首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

J. Chem. Inf. Model. | 双通道异构图神经网络用于预测microRNA调控的药物敏感性

今天为大家介绍的是来自Hui Liu团队的一篇关于预测miRNA和药物关系的论文。许多研究已经确认microRNA(miRNA)在肿瘤细胞对抗癌药物的敏感性中起到调节作用。miRNA作为一种有前景的治疗靶点,正在逐渐受到关注,以克服药物抵抗。然而,对于miRNA与药物敏感性之间的关联的计算预测受到了有限的关注。在这项工作中,作者提出了一种基于异构网络的表示学习方法来预测miRNA药物敏感性关联(DGNNMDA)。通过整合miRNA相似性网络、药物相似性网络和实验证实的miRNA药物敏感性关联,构建了一个miRNA-药物异构网络。接下来,作者开发了一个双通道异构图神经网络模型,在同质和异质节点之间执行特征传播,以便使方法可以学习miRNA和药物节点的表达表示。

04

Drug Discov. Today | 生物信息学资源支持蛋白质-蛋白质相互作用的药物靶标发现

今天为大家介绍的是来自杨光富团队的一篇论文。蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)对于多种细胞性过程至关重要,为药物靶点发现提供了一个有前景的途径。PPIs的特征是多层次的复杂性:在蛋白质层面,可以利用相互作用网络来识别潜在的靶点;而在残基层面,可以利用单个PPIs的相互作用细节来检查一个靶点的可药性。在通过多层次PPI相关的计算方法进行靶点发现方面,已经取得了巨大的进展,但这些资源尚未得到充分讨论。在这里,作者系统地调查了用于识别和评估潜在药物靶点的生物信息学工具,检查它们的特性、限制和应用。这项工作将帮助将更广泛的蛋白质到网络的上下文与详细的结合机制分析相结合,以支持药物靶点的发现。

01

Nat. Med. | 基于深度学习的蛋白质-蛋白质相互作用分析预测SARS-CoV-2的传染性与变异进化

今天我们介绍由北京邮电大学网络与交换技术国家重点实验室的王光宇等学者发表在Nature Medicine上的工作。该工作介绍了一个基于人工智能框架UniBind,该框架利用深度学习和蛋白质结构分析来预测SARS-CoV-2的刺突蛋白突变的影响。该工作强调了在病毒宿主相互作用和新的SARS-CoV-2变体出现中理解蛋白质相互作用的重要性。UniBind整合了蛋白质三维结构和结合亲和力数据,预测了刺突蛋白突变如何影响其与人类ACE2受体和中和抗体的结合亲和力。该框架在基准数据集上进行了测试,并通过实验证实了其有效性。UniBind还能够有效预测刺突蛋白变体对结合亲和力的影响,并可以应用于预测宿主对SARS-CoV-2变体的易感性和未来病毒变体的进化趋势。该工作强调了UniBind作为问题变体的预警系统的潜力,以及其促进蛋白质相互作用研究的能力。总体而言,UniBind使用异质数据集提供了全面且高容量的蛋白质相互作用分析,有助于人类理解SARS-CoV-2的感染性和变体进化。

03

系统架构师论文-论异构数据库的集成

本文讨论了某数据集市项目的数据集成方法与过程。该系统在2008年12月启动,在2009年5月正式上线使用。该系统是以oracle系统为主要的数据库,同时集成DB2系统中的数据。每天的话费清单系在DB2数据库中存储,通过E71调度程IWEDB2中的数据进行汇总并把结果写入到ORACLE数据仓库中。本文首先讨论了建立数据集市项目异构数据库的两个数据库系统的背景以及用户対该项目的需求。接着讨论了使用Perl技术来集成两个数据库中的业务逻辑的过程,并说明了该技术在集成过程中出现的问题,如:数据分层,E71调度程序改造,以及参数化SQL处理等问题。最后讨论了该集成方法的优点和缺点,并対改进该项目提出了优化Perl技术的设想。在本次的项目开发过程中,我主要担任了系统分析与设计的工作。

01
领券