首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

循环访问setwd()中的批量读取文件夹,格式化dfs & write.csv()到不同的文件夹R

循环访问setwd()中的批量读取文件夹,格式化dfs & write.csv()到不同的文件夹R

在R语言中,可以使用以下代码来实现循环访问指定文件夹下的文件,并将读取的数据进行格式化后保存到不同的文件夹中:

代码语言:txt
复制
# 设置工作目录
setwd("your_directory_path")

# 获取文件夹列表
folder_list <- list.dirs(full.names = TRUE, recursive = FALSE)

# 循环遍历文件夹
for (folder in folder_list) {
  # 设置工作目录为当前文件夹
  setwd(folder)
  
  # 读取文件
  file_list <- list.files(pattern = "*.csv")
  dfs <- lapply(file_list, read.csv)
  
  # 格式化数据
  formatted_dfs <- lapply(dfs, function(df) {
    # 进行数据格式化的操作
    # ...
    return(formatted_df)
  })
  
  # 写入到不同的文件夹
  output_folder <- paste0("output/", folder) # 设置输出文件夹路径
  if (!file.exists(output_folder)) {
    dir.create(output_folder, recursive = TRUE)
  }
  
  # 保存格式化后的数据
  for (i in 1:length(formatted_dfs)) {
    write.csv(formatted_dfs[[i]], file = paste0(output_folder, "/formatted_", i, ".csv"), row.names = FALSE)
  }
}

上述代码首先通过setwd()函数设置工作目录为指定的文件夹路径。然后使用list.dirs()函数获取文件夹列表。接下来使用循环遍历每个文件夹,将工作目录设置为当前文件夹。使用list.files()函数获取当前文件夹下的所有csv文件,并使用read.csv()函数读取这些文件,将结果保存在dfs列表中。

接着,可以使用lapply()函数对dfs列表中的每个数据框进行格式化操作。在代码中,需要替换# 进行数据格式化的操作这一行,根据实际需求进行数据格式化的操作。

最后,使用paste0()函数设置输出文件夹路径,并使用dir.create()函数创建输出文件夹。然后使用循环将格式化后的数据框使用write.csv()函数保存到不同的文件夹中,文件名以"formatted_"开头,后面跟着索引号和".csv"后缀。

请注意,上述代码中的路径和格式化操作需要根据实际情况进行调整。此外,为了简化代码,省略了错误处理和异常情况的处理,实际使用时需要根据需要进行相应的处理。

推荐的腾讯云相关产品和产品介绍链接地址:

  • 腾讯云对象存储(COS):提供高可靠、低成本的云端存储服务,适用于各种场景下的数据存储和处理需求。详细信息请参考:腾讯云对象存储(COS)
  • 腾讯云云服务器(CVM):提供可扩展的云服务器实例,满足不同规模和性能需求。详细信息请参考:腾讯云云服务器(CVM)
  • 腾讯云数据库(TencentDB):提供多种类型的数据库服务,包括关系型数据库、NoSQL数据库等。详细信息请参考:腾讯云数据库(TencentDB)
  • 腾讯云人工智能(AI):提供多种人工智能服务,包括图像识别、语音识别、自然语言处理等。详细信息请参考:腾讯云人工智能(AI)
  • 腾讯云物联网(IoT):提供物联网平台和设备接入服务,支持连接和管理大规模物联网设备。详细信息请参考:腾讯云物联网(IoT)
  • 腾讯云移动开发(Mobile):提供移动应用开发和运营的云服务,包括移动应用托管、推送服务等。详细信息请参考:腾讯云移动开发(Mobile)
  • 腾讯云区块链(Blockchain):提供区块链基础设施和应用开发服务,支持构建可信赖的区块链应用。详细信息请参考:腾讯云区块链(Blockchain)
  • 腾讯云元宇宙(Metaverse):提供元宇宙平台和开发工具,支持构建虚拟现实和增强现实应用。详细信息请参考:腾讯云元宇宙(Metaverse)

以上是关于循环访问setwd()中的批量读取文件夹,格式化dfs & write.csv()到不同的文件夹的完善且全面的答案。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R-批量文件读取

批量文件读取 sunqi 2020/6/12 概述 文件批量读取,一般在拿到数据时,如果是大批量数据,那么就需要多次读取 10个文件以为内容通过10行内容可以读取,但是如果是上百个文件,那么读取...时候就比较复杂,解决思路是通过循环进行读取 代码 创造示例文件目录 setwd("D:/test") # 先创造几个重复文件 # 分别在test1和test2 生成3个iris数据集 for(i in...,file = newdu) } } 读取文件 # 获得目标文件夹 path<-"D:/test" filedir <- dir(path = path,full.names = T) filedir...# 显示当先目录下有两个文件夹 ## [1] "D:/test/test1" "D:/test/test2" # 建立数据框存储数据 result <- data.frame()#最终数据 # 从目前目录再次进去子目录数据...# 因为有2个文件夹,所以需要进一步读取 for(i in filedir){ dir1 <- dir(path = i,full.names = T) for(j in dir1){

68730
  • 如何使用TCGAbiolinks下载TCGA数据并整理

    从官网下载并不麻烦,但是第一是需要选取非常多自定义选项,第二是网络环境不好会容易中断,对于初学者倒是一个非常好了解生物信息学途径,但遇到批量化处理需求时候就会难以进行。...TCGAbiolinks 包是从TCGA数据库官网接口下载数据R包。它一些函数能够轻松地帮我们下载数据和整理数据格式。其实就是broad研究所firehose命令行工具R包装!...该函数应用场景是:当需要在R读取或写入数据时,需要指定存储数据文件夹路径。但在执行R代码时,可能需要将当前工作目录更改为存储数据文件夹路径。如果文件夹不存在,需要创建文件夹。...这时, shelfEnvironment 函数可以帮助我们检查并创建文件夹,使得数据可以正常读取或写入。 表达谱数据处理 清空环境, 读取MANIFEST信息, 特别是需要样本名和文件夹名. # !...整理---- ## 清除当前环境所有对象 rm(list = ls()) ## 设置主文件夹路径, 并设置工作目录 (root_dir <- sub("/code.+", "", rstudioapi

    6.8K42

    GEO数据库表达谱差异基因分析

    我们需要将文件进行分类,在工作目录建立一个cancer文件夹和一个normal文件夹,将相应cel文件复制相应文件夹。注意,是复制,我们还要在当前文件夹里用所有的数据演示查看数据质量等操作。...quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("affy") library(affy) 其实,随着R版本不同...,加载该包时也需要很多基础包,需要先加载,而且每个人已经安装包也不同R版本不同,这一过程可能会出错,反正在加载时出错,一般都是缺包或者需要加载一下包,缺什么补什么就行了!...允许用户读取MIAME信息和CEL文件affybatch。如果在没有参数ReadAffy()情况下调用该函数,那么将读取工作目录所有CEL文件并将其放入AffyBatch。...,最后,对自己矩阵文件求差异基因——使用R语言“limma”包。

    9K2118

    R语言︱文件读入、读出一些方法罗列(批量xlsx文件、数据库、文本txt、文件夹

    可能是R读取路径时,对x86这样文件夹不大好识别吧,我第一次装在x86里,读取是失败。 2、在R中加载环境,即一行代码,路径要依据你java版本做出更改。...(如*.xlsx) 代码思路:先遍历文件夹(list.files),然后通过循环依次读写(read.xlsx)。...——需要read.xlsx这一步骤 ##批量读入文件夹xlsx文件 #如何批量读取一个文件夹各种txt文件 micepath <- "C:/Users/long/Desktop" micefiles...micefiles[[i]],header = F,1) } —————————————————————————————————————————————————————————————————— 五、批量读入文件夹文本文件...,originpath是路径名(细致文件名称以及后缀),savepath可以是文件夹名称。

    5.7K31

    scanpy和Seurat单细胞分析对比

    文件夹r代码都在上面的百度云网盘链接(https://pan.baidu.com/s/1MzfqW07P9ZqEA_URQ6rLbA?..._10x_mtx函数读取数据,传入文件夹路径,保证文件夹下还是这三个文件即可 循环读取9个单细胞数据,用字典进行存储,key为样本名,value为scanpy读取对象 用scanpy下concat..._colors里面存放就是0.01分辨率下每个cluster对应颜色 adata.X里面存放是表达矩阵,行为cell,列为gene ### Step1 批量读取单细胞数据 # 字符串前面加上r之后...,路径里/和\就不用特意修改了 path = r'F:\新建文件夹\2022-GSE189357-LUAD-单细胞-疾病进展\GSE189357_RAW\output' files = glob(path...:新建文件夹/' os.chdir(work_dir) qc部分,参考曾老师seurat里qc.R脚本写 这里只考虑了human gene,都是大写 #计算比例和标准质控 def basic_qc

    1.4K70

    【Hadoop 分布式部署 十:配置HDFS HA、启动HA各个守护进程】

    然后分别访问这两个主机50070 发现如果可以访问 就初步配置成功 ? ?         ...下面这个内容配置错误原因,我现在已经更改过来了 ?             更改完成后,在执行一下 (就可以看见文件目录已经循环出来了) ?             ...然后 在测试HA读取功能 使用命令: bin/hdfs dfs -text /user/zuoyan/conf/core-site.xml                文件已经成功 正常读取出来了...切换之后在用NameNode 1 去读取HDFS上文件 测试 是否能正常读取文件                 (切换之后已经正常读取出来了,证明节点切换 对集群是没有影响) ?               ...完成这样 HDFS高可用 已经初步搭建好了

    1K60

    手把手教你使用shiny创建一个网页工具(基于Windows)

    安装必要R包 安装方式如下GIF图所示,基本步骤就是打开Shiny项目中 TF_map.Rproj,然后打开其中 scripts/install_packages.R, 把里面提到所有R包都装了就行...gene table 原本需要下载下面两个数据, gencode.v20.annotation.gtf.gz gencode.vM20.annotation.gtf.gz 然后用Perl脚本进行预处理,但是格式化...经过我排查,发现罪魁祸首就是"NUP98–PHF23""中间连字符,中间那个"–"根本不是连字符。...作者会给你提供一个微云网盘链接,我们以其中比较小文件为例进行演示。 在shiny应用文件夹创建一个文件夹db,然后将下面文件下载到该文件夹。(选择一个较小作为演示) ?...注请保持原有的文件夹层次关系,例如这次下载文件就应该存放在db/cistrome/human/DNase下。 ?

    2.9K20

    肿瘤单细胞转录组第一层次降维聚类分群

    认识GEO数据库里面的单细胞转录组数据文件格式 我们《生信菜鸟团》单细胞周更专辑作者分享过好几次了基础文件读取技巧啦,详见:读取不同格式单细胞转录组数据及遇到问题解决办法。...构建Seurat对象 包Read10X函数是可以读取单个样品一个文件夹路径,但是我们是需要循环读取每个文件夹,所以是lapply这样读取方式: dir='GSE189357_RAW/outputs...pwd=3heo 下面的scRNA_scripts文件夹r代码都在上面的百度云网盘链接(https://pan.baidu.com/s/1MzfqW07P9ZqEA_URQ6rLbA?...14 scRNA_scripts/lib.R 102 scRNA_scripts/qc.R scRNA_scripts文件夹r代码都在上面的百度云网盘链接(https://pan.baidu.com.../scRNA_scripts/check-all-markers.R') setwd('../') getwd() 如下所示0.1分辨率群就很少: 0.1分辨率群就很少 如下所示0.8分辨率群就很多

    36750

    格式化hdfs命令_hadoop启动命令

    命令会自动创建父目录,类似于带-plinux命令 2、上传文件命令 put命令从本地文件系统复制单个或多个源路径目标文件系统,也支持从标准输入设备读取输入并写入目标文件系统。...通过“-ls 文件夹名” 命令浏览HDFS下文件夹文件 命令格式:hadoop dfs -ls 文件夹名 浏览HDFSin文件夹文件 hadoop dfs -ls in 通过该命令可以查看in...文件夹所有文档文件 6、查看HDFS下某个文件内容 通过“-cat 文件名”命令查看HDFS下文件夹某个文件内容 命令格式:hadoop$ bin/hadoop dfs -cat 文件名 #查看...HDFS下in 目录内容 hadoop$ bin/hadoop dfs -cat in/* 通过这个命令可以查看in文件夹中所有文件内容 7、将HDFS文件复制本地系统 通过“-get 文件按...备注:不允许在不同文件系统间移动文件。

    1.8K20

    Hadoop3单机和伪分布式模式安装配置

    [a-z.]+' 执行完成之后可以发现output文件夹中生成了两个文件part-r-00000和_SUCCESS,其中part-r-00000文件记录着在input目录所有xml文件中上述正则表达式匹配成功单词数量...要使用 HDFS,首先需要在 HDFS 创建用户目录: hdfs dfs -mkdir -p /user/hadoop 接着将 etc/hadoop xml 文件作为输入文件复制分布式文件系统...,即将 /usr/local/src/hadoop-3.1.0/etc/hadoop 目录下xml文件复制分布式文件系统 /user/hadoop/input 。...HDFS文件(可以将单机步骤创建本地 input 文件夹,输出结果 output 文件夹都删掉来验证这一点)。...查看运行结果命令(查看是位于 HDFS 输出结果): hdfs dfs -cat output/* 结果如下,注意刚才我们已经更改了配置文件,所以运行结果不同

    2K21

    immunedeconv包与Xcell批量处理文件

    该包资源不同于一般R包,并没有储存在CRAN或者bioconductor。在github查找immunedeconv,搜索页面出来第一个就是可供R语言调用immunedeconv包。...第一步:准备表达矩阵(行名已注释为gene symbol,与immunedeconv包要求hugo 基因名一致;列名为样品名)并写入R....三、for循环进行文件批量处理 #1.将所有要分析同类型文件放在同一个文件夹下,将其设置为当前工作路径 #1.1获取该文件夹文件名和文件个数(我这里共有6个文件) files<-dir() files...四、批量处理过程遇到问题及解决方法 尽管自己认为for循环已经写得很完美了,但刚开始其实并没有想象那么顺利,囧...... 文件内容不变,还是刚开始文件。...结论:在执行for循环时候,例如从第1个文件第20个文件,如果在第5个文件处出错,那么系统就可以执行第4个文件,然后提示返回第1个文件,故我们需要解决第5个文件问题。

    1.9K10

    单细胞数据分析-R语言对分群结果top基因循环做富集分析

    加载文件是在ncbi上下,所以两个数据库id号不同,我需要先在biodbnet进行全部转换,读到一个新表格里面,然后在进行转换,我这里主要是用最近新学dplyr包里面的函数,大家可以看一下这个博主文章...,以上代码没有发生报错现象,因此我目前开始准备写循环,进行亚群批量富集分析。...主要也是参考我前几次肺癌文章里面的批量读取cellrangergz文件语句,然后进行更改。...[循环文件夹结果] 总结 主要是需要先把自己要做富集分析cluster读到R,然后进行循环语句读写,R循环语句主要注意是自己用是什么数据,需要怎么读入文件。...目前是批量完了,还没有报错,做完了,可以跟公司结果进行对比,查看数据质量重复性。

    2.5K20

    Learn R 函数和R

    ") #ls是展示出该包函数 R语言中函数 ()前是函数 [] 是取子集,一定是个数据 【】里有“,”->向量或矩阵 [[]] 前通常是个列表 列表取子集 $ 数据框取子集 <-....csv默认格式是表格; #2.记事本也可以打开; #3.sublime(适用大文件)打开 #4.R语言读取 #表格文件读到R语言中,就得到了一个数据框,对数据框进行修改不会同步表格文件,需重新导出...#在当前文件夹(data自己建立文件夹)下用“/”打开 >read.csv("data/ex1.txt") #同样把文件保存到当前目录文件夹(Rdata 自己建立文件夹 >...save(test,file="Rdata/xxx.Rdata") #当前在一个文件夹想要调用另一个文件夹Rdata #方法一 复制路径下载 getwd() [1] "/Users/zhuo...“ ”,因为矩阵只允许一种数据类型 要把整个都改为数字型 "40" "20" "51" "46" "38" "49" R语言可以读取文件格式 ###通用格式 csv. xls. txt. tsv.

    1.4K00

    单细胞测序—标准流程代码(3)—marker 基因富集分析_差异基因

    load之前得到check-by-celltype文件夹qc-_marker_cosg.Rdata注:得到qc-_marker_cosg.Rdata部分代码#存在check-all-markers.R...得分值:矩阵值代表每个基因在不同细胞群显著性得分。较高得分通常表示该基因在该特定细胞群具有更显著表达模式或是更具代表性 marker 基因。...我观察返回基因score都是正值,且暂未发现类似于FindAllMarkersonly.pos参数。因此我猜想cosg默认返回是上调marker基因。...unique()函数会返回所有不同细胞类型,即去重后细胞类型列表。lapply() :是R一个循环函数,作用是对列表每个元素应用同一个函数,并返回一个列表。...do.call()用于将rbind应用到lapply()生成结果列表,将不同细胞类型统计结果合并为一个矩阵或数据框。

    26910

    hadoop 基础入门

    ://localhost:9000/test 查看文件:bin/hdfs dfs -cat /test/hadoop/*.xml 删除文件:bin/hdfs dfs -rm -r /test/*.xml...全部系统命名空间元数据,包括数据块文件映射及系统属性存储在文本地系统件FsImage。...NameNode在内存中保存着一份系统命名空间及数据块映射镜像,当NameNode启动时,或者检测点触发,NameNode读取磁盘Fsimage及Editlog文件,将Editlog文件事务应用于内存...数据组织: 大数据文件,一次写入,多次读取,流式读取,标准大小数据块128m,一个文件会被分割为多个数据块,并尽可能分配到不同数据节点上。...备份节点: 执行checkpoint节点相同功能,同时保持一份内存镜像,实时和主节点异步更新,日常流式从主节点接收系统变更,固化硬盘,同时应用到内存镜像。

    48550
    领券