵C的对应的元素。

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    机器学习中的矩阵向量求导(五) 矩阵对矩阵的求导

    本文我们就讨论下之前没有涉及到的矩阵对矩阵的求导,还有矩阵对向量,向量对矩阵求导这几种形式的求导方法。     ...矩阵对矩阵求导的定义     假设我们有一个$p \times q$的矩阵$F$要对$m \times n$的矩阵$X$求导,那么根据我们第一篇求导的定义,矩阵$F$中的$pq$个值要对矩阵$X$中的$...目前主流的矩阵对矩阵求导定义是对矩阵先做向量化,然后再使用向量对向量的求导。而这里的向量化一般是使用列向量化。...最终求导的结果,这里我们使用分母布局,得到的是一个$mn \times pq$的矩阵。 2. 矩阵对矩阵求导的微分法     按第一节的向量化的矩阵对矩阵求导有什么好处呢?...矩阵对矩阵求导小结     由于矩阵对矩阵求导的结果包含克罗内克积,因此和之前我们讲到的其他类型的矩阵求导很不同,在机器学习算法优化中中,我们一般不在推导的时候使用矩阵对矩阵的求导,除非只是做定性的分析

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    常用矩阵范数_矩阵相减的范数

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。...(1)矩阵的核范数:矩阵的奇异值(将矩阵svd分解)之和,这个范数可以用来低秩表示(因为最小化核范数,相当于最小化矩阵的秩——低秩); (2)矩阵的L0范数:矩阵的非0元素的个数,通常用它来表示稀疏,L0...(3)矩阵的L1范数:矩阵中的每个元素绝对值之和,它是L0范数的最优凸近似,因此它也可以近似表示稀疏; (4)矩阵的F范数:矩阵的各个元素平方之和再开平方根,它通常也叫做矩阵的L2范数,它的有点在它是一个凸函数...,可以求导求解,易于计算; (5)矩阵的L2,1范数:矩阵先以每一列为单位,求每一列的F范数(也可认为是向量的2范数),然后再将得到的结果求L1范数(也可认为是向量的1范数),很容易看出它是介于L1和L2...之间的一种范数 版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。

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    矩阵分析(十四)矩阵的广义逆

    矩阵的广义逆 若A\in \mathbb{C}^{n\times n},且A为可逆矩阵,则有 AA^{-1}A=A A^{-1}AA^{-1}=A^{-1} (AA^{-1})^H=AA^{-1} (A...=X (AX)^H=AX (XA)^H=XA 满足Penrose方程中一个或多个的X\in \mathbb{C}^{n\times m}称为A的一种广义逆矩阵。...最广泛的广义逆矩阵有以下两个 仅满足条件1的广义逆矩阵称为减号逆,记为A^{-} 满足条件1,2,3,4的广义逆矩阵称为加号逆,记为A^+ ---- 矩阵的减号逆 (减号逆存在性定理)A\in \mathbb...$A^{-}$的求法 对rank(A)=r的矩阵A,做增广矩阵\begin{bmatrix}A & E_m\\ E_n & 0 \end{bmatrix}A化为最简形,得到\left[\begin{array...R(A)=C^m m \leqslant n, \; rank(A)=m,即A是行满秩的 AA^H可逆 ---- 矩阵的加号逆 定义:对于矩阵A \in \mathbb{C}^{m \times n},

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    Python 读取文本文件的内容

    如果数据的数据量比较大、数据类型繁多且要求便于搜索,我们一般会选择存储到数据库中。如果数据内容只是一些的文本信息,我们可以将数据存储到 TXT 、JSON、CSV 等文本文件中。...类似存储小说、日志内容等场景,一般是将内容存储到文本文件中。数据已经存储到 txt 文件中,那该如何读取了?本文的主要内容是讲解如何读取文本文件的内容。...文本文件就好比一个存储水的水池,数据就类似水。从文本文件中读取数据好比让水池排水。在这过程中,我们需要一条“管道”才能从读取到数据。在 Python 语言中,open() 函数就是这样的“管道”。...这里推荐使用 with 语句,其内部已经实现异常处理相关的逻辑。另外还有一个好处,我们还可以不用调用 close() 函数来关闭文件。...但随着文本的增大,占用内存会越来越多。一般读取配置文件,可以使用这种方法。

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    FileReader类读取文本文件的内容,FileWriter类把内容写入到文本文件

    前言 本文主要学习FileReader类读取文本文件的内容,FileWriter类把内容写入到文本文件,实现在FileWriter类中实现文本文件末尾追加数据。接下来小编带大家一起来学习!...1.在学FileOutStream的时候,如果在指定文本文件不存在,它就会自动创建文本文件,再写入数据。这个FileOutStream和FileWriter是一样的。...如果文本文件存在的话,先清空文本文件的内容后再进行写入。想实现文本末尾追加数据去调用重载的构造方法就可以了。...FileReader类介绍了它的构造方法和方法,通过FileReader类来实现读取文本文件的内容例子帮助理解它的用法。...FileWriter类介绍了它的构造方法和方法,通过FileWriter类实现写文本文件写入内容,实现在FileWriter类中实现文本文件末尾追加数据去调用重载的构造方法就可以了。

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    用c++实现矩阵的运算以及用矩阵的方式输出矩阵

    参考链接: 通过将矩阵传递给函数的C++程序将两个矩阵相乘 任务需求:需要写一个矩阵的四则运算的小demo,通过重载运算符来实现。 ...需要实现:   matrix的构造函数 动态开辟空间,实现添加矩阵。  析构函数 释放动态开辟的空间,防止内存泄露。 ...重载“+ - * /”运算符  为了方便输出 顺便实现 << 运算符   矩阵运算规则  百度到的运算规则  简单来说一下吧:  加减法 同型矩阵,对应位置相加减。 数乘 分别于矩阵中的每一位相乘。...矩阵乘矩阵(点积) 文字表示:   (1) 行数与(左矩阵)A相同,列数与(右矩阵)B相同,即.   (2) C的第行第列的元素由A的第行元素与B的第列元素对应相乘,再取乘积之和....图说话:   难点  多维矩阵的存储 为了方便实现,采用一维数组的存储方式,将多维数组按照一定的规律存储为一维。 可以通过偏移的方式找到其他的元素,但是这里没有必要。

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    算法系列-----矩阵(四)-------------矩阵的乘法

    乘数矩阵:也可以叫矩阵的乘数 就是说这个乘数是表示缩放这个矩阵 Xn[] /** * 矩阵乘数的函数 * * @param args * 参数a是个浮点型...; for (int i = 0; i < hang; i++) { result[i] = a[i] * b; } return result; } 行向量乘以列向量: 他们的结果作为向量乘法结果矩阵的某一个元素...: /** * 矩阵相乘的函数 * * @param args * 参数a,b是两个浮点型(double)的二维数组 * @return 返回值是一个浮点型二维数组...k++) { sum += a[i][k] * b[k][j]; } result[i][j] = sum; } } return result; } 二维矩阵和一维矩阵的相乘...-------------------------------- 23.0 16.010.0 矩阵相乘有个麻烦的事就是可能会遇到参数类型的影响,需要重载多次,各位还是自己写把,我这里把参数类型都写为

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