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    R语言之中文分词:实例

    #调入分词的库 library("rJava") library("Rwordseg") #调入绘制词云的库 library("RColorBrewer") library("wordcloud")     #读入数据(特别注意,read.csv竟然可以读取txt的文本) myfile<-read.csv(file.choose(),header=FALSE) #预处理,这步可以将读入的文本转换为可以分词的字符,没有这步不能分词 myfile.res <- myfile[myfile!=" "]     #分词,并将分词结果转换为向量 myfile.words <- unlist(lapply(X = myfile.res,FUN = segmentCN)) #剔除URL等各种不需要的字符,还需要删除什么特殊的字符可以依样画葫芦在下面增加gsub的语句 myfile.words <- gsub(pattern="http:[a-zA-Z\\/\\.0-9]+","",myfile.words) myfile.words <- gsub("\n","",myfile.words) myfile.words <- gsub(" ","",myfile.words) #去掉停用词 data_stw=read.table(file=file.choose(),colClasses="character") stopwords_CN=c(NULL) for(i in 1:dim(data_stw)[1]){ stopwords_CN=c(stopwords_CN,data_stw[i,1]) } for(j in 1:length(stopwords_CN)){ myfile.words <- subset(myfile.words,myfile.words!=stopwords_CN[j]) } #过滤掉1个字的词 myfile.words <- subset(myfile.words, nchar(as.character(myfile.words))>1) #统计词频 myfile.freq <- table(unlist(myfile.words)) myfile.freq <- rev(sort(myfile.freq)) #myfile.freq <- data.frame(word=names(myfile.freq),freq=myfile.freq); #按词频过滤词,过滤掉只出现过一次的词,这里可以根据需要调整过滤的词频数 #特别提示:此处注意myfile.freq$Freq大小写 myfile.freq2=subset(myfile.freq, myfile.freq$Freq>=10)     #绘制词云 #设置一个颜色系: mycolors <- brewer.pal(8,"Dark2") #设置字体 windowsFonts(myFont=windowsFont("微软雅黑")) #画图 wordcloud(myfile.freq2$word,myfile.freq2$Freq,min.freq=10,max.words=Inf,random.order=FALSE, random.color=FALSE,colors=mycolors,family="myFont")

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    基于R语言利用NMF(非负矩阵分解)替代层次聚类进行肿瘤分型

    随着芯片和测序水平的发展,使得我们研究所有基因在整个基因组里的表达情况成为了可能。合理地利用和解释这些数据,能够帮助我们探索相关的生物过程和人类疾病的机制。目前已经有一些软件或方法,可以将具有相似表达模式的基因或者样本进行聚类,但是都有自身的限制。NMF包基于非负矩阵分解(non-negative matrix factorization,以下简称NMF)方法,提取基因表达矩阵内数据的生物相关系数,通过对基因和样本进行组织,抓住数据的内部结构特征,从而对样本进行分组,目前在疾病分型方面受到广泛应用。我前面已经介绍过了NMF的基本原理【NMF(非负矩阵分解)的算法原理】,这里我介绍R语言实现NMF。下面是一篇今年刚发的一篇纯生信的分析文章,用的就是NMF这个方法来对肿瘤进行分型。影响因子为4.8。

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