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    Commun. Biol. | BrainTACO: 一个可探索的多尺度多模态大脑转录组和连接性数据资源

    今天为大家介绍的是来自Katja Buhler团队的一篇论文。探索基因与大脑回路之间的关系,可以通过联合分析来自3D成像数据、解剖数据以及不同尺度、分辨率和模态的大脑网络的异构数据集来加速。为了超越各个资源原始目的的单一视角而生成一个综合视图,需要将这些数据融合到一个共同的空间,并通过可视化手段弥合不同尺度之间的差距。然而,尽管数据集不断扩展,但目前很少有平台能够整合和探索这种异构数据。为此,作者推出了BrainTACO(Brain Transcriptomic And Connectivity Data,大脑转录组和连接性数据)资源,这是一个将异构的、多尺度的神经生物学数据空间映射到一个常见的、分层的参考空间,并通过整体数据整合方案进行组合的选择。为了访问BrainTACO,作者扩展了BrainTrawler,这是一个基于网络的空间神经生物学数据的可视化分析框架,并增加了对多个资源的比较可视化。这使得大脑网络的基因表达分析有着前所未有的覆盖范围,并允许识别在小鼠和人类中可能对连接性发现有贡献的潜在遗传驱动因素,这有助于发现失调连接表型。因此,BrainTACO减少了计算分析中通常需要的耗时的手动数据聚合,并通过直接利用数据而不是准备数据来支持神经科学家。BrainTrawler,包括BrainTACO资源,可以通过网址https://braintrawler.vrvis.at/访问到。

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    存储虚拟化想法好!但改造传统系统能力仍受质疑

    传统存储解决方案的弊病很多,这些弊病多由异构存储和SAN孤岛造成。异构存储是说在企业IT系统中,存储设备往往来自不同供应商。不同的供应商意味着不同的底层架构、不同的管理界面、功能、性能以及运维升级的操作都会有很大的差别。如果客户需要对存储系统进行升级,就必须要找到相应的供应商进行操作,这样一来,企业很容易被一家或者几家供应商所绑架。 此外,例如,为了将数据从一家厂商的存储阵列移植到另一家厂商的存储阵列,客户可能需要获得专业化服务,而这些服务需要额外的高昂费用,增加企业的IT运维成本。另一方面,多种存储系统共

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    iScience | 大规模表征学习寻找分子间相互作用

    今天给大家介绍的文章是“Learning Representations to Predict Intermolecular Interactions on Large-Scale Heterogeneous Molecular Association Network”,这篇文章是中国科学院新疆理化技术研究所尤著宏教授团队的研究成果。作者整合了miRNAs、lncRNAs、circRNAs、mRNAs、蛋白质、药物、微生物、复杂疾病之间的综合关联,形成异质性分子关联网络,并提出了一种预测分子间相互作用的机器学习方法——MMI-Pred。具体的说,提出了一种充分利用生物分子的网络行为的网络嵌入模型,并计算了生物分子的属性特征。然后,结合这些鉴别特征来训练一个随机森林分类器来预测分子间的相互作用。实验表明,这个方法可以很好地推断各种分子组成之间的复杂关联。

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