建立本地仓库 hg init 3. 添加、删除、重命名文件 hg add xxx.v hg remove xxx.v hg rename xxx.v yyy.v 4....本地提交 hg commit -m "add/remove xxx function" Tips： 只想提交部分文件时，可以在commit后指定文件名，如：hg ci -m "xxx" test.v 与...与远程仓库同步 hg pull # 远程->本地 hg push # 本地->远程 Tips： 当只想部分更新时（仅更新到指定版本），可以加参数-r REV，例如：hg pull -r 205。...查看与远端服务器的差别 hg incoming # 只是看差别，不真正pull hg outgoing # 只是看差别，不真正push Tips： hg incoming -v用来查看远端改了哪些文件...查看更新记录 hg tip # 查看最新一次的提交 hg log -r # 版本号 hg log -l 2 # 只看最新的两个版本 hg log -v # 查看更新了哪些文件
如果你的 zip 程序报告该 zip 文件被损坏，可以更改它，或在 http://hg.secdev.org/scapy/archive/tip.zip 下载一个不可执行的 zip 文件。.../scapy 以distutils标准方式来安装 Scapy： $ cd scapy $ sudo python setup.py install 之后你可以始终更新到最新版本： $ hg pull $...安装后，将 Python 安装目录及其Scripts子目录添加到PATH。...解压 zip 文件（例如到c:\gnuplot），并将gnuplot\bin目录添加到PATH。...将(INSTALLDIR)\ATT\Graphviz\bin添加到你的PATH。
$HOME/go export GOARCH=amd64 export GOOS=darwin export PATH=$PATH:$GOROOT/bin 其中， $GOROOT/bin是GO默认的可执行文件的目录...再执行 source ~/.bash_profile 使最新的配置文件生效。...获得源文件 如果你的系统中没有安装Mercurial（没有安装它，你就无法使用hg命令），那么使用这个命令来安装它： $ sudo easy_install mercurial 然后使用下面的命令，还获得...GO语言的源文件 $ hg clone -r release https://go.googlecode.com/hg/ $GOROOT 安装GO语言 $ cd $GOROOT/src $ ....Go是一个发展中的语言，它的版本会经常进行更新，可以使用以下命令，保持GO语言是最新版本的 $ cd $GOROOT/src $ hg pull $ hg update release $ .
插入缺失（insertion-deletion，InDel），这里一般指小于50bp的变异，即在DNA序列中添加或删除少量碱基，主要指在基因组某个位置上发生较短长度的线性片段插入(Insert)或者缺失...SNP和INDEL变异检测有助于我们更深入地了解基因组，生物性状的表现，物种的起源与进化，认识基因变异和疾病的之间的联系。...二进制文件。使用官方推荐安装方式pull docker镜像#指定DeepVariant版本，这次安装为最新版本v1.6.0, 2023年10月24日发布。...$ ls# GRCh38.fa GRCh38.fa.fai比对排序后的BAM文件例如, 经过pbmm2比对，排序，索引后的bam文件：HG002_1.align.bamHG002_1.align.bam.baiHG003...，SNP和INDEL还在一个vcf文件里，如果为了后续单独分析，我们可以用GATK分离他们，命令如下(1)：$ gatk SelectVariants -R /input/YOUR_REF \
2.1 实现可视化埋点核心问题 封装埋点组件，降低耦合 如何实现后台配置唯一标识 埋点上报 2.2 针对第一个问题想到的方案如下： 每个业务页面添加一个埋点类，单独将埋点的方法提取到这个类中。...利用 Runtime 在底层进行方法拦截，从而添加埋点代码。 结合AOP的核心思想：将应用程序中的业务逻辑同对其提供支持的通用服务进行分离，最后采用了第2种方案。...同时在开头都添加了一个页面名称作为标识。 因此，在 viewTree 中，由一个 view 到根节点之间的每个节点的名称与深度（层次）共同组成的信息构成了此 view 的 viewPath。...UITableView 和 UICollectionView 的树级关系没有到每个具体的 cell，避免产生很多无用的 id，而是将 indexpath 作为描述信息传入。实现逻辑如下图： ?...API 从服务器下载的配置文件，以实现实时更新埋点配置。
hg19-500bp-upstream-7species.mc9nr.genes_vs_motifs.rankings.feather hg19-500bp-upstream-7species.mc9nr.feather...# hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.genes_vs_motifs.rankings.feather hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.feather...文件夹中的所有Rdata数据载入R motifAnnotations <- eval(as.name(motifAnnotName)) 解决方案：将motifAnnotations改名为motifAnnotations_hgnc...motifAnnotations_hgnc2.RData')) system(str_glue('mv motifAnnotations_hgnc.RData {RcisTarget_pkg_dir}')) bug2: feature文件和函数冲突...添加rnktype参数 # 2.
hook建立插件，hook是PG中可以对PG运行机制进行修改的一种方式，大家可以看一下我之前对PG hook的介绍： a.在contrib目录下建立brother目录，建立brother.c文件和...(1)C文件和Makefile就不介绍了，内容如下： userid.c： /*------------------------------------------------------------...SQL文件，会执行SQL文件中的sql，内容如下： /* contrib/userid/userid--1.0.sql */ -- complain if script is sourced in...，这个文件是在更新9.1之前版本的插件函数时使用的，后面会介绍用法。...这张表是当我们进行drop时，添加参数CASCADE会调用查询的一张表，这张表主要存储对象oid依赖的对象oid等等。
humandb/ 下载成功后，humandb的文件列表如下 ├── annovar_downdb.log ├── hg19_refGeneMrna.fa ├── hg19_refGene.txt └─...和分析变异位点所处区间类似，评估变异类型时也有优先级的区分，优先级如下 ?...在表示蛋白质的影响时，annovar采用的是自己定义的表示规则，如果想要使用HGVS定义的规则，只需要在运行时添加-hgvs参数，示例如下 annotate_variation.pl —geneanno...-buildver hg19 -hgvs ex1.avinput humandb 添加这个参数之后，exonic_variant_function文件的第三列示例如下 IL23R:NM_144701...因为只需要输入文件的前5列，当我们只有基因区间文件，比如bed格式的文件时，可以将4,5列用0填充，这样的格式annovar也是可以识别的，这样就可以对基因组上的区间进行基因相关的注释了。
不自动修改 go.mod 和 go.sum。 通过指定 @version 后缀安装特定版本可执行文件。 新增 retract 指令撤回 Module 版本。...您还可以将 GO111MODULE 设置为 auto，以便在当前目录或任何父目录中存在 go.mod 文件时启用 module-aware （模块感知）模式。...我们曾经建议 go get -u program 安装一个可执行文件， 但这种使用给 go get 安装或更改在 go.mod文件中 requirements 的 module 版本时造成了太多的混乱。...在此之后，已依赖 v1.0.5 的用户在检查更新或升级依赖包时将收到撤回通知。通知消息可能包括收回指令上方注释的文本。...如果未设置环境变量 GOVCS，或者如果模块与任何模式不匹配，Go 命令将使用 GOVCS 的默认值：允许 git 和 hg 用于公共模块，并且允许所有工具用于私有模块。
如果出现类似下面的报错 无法下载 http://dl.google.com/linux/chrome/deb/dists/stable/main/binary-amd64/Packages 无法发起与...pull && hg update && cd ..; else hg clone https://bitbucket.org/multicoreware/x265; fi && \ cd x265/...将下载的 aom.rar 复制到 之前创建的 ffmpeg_sources 目录，然后依次运行下面的命令： cd $HOME/ffmpeg_sources sudo apt-get install unrar...$HOME/bin 目录下生成对应的文件。...sudo aptitude install libass-dev 如果出现 y / n / q类似的提示时，则按 n 找到一个全部降级的选项方案，然后按y安装。
更新内容如下：人类参考基因组以及其他引用数据库文件版本由GRCh37（hg19）升级为GRCh38（hg38）数据注释软件annovar更换为Ensemble vep（108.2），Annovar需要商业授权...#挂载reference目录 - /media/sliver/Manufacture/GL2/result:/opt/result:rw #挂载中间文件和输出结果目录...export envs=/root/mambaforge-pypy3/envs #vep cache 版本 export vep_version=108 #设置可用线程数 export threads=8 #与耳聋相关基因及突变文件...单个样本数据不够运行VQSR，直接执行硬过滤，过滤参考数值见#https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035532412?...结果确认：IGV bam文件和突变位置：?12. 输出报告（报告模板见流程压缩包）:?
说一下做项目时需要用到html2canvas做项目截图踩到的跨域坑。 项目需要拉取用户的头像，而linkedin和微信的头像存放于cdn中，这边涉及到的跨域问题。...按网上说的做， 配置 useCORS: true, Nginx添加请求头 add_header Access-Control-Allow-Origin...然而这种解决方法只可以解决你自己服务器的问题，你总不能去微信或其他第三方服务器添加请求头吧。。。更大的坑来了 坑2： 被对方服务器拒绝图片请求。...e=1573689600&v=beta&t=8TqbDk8iWCXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX“ 访问第三方的域名涉及到跨域，但是访问本地的其他资源文件夹是OK的。...眼泪都要掉下来了，太感人了 更新啦更新啦~~~~ 推荐大家阅读我的最新原理解析篇呀：解决跨域问题 has been blocked by CORS policy 后续，原理解析篇 发布者：全栈程序员栈长
我们较长的片段将代表核小体周围的信号，因此信号应该在转录起始位点之外，更多地出现在 +1 和 -1 核小体位置。...BiocManager::install("soGGi") library(soGGi) soGGi 库只需要一个 BAM 文件和一个 GRanges 区域，在这些区域上平均信号以生成图。...tssLocations <- resize(genesLocations, fix = "start", width = 1) tssLocations 当我们创建索引时，我们将基因组子集化为主要染色体...我们可以使用 TSS GRange 对象再次执行此操作，并更新级别。这意味着 BAM 和 GRanges 会很好地发挥作用。...plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数（此处为 180
/78/80/81/82hg38 GRCh37与GRCh38：有什么区别？...GRCh37和GRCh38都是Genome Reference Consortium（GRC）的人类基因组组装。...GRCh38（也称为“build 38”）是在2009年GRCh37发布四年后发布的，因此它可以被视为一个版本，其中包含对早期版本的更新注释。...首先，GRCh38版本有三个更新： 修复错误的读数 包含模型着丝粒序列 添加备用基因座 除此之外，GRCh37中的一些错误组装区域已在GRCh38中重新投入使用。...包含着丝粒序列将开辟以前从未有过的新研究领域。 GRCh38还包括在早期版本中部分捕获的基因组序列。然而，基因组中仍然存在差距，新的技术和方法都有助于缩小差距，旨在最大限度地覆盖人类基因组。
bitbucket.org config['bitbucket.org'] = {} #增加节点的属性值 config['bitbucket.org']['User'] = 'hg' #添加一个节点topsecret.server.com...config['topsecret.server.com'] = {} #将节点赋值给topsecret topsecret = config['topsecret.server.com'] #添加属性...: config.write(configfile) 执行程序，查看example.ini文件内容 [DEFAULT] serveraliveinterval = 45 compression ...hg 或者 ret = config.get('bitbucket.org','user') 执行输出 效果同上 删除一个节点 #删除一个节点 ret = config.remove_section(... False 添加一个节点 sec = config.add_section('wupeiqi') config.write(open('i.cfg', "w")) 执行程序，查看文件内容 [DEFAULT
Git 客户端保存用户名和密码 Git 每次进行 Pull 和 Push 操作时都要输入用户名和密码， 非常不便。...经过一番搜索， 最终找到了让 git 客户端记住密码的方法， 现总结如下： Linux/Unix/Mac 系统 新建一个 ~/.netrc 文件， 将 git 服务器， 用户名以及密码记录在这个文件，...Windows 系统 在 Windows 平台上， 稍微麻烦一些， 但是也能实现, 需要先添加一个用户变量 %HOME% ， 如下所示： ?...接下来在 %HOME% 变量指向的目录下新建一个名称为 _netrc 的文件， 内容与上面的一样， 将 git 服务器， 用户名以及密码记录在这个文件， 如下所示： machine your-git-server...login your-username password your-password 有了 netrc 文件， 使用 git 时就不用再输入用户名和密码了。
hg clone https://hg.openjdk.java.net/jdk/jdk11/ 2、解压源码包 将你刚刚下载的压缩包解压，请解压到一个全英文目录下，不要使用中文，减少编译时带来的麻烦。...unchecked" --disable-warnings-as-errors --with-debug-level=slowdebug 2>&1 | tee configure_mac_x64.log 执行这个命令的前提是我已经将...2、添加一个 JDK ? 3、选择上面源码编译好的 jdk ? 4、最后启动项目的时候指定这个 JDK 就可以了。...好了，见证奇迹的时刻到了 我们之前已经在 IDEA 中添加了编译好的 JDK，并且指定给了一个项目。仅为测试，代码如下。...维度高了，角度变了，解决问题的可能性和方式也就多了。这就好比三体里高等文明利用二向箔进行打击，完全不在一个体量下。 赶紧行动吧，编译一个你自己的 JDK。
和hisat等软件不同，STAR将所有的功能整合在了同一个程序中，通过切换runMode来执行不同的任务。 1.....fasta \ --genomeDir hg19_STAR_db \ --sjdbGTFfile hg19.gtf \ --sjdbOverhang 149 建立索引需要基因组的fasta和gtf文件...在构建索引时，还支持加入intron的区间信息，通过sjdbFileChrStartEnd指定对应的文件，多个文件用逗号分隔，这种格式的文件是由STAR比对产生的，通常用于2-pass比对模式。...，每个样本会产生一个intron的区间文件SJ.out.tab; 在第二次比对之前，重新构建一次基因组的索引，添加所有样本的SJ.out.tab文件，然后利用新的基因组索引重新比对。...per-sample 2-pass 对于单个样本，在比对时直接添加--twopassMode Basic参数，软件会自动进行两次比对，将第一次比对的SJ.out.tab加入到索引，然后重新比对。
虽然 ilus 不做任务调度和执行，但是这个方法却能够增加流程控制的灵活性和操控性。 此外，当你有成千上万的样本需要分析时，实现对任务完成状态的监控是极其重要的一项任务。...用我在 ilus 中提供的程序 check_jobs_status.py，你就可以很方便地知道哪些已经顺利完成，哪些还没有。...例子2：只生成 WGS 流程中的某个/某些步骤 有时，我们并不打算（或者没有必要）从头到尾完整地将 WGS 流程执行下去，比如我们只想完成从 fastq 比对到生成 gvcf 结束，暂时不想执行 genotype...如果你在项目中一直使用的都是 ilus 那么是不用担心这个问题的，因为 ilus 执行任务时具有原子属性，也就是说只有当步骤中所有过程都成功结束了才会将那些完全不需要的文件删除掉。...这是知识星球上第一个与基因组学和生物信息学强相关的圈子，也是官方评定的优秀星球。
python项目的结构和包的创建 在python的圈子里，有许多人无偿得公开自己开发的程序库，使用者可以通过pip 命令来安装这些库，我们在发布时需要将其创建成一种特殊的文件，这种文件就是程序包，我们将会在本节学到程序包的制作流程...3.2 环境与工具 3.2.1 使用virtualenv搭建独立的环境 使用virtualenv为每一个项目搭建独立的环境，具有以下的优点： 添加撤那个续保以及变更版本时，能将影响控制在当前的环境 便于判断已经安装的程序包是否可以删除...MANIFEST.in 为了将HTML文件，CSS文件等程序包资源与程序包捆绑刚在一起，我们需要使用MANIFEST.in来制定封装对象文件。...我们捆绑了guestbook目录下所有与.html和.css一致的文件。.../ 这样的话，我们在其他PC或服务器上面构建环境是，就不必再一个个安装依赖包，如果今后需要添加或者更改依赖库，只需要按照i前面的流程更新setup.py,然后再执行一次pip install即可。
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